CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 49

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF649Y49HnonsynTatCat250024970.998827346-27348
ORF649Y49HnonsynTaTCaC250030.001227346-27348
ORF649Y49YsyntaTtaC435435127346-27348
ORF649Y49CnonsyntAttGt431431127346-27348
ORF649Y49deldelTAT---198198127346-27348
ORF649Y49NnonsynTatAat1751730.98857127346-27348
ORF649Y49NnonsynTaTAaC17520.011428627346-27348
ORF649Y49FnonsyntAttTt103103127346-27348
ORF649Y49XnonsyntaTtaA49340.69387827346-27348
ORF649Y49XnonsyntaTtaG49150.30612227346-27348
ORF649Y49KnonsynTaTAaA1414127346-27348
ORF649Y49SnonsyntAttCt66127346-27348
ORF649Y49del1deltAtt-t310.33333327346-27348
ORF649Y49del1delTat-at310.33333327346-27348
ORF649Y49del1deltATtG-310.33333327346-27348
ORF649Y49DnonsynTatGat22127346-27348
ORF649Y49del2deltATt--210.527346-27348
ORF649Y49del2delTAt--t210.527346-27348
ORF649Y49TnonsynTATACC11127346-27348

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF649Y49HTatCat24972500All0.000478
ORF649Y49HTaTCaC32500All0.000001
ORF649Y49HTatCat895895AY.40.001393
ORF649Y49HTatCat460460AY.770.518602
ORF649Y49YtaTtaC435435All0.000083
ORF649Y49CtAttGt431431All0.000082
ORF649Y49HTatCat291291B.1.1.70.000261
ORF649Y49delTAT---198198All0.000038
ORF649Y49NTatAat173175All0.000033
ORF649Y49NTaTAaC2175All0
ORF649Y49HTatCat166166AY.30.001651
ORF649Y49CtAttGt144144B.1.1.70.000129
ORF649Y49HTatCat121121B.1.617.20.000456
ORF649Y49delTAT---116116AY.40.000181
ORF649Y49YtaTtaC106106B.1.2580.007054
ORF649Y49FtAttTt103103All0.00002
ORF649Y49NTatAat9696B.1.177.210.007341
ORF649Y49YtaTtaC7070B.1.1.70.000063
ORF649Y49CtAttGt6060AY.40.000093
ORF649Y49FtAttTt5656AY.30.000557
ORF649Y49XtaTtaA3449All0.000007
ORF649Y49XtaTtaG1549All0.000003
ORF649Y49NTatAat4747C.36.30.026659
ORF649Y49HTatCat4646AY.460.004788
ORF649Y49CtAttGt3737B.1.20.000326
ORF649Y49YtaTtaC3636AY.470.00112
ORF649Y49HTatCat3232AY.250.000192
ORF649Y49YtaTtaC3131B.1.10.000562
ORF649Y49CtAttGt3030B.10.000275
ORF649Y49HTatCat2929AY.440.000177
ORF649Y49HTatCat2525AY.1010.012261
ORF649Y49XtaTtaA2424B.1.6370.001754
ORF649Y49YtaTtaC2323AY.30.000229
ORF649Y49HTatCat2323AY.430.000102
ORF649Y49HTatCat2323B.1.20.000203
ORF649Y49HTatCat2222AY.75.10.003967
ORF649Y49HTatCat2222B.1.1770.00029
ORF649Y49FtAttTt2121AY.880.018568
ORF649Y49YtaTtaC2020B.1.1770.000263
ORF649Y49HTatCat1919AY.1020.000504
ORF649Y49YtaTtaC1717AY.40.000026
ORF649Y49HTatCat1616AY.9.20.000588
ORF649Y49NTatAat1515B.1.1.70.000013
ORF649Y49KTaTAaA1414All0.000003
ORF649Y49HTatCat1414AY.1000.000644
ORF649Y49CtAttGt1414AY.30.000139
ORF649Y49YtaTtaC1414B.10.000128
ORF649Y49KTaTAaA1414B.1.177.210.001071
ORF649Y49YtaTtaC1313AY.430.000058
ORF649Y49HTatCat1213B.10.00011
ORF649Y49HTaTCaC113B.10.000009
ORF649Y49HTatCat1313P.10.000205
ORF649Y49CtAttGt1212AY.430.000053
ORF649Y49FtAttTt1212B.1.1600.000374
ORF649Y49HTatCat1111B.1.1.5190.000437
ORF649Y49HTatCat1111B.1.5250.001245
ORF649Y49HTatCat1010AY.1030.000062
ORF649Y49HTatCat1010B.1.360.001459
ORF649Y49YtaTtaC1010P.10.000158
ORF649Y49HTatCat99AY.29.10.001985
ORF649Y49CtAttGt99AY.440.000055
ORF649Y49HTatCat99B.1.1.2160.008014
ORF649Y49YtaTtaC99B.1.1.2690.012179
ORF649Y49delTAT---99B.1.1.70.000008
ORF649Y49CtAttGt99B.1.1770.000119
ORF649Y49delTAT---99B.1.617.20.000034
ORF649Y49HTatCat88AY.1140.001849
ORF649Y49delTAT---88AY.770.009019
ORF649Y49HTatCat88B.1.1.4340.002788
ORF649Y49CtAttGt88B.1.5260.000188
ORF649Y49HTatCat77AY.200.000272
ORF649Y49HTatCat77AY.260.000198
ORF649Y49HTatCat77AY.290.00011
ORF649Y49YtaTtaC77AY.50.000145
ORF649Y49CtAttGt77B.1.1.3440.075269
ORF649Y49XtaTtaA77B.1.177.210.000535
ORF649Y49HTatCat77B.1.5260.000165
ORF649Y49CtAttGt77B.1.617.10.000903
ORF649Y49HTatCat77Q.10.000884
ORF649Y49NTatAat460.222222
ORF649Y49NTaTAaC260.111111
ORF649Y49StAttCt66All0.000001
ORF649Y49CtAttGt66AY.1030.000037
ORF649Y49CtAttGt66AY.250.000036
ORF649Y49HTatCat66AY.390.000148
ORF649Y49CtAttGt66AY.470.000187
ORF649Y49HTatCat66B.1.10.000109
ORF649Y49CtAttGt66B.1.10.000109
ORF649Y49HTatCat66B.1.1600.000187
ORF649Y49YtaTtaC66B.1.2430.000418
ORF649Y49HTatCat55AY.1130.000712
ORF649Y49delTAT---55AY.390.000124
ORF649Y49YtaTtaC55AY.440.00003
ORF649Y49HTatCat55AY.670.002321
ORF649Y49HTatCat55AY.9.10.000419
ORF649Y49FtAttTt55B.10.000046
ORF649Y49HTatCat55B.1.1.1530.005476
ORF649Y49YtaTtaC55B.1.1.1940.024752
ORF649Y49CtAttGt55B.1.2210.000355
ORF649Y49CtAttGt55B.1.617.20.000019
ORF649Y49StAttCt55B.1.6190.004355
ORF649Y49HTatCat55R.10.00045
ORF649Y49HTatCat44A0.001548
ORF649Y49YtaTtaC44AY.130.000644
ORF649Y49HTatCat44AY.4.40.001637
ORF649Y49delTAT---44AY.430.000018
ORF649Y49HTatCat44AY.450.000487
ORF649Y49HTatCat44AY.470.000124
ORF649Y49YtaTtaC44AY.5.40.001107
ORF649Y49CtAttGt44B.1.1.4860.006309
ORF649Y49HTatCat44B.1.5960.000349
ORF649Y49del1Tat-at13All0
ORF649Y49del1tAtt-t13All0
ORF649Y49del1tATtG-13All0
ORF649Y49delTAT---33AY.1020.00008
ORF649Y49YtaTtaC33AY.1020.00008
ORF649Y49YtaTtaC33AY.1030.000019
ORF649Y49XtaTtaG33AY.1130.000427
ORF649Y49delTAT---33AY.1180.000188
ORF649Y49HTatCat33AY.1190.000106
ORF649Y49HTatCat33AY.1200.000112
ORF649Y49HTatCat33AY.3.10.000256
ORF649Y49HTatCat33AY.330.0002
ORF649Y49delTAT---33AY.420.000121
ORF649Y49delTAT---33AY.440.000018
ORF649Y49HTatCat33AY.46.50.000595
ORF649Y49HTatCat33AY.46.60.000217
ORF649Y49HTatCat33AY.590.001589
ORF649Y49HTatCat33AY.750.000168
ORF649Y49YtaTtaC33AY.750.000168
ORF649Y49YtaTtaC33AY.860.00249
ORF649Y49XtaTtaG23B.10.000018
ORF649Y49XtaTtaA13B.10.000009
ORF649Y49YtaTtaC33B.1.1110.003525
ORF649Y49HTaTCaC220.111111
ORF649Y49DTatGat22All0
ORF649Y49del2tATt--12All0
ORF649Y49del2TAt--t12All0
ORF649Y49HTatCat22AY.10.000791
ORF649Y49YtaTtaC22AY.1000.000092
ORF649Y49CtAttGt22AY.1020.000053
ORF649Y49delTAT---22AY.1030.000012
ORF649Y49HTatCat22AY.1180.000125
ORF649Y49delTAT---22AY.1190.000071
ORF649Y49CtAttGt22AY.1190.000071
ORF649Y49CtAttGt22AY.160.000759
ORF649Y49CtAttGt22AY.170.016393
ORF649Y49HTatCat22AY.230.000139
ORF649Y49YtaTtaC22AY.230.000139
ORF649Y49NTatAat22AY.250.000012
ORF649Y49YtaTtaC22AY.290.000032
ORF649Y49delTAT---22AY.30.00002
ORF649Y49CtAttGt22AY.360.000296
ORF649Y49CtAttGt22AY.390.000049
ORF649Y49CtAttGt22AY.39.10.000079
ORF649Y49CtAttGt22AY.4.20.000043
ORF649Y49CtAttGt22AY.4.40.000818
ORF649Y49XtaTtaA12AY.430.000004
ORF649Y49XtaTtaG12AY.430.000004
ORF649Y49FtAttTt22AY.440.000012
ORF649Y49HTatCat22AY.46.10.002053
ORF649Y49HTatCat22AY.50.000041
ORF649Y49HTatCat22AY.60.000082
ORF649Y49HTatCat22AY.660.002139
ORF649Y49HTatCat22AY.730.001331
ORF649Y49HTatCat22AY.99.20.000184
ORF649Y49NTatAat22B.10.000018
ORF649Y49XtaTtaG22B.1.1.70.000002
ORF649Y49HTatCat22B.1.160.80.002577
ORF649Y49CtAttGt22B.1.177.820.000955
ORF649Y49YtaTtaC22B.1.2320.001075
ORF649Y49CtAttGt22B.1.2340.000264
ORF649Y49YtaTtaC22B.1.258.170.000208
ORF649Y49CtAttGt22B.1.258.180.2
ORF649Y49HTatCat22B.1.36.290.001035
ORF649Y49CtAttGt22B.1.36.340.042553
ORF649Y49HTatCat22B.1.5230.004902
ORF649Y49delTAT---22B.1.5250.000226
ORF649Y49YtaTtaC22B.1.5260.000047
ORF649Y49delTAT---22B.1.5260.000047
ORF649Y49XtaTtaG22B.1.5960.000174
ORF649Y49YtaTtaC22B.1.617.20.000008
ORF649Y49FtAttTt22B.1.617.20.000008
ORF649Y49delTAT---22P.10.000032
ORF649Y49DTatGat11A0.000387
ORF649Y49CtAttGt11A.2.20.001689
ORF649Y49YtaTtaC11A.2.50.000499
ORF649Y49HTatCat11A.2.5.20.001572
ORF649Y49TTATACC11All0
ORF649Y49HTatCat11AT.10.005128
ORF649Y49delTAT---11AY.1000.000046
ORF649Y49del1tATtG-11AY.1030.000006
ORF649Y49HTatCat11AY.1050.000643
ORF649Y49delTAT---11AY.1060.000335
ORF649Y49HTatCat11AY.1110.000183
ORF649Y49CtAttGt11AY.1110.000183
ORF649Y49delTAT---11AY.1130.000142
ORF649Y49CtAttGt11AY.116.10.000311
ORF649Y49FtAttTt11AY.1170.000085
ORF649Y49HTatCat11AY.1170.000085
ORF649Y49delTAT---11AY.1170.000085
ORF649Y49YtaTtaC11AY.1180.000063
ORF649Y49CtAttGt11AY.120.000316
ORF649Y49CtAttGt11AY.1200.000037
ORF649Y49HTatCat11AY.1210.000135
ORF649Y49XtaTtaG11AY.200.000039
ORF649Y49delTAT---11AY.200.000039
ORF649Y49CtAttGt11AY.200.000039
ORF649Y49CtAttGt11AY.230.00007
ORF649Y49CtAttGt11AY.260.000028
ORF649Y49YtaTtaC11AY.270.000065
ORF649Y49delTAT---11AY.270.000065
ORF649Y49HTatCat11AY.280.00189
ORF649Y49delTAT---11AY.290.000016
ORF649Y49YtaTtaC11AY.3.10.000085
ORF649Y49CtAttGt11AY.3.10.000085
ORF649Y49HTatCat11AY.340.000097
ORF649Y49HTatCat11AY.360.000148
ORF649Y49FtAttTt11AY.390.000025
ORF649Y49HTatCat11AY.39.10.00004
ORF649Y49YtaTtaC11AY.39.10.00004
ORF649Y49NTatAat11AY.40.000002
ORF649Y49FtAttTt11AY.40.000002
ORF649Y49XtaTtaA11AY.40.000002
ORF649Y49delTAT---11AY.4.20.000022
ORF649Y49HTatCat11AY.4.20.000022
ORF649Y49del2tATt--11AY.4.30.000842
ORF649Y49CtAttGt11AY.400.000964
ORF649Y49HTatCat11AY.420.00004
ORF649Y49CtAttGt11AY.420.00004
ORF649Y49XtaTtaG11AY.450.000122
ORF649Y49delTAT---11AY.450.000122
ORF649Y49delTAT---11AY.470.000031
ORF649Y49XtaTtaG11AY.50.000021
ORF649Y49HTatCat11AY.5.30.000337
ORF649Y49HTatCat11AY.530.000288
ORF649Y49HTatCat11AY.540.000095
ORF649Y49NTatAat11AY.590.00053
ORF649Y49FtAttTt11AY.60.000041
ORF649Y49YtaTtaC11AY.60.000041
ORF649Y49NTatAat11AY.60.000041
ORF649Y49HTatCat11AY.600.000938
ORF649Y49HTatCat11AY.7.10.000113
ORF649Y49CtAttGt11AY.700.000209
ORF649Y49HTatCat11AY.710.000475
ORF649Y49delTAT---11AY.730.000665
ORF649Y49XtaTtaG11AY.740.000116
ORF649Y49CtAttGt11AY.840.000437
ORF649Y49delTAT---11AY.840.000437
ORF649Y49delTAT---11AY.980.000079
ORF649Y49YtaTtaC11AY.98.10.000048
ORF649Y49CtAttGt11AY.98.10.000048
ORF649Y49delTAT---11AY.990.001049
ORF649Y49CtAttGt11AY.99.20.000092
ORF649Y49delTAT---11B.10.000009
ORF649Y49NTatAat11B.1.10.000018
ORF649Y49YtaTtaC11B.1.1.2140.000055
ORF649Y49CtAttGt11B.1.1.2220.000204
ORF649Y49HTatCat11B.1.1.280.000311
ORF649Y49HTatCat11B.1.1.2840.000107
ORF649Y49HTatCat11B.1.1.2940.001266
ORF649Y49YtaTtaC11B.1.1.3060.000438
ORF649Y49HTatCat11B.1.1.370.000193
ORF649Y49HTatCat11B.1.1.390.00051
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