CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 4

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF64L4LsynctCctT20817206590.9924127211-27213
ORF64L4LsynctCctA208171280.0061488227211-27213
ORF64L4LsynctCctG20817290.0013930927211-27213
ORF64L4LsynCtCTtA2081710.000048037727211-27213
ORF64L4PnonsyncTccCc7867820.99491127211-27213
ORF64L4PnonsyncTCcCT78630.0038167927211-27213
ORF64L4PnonsyncTCcCA78610.0012722627211-27213
ORF64L4deldelCTC---449449127211-27213
ORF64L4HnonsyncTccAc2352340.99574527211-27213
ORF64L4HnonsyncTCcAT23510.0042553227211-27213
ORF64L4FnonsynCtcTtc2302280.99130427211-27213
ORF64L4FnonsynCtCTtT23020.0086956527211-27213
ORF64L4InonsynCtcAtc79740.93670927211-27213
ORF64L4InonsynCtCAtA7940.050632927211-27213
ORF64L4InonsynCtCAtT7910.012658227211-27213
ORF64L4RnonsyncTccGc31300.96774227211-27213
ORF64L4RnonsyncTCcGA3110.032258127211-27213
ORF64L4VnonsynCtcGtc1170.63636427211-27213
ORF64L4VnonsynCtCGtA1130.27272727211-27213
ORF64L4VnonsynCtCGtT1110.090909127211-27213
ORF64L4del1delctCct-1040.427211-27213
ORF64L4del1delCtc-tc1030.327211-27213
ORF64L4del1delCtC-tT1010.127211-27213
ORF64L4del1delcTcc-c1010.127211-27213
ORF64L4del1delCtCAt-1010.127211-27213
ORF64L4NnonsynCTcAAc33127211-27213
ORF64L4SnonsynCTcTCc310.33333327211-27213
ORF64L4SnonsynCTCTCT310.33333327211-27213
ORF64L4SnonsynCTCTCA310.33333327211-27213
ORF64L4QnonsyncTCcAA22127211-27213
ORF64L4KnonsynCTCAAA22127211-27213
ORF64L4TnonsynCTCACT210.527211-27213
ORF64L4TnonsynCTCACA210.527211-27213
ORF64L4MnonsynCtCAtG11127211-27213
ORF64L4del2delcTCc--11127211-27213
ORF64L4CnonsynCTCTGT11127211-27213

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF64L4LctCctT2065920817All0.003951
ORF64L4LctCctA12820817All0.000024
ORF64L4LctCctG2920817All0.000006
ORF64L4LCtCTtA120817All0
ORF64L4LctCctT1098810988R.10.989019
ORF64L4LctCctT44414503B.1.1.70.003976
ORF64L4LctCctA504503B.1.1.70.000045
ORF64L4LctCctG114503B.1.1.70.00001
ORF64L4LCtCTtA14503B.1.1.70.000001
ORF64L4PcTccCc782786All0.00015
ORF64L4PcTCcCT3786All0.000001
ORF64L4PcTCcCA1786All0
ORF64L4LctCctT667667B.1.1.700.22749
ORF64L4PcTccCc521521B.10.004772
ORF64L4LctCctT486487B.10.004452
ORF64L4LctCctA1487B.10.000009
ORF64L4delCTC---449449All0.000086
ORF64L4LctCctT416419B.1.10.007547
ORF64L4LctCctA2419B.1.10.000036
ORF64L4LctCctG1419B.1.10.000018
ORF64L4HcTccAc234235All0.000045
ORF64L4HcTCcAT1235All0
ORF64L4FCtcTtc228230All0.000044
ORF64L4FCtCTtT2230All0
ORF64L4LctCctT198203B.1.1770.002607
ORF64L4LctCctA3203B.1.1770.00004
ORF64L4LctCctG2203B.1.1770.000026
ORF64L4LctCctT182182B.1.177.750.189386
ORF64L4LctCctT154154B.1.2580.010248
ORF64L4delCTC---152152B.1.177.210.011623
ORF64L4HcTccAc139139B.1.617.20.000523
ORF64L4LctCctT119119B.1.619.10.076331
ORF64L4LctCctT100119P.10.001575
ORF64L4LctCctA19119P.10.000299
ORF64L4LctCctT108108B.1.1.2630.168224
ORF64L4LctCctT103105AY.40.00016
ORF64L4LctCctA2105AY.40.000003
ORF64L4PcTccCc100102B.1.1.70.00009
ORF64L4PcTCcCT2102B.1.1.70.000002
ORF64L4LctCctT101101B.1.1.2200.187732
ORF64L4LctCctT8889B.1.20.000775
ORF64L4LctCctG189B.1.20.000009
ORF64L4LctCctT8383B.1.5260.001951
ORF64L4ICtcAtc7479All0.000014
ORF64L4ICtCAtA479All0.000001
ORF64L4ICtCAtT179All0
ORF64L4LctCctT7979B.1.1.2220.016116
ORF64L4LctCctT7979B.1.4290.001859
ORF64L4LctCctT4673AY.470.001431
ORF64L4LctCctA2773AY.470.00084
ORF64L4FCtcTtc6868N.30.395349
ORF64L4LctCctT6667B.1.1600.002058
ORF64L4LctCctA167B.1.1600.000031
ORF64L4LctCctT6164B.1.617.20.00023
ORF64L4LctCctG264B.1.617.20.000008
ORF64L4LctCctA164B.1.617.20.000004
ORF64L4HcTccAc6060AY.980.00474
ORF64L4LctCctT5353B.1.1.3110.018983
ORF64L4LctCctT4949B.1.1.5190.001946
ORF64L4LctCctT4949B.1.36.180.020588
ORF64L4LctCctT4545AU.20.108959
ORF64L4LctCctT4545B.1.6210.003983
ORF64L4LctCctT4444B.1.177.540.026683
ORF64L4LctCctT4444B.1.2410.035714
ORF64L4LctCctT4043AY.440.000243
ORF64L4LctCctG243AY.440.000012
ORF64L4LctCctA143AY.440.000006
ORF64L4FCtcTtc4343C.370.004991
ORF64L4LctCctT4242B.1.2210.002983
ORF64L4LctCctT4242P.1.140.002008
ORF64L4delCTC---4141AY.40.000064
ORF64L4LctCctT3940AY.290.000615
ORF64L4LctCctA140AY.290.000016
ORF64L4delCTC---4040B.1.1.70.000036
ORF64L4LctCctT3939B.1.2430.002714
ORF64L4LctCctT3838AY.260.001076
ORF64L4LctCctT3737B.1.4090.028906
ORF64L4LctCctT3536AY.1030.000217
ORF64L4LctCctA136AY.1030.000006
ORF64L4LctCctT3636AY.140.003168
ORF64L4PcTccCc3636B.1.1.5190.00143
ORF64L4LctCctT3636B.1.5250.004074
ORF64L4LctCctT3535B.1.1.5250.191257
ORF64L4LctCctT3535B.1.177.810.006626
ORF64L4PcTccCc3333B.1.20.000291
ORF64L4LctCctT3232B.1.4270.001616
ORF64L4LctCctT3232C.160.033934
ORF64L4RcTccGc3031All0.000006
ORF64L4RcTCcGA131All0
ORF64L4LctCctT3030AY.4.20.000651
ORF64L4LctCctT3030B.1.177.190.042918
ORF64L4LctCctT3030B.1.177.440.015568
ORF64L4LctCctT2728P.1.70.008621
ORF64L4LctCctA128P.1.70.000319
ORF64L4LctCctT2626B.1.2340.003431
ORF64L4LctCctT2225AY.430.000097
ORF64L4LctCctA325AY.430.000013
ORF64L4LctCctT2424B.1.1.4340.008365
ORF64L4LctCctT2323B.1.1.3170.009469
ORF64L4LctCctT2222C.370.002553
ORF64L4delCTC---2121B.1.20.000185
ORF64L4LctCctT1919B.1.160.280.055556
ORF64L4LctCctT1517AY.750.00084
ORF64L4LctCctA217AY.750.000112
ORF64L4LctCctT1717B.1.1.1740.057432
ORF64L4LctCctT1717B.1.3510.000505
ORF64L4LctCctT1717B.1.4280.017347
ORF64L4delCTC---1616AY.1030.000099
ORF64L4delCTC---1616AY.440.000097
ORF64L4LctCctT1616B.1.1.280.00498
ORF64L4LctCctT1616B.1.1.390.008155
ORF64L4FCtcTtc1516B.1.1.70.000013
ORF64L4FCtCTtT116B.1.1.70.000001
ORF64L4LctCctT1616B.1.4160.020305
ORF64L4LctCctT1515B.1.1.3300.9375
ORF64L4LctCctT1414AY.390.000346
ORF64L4LctCctT1313AY.1190.000459
ORF64L4RcTccGc1313AY.40.00002
ORF64L4LctCctT1313B.1.1.3060.005699
ORF64L4LctCctT1313B.1.1.3480.01035
ORF64L4LctCctT1313B.1.177.320.017544
ORF64L4LctCctT1313B.1.2400.002802
ORF64L4delCTC---1313B.1.617.20.000049
ORF64L4LctCctT1212AY.250.000072
ORF64L4delCTC---1212AY.30.000119
ORF64L4LctCctT1212B.1.1.100.013378
ORF64L4LctCctT1212B.1.177.730.006795
ORF64L4LctCctT1212B.1.5750.003641
ORF64L4LctCctT1212B.1.5950.003132
ORF64L4VCtcGtc711All0.000001
ORF64L4VCtCGtA311All0.000001
ORF64L4VCtCGtT111All0
ORF64L4delCTC---1111B.10.000101
ORF64L4LctCctT1111B.1.1.2840.001181
ORF64L4LctCctT1011D.20.00075
ORF64L4LctCctG111D.20.000075
ORF64L4del1ctCct-410All0.000001
ORF64L4del1Ctc-tc310All0.000001
ORF64L4del1CtCAt-110All0
ORF64L4del1CtC-tT110All0
ORF64L4del1cTcc-c110All0
ORF64L4LctCctT1010AY.9.20.000367
ORF64L4FCtcTtc1010B.1.1770.000132
ORF64L4LctCctT1010B.1.177.600.002184
ORF64L4FCtcTtc1010B.1.20.000088
ORF64L4LctCctT910B.1.466.20.003521
ORF64L4LctCctA110B.1.466.20.000391
ORF64L4ICtcAtc1010B.1.621.10.005058
ORF64L4LctCctT99AY.16.10.004229
ORF64L4LctCctT99AY.200.00035
ORF64L4delCTC---99AY.250.000054
ORF64L4LctCctT89AY.30.00008
ORF64L4LctCctA19AY.30.00001
ORF64L4LctCctT99AY.380.004493
ORF64L4LctCctT79B.1.1.10.002287
ORF64L4LctCctA19B.1.1.10.000327
ORF64L4LctCctG19B.1.1.10.000327
ORF64L4ICtcAtc89B.1.1.70.000007
ORF64L4ICtCAtA19B.1.1.70.000001
ORF64L4LctCctT99B.1.5960.000784
ORF64L4LctCctT99B.1.6090.004314
ORF64L4LctCctT99C.130.230769
ORF64L4FCtcTtc88AY.1030.00005
ORF64L4PcTccCc88AY.40.000012
ORF64L4delCTC---88AY.430.000035
ORF64L4LctCctT88AY.540.000763
ORF64L4delCTC---88AY.60.000329
ORF64L4LctCctT88B.1.1.1890.012103
ORF64L4LctCctT88B.1.1.2140.000444
ORF64L4LctCctT88B.1.1.2160.007124
ORF64L4LctCctT88B.1.1.2910.005939
ORF64L4LctCctT88B.1.5240.011252
ORF64L4LctCctT88B.1.6370.000585
ORF64L4LctCctT88B.1.780.068376
ORF64L4delCTC---77AY.290.00011
ORF64L4PcTccCc77AY.390.000173
ORF64L4LctCctT77AY.98.10.000339
ORF64L4LctCctT67B0.000767
ORF64L4LctCctA17B0.000128
ORF64L4PcTccCc77B.1.10.000127
ORF64L4PcTccCc77B.1.177.280.051852
ORF64L4LctCctT77B.1.2320.003761
ORF64L4LctCctT77B.1.3490.005004
ORF64L4LctCctT77B.1.360.001021
ORF64L4LctCctT77B.1.3620.010786
ORF64L4ICtcAtc66AY.250.000036
ORF64L4ICtcAtc66AY.40.000009
ORF64L4FCtcTtc66AY.430.000027
ORF64L4LctCctT66AY.80.003636
ORF64L4LctCctT66AY.800.006772
ORF64L4LctCctT66B.1.1.330.002525
ORF64L4LctCctT66B.1.1.540.018127
ORF64L4LctCctT66B.1.1040.02214
ORF64L4LctCctT66B.1.1470.004535
ORF64L4LctCctT66B.1.258.170.000624
ORF64L4LctCctT66B.1.6200.005676
ORF64L4LctCctT66P.1.150.001394
ORF64L4LctCctG55A.20.003309
ORF64L4PcTccCc55A.270.008278
ORF64L4LctCctT55AY.1000.00023
ORF64L4LctCctT55AY.1200.000186
ORF64L4delCTC---55AY.39.10.000198
ORF64L4FCtcTtc55AY.39.10.000198
ORF64L4FCtcTtc55AY.40.000008
ORF64L4ICtcAtc35AY.750.000168
ORF64L4ICtCAtA25AY.750.000112
ORF64L4LctCctT55AZ.20.004105
ORF64L4LctCctT55B.1.1.1010.05
ORF64L4HcTccAc55B.1.1.70.000004
ORF64L4ICtcAtc55B.1.2210.000355
ORF64L4LctCctT55B.1.2370.024876
ORF64L4LctCctT55B.1.5380.040323
ORF64L4LctCctT45B.1.617.10.000516
ORF64L4LctCctA15B.1.617.10.000129
ORF64L4LctCctT55B.60.00455
ORF64L4LctCctT55B.6.60.004444
ORF64L4LctCctT55N.50.008834
ORF64L4LctCctT55Q.80.000825
ORF64L4LctCctT44AY.1020.000106
ORF64L4RcTccGc44AY.1030.000025
ORF64L4LctCctT44AY.130.000644
ORF64L4LctCctT44AY.160.001519
ORF64L4ICtcAtc44AY.230.000279
ORF64L4FCtcTtc44AY.230.000279
ORF64L4delCTC---44AY.340.000388
ORF64L4HcTccAc44AY.40.000006
ORF64L4delCTC---44AY.420.000161
ORF64L4delCTC---44AY.50.000083
ORF64L4LctCctT44AY.50.000083
ORF64L4LctCctT44AY.5.40.001107
ORF64L4LctCctT44AY.600.003752
ORF64L4LctCctT44AY.610.000419
ORF64L4ICtcAtc44B.10.000037
ORF64L4LctCctT44B.1.1.250.002274
ORF64L4FCtcTtc44B.1.1.280.001245
ORF64L4LctCctT44B.1.1.3160.0037
ORF64L4LctCctT44B.1.1.3180.001207
ORF64L4LctCctT44B.1.1.4480.00813
ORF64L4LctCctT44B.1.1.4850.066667
ORF64L4LctCctT44B.1.1.5230.00625
ORF64L4ICtcAtc44B.1.1700.017241
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