CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 28

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF628N28deldelAAT---28012801127283-27285
ORF628N28NsynaaTaaC392392127283-27285
ORF628N28HnonsynAatCat1041030.99038527283-27285
ORF628N28HnonsynAaTCaC10410.0096153827283-27285
ORF628N28DnonsynAatGat9797127283-27285
ORF628N28KnonsynaaTaaA45380.84444427283-27285
ORF628N28KnonsynaaTaaG4570.15555627283-27285
ORF628N28YnonsynAatTat4242127283-27285
ORF628N28del2delAAt--t23190.82608727283-27285
ORF628N28del2delaATa--2340.17391327283-27285
ORF628N28EnonsynAaTGaA1313127283-27285
ORF628N28InonsynaAtaTt13110.84615427283-27285
ORF628N28InonsynaATaTA1310.076923127283-27285
ORF628N28InonsynaATaTC1310.076923127283-27285
ORF628N28RnonsynaATaGA1111127283-27285
ORF628N28LnonsynAATCTG11100.90909127283-27285
ORF628N28del1delAat-at1180.72727327283-27285
ORF628N28del1delaaTaa-1120.18181827283-27285
ORF628N28LnonsynAAtCTt1110.090909127283-27285
ORF628N28del1delAAT-NN1110.090909127283-27285
ORF628N28SnonsynaAtaGt650.83333327283-27285
ORF628N28SnonsynAAtTCt610.16666727283-27285
ORF628N28MnonsynaATaTG55127283-27285
ORF628N28XnonsynAaTTaA530.627283-27285
ORF628N28XnonsynAATTGA520.427283-27285
ORF628N28TnonsynaAtaCt430.7527283-27285
ORF628N28TnonsynaATaCC410.2527283-27285
ORF628N28PnonsynAAtCCt22127283-27285
ORF628N28GnonsynAATGGA11127283-27285
ORF628N28VnonsynAATGTA11127283-27285

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF628N28delAAT---28012801All0.000536
ORF628N28delAAT---626626AY.40.000974
ORF628N28NaaTaaC392392All0.000075
ORF628N28delAAT---358358B.1.1.70.00032
ORF628N28delAAT---109109B.1.617.20.00041
ORF628N28NaaTaaC108108B.1.1.70.000097
ORF628N28delAAT---106106AY.430.00047
ORF628N28delAAT---106106AY.440.000645
ORF628N28HAatCat103104All0.00002
ORF628N28HAaTCaC1104All0
ORF628N28DAatGat9797All0.000019
ORF628N28delAAT---9696AY.4.20.002082
ORF628N28delAAT---9191AY.250.000547
ORF628N28delAAT---6363B.10.000577
ORF628N28delAAT---6262AY.1030.000385
ORF628N28delAAT---5959AY.30.000587
ORF628N28delAAT---5959AY.470.001835
ORF628N28delAAT---5656AY.1200.002082
ORF628N28NaaTaaC5353AY.1030.000329
ORF628N28NaaTaaC5353AY.40.000082
ORF628N28delAAT---5050B.1.20.00044
ORF628N28KaaTaaA3845All0.000007
ORF628N28KaaTaaG745All0.000001
ORF628N28HAatCat4545AY.40.00007
ORF628N28YAatTat4242All0.000008
ORF628N28delAAT---4141B.1.6161
ORF628N28delAAT---3939P.10.000614
ORF628N28delAAT---3636AY.390.00089
ORF628N28delAAT---3232N.81
ORF628N28DAatGat2727AY.40.000042
ORF628N28delAAT---2525AY.50.000516
ORF628N28delAAT---2525B.1.5260.000588
ORF628N28delAAT---2424AY.260.000679
ORF628N28KaaTaaA2324B.1.1.70.000021
ORF628N28KaaTaaG124B.1.1.70.000001
ORF628N28del2AAt--t1923All0.000004
ORF628N28del2aATa--423All0.000001
ORF628N28delAAT---2323AY.1110.004212
ORF628N28delAAT---2121AY.840.009186
ORF628N28HAatCat2020AY.460.002082
ORF628N28delAAT---2020B.1.1080.116279
ORF628N28DAatGat2020B.1.177.210.001529
ORF628N28delAAT---1818B.1.177.210.001376
ORF628N28NaaTaaC1818B.1.617.20.000068
ORF628N28delAAT---1717AY.130.002737
ORF628N28delAAT---1717AY.750.000952
ORF628N28delAAT---1616AY.1180.001002
ORF628N28delAAT---1515AY.290.000237
ORF628N28delAAT---1515AY.360.002223
ORF628N28delAAT---1515AY.420.000603
ORF628N28YAatTat1515B.1.177.210.001147
ORF628N28delAAT---1414AY.540.001335
ORF628N28NaaTaaC1414B.1.1.2200.026022
ORF628N28HAatCat1414B.1.1.70.000013
ORF628N28EAaTGaA1313All0.000002
ORF628N28IaAtaTt1113All0.000002
ORF628N28IaATaTA113All0
ORF628N28IaATaTC113All0
ORF628N28delAAT---1313AY.1190.000459
ORF628N28delAAT---1313AY.900.008898
ORF628N28DAatGat1313B.1.1.70.000012
ORF628N28delAAT---1313B.1.1050.125
ORF628N28delAAT---1313B.1.4290.000306
ORF628N28NaaTaaC1212AY.1110.002198
ORF628N28delAAT---1212AY.200.000466
ORF628N28delAAT---1212AY.850.005126
ORF628N28EAaTGaA1212B.1.177.210.000918
ORF628N28delAAT---1212B.1.36.360.007225
ORF628N28RaATaGA1111All0.000002
ORF628N28LAATCTG1011All0.000002
ORF628N28del1Aat-at811All0.000002
ORF628N28del1aaTaa-211All0
ORF628N28LAAtCTt111All0
ORF628N28del1AAT-NN111All0
ORF628N28delAAT---1111AY.1130.001566
ORF628N28RaATaGA1111AY.40.000017
ORF628N28delAAT---1111AY.9.20.000404
ORF628N28LAATCTG1011B.1.177.210.000765
ORF628N28LAAtCTt111B.1.177.210.000076
ORF628N28delAAT---1010AY.1000.00046
ORF628N28delAAT---1010AY.140.00088
ORF628N28delAAT---1010AY.39.10.000396
ORF628N28delAAT---1010AY.450.001217
ORF628N28delAAT---1010AY.460.001041
ORF628N28NaaTaaC1010B.10.000092
ORF628N28delAAT---99AY.1060.003014
ORF628N28delAAT---99AY.4.2.10.001341
ORF628N28delAAT---88AY.1020.000212
ORF628N28NaaTaaC88AY.430.000035
ORF628N28delAAT---88AY.46.50.001587
ORF628N28NaaTaaC88B.1.1.2630.012461
ORF628N28NaaTaaC88B.1.1.3720.00551
ORF628N28NaaTaaC88B.1.1770.000105
ORF628N28delAAT---88B.1.1770.000105
ORF628N28delAAT---88B.1.2400.001725
ORF628N28delAAT---88B.1.3510.000238
ORF628N28NaaTaaC77AY.390.000173
ORF628N28KaaTaaA77AY.430.000031
ORF628N28delAAT---77B.1.10.000127
ORF628N28delAAT---77B.1.2340.000924
ORF628N28delAAT---77B.1.351.20.002118
ORF628N28delAAT---77B.1.6210.00062
ORF628N28SaAtaGt56All0.000001
ORF628N28SAAtTCt16All0
ORF628N28delAAT---66AY.270.000388
ORF628N28delAAT---66AY.3.10.000512
ORF628N28delAAT---66AY.60.000247
ORF628N28delAAT---66AY.610.000629
ORF628N28delAAT---66B.1.1.2140.000333
ORF628N28YAatTat66B.1.1.70.000005
ORF628N28YAatTat66B.1.177.70.000989
ORF628N28NaaTaaC66B.1.2430.000418
ORF628N28delAAT---66B.1.2580.000399
ORF628N28delAAT---66B.1.3110.001647
ORF628N28NaaTaaC66P.10.000095
ORF628N28MaATaTG55All0.000001
ORF628N28XAaTTaA35All0.000001
ORF628N28XAATTGA25All0
ORF628N28HAatCat55AY.250.00003
ORF628N28DAatGat55AY.30.00005
ORF628N28delAAT---55AY.330.000334
ORF628N28delAAT---55AY.340.000485
ORF628N28delAAT---55AY.980.000395
ORF628N28delAAT---55AY.98.10.000242
ORF628N28delAAT---55B.1.1.2220.00102
ORF628N28delAAT---55B.1.1.3180.001509
ORF628N28MaATaTG55B.1.177.210.000382
ORF628N28delAAT---55B.1.4270.000252
ORF628N28delAAT---55P.1.100.001347
ORF628N28delAAT---55R.10.00045
ORF628N28delAAT---44A0.001548
ORF628N28TaAtaCt34All0.000001
ORF628N28TaATaCC14All0
ORF628N28delAAT---44AU.20.009685
ORF628N28delAAT---44AY.1100.000451
ORF628N28NaaTaaC44AY.260.000113
ORF628N28DAatGat44AY.290.000063
ORF628N28NaaTaaC44AY.4.20.000087
ORF628N28del2AAt--t44AY.50.000083
ORF628N28delAAT---44AY.680.001095
ORF628N28delAAT---44AY.9.10.000335
ORF628N28DAatGat44B.10.000037
ORF628N28delAAT---44B.1.1.5190.000159
ORF628N28del1Aat-at44B.1.1.70.000004
ORF628N28IaAtaTt34B.1.1.70.000003
ORF628N28IaATaTA14B.1.1.70.000001
ORF628N28IaAtaTt44B.1.177.210.000306
ORF628N28NaaTaaC44B.1.20.000035
ORF628N28NaaTaaC44B.1.36.310.007005
ORF628N28delAAT---44B.1.5250.000453
ORF628N28delAAT---44P.1.170.000647
ORF628N28delAAT---33AY.120.000948
ORF628N28delAAT---33AY.20.001068
ORF628N28NaaTaaC33AY.30.00003
ORF628N28YAatTat33AY.40.000005
ORF628N28delAAT---33AY.4.50.000322
ORF628N28SaAtaGt33AY.440.000018
ORF628N28delAAT---33AY.46.60.000217
ORF628N28NaaTaaC33AY.470.000093
ORF628N28delAAT---33AY.710.001425
ORF628N28delAAT---33AY.90.000203
ORF628N28delAAT---33B0.000383
ORF628N28YAatTat33B.10.000027
ORF628N28NaaTaaC33B.1.10.000054
ORF628N28delAAT---33B.1.1.330.001263
ORF628N28del2AAt--t33B.1.1.70.000003
ORF628N28delAAT---33B.1.177.100.002634
ORF628N28XAATTGA23B.1.177.210.000153
ORF628N28XAaTTaA13B.1.177.210.000076
ORF628N28delAAT---33B.1.214.20.001799
ORF628N28NaaTaaC33B.1.4700.004213
ORF628N28HAatCat33B.1.5960.000261
ORF628N28del2AAt--t33B.1.617.20.000011
ORF628N28HAatCat23B.1.617.20.000008
ORF628N28HAaTCaC13B.1.617.20.000004
ORF628N28delAAT---33B.1.6370.000219
ORF628N28delAAT---33C.370.000348
ORF628N28NaaTaaC33C.370.000348
ORF628N28XAaTTaA220.111111
ORF628N28KaaTaaA220.111111
ORF628N28NaaTaaC220.111111
ORF628N28PAAtCCt220.111111
ORF628N28PAAtCCt22All0
ORF628N28KaaTaaG22AY.1030.000012
ORF628N28NaaTaaC22AY.1130.000285
ORF628N28delAAT---22AY.120.20.002571
ORF628N28NaaTaaC22AY.1210.000271
ORF628N28delAAT---22AY.230.000139
ORF628N28NaaTaaC22AY.230.000139
ORF628N28del2AAt--t22AY.250.000012
ORF628N28delAAT---22AY.280.003781
ORF628N28NaaTaaC22AY.330.000134
ORF628N28HAatCat22AY.390.000049
ORF628N28NaaTaaC22AY.39.10.000079
ORF628N28del2aATa--22AY.40.000003
ORF628N28delAAT---22AY.400.001929
ORF628N28DAatGat22AY.430.000009
ORF628N28delAAT---22AY.46.20.001271
ORF628N28NaaTaaC22AY.5.40.000553
ORF628N28delAAT---22AY.520.001629
ORF628N28delAAT---22AY.530.000575
ORF628N28delAAT---22AY.740.000231
ORF628N28delAAT---22AY.75.10.000361
ORF628N28TaAtaCt12AY.850.000427
ORF628N28TaATaCC12AY.850.000427
ORF628N28HAatCat22AY.9.20.000073
ORF628N28NaaTaaC22AY.9.20.000073
ORF628N28DAatGat22AY.9.20.000073
ORF628N28NaaTaaC22AY.99.20.000184
ORF628N28delAAT---22AY.99.20.000184
ORF628N28NaaTaaC22B0.000256
ORF628N28KaaTaaG22B.10.000018
ORF628N28delAAT---22B.1.1.10.000653
ORF628N28delAAT---22B.1.1.2310.006192
ORF628N28delAAT---22B.1.1.4610.024096
ORF628N28HAatCat22B.1.1770.000026
ORF628N28del1Aat-at22B.1.177.210.000153
ORF628N28delAAT---22B.1.177.70.00033
ORF628N28delAAT---22B.1.1950.01005
ORF628N28HAatCat22B.1.20.000018
ORF628N28delAAT---22B.1.2290.019417
ORF628N28delAAT---22B.1.2430.000139
ORF628N28delAAT---22B.1.3320.006993
ORF628N28delAAT---22B.1.36.170.000988
ORF628N28NaaTaaC22B.1.36.270.001527
ORF628N28delAAT---22B.1.4000.000858
ORF628N28delAAT---22B.1.438.10.000215
ORF628N28delAAT---22B.1.466.20.000782
ORF628N28delAAT---22B.1.5240.002813
ORF628N28delAAT---22B.1.5540.008811
ORF628N28delAAT---22B.1.5750.000607
ORF628N28delAAT---22B.1.5950.000522
ORF628N28delAAT---22B.1.5960.000174
ORF628N28delAAT---22B.1.617.10.000258
ORF628N28DAatGat22B.1.617.20.000008
ORF628N28IaATaTC12B.1.617.20.000004
ORF628N28IaAtaTt12B.1.617.20.000004
ORF628N28delAAT---22B.1.617.30.00597
ORF628N28delAAT---22D.20.00015
ORF628N28delAAT---22P.1.140.000096
ORF628N28delAAT---22P.30.00319
ORF628N28delAAT---22Q.80.00033
ORF628N28delAAT---11A.10.000282
ORF628N28HAatCat11A.20.000662
ORF628N28GAATGGA11All0
ORF628N28VAATGTA11All0
ORF628N28delAAT---11AP.10.001502
ORF628N28delAAT---11AU.10.001266
ORF628N28DAatGat11AY.1000.000046
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