CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 4

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF6	4	L4L		syn	ctC	ctT	20817	20659	0.99241	27211-27213
ORF6	4	L4L		syn	ctC	ctA	20817	128	0.00614882	27211-27213
ORF6	4	L4L		syn	ctC	ctG	20817	29	0.00139309	27211-27213
ORF6	4	L4L		syn	CtC	TtA	20817	1	0.0000480377	27211-27213
ORF6	4	L4P		nonsyn	cTc	cCc	786	782	0.994911	27211-27213
ORF6	4	L4P		nonsyn	cTC	cCT	786	3	0.00381679	27211-27213
ORF6	4	L4P		nonsyn	cTC	cCA	786	1	0.00127226	27211-27213
ORF6	4	L4del		del	CTC	---	449	449	1	27211-27213
ORF6	4	L4H		nonsyn	cTc	cAc	235	234	0.995745	27211-27213
ORF6	4	L4H		nonsyn	cTC	cAT	235	1	0.00425532	27211-27213
ORF6	4	L4F		nonsyn	Ctc	Ttc	230	228	0.991304	27211-27213
ORF6	4	L4F		nonsyn	CtC	TtT	230	2	0.00869565	27211-27213
ORF6	4	L4I		nonsyn	Ctc	Atc	79	74	0.936709	27211-27213
ORF6	4	L4I		nonsyn	CtC	AtA	79	4	0.0506329	27211-27213
ORF6	4	L4I		nonsyn	CtC	AtT	79	1	0.0126582	27211-27213
ORF6	4	L4R		nonsyn	cTc	cGc	31	30	0.967742	27211-27213
ORF6	4	L4R		nonsyn	cTC	cGA	31	1	0.0322581	27211-27213
ORF6	4	L4V		nonsyn	Ctc	Gtc	11	7	0.636364	27211-27213
ORF6	4	L4V		nonsyn	CtC	GtA	11	3	0.272727	27211-27213
ORF6	4	L4V		nonsyn	CtC	GtT	11	1	0.0909091	27211-27213
ORF6	4	L4del1		del	ctC	ct-	10	4	0.4	27211-27213
ORF6	4	L4del1		del	Ctc	-tc	10	3	0.3	27211-27213
ORF6	4	L4del1		del	CtC	-tT	10	1	0.1	27211-27213
ORF6	4	L4del1		del	cTc	c-c	10	1	0.1	27211-27213
ORF6	4	L4del1		del	CtC	At-	10	1	0.1	27211-27213
ORF6	4	L4N		nonsyn	CTc	AAc	3	3	1	27211-27213
ORF6	4	L4S		nonsyn	CTc	TCc	3	1	0.333333	27211-27213
ORF6	4	L4S		nonsyn	CTC	TCT	3	1	0.333333	27211-27213
ORF6	4	L4S		nonsyn	CTC	TCA	3	1	0.333333	27211-27213
ORF6	4	L4Q		nonsyn	cTC	cAA	2	2	1	27211-27213
ORF6	4	L4K		nonsyn	CTC	AAA	2	2	1	27211-27213
ORF6	4	L4T		nonsyn	CTC	ACT	2	1	0.5	27211-27213
ORF6	4	L4T		nonsyn	CTC	ACA	2	1	0.5	27211-27213
ORF6	4	L4M		nonsyn	CtC	AtG	1	1	1	27211-27213
ORF6	4	L4del2		del	cTC	c--	1	1	1	27211-27213
ORF6	4	L4C		nonsyn	CTC	TGT	1	1	1	27211-27213

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	20659	20817	All	0.003951
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	128	20817	All	0.000024
ORF6	4	L4L	ctC	ctG	29	20817	All	0.000006
ORF6	4	L4L	CtC	TtA	1	20817	All	0
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	10988	10988	R.1	0.989019
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	4441	4503	B.1.1.7	0.003976
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	50	4503	B.1.1.7	0.000045
ORF6	4	L4L	ctC	ctG	11	4503	B.1.1.7	0.00001
ORF6	4	L4L	CtC	TtA	1	4503	B.1.1.7	0.000001
ORF6	4	L4P	cTc	cCc	782	786	All	0.00015
ORF6	4	L4P	cTC	cCT	3	786	All	0.000001
ORF6	4	L4P	cTC	cCA	1	786	All	0
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	667	667	B.1.1.70	0.22749
ORF6	4	L4P	cTc	cCc	521	521	B.1	0.004772
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	486	487	B.1	0.004452
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	1	487	B.1	0.000009
ORF6	4	L4del	CTC	---	449	449	All	0.000086
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	416	419	B.1.1	0.007547
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	2	419	B.1.1	0.000036
ORF6	4	L4L	ctC	ctG	1	419	B.1.1	0.000018
ORF6	4	L4H	cTc	cAc	234	235	All	0.000045
ORF6	4	L4H	cTC	cAT	1	235	All	0
ORF6	4	L4F	Ctc	Ttc	228	230	All	0.000044
ORF6	4	L4F	CtC	TtT	2	230	All	0
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	198	203	B.1.177	0.002607
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	3	203	B.1.177	0.00004
ORF6	4	L4L	ctC	ctG	2	203	B.1.177	0.000026
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	182	182	B.1.177.75	0.189386
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	154	154	B.1.258	0.010248
ORF6	4	L4del	CTC	---	152	152	B.1.177.21	0.011623
ORF6	4	L4H	cTc	cAc	139	139	B.1.617.2	0.000523
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	119	119	B.1.619.1	0.076331
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	100	119	P.1	0.001575
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	19	119	P.1	0.000299
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	108	108	B.1.1.263	0.168224
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	103	105	AY.4	0.00016
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	2	105	AY.4	0.000003
ORF6	4	L4P	cTc	cCc	100	102	B.1.1.7	0.00009
ORF6	4	L4P	cTC	cCT	2	102	B.1.1.7	0.000002
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	101	101	B.1.1.220	0.187732
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	88	89	B.1.2	0.000775
ORF6	4	L4L	ctC	ctG	1	89	B.1.2	0.000009
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	83	83	B.1.526	0.001951
ORF6	4	L4I	Ctc	Atc	74	79	All	0.000014
ORF6	4	L4I	CtC	AtA	4	79	All	0.000001
ORF6	4	L4I	CtC	AtT	1	79	All	0
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	79	79	B.1.1.222	0.016116
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	79	79	B.1.429	0.001859
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	46	73	AY.47	0.001431
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	27	73	AY.47	0.00084
ORF6	4	L4F	Ctc	Ttc	68	68	N.3	0.395349
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	66	67	B.1.160	0.002058
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	1	67	B.1.160	0.000031
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	61	64	B.1.617.2	0.00023
ORF6	4	L4L	ctC	ctG	2	64	B.1.617.2	0.000008
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	1	64	B.1.617.2	0.000004
ORF6	4	L4H	cTc	cAc	60	60	AY.98	0.00474
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	53	53	B.1.1.311	0.018983
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	49	49	B.1.1.519	0.001946
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	49	49	B.1.36.18	0.020588
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	45	45	AU.2	0.108959
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	45	45	B.1.621	0.003983
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	44	44	B.1.177.54	0.026683
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	44	44	B.1.241	0.035714
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	40	43	AY.44	0.000243
ORF6	4	L4L	ctC	ctG	2	43	AY.44	0.000012
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	1	43	AY.44	0.000006
ORF6	4	L4F	Ctc	Ttc	43	43	C.37	0.004991
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	42	42	B.1.221	0.002983
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	42	42	P.1.14	0.002008
ORF6	4	L4del	CTC	---	41	41	AY.4	0.000064
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	39	40	AY.29	0.000615
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	1	40	AY.29	0.000016
ORF6	4	L4del	CTC	---	40	40	B.1.1.7	0.000036
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	39	39	B.1.243	0.002714
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	38	38	AY.26	0.001076
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	37	37	B.1.409	0.028906
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	35	36	AY.103	0.000217
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	1	36	AY.103	0.000006
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	36	36	AY.14	0.003168
ORF6	4	L4P	cTc	cCc	36	36	B.1.1.519	0.00143
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	36	36	B.1.525	0.004074
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	35	35	B.1.1.525	0.191257
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	35	35	B.1.177.81	0.006626
ORF6	4	L4P	cTc	cCc	33	33	B.1.2	0.000291
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	32	32	B.1.427	0.001616
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	32	32	C.16	0.033934
ORF6	4	L4R	cTc	cGc	30	31	All	0.000006
ORF6	4	L4R	cTC	cGA	1	31	All	0
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	30	30	AY.4.2	0.000651
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	30	30	B.1.177.19	0.042918
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	30	30	B.1.177.44	0.015568
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	27	28	P.1.7	0.008621
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	1	28	P.1.7	0.000319
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	26	26	B.1.234	0.003431
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	22	25	AY.43	0.000097
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	3	25	AY.43	0.000013
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	24	24	B.1.1.434	0.008365
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	23	23	B.1.1.317	0.009469
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	22	22	C.37	0.002553
ORF6	4	L4del	CTC	---	21	21	B.1.2	0.000185
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	19	19	B.1.160.28	0.055556
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	15	17	AY.75	0.00084
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	2	17	AY.75	0.000112
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	17	17	B.1.1.174	0.057432
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	17	17	B.1.351	0.000505
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	17	17	B.1.428	0.017347
ORF6	4	L4del	CTC	---	16	16	AY.103	0.000099
ORF6	4	L4del	CTC	---	16	16	AY.44	0.000097
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	16	16	B.1.1.28	0.00498
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	16	16	B.1.1.39	0.008155
ORF6	4	L4F	Ctc	Ttc	15	16	B.1.1.7	0.000013
ORF6	4	L4F	CtC	TtT	1	16	B.1.1.7	0.000001
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	16	16	B.1.416	0.020305
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	15	15	B.1.1.330	0.9375
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	14	14	AY.39	0.000346
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	13	13	AY.119	0.000459
ORF6	4	L4R	cTc	cGc	13	13	AY.4	0.00002
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	13	13	B.1.1.306	0.005699
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	13	13	B.1.1.348	0.01035
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	13	13	B.1.177.32	0.017544
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	13	13	B.1.240	0.002802
ORF6	4	L4del	CTC	---	13	13	B.1.617.2	0.000049
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	12	12	AY.25	0.000072
ORF6	4	L4del	CTC	---	12	12	AY.3	0.000119
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	12	12	B.1.1.10	0.013378
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	12	12	B.1.177.73	0.006795
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	12	12	B.1.575	0.003641
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	12	12	B.1.595	0.003132
ORF6	4	L4V	Ctc	Gtc	7	11	All	0.000001
ORF6	4	L4V	CtC	GtA	3	11	All	0.000001
ORF6	4	L4V	CtC	GtT	1	11	All	0
ORF6	4	L4del	CTC	---	11	11	B.1	0.000101
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	11	11	B.1.1.284	0.001181
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	10	11	D.2	0.00075
ORF6	4	L4L	ctC	ctG	1	11	D.2	0.000075
ORF6	4	L4del1	ctC	ct-	4	10	All	0.000001
ORF6	4	L4del1	Ctc	-tc	3	10	All	0.000001
ORF6	4	L4del1	CtC	At-	1	10	All	0
ORF6	4	L4del1	CtC	-tT	1	10	All	0
ORF6	4	L4del1	cTc	c-c	1	10	All	0
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	10	10	AY.9.2	0.000367
ORF6	4	L4F	Ctc	Ttc	10	10	B.1.177	0.000132
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	10	10	B.1.177.60	0.002184
ORF6	4	L4F	Ctc	Ttc	10	10	B.1.2	0.000088
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	9	10	B.1.466.2	0.003521
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	1	10	B.1.466.2	0.000391
ORF6	4	L4I	Ctc	Atc	10	10	B.1.621.1	0.005058
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	9	9	AY.16.1	0.004229
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	9	9	AY.20	0.00035
ORF6	4	L4del	CTC	---	9	9	AY.25	0.000054
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	8	9	AY.3	0.00008
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	1	9	AY.3	0.00001
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	9	9	AY.38	0.004493
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	7	9	B.1.1.1	0.002287
ORF6	4	L4L	ctC	ctA	1	9	B.1.1.1	0.000327
ORF6	4	L4L	ctC	ctG	1	9	B.1.1.1	0.000327
ORF6	4	L4I	Ctc	Atc	8	9	B.1.1.7	0.000007
ORF6	4	L4I	CtC	AtA	1	9	B.1.1.7	0.000001
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	9	9	B.1.596	0.000784
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	9	9	B.1.609	0.004314
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	9	9	C.13	0.230769
ORF6	4	L4F	Ctc	Ttc	8	8	AY.103	0.00005
ORF6	4	L4P	cTc	cCc	8	8	AY.4	0.000012
ORF6	4	L4del	CTC	---	8	8	AY.43	0.000035
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	8	8	AY.54	0.000763
ORF6	4	L4del	CTC	---	8	8	AY.6	0.000329
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	8	8	B.1.1.189	0.012103
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	8	8	B.1.1.214	0.000444
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	8	8	B.1.1.216	0.007124
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	8	8	B.1.1.291	0.005939
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	8	8	B.1.524	0.011252
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	8	8	B.1.637	0.000585
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	8	8	B.1.78	0.068376
ORF6	4	L4del	CTC	---	7	7	AY.29	0.00011
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ORF6	4	L4P	cTc	cCc	1	1	Q.1	0.000126
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ORF6	4	L4L	ctC	ctT	1	1	Q.4	0.000455
ORF6	4	L4del	CTC	---	1	1	R.1	0.00009
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	1	1	W.4	0.001351
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	1	1	Y.1	0.012821
ORF6	4	L4L	ctC	ctT	1	1	Z.1	0.00289

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.