CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 49

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF6	49	Y49H		nonsyn	Tat	Cat	2500	2497	0.9988	27346-27348
ORF6	49	Y49H		nonsyn	TaT	CaC	2500	3	0.0012	27346-27348
ORF6	49	Y49Y		syn	taT	taC	435	435	1	27346-27348
ORF6	49	Y49C		nonsyn	tAt	tGt	431	431	1	27346-27348
ORF6	49	Y49del		del	TAT	---	198	198	1	27346-27348
ORF6	49	Y49N		nonsyn	Tat	Aat	175	173	0.988571	27346-27348
ORF6	49	Y49N		nonsyn	TaT	AaC	175	2	0.0114286	27346-27348
ORF6	49	Y49F		nonsyn	tAt	tTt	103	103	1	27346-27348
ORF6	49	Y49X		nonsyn	taT	taA	49	34	0.693878	27346-27348
ORF6	49	Y49X		nonsyn	taT	taG	49	15	0.306122	27346-27348
ORF6	49	Y49K		nonsyn	TaT	AaA	14	14	1	27346-27348
ORF6	49	Y49S		nonsyn	tAt	tCt	6	6	1	27346-27348
ORF6	49	Y49del1		del	tAt	t-t	3	1	0.333333	27346-27348
ORF6	49	Y49del1		del	Tat	-at	3	1	0.333333	27346-27348
ORF6	49	Y49del1		del	tAT	tG-	3	1	0.333333	27346-27348
ORF6	49	Y49D		nonsyn	Tat	Gat	2	2	1	27346-27348
ORF6	49	Y49del2		del	tAT	t--	2	1	0.5	27346-27348
ORF6	49	Y49del2		del	TAt	--t	2	1	0.5	27346-27348
ORF6	49	Y49T		nonsyn	TAT	ACC	1	1	1	27346-27348

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2497	2500	All	0.000478
ORF6	49	Y49H	TaT	CaC	3	2500	All	0.000001
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	895	895	AY.4	0.001393
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	460	460	AY.77	0.518602
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	435	435	All	0.000083
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	431	431	All	0.000082
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	291	291	B.1.1.7	0.000261
ORF6	49	Y49del	TAT	---	198	198	All	0.000038
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	173	175	All	0.000033
ORF6	49	Y49N	TaT	AaC	2	175	All	0
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	166	166	AY.3	0.001651
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	144	144	B.1.1.7	0.000129
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	121	121	B.1.617.2	0.000456
ORF6	49	Y49del	TAT	---	116	116	AY.4	0.000181
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	106	106	B.1.258	0.007054
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	103	103	All	0.00002
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	96	96	B.1.177.21	0.007341
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	70	70	B.1.1.7	0.000063
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	60	60	AY.4	0.000093
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	56	56	AY.3	0.000557
ORF6	49	Y49X	taT	taA	34	49	All	0.000007
ORF6	49	Y49X	taT	taG	15	49	All	0.000003
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	47	47	C.36.3	0.026659
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	46	46	AY.46	0.004788
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	37	37	B.1.2	0.000326
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	36	36	AY.47	0.00112
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	32	32	AY.25	0.000192
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	31	31	B.1.1	0.000562
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	30	30	B.1	0.000275
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	29	29	AY.44	0.000177
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	25	25	AY.101	0.012261
ORF6	49	Y49X	taT	taA	24	24	B.1.637	0.001754
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	23	23	AY.3	0.000229
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	23	23	AY.43	0.000102
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	23	23	B.1.2	0.000203
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	22	22	AY.75.1	0.003967
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	22	22	B.1.177	0.00029
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	21	21	AY.88	0.018568
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	20	20	B.1.177	0.000263
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	19	19	AY.102	0.000504
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	17	17	AY.4	0.000026
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	16	16	AY.9.2	0.000588
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF6	49	Y49K	TaT	AaA	14	14	All	0.000003
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	14	14	AY.100	0.000644
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	14	14	AY.3	0.000139
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	14	14	B.1	0.000128
ORF6	49	Y49K	TaT	AaA	14	14	B.1.177.21	0.001071
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	13	13	AY.43	0.000058
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	12	13	B.1	0.00011
ORF6	49	Y49H	TaT	CaC	1	13	B.1	0.000009
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	13	13	P.1	0.000205
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	12	12	AY.43	0.000053
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	12	12	B.1.160	0.000374
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	11	11	B.1.1.519	0.000437
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	11	11	B.1.525	0.001245
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	10	10	AY.103	0.000062
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	10	10	B.1.36	0.001459
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	10	10	P.1	0.000158
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	9	9	AY.29.1	0.001985
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	9	9	AY.44	0.000055
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	9	9	B.1.1.216	0.008014
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	9	9	B.1.1.269	0.012179
ORF6	49	Y49del	TAT	---	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	9	9	B.1.177	0.000119
ORF6	49	Y49del	TAT	---	9	9	B.1.617.2	0.000034
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	8	8	AY.114	0.001849
ORF6	49	Y49del	TAT	---	8	8	AY.77	0.009019
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	8	8	B.1.1.434	0.002788
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	8	8	B.1.526	0.000188
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	7	7	AY.20	0.000272
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	7	7	AY.26	0.000198
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	7	7	AY.29	0.00011
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	7	7	AY.5	0.000145
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	7	7	B.1.1.344	0.075269
ORF6	49	Y49X	taT	taA	7	7	B.1.177.21	0.000535
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	7	7	B.1.526	0.000165
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	7	7	B.1.617.1	0.000903
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	7	7	Q.1	0.000884
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	4	6		0.222222
ORF6	49	Y49N	TaT	AaC	2	6		0.111111
ORF6	49	Y49S	tAt	tCt	6	6	All	0.000001
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	6	6	AY.103	0.000037
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	6	6	AY.25	0.000036
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	6	6	AY.39	0.000148
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	6	6	AY.47	0.000187
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	6	6	B.1.1	0.000109
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	6	6	B.1.1	0.000109
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	6	6	B.1.160	0.000187
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	6	6	B.1.243	0.000418
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	5	5	AY.113	0.000712
ORF6	49	Y49del	TAT	---	5	5	AY.39	0.000124
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	5	5	AY.44	0.00003
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	5	5	AY.67	0.002321
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	5	5	AY.9.1	0.000419
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	5	5	B.1	0.000046
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	5	5	B.1.1.153	0.005476
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	5	5	B.1.1.194	0.024752
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	5	5	B.1.221	0.000355
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	5	5	B.1.617.2	0.000019
ORF6	49	Y49S	tAt	tCt	5	5	B.1.619	0.004355
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	5	5	R.1	0.00045
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	4	4	A	0.001548
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	4	4	AY.13	0.000644
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	4	4	AY.4.4	0.001637
ORF6	49	Y49del	TAT	---	4	4	AY.43	0.000018
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	4	4	AY.45	0.000487
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	4	4	AY.47	0.000124
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	4	4	AY.5.4	0.001107
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	4	4	B.1.1.486	0.006309
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	4	4	B.1.596	0.000349
ORF6	49	Y49del1	Tat	-at	1	3	All	0
ORF6	49	Y49del1	tAt	t-t	1	3	All	0
ORF6	49	Y49del1	tAT	tG-	1	3	All	0
ORF6	49	Y49del	TAT	---	3	3	AY.102	0.00008
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	3	3	AY.102	0.00008
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	3	3	AY.103	0.000019
ORF6	49	Y49X	taT	taG	3	3	AY.113	0.000427
ORF6	49	Y49del	TAT	---	3	3	AY.118	0.000188
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	3	3	AY.119	0.000106
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	3	3	AY.120	0.000112
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	3	3	AY.3.1	0.000256
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	3	3	AY.33	0.0002
ORF6	49	Y49del	TAT	---	3	3	AY.42	0.000121
ORF6	49	Y49del	TAT	---	3	3	AY.44	0.000018
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	3	3	AY.46.5	0.000595
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	3	3	AY.46.6	0.000217
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	3	3	AY.59	0.001589
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	3	3	AY.75	0.000168
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	3	3	AY.75	0.000168
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	3	3	AY.86	0.00249
ORF6	49	Y49X	taT	taG	2	3	B.1	0.000018
ORF6	49	Y49X	taT	taA	1	3	B.1	0.000009
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	3	3	B.1.111	0.003525
ORF6	49	Y49H	TaT	CaC	2	2		0.111111
ORF6	49	Y49D	Tat	Gat	2	2	All	0
ORF6	49	Y49del2	tAT	t--	1	2	All	0
ORF6	49	Y49del2	TAt	--t	1	2	All	0
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	AY.1	0.000791
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	2	2	AY.100	0.000092
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	AY.102	0.000053
ORF6	49	Y49del	TAT	---	2	2	AY.103	0.000012
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	AY.118	0.000125
ORF6	49	Y49del	TAT	---	2	2	AY.119	0.000071
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	AY.119	0.000071
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	AY.16	0.000759
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	AY.17	0.016393
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	AY.23	0.000139
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	2	2	AY.23	0.000139
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	2	2	AY.25	0.000012
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	2	2	AY.29	0.000032
ORF6	49	Y49del	TAT	---	2	2	AY.3	0.00002
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	AY.36	0.000296
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	AY.39	0.000049
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	AY.4.4	0.000818
ORF6	49	Y49X	taT	taA	1	2	AY.43	0.000004
ORF6	49	Y49X	taT	taG	1	2	AY.43	0.000004
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	2	2	AY.44	0.000012
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	AY.46.1	0.002053
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	AY.5	0.000041
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	AY.6	0.000082
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	AY.66	0.002139
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	AY.73	0.001331
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	2	2	B.1	0.000018
ORF6	49	Y49X	taT	taG	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	B.1.160.8	0.002577
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	B.1.177.82	0.000955
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	2	2	B.1.232	0.001075
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	B.1.234	0.000264
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	B.1.258.18	0.2
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	2	2	B.1.36.34	0.042553
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	2	2	B.1.523	0.004902
ORF6	49	Y49del	TAT	---	2	2	B.1.525	0.000226
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	2	2	B.1.526	0.000047
ORF6	49	Y49del	TAT	---	2	2	B.1.526	0.000047
ORF6	49	Y49X	taT	taG	2	2	B.1.596	0.000174
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF6	49	Y49del	TAT	---	2	2	P.1	0.000032
ORF6	49	Y49D	Tat	Gat	1	1	A	0.000387
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	A.2.2	0.001689
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	A.2.5	0.000499
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	A.2.5.2	0.001572
ORF6	49	Y49T	TAT	ACC	1	1	All	0
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AT.1	0.005128
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.100	0.000046
ORF6	49	Y49del1	tAT	tG-	1	1	AY.103	0.000006
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.105	0.000643
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.106	0.000335
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.111	0.000183
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.111	0.000183
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.113	0.000142
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	1	1	AY.117	0.000085
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.117	0.000085
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.117	0.000085
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	AY.118	0.000063
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.12	0.000316
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.120	0.000037
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.121	0.000135
ORF6	49	Y49X	taT	taG	1	1	AY.20	0.000039
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.20	0.000039
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.20	0.000039
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.23	0.00007
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.26	0.000028
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	AY.27	0.000065
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.27	0.000065
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.28	0.00189
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.29	0.000016
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.34	0.000097
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.36	0.000148
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	1	1	AY.39	0.000025
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	1	1	AY.4	0.000002
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	1	1	AY.4	0.000002
ORF6	49	Y49X	taT	taA	1	1	AY.4	0.000002
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF6	49	Y49del2	tAT	t--	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.40	0.000964
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.42	0.00004
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.42	0.00004
ORF6	49	Y49X	taT	taG	1	1	AY.45	0.000122
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.45	0.000122
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.47	0.000031
ORF6	49	Y49X	taT	taG	1	1	AY.5	0.000021
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.53	0.000288
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.54	0.000095
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	1	1	AY.59	0.00053
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	1	1	AY.6	0.000041
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	AY.6	0.000041
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	1	1	AY.6	0.000041
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.60	0.000938
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.70	0.000209
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	AY.71	0.000475
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.73	0.000665
ORF6	49	Y49X	taT	taG	1	1	AY.74	0.000116
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.84	0.000437
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.84	0.000437
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.98	0.000079
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	B.1	0.000009
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	1	1	B.1.1	0.000018
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF6	49	Y49D	Tat	Gat	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF6	49	Y49del2	TAt	--t	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	B.1.147	0.000756
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.160	0.000031
ORF6	49	Y49X	taT	taG	1	1	B.1.177	0.000013
ORF6	49	Y49F	tAt	tTt	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.177.80	0.001912
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	B.1.2	0.000009
ORF6	49	Y49del1	tAt	t-t	1	1	B.1.2	0.000009
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.2	0.000009
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.221	0.000071
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	1	1	B.1.234	0.000132
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.234	0.000132
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	B.1.243	0.00007
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.265	0.001271
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.351	0.00003
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.362	0.001541
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	B.1.404	0.001302
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.428	0.00102
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.429	0.000024
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.468	0.005714
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.492	0.007042
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.497	0.000315
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.510	0.026316
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.525	0.000113
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	B.1.564	0.000426
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.564	0.000426
ORF6	49	Y49del1	Tat	-at	1	1	B.1.575	0.000303
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.575	0.000303
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.575	0.000303
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.577	0.000687
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.595	0.000261
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.605	0.005952
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF6	49	Y49T	TAT	ACC	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF6	49	Y49S	tAt	tCt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.621	0.000089
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.625	0.002353
ORF6	49	Y49del	TAT	---	1	1	B.1.627	0.00202
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.1.628	0.000352
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	B.4	0.002208
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	C.30.1	0.006711
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	C.36.3	0.000567
ORF6	49	Y49N	Tat	Aat	1	1	C.36.3.1	0.002717
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	C.37	0.000116
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	C.37	0.000116
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	C.4	0.01
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	D.2	0.000075
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	P.1.1	0.000318
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	P.1.14	0.000048
ORF6	49	Y49C	tAt	tGt	1	1	P.1.15	0.000232
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	P.1.15	0.000232
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	P.1.7	0.000319
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	P.1.7	0.000319
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	P.2	0.000187
ORF6	49	Y49H	Tat	Cat	1	1	P.2	0.000187
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	Q.1	0.000126
ORF6	49	Y49Y	taT	taC	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.