CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 26

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF6	26	I26del		del	ATT	---	2837	2837	1	27277-27279
ORF6	26	I26V		nonsyn	Att	Gtt	875	875	1	27277-27279
ORF6	26	I26I		syn	atT	atC	235	227	0.965957	27277-27279
ORF6	26	I26I		syn	atT	atA	235	8	0.0340426	27277-27279
ORF6	26	I26T		nonsyn	aTt	aCt	204	202	0.990196	27277-27279
ORF6	26	I26T		nonsyn	aTT	aCC	204	2	0.00980392	27277-27279
ORF6	26	I26F		nonsyn	Att	Ttt	118	108	0.915254	27277-27279
ORF6	26	I26F		nonsyn	AtT	TtC	118	10	0.0847458	27277-27279
ORF6	26	I26M		nonsyn	atT	atG	109	109	1	27277-27279
ORF6	26	I26L		nonsyn	Att	Ctt	109	104	0.954128	27277-27279
ORF6	26	I26L		nonsyn	AtT	CtC	109	4	0.0366972	27277-27279
ORF6	26	I26L		nonsyn	AtT	CtG	109	1	0.00917431	27277-27279
ORF6	26	I26del1		del	Att	-tt	34	16	0.470588	27277-27279
ORF6	26	I26del1		del	aTt	a-t	34	11	0.323529	27277-27279
ORF6	26	I26del1		del	atT	at-	34	6	0.176471	27277-27279
ORF6	26	I26del1		del	ATt	-At	34	1	0.0294118	27277-27279
ORF6	26	I26N		nonsyn	aTt	aAt	16	11	0.6875	27277-27279
ORF6	26	I26N		nonsyn	aTT	aAC	16	5	0.3125	27277-27279
ORF6	26	I26S		nonsyn	aTt	aGt	15	12	0.8	27277-27279
ORF6	26	I26S		nonsyn	ATt	TCt	15	3	0.2	27277-27279
ORF6	26	I26del2		del	ATt	--t	3	2	0.666667	27277-27279
ORF6	26	I26del2		del	aTT	a--	3	1	0.333333	27277-27279
ORF6	26	I26P		nonsyn	ATT	CCA	2	2	1	27277-27279

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF6	26	I26del	ATT	---	2837	2837	All	0.000543
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	875	875	All	0.000167
ORF6	26	I26del	ATT	---	617	617	AY.4	0.00096
ORF6	26	I26del	ATT	---	363	363	B.1.1.7	0.000325
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	294	294	B.1.1.7	0.000263
ORF6	26	I26I	atT	atC	227	235	All	0.000043
ORF6	26	I26I	atT	atA	8	235	All	0.000002
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	202	204	All	0.000039
ORF6	26	I26T	aTT	aCC	2	204	All	0
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	185	185	AY.4	0.000288
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	108	118	All	0.000021
ORF6	26	I26F	AtT	TtC	10	118	All	0.000002
ORF6	26	I26I	atT	atC	117	117	AY.20	0.004547
ORF6	26	I26del	ATT	---	112	112	B.1.617.2	0.000422
ORF6	26	I26M	atT	atG	109	109	All	0.000021
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	104	109	All	0.00002
ORF6	26	I26L	AtT	CtC	4	109	All	0.000001
ORF6	26	I26L	AtT	CtG	1	109	All	0
ORF6	26	I26del	ATT	---	108	108	AY.43	0.000478
ORF6	26	I26del	ATT	---	102	102	AY.44	0.000621
ORF6	26	I26del	ATT	---	101	101	AY.4.2	0.002191
ORF6	26	I26M	atT	atG	98	98	B.1.1.453	0.830508
ORF6	26	I26del	ATT	---	92	92	AY.25	0.000553
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	84	84	B.1.617.2	0.000316
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	62	66	B.1.177.21	0.004741
ORF6	26	I26L	AtT	CtC	4	66	B.1.177.21	0.000306
ORF6	26	I26del	ATT	---	63	63	AY.103	0.000391
ORF6	26	I26del	ATT	---	63	63	B.1	0.000577
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	53	63	B.1.177.21	0.004053
ORF6	26	I26F	AtT	TtC	10	63	B.1.177.21	0.000765
ORF6	26	I26del	ATT	---	61	61	AY.3	0.000607
ORF6	26	I26del	ATT	---	59	59	AY.47	0.001835
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	52	54	B.1.1.7	0.000047
ORF6	26	I26T	aTT	aCC	2	54	B.1.1.7	0.000002
ORF6	26	I26del	ATT	---	52	52	AY.120	0.001933
ORF6	26	I26del	ATT	---	49	49	B.1.2	0.000431
ORF6	26	I26del	ATT	---	41	41	B.1.616	1
ORF6	26	I26del	ATT	---	38	38	P.1	0.000599
ORF6	26	I26del	ATT	---	37	37	AY.39	0.000914
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	36	36	AY.3	0.000358
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	16	34	All	0.000003
ORF6	26	I26del1	aTt	a-t	11	34	All	0.000002
ORF6	26	I26del1	atT	at-	6	34	All	0.000001
ORF6	26	I26del1	ATt	-At	1	34	All	0
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	34	34	AY.7.1	0.003832
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	34	34	P.1.14	0.001625
ORF6	26	I26del	ATT	---	32	32	N.8	1
ORF6	26	I26del	ATT	---	31	31	AY.5	0.00064
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	28	28	AY.103	0.000174
ORF6	26	I26del	ATT	---	25	25	B.1.526	0.000588
ORF6	26	I26del	ATT	---	24	24	AY.26	0.000679
ORF6	26	I26del	ATT	---	23	23	AY.111	0.004212
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	21	21	AY.4	0.000033
ORF6	26	I26del	ATT	---	21	21	AY.6	0.000864
ORF6	26	I26del	ATT	---	21	21	AY.84	0.009186
ORF6	26	I26del	ATT	---	20	20	B.1.108	0.116279
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	20	20	B.1.2	0.000176
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	18	18	B.1.1.7	0.000016
ORF6	26	I26del	ATT	---	17	17	AY.13	0.002737
ORF6	26	I26del	ATT	---	17	17	AY.75	0.000952
ORF6	26	I26del	ATT	---	17	17	B.1.177.21	0.0013
ORF6	26	I26N	aTt	aAt	11	16	All	0.000002
ORF6	26	I26N	aTT	aAC	5	16	All	0.000001
ORF6	26	I26del	ATT	---	16	16	AY.118	0.001002
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	16	16	B.1.36	0.002334
ORF6	26	I26S	aTt	aGt	12	15	All	0.000002
ORF6	26	I26S	ATt	TCt	3	15	All	0.000001
ORF6	26	I26del	ATT	---	15	15	AY.36	0.002223
ORF6	26	I26del	ATT	---	15	15	AY.42	0.000603
ORF6	26	I26del	ATT	---	14	14	AY.54	0.001335
ORF6	26	I26del	ATT	---	13	13	AY.119	0.000459
ORF6	26	I26del	ATT	---	13	13	AY.29	0.000205
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	13	13	AY.44	0.000079
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	13	13	AY.46.4	0.002139
ORF6	26	I26del	ATT	---	13	13	AY.85	0.005553
ORF6	26	I26del	ATT	---	13	13	AY.90	0.008898
ORF6	26	I26del	ATT	---	13	13	B.1.105	0.125
ORF6	26	I26del	ATT	---	13	13	B.1.429	0.000306
ORF6	26	I26del	ATT	---	12	12	AY.20	0.000466
ORF6	26	I26del	ATT	---	12	12	B.1.36.36	0.007225
ORF6	26	I26I	atT	atC	11	11	AY.103	0.000068
ORF6	26	I26del	ATT	---	11	11	AY.113	0.001566
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	11	11	AY.20	0.000428
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	11	11	AY.39	0.000272
ORF6	26	I26del	ATT	---	11	11	AY.39.1	0.000436
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	11	11	AY.4	0.000017
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	11	11	AY.43	0.000049
ORF6	26	I26del	ATT	---	11	11	AY.46	0.001145
ORF6	26	I26del	ATT	---	11	11	AY.9.2	0.000404
ORF6	26	I26I	atT	atC	10	11	B.1.1.7	0.000009
ORF6	26	I26I	atT	atA	1	11	B.1.1.7	0.000001
ORF6	26	I26I	atT	atC	10	11	B.1.617.2	0.000038
ORF6	26	I26I	atT	atA	1	11	B.1.617.2	0.000004
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	11	11	P.1	0.000173
ORF6	26	I26del	ATT	---	10	10	AY.100	0.00046
ORF6	26	I26del	ATT	---	10	10	AY.14	0.00088
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	10	10	AY.25	0.00006
ORF6	26	I26del	ATT	---	10	10	AY.45	0.001217
ORF6	26	I26I	atT	atC	10	10	B.1.160	0.000312
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	10	10	B.1.329	0.006075
ORF6	26	I26del	ATT	---	9	9	AY.106	0.003014
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	9	9	AY.26	0.000255
ORF6	26	I26I	atT	atC	6	9	AY.4	0.000009
ORF6	26	I26I	atT	atA	3	9	AY.4	0.000005
ORF6	26	I26del	ATT	---	9	9	AY.4.2.1	0.001341
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	9	9	AY.43	0.00004
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	9	9	B.1.1.39	0.004587
ORF6	26	I26I	atT	atC	8	9	B.1.1.50	0.005431
ORF6	26	I26I	atT	atA	1	9	B.1.1.50	0.000679
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	5	9	B.1.1.7	0.000004
ORF6	26	I26del1	atT	at-	2	9	B.1.1.7	0.000002
ORF6	26	I26del1	aTt	a-t	2	9	B.1.1.7	0.000002
ORF6	26	I26del	ATT	---	9	9	B.1.177	0.000119
ORF6	26	I26del	ATT	---	9	9	B.1.240	0.00194
ORF6	26	I26del	ATT	---	8	8	AY.102	0.000212
ORF6	26	I26del	ATT	---	8	8	AY.46.5	0.001587
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	8	8	AY.6	0.000329
ORF6	26	I26del	ATT	---	8	8	B.1.351	0.000238
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	8	8	B.1.617.2	0.00003
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	7	7	AY.11	0.009371
ORF6	26	I26del	ATT	---	7	7	AY.61	0.000733
ORF6	26	I26del	ATT	---	7	7	B.1.1	0.000127
ORF6	26	I26del	ATT	---	7	7	B.1.234	0.000924
ORF6	26	I26del	ATT	---	7	7	B.1.351.2	0.002118
ORF6	26	I26del	ATT	---	7	7	B.1.36.26	0.02
ORF6	26	I26del	ATT	---	7	7	B.1.621	0.00062
ORF6	26	I26del	ATT	---	6	6	AY.27	0.000388
ORF6	26	I26del	ATT	---	6	6	AY.3.1	0.000512
ORF6	26	I26del	ATT	---	6	6	AY.98.1	0.000291
ORF6	26	I26del	ATT	---	6	6	B.1.1.214	0.000333
ORF6	26	I26del	ATT	---	6	6	B.1.1.222	0.001224
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	6	6	B.1.2	0.000053
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	6	6	B.1.243	0.000418
ORF6	26	I26del	ATT	---	6	6	B.1.258	0.000399
ORF6	26	I26del	ATT	---	6	6	B.1.311	0.001647
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	6	6	D.2	0.00045
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	5	5	AY.13	0.000805
ORF6	26	I26del	ATT	---	5	5	AY.33	0.000334
ORF6	26	I26del	ATT	---	5	5	AY.34	0.000485
ORF6	26	I26del	ATT	---	5	5	AY.98	0.000395
ORF6	26	I26del	ATT	---	5	5	B.1.1.318	0.001509
ORF6	26	I26del	ATT	---	5	5	B.1.427	0.000252
ORF6	26	I26del	ATT	---	5	5	P.1.10	0.001347
ORF6	26	I26del	ATT	---	5	5	R.1	0.00045
ORF6	26	I26N	aTt	aAt	2	4		0.111111
ORF6	26	I26N	aTT	aAC	2	4		0.111111
ORF6	26	I26del	ATT	---	4	4	A	0.001548
ORF6	26	I26del	ATT	---	4	4	AU.2	0.009685
ORF6	26	I26del	ATT	---	4	4	AY.110	0.000451
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	4	4	AY.29	0.000063
ORF6	26	I26I	atT	atC	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF6	26	I26del	ATT	---	4	4	AY.68	0.001095
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	4	4	AY.9	0.00027
ORF6	26	I26del	ATT	---	4	4	AY.9.1	0.000335
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	4	4	B.1	0.000037
ORF6	26	I26I	atT	atC	4	4	B.1.1	0.000073
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	4	4	B.1.1	0.000073
ORF6	26	I26del	ATT	---	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF6	26	I26I	atT	atC	4	4	B.1.396	0.002823
ORF6	26	I26del	ATT	---	4	4	B.1.525	0.000453
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	4	4	P.1	0.000063
ORF6	26	I26del	ATT	---	4	4	P.1.17	0.000647
ORF6	26	I26del2	ATt	--t	2	3	All	0
ORF6	26	I26del2	aTT	a--	1	3	All	0
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	3	3	AY.103	0.000019
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	3	3	AY.116	0.00086
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	AY.12	0.000948
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	AY.2	0.001068
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	3	3	AY.23	0.000209
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	3	3	AY.3	0.00003
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	3	3	AY.33	0.0002
ORF6	26	I26S	aTt	aGt	3	3	AY.4	0.000005
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF6	26	I26I	atT	atC	3	3	AY.44	0.000018
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	AY.46.6	0.000217
ORF6	26	I26S	aTt	aGt	3	3	AY.61	0.000314
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	AY.71	0.001425
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	AY.9	0.000203
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	3	3	B.1.1	0.000054
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	3	3	B.1.177	0.00004
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	B.1.177.10	0.002634
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF6	26	I26S	ATt	TCt	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF6	26	I26I	atT	atC	3	3	B.1.2	0.000026
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	B.1.214.2	0.001799
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	B.1.637	0.000219
ORF6	26	I26I	atT	atC	3	3	C.37	0.000348
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	C.37	0.000348
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	3	3	P.1.1	0.000953
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	3	3	P.2	0.00056
ORF6	26	I26del	ATT	---	3	3	P.3	0.004785
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	2	2		0.111111
ORF6	26	I26P	ATT	CCA	2	2		0.111111
ORF6	26	I26P	ATT	CCA	2	2	All	0
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	2	2	AY.102	0.000053
ORF6	26	I26I	atT	atC	2	2	AY.102	0.000053
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	2	2	AY.102	0.000053
ORF6	26	I26S	aTt	aGt	2	2	AY.103	0.000012
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	1	2	AY.103	0.000006
ORF6	26	I26del1	ATt	-At	1	2	AY.103	0.000006
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	2	2	AY.119	0.000071
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	AY.120.2	0.002571
ORF6	26	I26I	atT	atC	2	2	AY.14	0.000176
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	AY.23	0.000139
ORF6	26	I26I	atT	atC	2	2	AY.24	0.000862
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	2	2	AY.25	0.000012
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	2	2	AY.25	0.000012
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	AY.28	0.003781
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	2	2	AY.3	0.00002
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	2	2	AY.35	0.000466
ORF6	26	I26N	aTt	aAt	2	2	AY.4	0.000003
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	AY.40	0.001929
ORF6	26	I26I	atT	atC	2	2	AY.43	0.000009
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	2	2	AY.43	0.000009
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	2	2	AY.44	0.000012
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	1	2	AY.44	0.000006
ORF6	26	I26del1	atT	at-	1	2	AY.44	0.000006
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	AY.46.2	0.001271
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	2	2	AY.47	0.000062
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	2	2	AY.5	0.000041
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	2	2	AY.5	0.000041
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	AY.52	0.001629
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	AY.53	0.000575
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	AY.70	0.000417
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	AY.74	0.000231
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF6	26	I26I	atT	atC	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B	0.000256
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	2	2	B.1	0.000018
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	2	2	B.1	0.000018
ORF6	26	I26del1	aTt	a-t	1	2	B.1	0.000009
ORF6	26	I26del1	atT	at-	1	2	B.1	0.000009
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.1.231	0.006192
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.1.461	0.024096
ORF6	26	I26M	atT	atG	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	2	2	B.1.177.60	0.000437
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.195	0.01005
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	2	2	B.1.221	0.000142
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.221	0.000142
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.229	0.019417
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.243	0.000139
ORF6	26	I26I	atT	atC	2	2	B.1.258	0.000133
ORF6	26	I26I	atT	atC	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.332	0.006993
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.36.17	0.000988
ORF6	26	I26I	atT	atC	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.400	0.000858
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	2	2	B.1.428.2	0.066667
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	2	2	B.1.429	0.000047
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	2	2	B.1.429	0.000047
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.524	0.002813
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.554	0.008811
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.575	0.000607
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	2	2	B.1.582	0.000981
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.595	0.000522
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.596	0.000174
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	B.1.617.3	0.00597
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	2	2	C.36.3	0.001134
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	D.2	0.00015
ORF6	26	I26del1	atT	at-	2	2	P.1	0.000032
ORF6	26	I26del	ATT	---	2	2	P.1.14	0.000096
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	2	2	Q.8	0.00033
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	1	1	A	0.000387
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	A.1	0.000282
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	AE.8	0.000489
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AP.1	0.001502
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AU.1	0.001266
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	AY.100	0.000046
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	AY.101	0.00049
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.101	0.00049
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	1	1	AY.102	0.000027
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	1	1	AY.103	0.000006
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF6	26	I26I	atT	atA	1	1	AY.110	0.000113
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.116	0.000287
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.117	0.000085
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	1	1	AY.118	0.000063
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	AY.119	0.000035
ORF6	26	I26del2	ATt	--t	1	1	AY.119	0.000035
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.121	0.000135
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	AY.121	0.000135
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	AY.14	0.000088
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.16	0.00038
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	AY.20	0.000039
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	1	1	AY.25	0.000006
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	AY.25	0.000006
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	1	1	AY.26	0.000028
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	AY.26	0.000028
ORF6	26	I26M	atT	atG	1	1	AY.26	0.000028
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	AY.26	0.000028
ORF6	26	I26M	atT	atG	1	1	AY.27	0.000065
ORF6	26	I26L	AtT	CtG	1	1	AY.29	0.000016
ORF6	26	I26del1	aTt	a-t	1	1	AY.29	0.000016
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	1	1	AY.29	0.000016
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.30	0.000396
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF6	26	I26N	aTt	aAt	1	1	AY.35	0.000233
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	AY.35	0.000233
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	AY.37	0.000316
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.37	0.000316
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	AY.38	0.000499
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.38	0.000499
ORF6	26	I26N	aTT	aAC	1	1	AY.39	0.000025
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	AY.39	0.000025
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	AY.39	0.000025
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	1	1	AY.4	0.000002
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	1	1	AY.4	0.000002
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.4.1	0.000737
ORF6	26	I26M	atT	atG	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	1	1	AY.40	0.000964
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	1	1	AY.42	0.00004
ORF6	26	I26S	aTt	aGt	1	1	AY.43	0.000004
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	1	1	AY.43	0.000004
ORF6	26	I26M	atT	atG	1	1	AY.43	0.000004
ORF6	26	I26S	aTt	aGt	1	1	AY.44	0.000006
ORF6	26	I26M	atT	atG	1	1	AY.44	0.000006
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF6	26	I26N	aTt	aAt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	AY.47	0.000031
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	AY.47	0.000031
ORF6	26	I26del1	aTt	a-t	1	1	AY.47	0.000031
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	AY.49	0.003195
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	AY.55	0.000917
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	AY.55	0.000917
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.57	0.000656
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.59	0.00053
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.63	0.000387
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	AY.65	0.000533
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	AY.7	0.000196
ORF6	26	I26N	aTt	aAt	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.79	0.001211
ORF6	26	I26N	aTT	aAC	1	1	AY.85	0.000427
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.88	0.000884
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF6	26	I26del1	aTt	a-t	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.9.2.1	0.001976
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	AY.92	0.000287
ORF6	26	I26del1	aTt	a-t	1	1	AY.94	0.000443
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	AY.94	0.000443
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	1	1	AY.96	0.002075
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.97	0.001701
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	B	0.000128
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	B	0.000128
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	B.1	0.000009
ORF6	26	I26M	atT	atG	1	1	B.1	0.000009
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	B.1	0.000009
ORF6	26	I26M	atT	atG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF6	26	I26del1	aTt	a-t	1	1	B.1.1	0.000018
ORF6	26	I26N	aTT	aAC	1	1	B.1.1	0.000018
ORF6	26	I26I	atT	atA	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.241	0.00207
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF6	26	I26M	atT	atG	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.304	0.002809
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.307	0.002532
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.319	0.017544
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.38	0.058824
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.397	0.002252
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.424	0.045455
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.51	0.001718
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.8	0.003584
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.1.83	0.00271
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.131	0.008772
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF6	26	I26N	aTt	aAt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.177.5	0.001242
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF6	26	I26del1	aTt	a-t	1	1	B.1.2	0.000009
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.232	0.000537
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.239	0.001221
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	B.1.241	0.000812
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.260	0.003344
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.319	0.003049
ORF6	26	I26del1	aTt	a-t	1	1	B.1.329	0.000608
ORF6	26	I26del2	aTT	a--	1	1	B.1.351	0.00003
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	B.1.351	0.00003
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.36.24	0.006173
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.362	0.001541
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.391	0.001127
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.396	0.000706
ORF6	26	I26del1	aTt	a-t	1	1	B.1.396	0.000706
ORF6	26	I26N	aTt	aAt	1	1	B.1.416	0.001269
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF6	26	I26N	aTt	aAt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.429.1	0.012048
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.462	0.007246
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.469	0.00361
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	B.1.517	0.000427
ORF6	26	I26L	Att	Ctt	1	1	B.1.525	0.000113
ORF6	26	I26S	aTt	aGt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF6	26	I26T	aTt	aCt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	B.1.565	0.00081
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.565	0.00081
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.576	0.000907
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF6	26	I26N	aTt	aAt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF6	26	I26M	atT	atG	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF6	26	I26del1	Att	-tt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF6	26	I26S	aTt	aGt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.627	0.00202
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	B.1.629	0.013333
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.1.9.3	0.038462
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	B.31	0.003731
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	1	1	B.6.6	0.000889
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	C.2.1	0.006667
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	C.36.3	0.000567
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	C.36.3.1	0.002717
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	N.10	0.029412
ORF6	26	I26I	atT	atC	1	1	P.1	0.000016
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	P.1.1	0.000318
ORF6	26	I26V	Att	Gtt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF6	26	I26del2	ATt	--t	1	1	P.1.15	0.000232
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	P.1.16	0.000374
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	P.1.7	0.000319
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	Q.1	0.000126
ORF6	26	I26del	ATT	---	1	1	Q.8	0.000165
ORF6	26	I26F	Att	Ttt	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.