CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 62

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF662X62del1deltAat-a8357540.90299427385-27387
ORF662X62del1deltaAta-835700.083832327385-27387
ORF662X62del1delTaa-aa835110.013173727385-27387
ORF662X62del2deltAAt--6524070.62423327385-27387
ORF662X62del2delTAa--a6522440.37423327385-27387
ORF662X62del2delTAA--N65210.0015337427385-27387
ORF662X62XsyntAatGa4922750.55894327385-27387
ORF662X62XsyntaAtaG4922170.44105727385-27387
ORF662X62deldelTAA---443443127385-27387
ORF662X62QnonsynTaaCaa45440.97777827385-27387
ORF662X62QnonsynTaACaG4510.022222227385-27387
ORF662X62YnonsyntaAtaT36230.63888927385-27387
ORF662X62YnonsyntaAtaC36130.36111127385-27387
ORF662X62LnonsyntAatTa24180.7527385-27387
ORF662X62LnonsynTAACTT2420.083333327385-27387
ORF662X62LnonsynTAACTC2420.083333327385-27387
ORF662X62LnonsynTAaCTa2420.083333327385-27387
ORF662X62SnonsyntAatCa17100.58823527385-27387
ORF662X62SnonsynTAAAGT1720.11764727385-27387
ORF662X62SnonsynTAAAGC1720.11764727385-27387
ORF662X62SnonsyntAAtCG1710.058823527385-27387
ORF662X62SnonsyntAAtCC1710.058823527385-27387
ORF662X62SnonsyntAAtCT1710.058823527385-27387
ORF662X62KnonsynTaaAaa1515127385-27387
ORF662X62RnonsynTAaAGa820.2527385-27387
ORF662X62RnonsynTAACGT820.2527385-27387
ORF662X62RnonsynTAACGC820.2527385-27387
ORF662X62RnonsynTAaCGa820.2527385-27387
ORF662X62InonsynTAaATa730.42857127385-27387
ORF662X62InonsynTAAATT720.28571427385-27387
ORF662X62InonsynTAAATC720.28571427385-27387
ORF662X62FnonsyntAAtTC420.527385-27387
ORF662X62NnonsynTaAAaT420.527385-27387
ORF662X62HnonsynTaACaC420.527385-27387
ORF662X62HnonsynTaACaT420.527385-27387
ORF662X62CnonsyntAAtGC420.527385-27387
ORF662X62NnonsynTaAAaC420.527385-27387
ORF662X62CnonsyntAAtGT420.527385-27387
ORF662X62FnonsyntAAtTT420.527385-27387
ORF662X62EnonsynTaAGaG210.527385-27387
ORF662X62EnonsynTaaGaa210.527385-27387
ORF662X62PnonsynTAaCCa11127385-27387

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF662X62del1tAat-a754835All0.000144
ORF662X62del1taAta-70835All0.000013
ORF662X62del1Taa-aa11835All0.000002
ORF662X62del2tAAt--407652All0.000078
ORF662X62del2TAa--a244652All0.000047
ORF662X62del2TAA--N1652All0
ORF662X62XtAatGa275492All0.000053
ORF662X62XtaAtaG217492All0.000042
ORF662X62del1tAat-a480480A.270.794702
ORF662X62delTAA---443443All0.000085
ORF662X62del2tAAt--302349B.1.1.70.00027
ORF662X62del2TAa--a47349B.1.1.70.000042
ORF662X62XtaAtaG153169B.1.1.70.000137
ORF662X62XtAatGa16169B.1.1.70.000014
ORF662X62delTAA---147147AY.40.000229
ORF662X62XtAatGa8989B.1.4290.002094
ORF662X62del1tAat-a8085AY.40.000125
ORF662X62del1taAta-585AY.40.000008
ORF662X62delTAA---8383B.1.1.70.000074
ORF662X62XtAatGa6970AY.430.000306
ORF662X62XtaAtaG170AY.430.000004
ORF662X62del2TAa--a6164B.1.10.001107
ORF662X62del2tAAt--264B.1.10.000036
ORF662X62del2TAA--N164B.1.10.000018
ORF662X62QTaaCaa4445All0.000008
ORF662X62QTaACaG145All0
ORF662X62YtaAtaT2336All0.000004
ORF662X62YtaAtaC1336All0.000002
ORF662X62del2TAa--a3636B.1.1.3690.016064
ORF662X62XtAatGa3032B.1.617.20.000113
ORF662X62XtaAtaG232B.1.617.20.000008
ORF662X62del1tAat-a1827AY.440.00011
ORF662X62del1taAta-927AY.440.000055
ORF662X62del2tAAt--2026AY.40.000031
ORF662X62del2TAa--a626AY.40.000009
ORF662X62del1tAat-a2025B.1.1.70.000018
ORF662X62del1taAta-325B.1.1.70.000003
ORF662X62del1Taa-aa225B.1.1.70.000002
ORF662X62LtAatTa1824All0.000003
ORF662X62LTAaCTa224All0
ORF662X62LTAACTC224All0
ORF662X62LTAACTT224All0
ORF662X62del2tAAt--1719B.1.617.20.000064
ORF662X62del2TAa--a219B.1.617.20.000008
ORF662X62del2TAa--a1919C.36.30.010777
ORF662X62StAatCa1017All0.000002
ORF662X62STAAAGC217All0
ORF662X62STAAAGT217All0
ORF662X62StAAtCG117All0
ORF662X62StAAtCC117All0
ORF662X62StAAtCT117All0
ORF662X62KTaaAaa1515All0.000003
ORF662X62del1tAat-a1315B.1.10.000236
ORF662X62del1Taa-aa115B.1.10.000018
ORF662X62del1taAta-115B.1.10.000018
ORF662X62XtAatGa1214AY.390.000297
ORF662X62XtaAtaG214AY.390.000049
ORF662X62del2TAa--a1214B.1.20.000106
ORF662X62del2tAAt--214B.1.20.000018
ORF662X62delTAA---1414B.1.617.20.000053
ORF662X62del1taAta-1114P.10.000173
ORF662X62del1tAat-a214P.10.000032
ORF662X62del1Taa-aa114P.10.000016
ORF662X62delTAA---1313AY.440.000079
ORF662X62del1tAat-a1212B.1.2400.002587
ORF662X62delTAA---1212C.370.001393
ORF662X62delTAA---1111AY.240.004741
ORF662X62delTAA---1111AY.430.000049
ORF662X62del1tAat-a911B.10.000082
ORF662X62del1Taa-aa111B.10.000009
ORF662X62del1taAta-111B.10.000009
ORF662X62del1tAat-a1111B.1.5750.003337
ORF662X62del1tAat-a1011B.1.617.20.000038
ORF662X62del1taAta-111B.1.617.20.000004
ORF662X62delTAA---1111Q.30.001595
ORF662X62del1taAta-810AY.30.00008
ORF662X62del1tAat-a210AY.30.00002
ORF662X62del1tAat-a1010AY.380.004993
ORF662X62QTaaCaa1010AY.850.004272
ORF662X62XtaAtaG1010B.1.1100.045249
ORF662X62XtaAtaG910B.1.1770.000119
ORF662X62XtAatGa110B.1.1770.000013
ORF662X62delTAA---1010B.1.5260.000235
ORF662X62del1tAat-a69AY.250.000036
ORF662X62del1taAta-39AY.250.000018
ORF662X62delTAA---99AY.30.00009
ORF662X62QTaaCaa99B.1.1.70.000008
ORF662X62del1taAta-99B.1.5250.001018
ORF662X62LtAatTa280.111111
ORF662X62RTAACGT280.111111
ORF662X62LTAaCTa280.111111
ORF662X62LTAACTC280.111111
ORF662X62RTAaCGa280.111111
ORF662X62RTAaAGa280.111111
ORF662X62LTAACTT280.111111
ORF662X62RTAACGC280.111111
ORF662X62RTAaCGa28All0
ORF662X62RTAaAGa28All0
ORF662X62RTAACGC28All0
ORF662X62RTAACGT28All0
ORF662X62XtaAtaG88B.1.1.5190.000318
ORF662X62del2TAa--a88B.1.1770.000105
ORF662X62del1tAat-a77A0.002709
ORF662X62ITAaATa37All0.000001
ORF662X62ITAAATC27All0
ORF662X62ITAAATT27All0
ORF662X62del1tAat-a47AY.1030.000025
ORF662X62del1Taa-aa27AY.1030.000012
ORF662X62del1taAta-17AY.1030.000006
ORF662X62del2TAa--a47AY.250.000024
ORF662X62del2tAAt--37AY.250.000018
ORF662X62delTAA---77AY.770.007892
ORF662X62del2TAa--a67B.10.000055
ORF662X62del2tAAt--17B.10.000009
ORF662X62ITAAATC260.111111
ORF662X62ITAaATa260.111111
ORF662X62ITAAATT260.111111
ORF662X62XtAatGa66AY.1020.000159
ORF662X62delTAA---66AY.1030.000037
ORF662X62XtAatGa56AY.1030.000031
ORF662X62XtaAtaG16AY.1030.000006
ORF662X62delTAA---66AY.290.000095
ORF662X62del1tAat-a56AY.390.000124
ORF662X62del1taAta-16AY.390.000025
ORF662X62XtAatGa46AY.40.000006
ORF662X62XtaAtaG26AY.40.000003
ORF662X62del2TAa--a46AY.440.000024
ORF662X62del2tAAt--26AY.440.000012
ORF662X62XtAatGa66AY.46.60.000433
ORF662X62delTAA---66AY.470.000187
ORF662X62XtaAtaG46B.10.000037
ORF662X62XtAatGa26B.10.000018
ORF662X62del1tAat-a66B.1.1.5190.000238
ORF662X62XtAatGa55AY.120.00158
ORF662X62delTAA---55AY.390.000124
ORF662X62YtaAtaT45AY.440.000024
ORF662X62YtaAtaC15AY.440.000006
ORF662X62KTaaAaa55AY.540.000477
ORF662X62delTAA---55AY.790.006053
ORF662X62del1tAat-a55B0.000639
ORF662X62LtAatTa55B.1.177.210.000382
ORF662X62XtaAtaG45B.1.20.000035
ORF662X62XtAatGa15B.1.20.000009
ORF662X62del2tAAt--45B.1.4290.000094
ORF662X62del2TAa--a15B.1.4290.000024
ORF662X62del2tAAt--35B.1.6370.000219
ORF662X62del2TAa--a25B.1.6370.000146
ORF662X62delTAA---55P.10.000079
ORF662X62XtAatGa55Q.10.000632
ORF662X62FtAAtTC240.111111
ORF662X62NTaAAaT240.111111
ORF662X62FtAAtTT240.111111
ORF662X62YtaAtaC240.111111
ORF662X62NTaAAaC240.111111
ORF662X62YtaAtaT240.111111
ORF662X62HTaACaT240.111111
ORF662X62STAAAGC240.111111
ORF662X62STAAAGT240.111111
ORF662X62CtAAtGT240.111111
ORF662X62CtAAtGC240.111111
ORF662X62HTaACaC240.111111
ORF662X62HTaACaT24All0
ORF662X62NTaAAaC24All0
ORF662X62FtAAtTT24All0
ORF662X62CtAAtGT24All0
ORF662X62NTaAAaT24All0
ORF662X62FtAAtTC24All0
ORF662X62HTaACaC24All0
ORF662X62CtAAtGC24All0
ORF662X62del1tAat-a44AY.1020.000106
ORF662X62del2TAa--a34AY.1030.000019
ORF662X62del2tAAt--14AY.1030.000006
ORF662X62del2tAAt--44AY.30.00004
ORF662X62del2TAa--a24AY.390.000049
ORF662X62del2tAAt--24AY.390.000049
ORF662X62YtaAtaT34AY.430.000013
ORF662X62YtaAtaC14AY.430.000004
ORF662X62XtAatGa34AY.440.000018
ORF662X62XtaAtaG14AY.440.000006
ORF662X62delTAA---44AY.46.40.000658
ORF662X62delTAA---44B.1.1.2140.000222
ORF662X62del1tAat-a33A.290.015957
ORF662X62del2TAa--a33AY.100.00159
ORF662X62del1tAat-a23AY.1000.000092
ORF662X62del1taAta-13AY.1000.000046
ORF662X62XtaAtaG33AY.1060.001005
ORF662X62delTAA---33AY.1180.000188
ORF662X62QTaaCaa33AY.1190.000106
ORF662X62YtaAtaC33AY.140.000264
ORF662X62XtAatGa33AY.140.000264
ORF662X62delTAA---33AY.250.000018
ORF662X62YtaAtaT23AY.30.00002
ORF662X62YtaAtaC13AY.30.00001
ORF662X62del1tAat-a23AY.340.000194
ORF662X62del1taAta-13AY.340.000097
ORF662X62QTaaCaa33AY.390.000074
ORF662X62del1taAta-33AY.4.50.000322
ORF662X62delTAA---33AY.420.000121
ORF662X62delTAA---33AY.46.30.002801
ORF662X62delTAA---33AY.70.000588
ORF662X62del2tAAt--33AY.980.000237
ORF662X62YtaAtaT23B.1.1.70.000002
ORF662X62YtaAtaC13B.1.1.70.000001
ORF662X62del1taAta-33B.1.1390.002199
ORF662X62del2tAAt--33B.1.36.10.003421
ORF662X62XtaAtaG33B.1.4970.000944
ORF662X62QTaaCaa33B.1.617.20.000011
ORF662X62del2tAAt--33B.1.6280.001057
ORF662X62XtAatGa220.111111
ORF662X62QTaaCaa220.111111
ORF662X62KTaaAaa220.111111
ORF662X62ETaAGaG12All0
ORF662X62ETaaGaa12All0
ORF662X62del2TAa--a12AY.1000.000046
ORF662X62del2tAAt--12AY.1000.000046
ORF662X62del2TAa--a22AY.1170.000169
ORF662X62del2tAAt--22AY.1180.000125
ORF662X62del2tAAt--22AY.1200.000074
ORF662X62del1tAat-a22AY.260.000057
ORF662X62StAatCa22AY.30.00002
ORF662X62XtaAtaG22AY.300.000791
ORF662X62YtaAtaC22AY.330.000134
ORF662X62QTaaCaa22AY.40.000003
ORF662X62KTaaAaa22AY.40.000003
ORF662X62YtaAtaT22AY.40.000003
ORF662X62del2tAAt--22AY.4.20.000043
ORF662X62del1tAat-a12AY.4.20.000022
ORF662X62del1taAta-12AY.4.20.000022
ORF662X62del2tAAt--22AY.430.000009
ORF662X62delTAA---22AY.7.20.001119
ORF662X62XtAatGa22AY.750.000112
ORF662X62delTAA---22AY.750.000112
ORF662X62delTAA---22B.10.000018
ORF662X62YtaAtaC12B.10.000009
ORF662X62QTaACaG12B.10.000009
ORF662X62YtaAtaT12B.10.000009
ORF662X62QTaaCaa12B.10.000009
ORF662X62delTAA---22B.1.10.000036
ORF662X62del2tAAt--22B.1.1.1890.003026
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