CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 4 & Codon = ctT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF64L4LsynctCctT20817206590.9924127211-27213

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF64L4LctCctT2065920817All0.003951
ORF64L4LctCctT1098810988R.10.989019
ORF64L4LctCctT44414503B.1.1.70.003976
ORF64L4LctCctT667667B.1.1.700.22749
ORF64L4LctCctT486487B.10.004452
ORF64L4LctCctT416419B.1.10.007547
ORF64L4LctCctT198203B.1.1770.002607
ORF64L4LctCctT182182B.1.177.750.189386
ORF64L4LctCctT154154B.1.2580.010248
ORF64L4LctCctT119119B.1.619.10.076331
ORF64L4LctCctT100119P.10.001575
ORF64L4LctCctT108108B.1.1.2630.168224
ORF64L4LctCctT103105AY.40.00016
ORF64L4LctCctT101101B.1.1.2200.187732
ORF64L4LctCctT8889B.1.20.000775
ORF64L4LctCctT8383B.1.5260.001951
ORF64L4LctCctT7979B.1.1.2220.016116
ORF64L4LctCctT7979B.1.4290.001859
ORF64L4LctCctT4673AY.470.001431
ORF64L4LctCctT6667B.1.1600.002058
ORF64L4LctCctT6164B.1.617.20.00023
ORF64L4LctCctT5353B.1.1.3110.018983
ORF64L4LctCctT4949B.1.1.5190.001946
ORF64L4LctCctT4949B.1.36.180.020588
ORF64L4LctCctT4545AU.20.108959
ORF64L4LctCctT4545B.1.6210.003983
ORF64L4LctCctT4444B.1.177.540.026683
ORF64L4LctCctT4444B.1.2410.035714
ORF64L4LctCctT4043AY.440.000243
ORF64L4LctCctT4242B.1.2210.002983
ORF64L4LctCctT4242P.1.140.002008
ORF64L4LctCctT3940AY.290.000615
ORF64L4LctCctT3939B.1.2430.002714
ORF64L4LctCctT3838AY.260.001076
ORF64L4LctCctT3737B.1.4090.028906
ORF64L4LctCctT3536AY.1030.000217
ORF64L4LctCctT3636AY.140.003168
ORF64L4LctCctT3636B.1.5250.004074
ORF64L4LctCctT3535B.1.1.5250.191257
ORF64L4LctCctT3535B.1.177.810.006626
ORF64L4LctCctT3232B.1.4270.001616
ORF64L4LctCctT3232C.160.033934
ORF64L4LctCctT3030AY.4.20.000651
ORF64L4LctCctT3030B.1.177.190.042918
ORF64L4LctCctT3030B.1.177.440.015568
ORF64L4LctCctT2728P.1.70.008621
ORF64L4LctCctT2626B.1.2340.003431
ORF64L4LctCctT2225AY.430.000097
ORF64L4LctCctT2424B.1.1.4340.008365
ORF64L4LctCctT2323B.1.1.3170.009469
ORF64L4LctCctT2222C.370.002553
ORF64L4LctCctT1919B.1.160.280.055556
ORF64L4LctCctT1517AY.750.00084
ORF64L4LctCctT1717B.1.1.1740.057432
ORF64L4LctCctT1717B.1.3510.000505
ORF64L4LctCctT1717B.1.4280.017347
ORF64L4LctCctT1616B.1.1.280.00498
ORF64L4LctCctT1616B.1.1.390.008155
ORF64L4LctCctT1616B.1.4160.020305
ORF64L4LctCctT1515B.1.1.3300.9375
ORF64L4LctCctT1414AY.390.000346
ORF64L4LctCctT1313AY.1190.000459
ORF64L4LctCctT1313B.1.1.3060.005699
ORF64L4LctCctT1313B.1.1.3480.01035
ORF64L4LctCctT1313B.1.177.320.017544
ORF64L4LctCctT1313B.1.2400.002802
ORF64L4LctCctT1212AY.250.000072
ORF64L4LctCctT1212B.1.1.100.013378
ORF64L4LctCctT1212B.1.177.730.006795
ORF64L4LctCctT1212B.1.5750.003641
ORF64L4LctCctT1212B.1.5950.003132
ORF64L4LctCctT1111B.1.1.2840.001181
ORF64L4LctCctT1011D.20.00075
ORF64L4LctCctT1010AY.9.20.000367
ORF64L4LctCctT1010B.1.177.600.002184
ORF64L4LctCctT910B.1.466.20.003521
ORF64L4LctCctT99AY.16.10.004229
ORF64L4LctCctT99AY.200.00035
ORF64L4LctCctT89AY.30.00008
ORF64L4LctCctT99AY.380.004493
ORF64L4LctCctT79B.1.1.10.002287
ORF64L4LctCctT99B.1.5960.000784
ORF64L4LctCctT99B.1.6090.004314
ORF64L4LctCctT99C.130.230769
ORF64L4LctCctT88AY.540.000763
ORF64L4LctCctT88B.1.1.1890.012103
ORF64L4LctCctT88B.1.1.2140.000444
ORF64L4LctCctT88B.1.1.2160.007124
ORF64L4LctCctT88B.1.1.2910.005939
ORF64L4LctCctT88B.1.5240.011252
ORF64L4LctCctT88B.1.6370.000585
ORF64L4LctCctT88B.1.780.068376
ORF64L4LctCctT77AY.98.10.000339
ORF64L4LctCctT67B0.000767
ORF64L4LctCctT77B.1.2320.003761
ORF64L4LctCctT77B.1.3490.005004
ORF64L4LctCctT77B.1.360.001021
ORF64L4LctCctT77B.1.3620.010786
ORF64L4LctCctT66AY.80.003636
ORF64L4LctCctT66AY.800.006772
ORF64L4LctCctT66B.1.1.330.002525
ORF64L4LctCctT66B.1.1.540.018127
ORF64L4LctCctT66B.1.1040.02214
ORF64L4LctCctT66B.1.1470.004535
ORF64L4LctCctT66B.1.258.170.000624
ORF64L4LctCctT66B.1.6200.005676
ORF64L4LctCctT66P.1.150.001394
ORF64L4LctCctT55AY.1000.00023
ORF64L4LctCctT55AY.1200.000186
ORF64L4LctCctT55AZ.20.004105
ORF64L4LctCctT55B.1.1.1010.05
ORF64L4LctCctT55B.1.2370.024876
ORF64L4LctCctT55B.1.5380.040323
ORF64L4LctCctT45B.1.617.10.000516
ORF64L4LctCctT55B.60.00455
ORF64L4LctCctT55B.6.60.004444
ORF64L4LctCctT55N.50.008834
ORF64L4LctCctT55Q.80.000825
ORF64L4LctCctT44AY.1020.000106
ORF64L4LctCctT44AY.130.000644
ORF64L4LctCctT44AY.160.001519
ORF64L4LctCctT44AY.50.000083
ORF64L4LctCctT44AY.5.40.001107
ORF64L4LctCctT44AY.600.003752
ORF64L4LctCctT44AY.610.000419
ORF64L4LctCctT44B.1.1.250.002274
ORF64L4LctCctT44B.1.1.3160.0037
ORF64L4LctCctT44B.1.1.3180.001207
ORF64L4LctCctT44B.1.1.4480.00813
ORF64L4LctCctT44B.1.1.4850.066667
ORF64L4LctCctT44B.1.1.5230.00625
ORF64L4LctCctT44B.1.177.60.003906
ORF64L4LctCctT44B.1.258.200.063492
ORF64L4LctCctT44B.1.36.10.004561
ORF64L4LctCctT44B.1.36.80.004
ORF64L4LctCctT44B.1.6280.001409
ORF64L4LctCctT44P.20.000747
ORF64L4LctCctT23A0.000774
ORF64L4LctCctT33A.270.004967
ORF64L4LctCctT33AY.1130.000427
ORF64L4LctCctT33AY.39.10.000119
ORF64L4LctCctT33AY.4.50.000322
ORF64L4LctCctT33AY.420.000121
ORF64L4LctCctT33AY.520.002443
ORF64L4LctCctT23AY.60.000082
ORF64L4LctCctT33AY.650.001599
ORF64L4LctCctT33AY.680.000821
ORF64L4LctCctT33AY.9.10.000251
ORF64L4LctCctT33B.1.1.1760.001318
ORF64L4LctCctT33B.1.1.2770.002276
ORF64L4LctCctT33B.1.1.3540.013158
ORF64L4LctCctT33B.1.1.440.007229
ORF64L4LctCctT33B.1.1.4640.004418
ORF64L4LctCctT33B.1.1.5140.115385
ORF64L4LctCctT33B.1.1.5210.016043
ORF64L4LctCctT33B.1.1.840.272727
ORF64L4LctCctT33B.1.1.890.018182
ORF64L4LctCctT33B.1.1390.002199
ORF64L4LctCctT33B.1.177.40.000633
ORF64L4LctCctT33B.1.177.860.00055
ORF64L4LctCctT33B.1.258.240.032258
ORF64L4LctCctT33B.1.2980.006342
ORF64L4LctCctT23B.1.36.360.001204
ORF64L4LctCctT33B.1.5820.001472
ORF64L4LctCctT13P.1.120.000484
ORF64L4LctCctT23P.1.170.000324
ORF64L4LctCctT33Q.10.000379
ORF64L4LctCctT22A.10.000564
ORF64L4LctCctT22A.23.10.001408
ORF64L4LctCctT22A.290.010638
ORF64L4LctCctT22A.50.003846
ORF64L4LctCctT22AD.20.000438
ORF64L4LctCctT22AY.1100.000225
ORF64L4LctCctT22AY.240.000862
ORF64L4LctCctT22AY.270.000129
ORF64L4LctCctT22AY.300.000791
ORF64L4LctCctT22AY.330.000134
ORF64L4LctCctT22AY.400.001929
ORF64L4LctCctT22AY.530.000575
ORF64L4LctCctT12AY.990.001049
ORF64L4LctCctT22B.1.1.2940.002532
ORF64L4LctCctT22B.1.1.3260.003521
ORF64L4LctCctT22B.1.1.3280.033898
ORF64L4LctCctT22B.1.1.3720.001377
ORF64L4LctCctT22B.1.1.3740.004751
ORF64L4LctCctT22B.1.1.3760.011905
ORF64L4LctCctT22B.1.1.4090.005666
ORF64L4LctCctT22B.1.1.510.003436
ORF64L4LctCctT22B.1.1.560.035714
ORF64L4LctCctT22B.1.1.630.000772
ORF64L4LctCctT22B.1.1.830.00542
ORF64L4LctCctT22B.1.1110.00235
ORF64L4LctCctT22B.1.1460.008475
ORF64L4LctCctT22B.1.177.170.001642
ORF64L4LctCctT12B.1.177.210.000076
ORF64L4LctCctT22B.1.177.420.001789
ORF64L4LctCctT22B.1.1950.01005
ORF64L4LctCctT22B.1.2100.004264
ORF64L4LctCctT22B.1.214.20.001199
ORF64L4LctCctT22B.1.2220.003384
ORF64L4LctCctT22B.1.2310.064516
ORF64L4LctCctT22B.1.2600.006689
ORF64L4LctCctT22B.1.2930.025
ORF64L4LctCctT22B.1.36.100.009569
ORF64L4LctCctT22B.1.3690.00057
ORF64L4LctCctT22B.1.4040.002604
ORF64L4LctCctT22B.1.4110.007407
ORF64L4LctCctT22B.1.4560.006536
ORF64L4LctCctT22B.1.4990.002101
ORF64L4LctCctT22B.1.5030.004975
ORF64L4LctCctT22B.1.5090.001732
ORF64L4LctCctT22B.1.5680.002222
ORF64L4LctCctT22B.450.007663
ORF64L4LctCctT22C.10.004785
ORF64L4LctCctT22C.140.008658
ORF64L4LctCctT22C.300.003454
ORF64L4LctCctT11A.60.005128
ORF64L4LctCctT11AA.70.009174
ORF64L4LctCctT11AU.10.001266
ORF64L4LctCctT11AW.10.003049
ORF64L4LctCctT11AY.1080.001103
ORF64L4LctCctT11AY.1110.000183
ORF64L4LctCctT11AY.1160.000287
ORF64L4LctCctT11AY.116.10.000311
ORF64L4LctCctT11AY.1180.000063
ORF64L4LctCctT11AY.120.000316
ORF64L4LctCctT11AY.230.00007
ORF64L4LctCctT11AY.29.10.000221
ORF64L4LctCctT11AY.3.10.000085
ORF64L4LctCctT11AY.340.000097
ORF64L4LctCctT11AY.34.10.00051
ORF64L4LctCctT11AY.370.000316
ORF64L4LctCctT11AY.4.10.000737
ORF64L4LctCctT11AY.4.2.10.000149
ORF64L4LctCctT11AY.46.40.000165
ORF64L4LctCctT11AY.46.60.000072
ORF64L4LctCctT11AY.490.003195
ORF64L4LctCctT11AY.5.30.000337
ORF64L4LctCctT11AY.550.000917
ORF64L4LctCctT11AY.580.000907
ORF64L4LctCctT11AY.620.000436
ORF64L4LctCctT11AY.630.000387
ORF64L4LctCctT11AY.660.00107
ORF64L4LctCctT11AY.670.000464
ORF64L4LctCctT11AY.690.000187
ORF64L4LctCctT11AY.70.000196
ORF64L4LctCctT11AY.720.001361
ORF64L4LctCctT11AY.730.000665
ORF64L4LctCctT11AY.75.10.00018
ORF64L4LctCctT11AY.90.000068
ORF64L4LctCctT11AY.930.000273
ORF64L4LctCctT11AZ.30.00152
ORF64L4LctCctT11AZ.50.003509
ORF64L4LctCctT11B.1.1.1150.008929
ORF64L4LctCctT11B.1.1.1530.001095
ORF64L4LctCctT11B.1.1.1570.000913
ORF64L4LctCctT11B.1.1.1700.001247
ORF64L4LctCctT11B.1.1.1860.003436
ORF64L4LctCctT11B.1.1.1920.002309
ORF64L4LctCctT11B.1.1.1930.111111
ORF64L4LctCctT11B.1.1.1960.005714
ORF64L4LctCctT11B.1.1.1980.001468
ORF64L4LctCctT11B.1.1.2050.003717
ORF64L4LctCctT11B.1.1.2240.014286
ORF64L4LctCctT11B.1.1.2320.001815
ORF64L4LctCctT11B.1.1.2360.006897
ORF64L4LctCctT11B.1.1.3010.001179
ORF64L4LctCctT11B.1.1.3050.003861
ORF64L4LctCctT11B.1.1.3090.005848
ORF64L4LctCctT11B.1.1.3120.001912
ORF64L4LctCctT11B.1.1.3550.015385
ORF64L4LctCctT11B.1.1.3560.008547
ORF64L4LctCctT11B.1.1.3690.000446
ORF64L4LctCctT11B.1.1.370.000193
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.