CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 61 & Codon = CTC

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF6	61	D61L		nonsyn	GAT	CTC	8605	7993	0.928879	27382-27384

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	7993	8605	All	0.001529
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	5031	5107	B.1.1.7	0.004504
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	155	550	AY.43	0.000687
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	347	350	B.1.617.2	0.001307
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	302	304	AY.44	0.001838
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	294	298	B.1.177	0.003871
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	245	247	AY.75	0.013725
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	222	239	AY.4	0.000346
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	100	101	AY.5	0.002065
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	60	78	C.37	0.006964
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	71	75	B.1.2	0.000625
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	69	71	AY.25	0.000415
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	70	70	AY.39.1	0.002773
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	47	58	B.1	0.00043
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	56	57	B.1.1	0.001016
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	51	51	B.1.526	0.001199
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	42	44	AY.103	0.000261
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	41	41	AY.116.1	0.012769
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	28	30	AY.47	0.000871
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	29	29	AY.85	0.012388
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	28	28	B.1.36.25	0.06181
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	26	28	B.1.637	0.0019
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	27	27	B.1.596	0.002353
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	23	24	Q.1	0.002906
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	19	20	AY.39	0.00047
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	20	20	P.1	0.000315
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	19	19	AY.119	0.000671
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	18	19	B.1.1.519	0.000715
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	13	16	AY.3	0.000129
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	15	15	B.1.258.17	0.00156
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	14	14	B.1.621	0.001239
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	12	14	Q.8	0.001979
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	13	13	B.1.160	0.000405
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	13	13	B.1.429	0.000306
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	12	12	AY.106	0.004019
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	12	12	AY.20	0.000466
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	11	12	AY.26	0.000311
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	12	12	AY.34	0.001164
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	9	11	AY.9.2	0.000331
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	10	10	AY.102	0.000265
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	10	10	AY.98	0.00079
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	8	10	B.1.617.1	0.001032
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	10	10	P.1.7	0.003193
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	9	9	B.1.1.214	0.000499
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	9	9	B.1.221	0.000639
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	8	8	B.1.1.222	0.001632
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	8	B.1.1.279	0.004484
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	7	8	B.1.177.21	0.000535
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	8	B.1.351	0.000059
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	7	7	AY.13	0.001127
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	5	7	AY.4.2	0.000108
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	6	7	AY.46.6	0.000433
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	7	7	AY.93	0.001912
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	6	7	B.1.243	0.000418
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	6	AY.117	0.000169
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	5	6	AY.14	0.00044
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	6	6	AY.33	0.000401
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	5	6	B.1.1.306	0.002192
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	6	6	B.1.177.79	0.014052
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	6	6	B.1.234	0.000792
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	5	6	B.1.369	0.001426
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	6	6	B.1.427	0.000303
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	6	6	B.1.619.1	0.003849
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	5	AY.54	0.000381
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	5	5	AY.57	0.003281
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	5	AY.61	0.000419
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	5	5	AY.7	0.00098
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	5	5	B.1.1.316	0.004625
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	5	5	B.1.177.82	0.002387
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	4		0.111111
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	4	AU.1	0.005063
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	4	AY.118	0.000188
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	4	AY.120	0.000112
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	4	AY.21	0.00759
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	4	AY.35	0.000932
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	4	AY.45	0.000365
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	4	B	0.000511
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	4	B.1.1.284	0.00043
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	4	B.1.1.318	0.001207
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	4	B.1.1.333	0.004306
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	4	B.1.281	0.086957
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	4	B.1.409	0.002344
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	4	B.1.575	0.001214
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	4	4	D.2	0.0003
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	4	P.1.15	0.000697
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	A.2.5	0.001497
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	AY.100	0.000138
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	AY.110	0.000338
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	AY.15	0.006667
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	AY.16.1	0.00141
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	3	AY.23.1	0.000835
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	AY.46.5	0.000595
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	AY.62	0.001307
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	3	AY.94	0.000885
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	B.1.1.1	0.00098
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	B.1.1.176	0.001318
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	B.1.1.39	0.001529
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	B.1.160.7	0.006237
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	3	B.1.240	0.000431
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	B.1.471	0.008197
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	B.1.617.3	0.008955
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	3	3	B.1.621.1	0.001517
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	3	P.1.14	0.000048
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	A	0.000774
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	A.2.5.2	0.001572
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	AY.105	0.001286
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	AY.113	0.000142
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	AY.42	0.00008
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	AY.68	0.000274
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	AY.69	0.000373
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	AY.7.2	0.001119
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	AY.84	0.000875
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	AY.98.1	0.000048
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.1.198	0.002937
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.1.273	0.013514
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.1.326	0.003521
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.111	0.00235
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.1.160.11	0.005714
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.160.22	0.013514
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.177.86	0.000367
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.206	0.001631
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.258	0.000133
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.1.3	0.002618
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.1.438.1	0.000107
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.525	0.000226
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.576	0.001813
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.1.582	0.000491
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.623	0.001073
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.627	0.00404
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.3	0.000831
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.4.7	0.010101
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.40	0.000364
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	D.5	0.00995
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	A.2	0.000662
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.111	0.000183
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.16	0.00038
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.29	0.000016
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.30	0.000396
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.36	0.000148
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.37	0.000316
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.46	0.000104
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.48	0.000465
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.55	0.000917
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.6	0.000041
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.63	0.000387
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.67	0.000464
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.70	0.000209
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.76	0.004831
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.77	0.001127
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.82	0.001357
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.86	0.00083
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.91	0.00073
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.92	0.000287
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.96	0.002075
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.180	0.010753
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.186	0.003436
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.204	0.00304
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.274	0.005051
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.297	0.002237
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.419	0.007407
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.54	0.003021
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.1.58	0.005376
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.13	0.002375
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.160.15	0.00495
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.53	0.002392
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.232	0.000537
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.235	0.002519
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.258.2	0.004505
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.279	0.000514
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.470	0.001404
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.497	0.000315
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.536	0.02381
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.547	0.02439
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.565	0.00081
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.577	0.000687
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.619	0.000871
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.628	0.000352
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.6	0.00091
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	C.1.2	0.004255
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	C.36	0.000911
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	G.1	0.041667
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	P.2	0.000187
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	Q.4	0.000455
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	Q.5	0.016949
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	Q.7	0.001111
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.