CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 61

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF6	61	D61D		syn	gaT	gaC	23928	23928	1	27382-27384
ORF6	61	D61L		nonsyn	GAT	CTC	8605	7993	0.928879	27382-27384
ORF6	61	D61L		nonsyn	GAt	CTt	8605	612	0.0711214	27382-27384
ORF6	61	D61Y		nonsyn	Gat	Tat	1903	1892	0.99422	27382-27384
ORF6	61	D61Y		nonsyn	GaT	TaC	1903	11	0.00578035	27382-27384
ORF6	61	D61H		nonsyn	Gat	Cat	1473	1362	0.924644	27382-27384
ORF6	61	D61H		nonsyn	GaT	CaC	1473	111	0.0753564	27382-27384
ORF6	61	D61del		del	GAT	---	547	547	1	27382-27384
ORF6	61	D61G		nonsyn	gAt	gGt	432	431	0.997685	27382-27384
ORF6	61	D61G		nonsyn	gAT	gGC	432	1	0.00231481	27382-27384
ORF6	61	D61N		nonsyn	Gat	Aat	362	358	0.98895	27382-27384
ORF6	61	D61N		nonsyn	GaT	AaC	362	4	0.0110497	27382-27384
ORF6	61	D61V		nonsyn	gAt	gTt	355	213	0.6	27382-27384
ORF6	61	D61V		nonsyn	gAT	gTC	355	137	0.385915	27382-27384
ORF6	61	D61V		nonsyn	gAT	gTA	355	5	0.0140845	27382-27384
ORF6	61	D61C		nonsyn	GAt	TGt	253	246	0.972332	27382-27384
ORF6	61	D61C		nonsyn	GAT	TGC	253	7	0.027668	27382-27384
ORF6	61	D61del1		del	Gat	-at	147	104	0.707483	27382-27384
ORF6	61	D61del1		del	gaT	ga-	147	35	0.238095	27382-27384
ORF6	61	D61del1		del	gAt	g-t	147	3	0.0204082	27382-27384
ORF6	61	D61del1		del	gAT	g-N	147	2	0.0136054	27382-27384
ORF6	61	D61del1		del	GAt	-Ct	147	2	0.0136054	27382-27384
ORF6	61	D61del1		del	GAT	-TN	147	1	0.00680272	27382-27384
ORF6	61	D61del2		del	gAT	g--	86	83	0.965116	27382-27384
ORF6	61	D61del2		del	GAT	--N	86	2	0.0232558	27382-27384
ORF6	61	D61del2		del	GAT	--C	86	1	0.0116279	27382-27384
ORF6	61	D61A		nonsyn	gAT	gCC	75	40	0.533333	27382-27384
ORF6	61	D61A		nonsyn	gAt	gCt	75	34	0.453333	27382-27384
ORF6	61	D61A		nonsyn	gAT	gCG	75	1	0.0133333	27382-27384
ORF6	61	D61E		nonsyn	gaT	gaA	47	27	0.574468	27382-27384
ORF6	61	D61E		nonsyn	gaT	gaG	47	20	0.425532	27382-27384
ORF6	61	D61F		nonsyn	GAT	TTC	11	7	0.636364	27382-27384
ORF6	61	D61F		nonsyn	GAt	TTt	11	4	0.363636	27382-27384
ORF6	61	D61S		nonsyn	GAt	TCt	10	9	0.9	27382-27384
ORF6	61	D61S		nonsyn	GAT	TCC	10	1	0.1	27382-27384
ORF6	61	D61P		nonsyn	GAt	CCt	7	4	0.571429	27382-27384
ORF6	61	D61P		nonsyn	GAT	CCC	7	3	0.428571	27382-27384
ORF6	61	D61I		nonsyn	GAt	ATt	6	3	0.5	27382-27384
ORF6	61	D61I		nonsyn	GAT	ATC	6	3	0.5	27382-27384
ORF6	61	D61T		nonsyn	GAt	ACt	5	3	0.6	27382-27384
ORF6	61	D61T		nonsyn	GAT	ACC	5	2	0.4	27382-27384

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	23928	23928	All	0.004577
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	7993	8605	All	0.001529
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	612	8605	All	0.000117
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	5462	5462	B.1.1.7	0.00489
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	5031	5107	B.1.1.7	0.004504
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	76	5107	B.1.1.7	0.000068
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1892	1903	All	0.000362
ORF6	61	D61Y	GaT	TaC	11	1903	All	0.000002
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1691	1691	AY.4	0.002632
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1525	1525	B.1.2	0.013428
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1362	1473	All	0.00026
ORF6	61	D61H	GaT	CaC	111	1473	All	0.000021
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	785	785	AU.1	0.993671
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	721	721	AY.25	0.004337
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	720	720	B.1.526	0.016923
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	395	550	AY.43	0.00175
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	155	550	AY.43	0.000687
ORF6	61	D61del	GAT	---	547	547	All	0.000105
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	518	518	B.1	0.004745
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	444	444	AY.15	0.986667
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	436	442	B.1.1.7	0.00039
ORF6	61	D61Y	GaT	TaC	6	442	B.1.1.7	0.000005
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	437	437	B.1.617.2	0.001645
ORF6	61	D61G	gAt	gGt	431	432	All	0.000082
ORF6	61	D61G	gAT	gGC	1	432	All	0
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	422	422	B.1.637	0.030837
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	404	404	B.1.574	0.868817
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	386	386	B.1.1.214	0.021406
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	363	363	AY.44	0.002209
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	358	362	All	0.000068
ORF6	61	D61N	GaT	AaC	4	362	All	0.000001
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	359	359	B.1.177	0.004727
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	213	355	All	0.000041
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	137	355	All	0.000026
ORF6	61	D61V	gAT	gTA	5	355	All	0.000001
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	347	350	B.1.617.2	0.001307
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	3	350	B.1.617.2	0.000011
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	333	333	P.1	0.005246
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	329	329	AY.43	0.001458
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	322	322	B.1.617.3	0.961194
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	302	304	AY.44	0.001838
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	2	304	AY.44	0.000012
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	301	301	B.1.1	0.00546
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	294	298	B.1.177	0.003871
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	4	298	B.1.177	0.000053
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	294	294	AZ.4	0.986577
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	283	283	B.1.429	0.006659
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	282	282	B.1.177.21	0.021565
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	278	278	B.1.177.86	0.051
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	267	267	B.1.160	0.008327
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	257	257	B.1.177.82	0.122673
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	246	253	All	0.000047
ORF6	61	D61C	GAT	TGC	7	253	All	0.000001
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	245	247	AY.75	0.013725
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	2	247	AY.75	0.000112
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	240	240	AY.7	0.04704
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	222	239	AY.4	0.000346
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	17	239	AY.4	0.000026
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	229	229	B.1.1.46	1
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	226	226	AY.103	0.001403
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	213	213	B.1.177.54	0.129169
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	208	208	B.1.438.1	0.02231
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	206	206	AY.26	0.005832
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	154	181	B.1.1.7	0.000138
ORF6	61	D61H	GaT	CaC	27	181	B.1.1.7	0.000024
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	172	172	AY.27	0.011132
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	169	169	AY.44	0.001029
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	166	166	B.1.214.2	0.09952
ORF6	61	D61G	gAt	gGt	156	156	B.1.2	0.001374
ORF6	61	D61del1	Gat	-at	104	147	All	0.00002
ORF6	61	D61del1	gaT	ga-	35	147	All	0.000007
ORF6	61	D61del1	gAt	g-t	3	147	All	0.000001
ORF6	61	D61del1	GAt	-Ct	2	147	All	0
ORF6	61	D61del1	gAT	g-N	2	147	All	0
ORF6	61	D61del1	GAT	-TN	1	147	All	0
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	146	146	B.1.1.519	0.005798
ORF6	61	D61del	GAT	---	141	141	AY.4	0.000219
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	139	139	B.1.258.17	0.014452
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	138	138	W.2	0.666667
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	133	133	AY.39	0.003287
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	124	124	B.1.1.7	0.000111
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	121	121	B.1.1.273	0.817568
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	112	113	AY.68	0.03066
ORF6	61	D61H	GaT	CaC	1	113	AY.68	0.000274
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	112	112	B.1.221	0.007956
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	102	102	B.1.351	0.003032
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	100	101	AY.5	0.002065
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	1	101	AY.5	0.000021
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	100	100	B.1.575	0.03034
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	97	97	P.1.14	0.004637
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	92	92	AY.9.2	0.003379
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	60	92	B.1.1.7	0.000054
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	32	92	B.1.1.7	0.000029
ORF6	61	D61del	GAT	---	90	90	B.1.1.7	0.000081
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	74	87	AY.4	0.000115
ORF6	61	D61H	GaT	CaC	13	87	AY.4	0.00002
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	86	87	B.1.617.2	0.000324
ORF6	61	D61Y	GaT	TaC	1	87	B.1.617.2	0.000004
ORF6	61	D61del2	gAT	g--	83	86	All	0.000016
ORF6	61	D61del2	GAT	--N	2	86	All	0
ORF6	61	D61del2	GAT	--C	1	86	All	0
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	86	86	AY.25	0.000517
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	86	86	B.1.234	0.011347
ORF6	61	D61del1	Gat	-at	83	83	B.1.214.2	0.04976
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	80	80	B.1.243	0.005567
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	80	80	D.5	0.39801
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	78	78	B.1.525	0.008827
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	60	78	C.37	0.006964
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	18	78	C.37	0.002089
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	77	77	B.1.621	0.006816
ORF6	61	D61A	gAT	gCC	40	75	All	0.000008
ORF6	61	D61A	gAt	gCt	34	75	All	0.000007
ORF6	61	D61A	gAT	gCG	1	75	All	0
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	75	75	AY.13	0.012073
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	75	75	AY.44	0.000457
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	71	75	B.1.2	0.000625
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	4	75	B.1.2	0.000035
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	75	75	B.1.517	0.032024
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	73	73	AY.3	0.000726
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	73	73	AY.35	0.017012
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	72	72	B.1.1.7	0.000064
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	69	71	AY.25	0.000415
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	2	71	AY.25	0.000012
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	70	70	AY.39.1	0.002773
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	69	69	B.1.36	0.010067
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	68	68	B.1.596	0.005925
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	66	67	B.1.617.2	0.000249
ORF6	61	D61H	GaT	CaC	1	67	B.1.617.2	0.000004
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	66	66	AY.4	0.000103
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	66	66	AY.47	0.002053
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	64	64	AY.103	0.000397
ORF6	61	D61del	GAT	---	63	63	B.1.1	0.001143
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	61	61	B.1.258	0.004059
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	60	60	B.1.427	0.00303
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	47	58	B.1	0.00043
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	11	58	B.1	0.000101
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	58	58	B.1.1.432	0.073418
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	56	57	B.1.1	0.001016
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	1	57	B.1.1	0.000018
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	57	57	B.1.36.29	0.029488
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	56	56	A.1	0.015784
ORF6	61	D61G	gAt	gGt	56	56	B.1.1.7	0.00005
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	55	55	B.1	0.000504
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	55	55	C.37	0.006383
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	54	54	B.1.617.1	0.006964
ORF6	61	D61A	gAT	gCC	33	52	B.1.1.7	0.00003
ORF6	61	D61A	gAt	gCt	19	52	B.1.1.7	0.000017
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	52	52	B.4.4	0.981132
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	51	51	B.1.526	0.001199
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	48	48	B.1.2	0.000423
ORF6	61	D61E	gaT	gaA	27	47	All	0.000005
ORF6	61	D61E	gaT	gaG	20	47	All	0.000004
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	46	46	AY.29	0.000726
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	46	46	AY.4.2	0.000998
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	46	46	B.1.1.222	0.009384
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	46	46	B.1.436	0.047325
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ORF6	61	D61H	Gat	Cat	4	8	B.1.1.279	0.004484
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	8	8	B.1.1.435	0.275862
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	7	8	B.1.177.21	0.000535
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ORF6	61	D61del	GAT	---	8	8	B.1.526	0.000188
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ORF6	61	D61L	GAt	CTt	1	5	AY.61	0.000105
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ORF6	61	D61D	gaT	gaC	5	5	B.1.160.28	0.01462
ORF6	61	D61del	GAT	---	5	5	B.1.177	0.000066
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ORF6	61	D61H	Gat	Cat	2	2	B.1.311	0.000549
ORF6	61	D61del	GAT	---	2	2	B.1.311	0.000549
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	2	2	B.1.346	0.002621
ORF6	61	D61del	GAT	---	2	2	B.1.36	0.000292
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	2	B.1.369	0.000285
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	2	B.1.369	0.000285
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	2	2	B.1.375	0.001639
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.396	0.001411
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.427	0.000101
ORF6	61	D61E	gaT	gaG	2	2	B.1.428	0.002041
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.1.438.1	0.000107
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	2	B.1.438.1	0.000107
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	2	B.1.438.1	0.000107
ORF6	61	D61H	GaT	CaC	1	2	B.1.438.1	0.000107
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	1	2	B.1.438.1	0.000107
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	2	B.1.438.1	0.000107
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	2	2	B.1.456	0.006536
ORF6	61	D61Y	GaT	TaC	1	2	B.1.466.2	0.000391
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	2	B.1.466.2	0.000391
ORF6	61	D61F	GAt	TTt	1	2	B.1.466.2	0.000391
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	2	B.1.466.2	0.000391
ORF6	61	D61F	GAT	TTC	1	2	B.1.466.2	0.000391
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	2	B.1.466.2	0.000391
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	2	2	B.1.509	0.001732
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.516	0.003914
ORF6	61	D61del	GAT	---	2	2	B.1.525	0.000226
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.525	0.000226
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	2	B.1.526	0.000024
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	2	B.1.526	0.000024
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	2	2	B.1.558	0.009132
ORF6	61	D61del	GAT	---	2	2	B.1.564	0.000852
ORF6	61	D61C	GAT	TGC	1	2	B.1.575	0.000303
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	1	2	B.1.575	0.000303
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.576	0.001813
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	1	2	B.1.582	0.000491
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	2	B.1.582	0.000491
ORF6	61	D61H	GaT	CaC	1	2	B.1.582	0.000491
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	2	B.1.582	0.000491
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.1.582	0.000491
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	2	B.1.582	0.000491
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.1.600	0.011696
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	2	B.1.617.1	0.000129
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	2	B.1.617.1	0.000129
ORF6	61	D61del1	gAT	g-N	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF6	61	D61del1	gaT	ga-	2	2	B.1.617.3	0.00597
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.623	0.001073
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	B.1.627	0.00404
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	2	2	B.1.637	0.000146
ORF6	61	D61F	GAT	TTC	1	2	B.1.637	0.000073
ORF6	61	D61F	GAt	TTt	1	2	B.1.637	0.000073
ORF6	61	D61P	GAt	CCt	1	2	B.1.637	0.000073
ORF6	61	D61P	GAT	CCC	1	2	B.1.637	0.000073
ORF6	61	D61S	GAt	TCt	1	2	B.1.637	0.000073
ORF6	61	D61S	GAT	TCC	1	2	B.1.637	0.000073
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.3	0.000831
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	2	B.3	0.000831
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	2	B.3	0.000831
ORF6	61	D61H	GaT	CaC	1	2	B.3	0.000831
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	1	2	B.3	0.000831
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	2	B.3	0.000831
ORF6	61	D61H	GaT	CaC	1	2	B.4.7	0.010101
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	2	B.4.7	0.010101
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.4.7	0.010101
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	1	2	B.4.7	0.010101
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	2	B.4.7	0.010101
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	2	B.4.7	0.010101
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	2	B.40	0.000364
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	2	B.40	0.000364
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	2	B.40	0.000364
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ORF6	61	D61L	GAt	CTt	1	2	B.40	0.000364
ORF6	61	D61H	GaT	CaC	1	2	B.40	0.000364
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	B.6	0.00182
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ORF6	61	D61D	gaT	gaC	2	2	C.14	0.008658
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ORF6	61	D61C	GAt	TGt	2	2	C.36.3	0.001134
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	2	2	C.37	0.000232
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	2	2	C.37.1	0.005236
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	D.2	0.00015
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	2	2	D.5	0.00995
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	2	2	L.3	0.007092
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ORF6	61	D61D	gaT	gaC	2	2	N.9	0.011905
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	2	2	P.1	0.000032
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ORF6	61	D61D	gaT	gaC	2	2	P.1.10	0.000539
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	2	2	P.1.12	0.000968
ORF6	61	D61V	gAT	gTA	1	2	P.1.12	0.000484
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	2	2	P.1.14	0.000096
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	2	P.1.15	0.000232
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ORF6	61	D61H	Gat	Cat	2	2	P.1.2	0.002312
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	2	P.2	0.000187
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ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	2	Q.1	0.000126
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ORF6	61	D61C	GAt	TGt	2	2	Q.8	0.00033
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	A	0.000387
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	A.2	0.000662
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ORF6	61	D61del2	gAT	g--	1	1	A.28	0.002646
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	A.28	0.002646
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ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	AM.4	0.003571
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ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	AY.1	0.000396
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ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	AY.10	0.00053
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ORF6	61	D61del1	Gat	-at	1	1	AY.101	0.00049
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ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	AY.106	0.000335
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.110	0.000113
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ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	AY.113	0.000142
ORF6	61	D61del2	gAT	g--	1	1	AY.113	0.000142
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.115	0.005208
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	1	1	AY.117	0.000085
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	AY.117	0.000085
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	AY.118	0.000063
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	1	1	AY.118	0.000063
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	1	1	AY.119	0.000035
ORF6	61	D61G	gAt	gGt	1	1	AY.119	0.000035
ORF6	61	D61del2	gAT	g--	1	1	AY.119	0.000035
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.12	0.000316
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF6	61	D61E	gaT	gaA	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF6	61	D61L	GAt	CTt	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.121	0.000135
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.14	0.000088
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.16	0.00038
ORF6	61	D61del1	gaT	ga-	1	1	AY.16	0.00038
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	AY.19	0.00114
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	1	1	AY.19	0.00114
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	AY.2	0.000356
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	AY.2	0.000356
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	AY.20	0.000039
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	1	1	AY.20	0.000039
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.23	0.00007
ORF6	61	D61A	gAt	gCt	1	1	AY.23	0.00007
ORF6	61	D61P	GAt	CCt	1	1	AY.25	0.000006
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ORF6	61	D61del1	gaT	ga-	1	1	AY.25	0.000006
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	1	1	AY.26	0.000028
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ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	AY.29	0.000016
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ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF6	61	D61E	gaT	gaG	1	1	AY.3	0.00001
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF6	61	D61A	gAt	gCt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF6	61	D61G	gAT	gGC	1	1	AY.30	0.000396
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	1	1	AY.30	0.000396
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.30	0.000396
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.30	0.000396
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	1	AY.30	0.000396
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	AY.32	0.000532
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.35	0.000233
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	1	1	AY.36	0.000148
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	AY.36	0.000148
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.36	0.000148
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.37	0.000316
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	1	1	AY.37	0.000316
ORF6	61	D61A	gAT	gCC	1	1	AY.4	0.000002
ORF6	61	D61E	gaT	gaG	1	1	AY.4	0.000002
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ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.40	0.000964
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	AY.40	0.000964
ORF6	61	D61E	gaT	gaA	1	1	AY.42	0.00004
ORF6	61	D61E	gaT	gaG	1	1	AY.43	0.000004
ORF6	61	D61E	gaT	gaG	1	1	AY.44	0.000006
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	1	1	AY.44	0.000006
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	1	1	AY.45	0.000122
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.45	0.000122
ORF6	61	D61G	gAt	gGt	1	1	AY.45	0.000122
ORF6	61	D61del2	gAT	g--	1	1	AY.46	0.000104
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	1	1	AY.46	0.000104
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.46	0.000104
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	AY.46	0.000104
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.46	0.000104
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	AY.46.2	0.000635
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ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF6	61	D61E	gaT	gaG	1	1	AY.47	0.000031
ORF6	61	D61C	GAt	TGt	1	1	AY.47	0.000031
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ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	AY.99	0.001049
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ORF6	61	D61del2	gAT	g--	1	1	AZ.5	0.003509
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.186	0.003436
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ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	B.1.1.33	0.000421
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.1.8	0.003584
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.83	0.00271
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.1.89	0.006061
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.111	0.001175
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	B.1.117	0.0125
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.13	0.002375
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.13	0.002375
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.146	0.004237
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	B.1.158	0.02381
ORF6	61	D61G	gAt	gGt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	1	1	B.1.160	0.000031
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.160.11	0.005714
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.160.15	0.00495
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.160.29	0.004219
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.160.8	0.001289
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	B.1.161	0.017241
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.164	0.014925
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.170	0.00431
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	1	1	B.1.177	0.000013
ORF6	61	D61F	GAT	TTC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.20	0.001517
ORF6	61	D61I	GAt	ATt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF6	61	D61del2	gAT	g--	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.50	0.004695
ORF6	61	D61G	gAt	gGt	1	1	B.1.177.52	0.001757
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.53	0.002392
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.53	0.002392
ORF6	61	D61H	GaT	CaC	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF6	61	D61V	gAT	gTC	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF6	61	D61A	gAt	gCt	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.74	0.015152
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.76	0.002494
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF6	61	D61A	gAt	gCt	1	1	B.1.2	0.000009
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.22	0.001318
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ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	B.1.234	0.000132
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ORF6	61	D61del1	gaT	ga-	1	1	B.1.247	0.014925
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.375	0.00082
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.391	0.001127
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ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	B.1.429	0.000024
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ORF6	61	D61F	GAT	TTC	1	1	B.1.433	0.003195
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ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.578	0.017857
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	B.1.585	0.027778
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	B.1.595	0.000261
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ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.600	0.005848
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.602	0.006536
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.605	0.005952
ORF6	61	D61del1	gAt	g-t	1	1	B.1.617.1	0.000129
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.625	0.002353
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ORF6	61	D61C	GAt	TGt	1	1	B.1.627	0.00202
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	B.1.627	0.00202
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	B.1.628	0.000352
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.630	0.005236
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.633	0.041667
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.1.636	0.006711
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.76	0.011364
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	B.1.9	0.006173
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	B.30	0.014706
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	C.26	0.007353
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ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	C.35	0.000774
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	1	C.35	0.000774
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	C.36	0.000911
ORF6	61	D61E	gaT	gaA	1	1	C.37	0.000116
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ORF6	61	D61E	gaT	gaA	1	1	D.2	0.000075
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	G.1	0.041667
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	N.9	0.005952
ORF6	61	D61G	gAt	gGt	1	1	P.1	0.000016
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	P.1.10.1	0.00813
ORF6	61	D61E	gaT	gaA	1	1	P.1.12	0.000484
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	P.1.14	0.000048
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	P.1.14	0.000048
ORF6	61	D61Y	Gat	Tat	1	1	P.1.15	0.000232
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	1	P.1.16	0.000374
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	P.1.16	0.000374
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	P.1.6	0.001946
ORF6	61	D61N	Gat	Aat	1	1	P.2	0.000187
ORF6	61	D61E	gaT	gaA	1	1	P.2	0.000187
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	P.2	0.000187
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	P.6	0.003145
ORF6	61	D61V	gAt	gTt	1	1	P.7	0.004367
ORF6	61	D61del	GAT	---	1	1	P.7	0.004367
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	P.7	0.004367
ORF6	61	D61A	gAT	gCC	1	1	Q.1	0.000126
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	Q.4	0.000455
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	Q.5	0.016949
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	Q.7	0.001111
ORF6	61	D61del2	gAT	g--	1	1	Q.8	0.000165
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	Q.8	0.000165
ORF6	61	D61G	gAt	gGt	1	1	Q.8	0.000165
ORF6	61	D61H	Gat	Cat	1	1	R.1	0.00009
ORF6	61	D61L	GAT	CTC	1	1	R.1	0.00009
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	W.3	0.005263
ORF6	61	D61D	gaT	gaC	1	1	Y.1	0.012821

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.