CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 22

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF622F22deldelTTT---16791679127265-27267
ORF622F22del1delTtt-tt6403790.59218827265-27267
ORF622F22del1delttTtt-6402580.40312527265-27267
ORF622F22del1delTTT-CC64010.001562527265-27267
ORF622F22del1delTtT-tA64010.001562527265-27267
ORF622F22del1delTTT-NN64010.001562527265-27267
ORF622F22del2deltTTt--4624580.99134227265-27267
ORF622F22del2delTTT--C46230.0064935127265-27267
ORF622F22del2delTTt--t46210.002164527265-27267
ORF622F22FsynttTttC333333127265-27267
ORF622F22LnonsynTttCtt3152380.75555627265-27267
ORF622F22LnonsynttTttA315720.22857127265-27267
ORF622F22LnonsynttTttG31520.0063492127265-27267
ORF622F22LnonsynTtTCtA31510.003174627265-27267
ORF622F22LnonsynTtTCtG31510.003174627265-27267
ORF622F22LnonsynTtTCtC31510.003174627265-27267
ORF622F22SnonsyntTttCt1111090.98198227265-27267
ORF622F22SnonsyntTTtCA11110.0090090127265-27267
ORF622F22SnonsyntTTtCC11110.0090090127265-27267
ORF622F22YnonsyntTttAt92910.9891327265-27267
ORF622F22YnonsyntTTtAC9210.010869627265-27267
ORF622F22VnonsynTttGtt1212127265-27267
ORF622F22InonsynTttAtt66127265-27267
ORF622F22HnonsynTTTCAC44127265-27267
ORF622F22CnonsyntTttGt22127265-27267
ORF622F22QnonsynTTTCAG11127265-27267

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF622F22delTTT---16791679All0.000321
ORF622F22del1Ttt-tt379640All0.000072
ORF622F22del1ttTtt-258640All0.000049
ORF622F22del1TTT-CC1640All0
ORF622F22del1TtT-tA1640All0
ORF622F22del1TTT-NN1640All0
ORF622F22del2tTTt--458462All0.000088
ORF622F22del2TTT--C3462All0.000001
ORF622F22del2TTt--t1462All0
ORF622F22delTTT---361361AY.40.000562
ORF622F22FttTttC333333All0.000064
ORF622F22LTttCtt238315All0.000046
ORF622F22LttTttA72315All0.000014
ORF622F22LttTttG2315All0
ORF622F22LTtTCtG1315All0
ORF622F22LTtTCtA1315All0
ORF622F22LTtTCtC1315All0
ORF622F22del1Ttt-tt297310AY.40.000462
ORF622F22del1ttTtt-13310AY.40.00002
ORF622F22delTTT---232232B.1.1.70.000208
ORF622F22StTttCt109111All0.000021
ORF622F22StTTtCA1111All0
ORF622F22StTTtCC1111All0
ORF622F22LTttCtt105105AY.250.000632
ORF622F22YtTttAt9192All0.000017
ORF622F22YtTTtAC192All0
ORF622F22FttTttC7878B.1.617.20.000294
ORF622F22delTTT---7777AY.430.000341
ORF622F22delTTT---7777B.1.617.20.00029
ORF622F22del1ttTtt-6572B.1.1.70.000058
ORF622F22del1Ttt-tt772B.1.1.70.000006
ORF622F22del1ttTtt-6464AY.4.20.001388
ORF622F22del2tTTt--5959AY.40.000092
ORF622F22FttTttC5151B.1.1.70.000046
ORF622F22del2tTTt--4949B.1.1.70.000044
ORF622F22delTTT---4747AY.1200.001747
ORF622F22del2tTTt--4444AY.250.000265
ORF622F22delTTT---3939AY.440.000237
ORF622F22del1ttTtt-3737B.1.6160.902439
ORF622F22del1Ttt-tt2535B.10.000229
ORF622F22del1ttTtt-1035B.10.000092
ORF622F22delTTT---3434AY.1030.000211
ORF622F22del2tTTt--3333AY.470.001026
ORF622F22delTTT---3232AY.250.000192
ORF622F22LttTttA2932AY.440.000177
ORF622F22LTttCtt332AY.440.000018
ORF622F22StTttCt3131AY.30.000308
ORF622F22delTTT---3030AY.30.000298
ORF622F22delTTT---3030AY.390.000741
ORF622F22delTTT---2929B.1.177.210.002218
ORF622F22delTTT---2828P.10.000441
ORF622F22delTTT---2727B.10.000247
ORF622F22LTttCtt2727B.1.1.2140.001497
ORF622F22delTTT---2626B.1.20.000229
ORF622F22delTTT---2424AY.4.20.000521
ORF622F22delTTT---2323AY.1110.004212
ORF622F22delTTT---2323B.1.5260.000541
ORF622F22FttTttC2222AY.250.000132
ORF622F22delTTT---2222AY.290.000347
ORF622F22FttTttC2222AY.430.000097
ORF622F22LTttCtt2021AY.40.000031
ORF622F22LttTttA121AY.40.000002
ORF622F22YtTttAt2121B.10.000192
ORF622F22del2tTTt--2121B.1.20.000185
ORF622F22del2tTTt--2020AY.1030.000124
ORF622F22delTTT---2020AY.470.000622
ORF622F22delTTT---2020B.1.1080.116279
ORF622F22del2tTTt--1919AY.30.000189
ORF622F22FttTttC1919B.1.10.000345
ORF622F22delTTT---1919B.1.1770.00025
ORF622F22del2tTTt--1919B.1.617.20.000072
ORF622F22FttTttC1818AY.40.000028
ORF622F22del2tTTt--1818B.10.000165
ORF622F22LTttCtt1218B.1.1.70.000011
ORF622F22LttTttA418B.1.1.70.000004
ORF622F22LttTttG118B.1.1.70.000001
ORF622F22LTtTCtA118B.1.1.70.000001
ORF622F22delTTT---1717AY.420.000684
ORF622F22delTTT---1717AY.50.000351
ORF622F22delTTT---1616AY.260.000453
ORF622F22del2tTTt--1616AY.440.000097
ORF622F22delTTT---1414AY.360.002075
ORF622F22FttTttC1414AY.440.000085
ORF622F22delTTT---1313AY.130.002093
ORF622F22delTTT---1313AY.850.005553
ORF622F22delTTT---1313B.1.1050.125
ORF622F22VTttGtt1212All0.000002
ORF622F22LTttCtt1212AY.270.000777
ORF622F22FttTttC1212AY.30.000119
ORF622F22del1ttTtt-612AY.430.000027
ORF622F22del1Ttt-tt512AY.430.000022
ORF622F22del1TTT-NN112AY.430.000004
ORF622F22del2tTTt--1212AY.750.000672
ORF622F22del2tTTt--1212AY.900.008214
ORF622F22delTTT---1212B.1.36.360.007225
ORF622F22del2tTTt--1111AY.1130.001566
ORF622F22YtTttAt1111AY.430.000049
ORF622F22del2tTTt--1111AY.540.001049
ORF622F22LTttCtt1011B.1.1770.000132
ORF622F22LttTttA111B.1.1770.000013
ORF622F22del1Ttt-tt811B.1.617.20.00003
ORF622F22del1ttTtt-211B.1.617.20.000008
ORF622F22del1TtT-tA111B.1.617.20.000004
ORF622F22StTttCt1010AY.40.000016
ORF622F22delTTT---1010AY.4.2.10.00149
ORF622F22StTttCt1010AY.430.000044
ORF622F22delTTT---1010B.1.4290.000235
ORF622F22del2tTTt--1010B.1.5260.000235
ORF622F22delTTT---99AY.1180.000564
ORF622F22YtTttAt99B.1.1.70.000008
ORF622F22YtTttAt99B.1.1770.000119
ORF622F22del1Ttt-tt89B.1.20.00007
ORF622F22del1ttTtt-19B.1.20.000009
ORF622F22delTTT---88AY.1020.000212
ORF622F22delTTT---88AY.1060.002679
ORF622F22delTTT---88AY.140.000704
ORF622F22delTTT---88AY.98.10.000387
ORF622F22LttTttA48B.10.000037
ORF622F22LTttCtt48B.10.000037
ORF622F22StTttCt88B.1.1.70.000007
ORF622F22delTTT---88B.1.2400.001725
ORF622F22StTttCt88B.1.617.20.00003
ORF622F22LTttCtt58B.1.617.20.000019
ORF622F22LttTttA38B.1.617.20.000011
ORF622F22delTTT---77AY.1000.000322
ORF622F22delTTT---77AY.270.000453
ORF622F22del1ttTtt-77AY.440.000043
ORF622F22FttTttC77B.10.000064
ORF622F22delTTT---77B.1.351.20.002118
ORF622F22ITttAtt66All0.000001
ORF622F22delTTT---66AY.1190.000212
ORF622F22delTTT---66AY.200.000233
ORF622F22del1ttTtt-36AY.250.000018
ORF622F22del1Ttt-tt36AY.250.000018
ORF622F22del2tTTt--66AY.260.00017
ORF622F22FttTttC66AY.390.000148
ORF622F22del1ttTtt-66AY.840.002625
ORF622F22delTTT---66AY.9.20.00022
ORF622F22StTttCt56B.1.20.000044
ORF622F22StTTtCA16B.1.20.000009
ORF622F22FttTttC55AY.1030.000031
ORF622F22YtTttAt55AY.1190.000177
ORF622F22StTttCt55AY.390.000124
ORF622F22FttTttC55AY.39.10.000198
ORF622F22del1Ttt-tt45AY.420.000161
ORF622F22del1ttTtt-15AY.420.00004
ORF622F22delTTT---55AY.450.000608
ORF622F22del2tTTt--55AY.460.00052
ORF622F22del2tTTt--55AY.46.50.000992
ORF622F22delTTT---55AY.610.000524
ORF622F22delTTT---55AY.840.002187
ORF622F22del2tTTt--55AY.840.002187
ORF622F22del2tTTt--55AY.9.20.000184
ORF622F22delTTT---55B.1.1.2140.000277
ORF622F22delTTT---55B.1.1.3180.001509
ORF622F22delTTT---55B.1.1.5190.000199
ORF622F22delTTT---55B.1.2580.000333
ORF622F22delTTT---55B.1.3110.001373
ORF622F22delTTT---55B.1.3510.000149
ORF622F22LTttCtt240.111111
ORF622F22LttTttA240.111111
ORF622F22HTTTCAC44All0.000001
ORF622F22delTTT---44AU.20.009685
ORF622F22YtTttAt44AY.1030.000025
ORF622F22del1ttTtt-34AY.130.000483
ORF622F22del1Ttt-tt14AY.130.000161
ORF622F22FttTttC44AY.260.000113
ORF622F22del2tTTt--44AY.290.000063
ORF622F22StTttCt44AY.3.10.000341
ORF622F22delTTT---44AY.330.000267
ORF622F22del2tTTt--44AY.340.000388
ORF622F22delTTT---44AY.39.10.000158
ORF622F22YtTttAt44AY.40.000006
ORF622F22del2tTTt--44AY.430.000018
ORF622F22LttTttA14AY.430.000004
ORF622F22LTttCtt14AY.430.000004
ORF622F22LTtTCtG14AY.430.000004
ORF622F22LTtTCtC14AY.430.000004
ORF622F22YtTttAt44AY.440.000024
ORF622F22delTTT---44AY.460.000416
ORF622F22del1ttTtt-44AY.470.000124
ORF622F22del2tTTt--44AY.50.000083
ORF622F22delTTT---44AY.540.000381
ORF622F22delTTT---44AY.60.000165
ORF622F22delTTT---44B.1.10.000073
ORF622F22LTttCtt34B.1.10.000054
ORF622F22LttTttA14B.1.10.000018
ORF622F22FttTttC44B.1.1.370.000771
ORF622F22FttTttC44B.1.20.000035
ORF622F22delTTT---44B.1.5250.000453
ORF622F22del2tTTt--44B.1.6210.000354
ORF622F22delTTT---44C.370.000464
ORF622F22VTttGtt44D.20.0003
ORF622F22del2tTTt--44P.10.000063
ORF622F22del1ttTtt-34P.10.000047
ORF622F22del1Ttt-tt14P.10.000016
ORF622F22del2tTTt--44R.10.00036
ORF622F22delTTT---33A0.001161
ORF622F22StTttCt33AY.1000.000138
ORF622F22FttTttC33AY.1020.00008
ORF622F22delTTT---33AY.1100.000338
ORF622F22del2tTTt--33AY.1180.000188
ORF622F22delTTT---33AY.20.001068
ORF622F22FttTttC33AY.200.000117
ORF622F22LttTttA33AY.260.000085
ORF622F22LTttCtt33AY.30.00003
ORF622F22delTTT---33AY.3.10.000256
ORF622F22FttTttC33AY.34.10.00153
ORF622F22YtTttAt33AY.450.000365
ORF622F22delTTT---33AY.680.000821
ORF622F22del1Ttt-tt33AY.710.001425
ORF622F22FttTttC33AY.710.001425
ORF622F22LttTttA33AY.840.001312
ORF622F22delTTT---33AY.980.000237
ORF622F22StTttCt33B.1.10.000054
ORF622F22delTTT---33B.1.1.370.000579
ORF622F22delTTT---33B.1.177.100.002634
ORF622F22LttTttA33B.1.177.210.000229
ORF622F22HTTTCAC33B.1.177.210.000229
ORF622F22ITttAtt33B.1.177.210.000229
ORF622F22LttTttA23B.1.20.000018
ORF622F22LTttCtt13B.1.20.000009
ORF622F22LttTttA23B.1.2430.000139
ORF622F22LTttCtt13B.1.2430.00007
ORF622F22delTTT---33B.1.5960.000261
ORF622F22del1ttTtt-33B.1.6370.000219
ORF622F22del1Ttt-tt33C.370.000348
ORF622F22delTTT---33P.30.004785
ORF622F22del2TTT--C220.111111
ORF622F22FttTttC220.111111
ORF622F22CtTttGt22All0
ORF622F22del2tTTt--22AY.1020.000053
ORF622F22LttTttA22AY.1030.000012
ORF622F22del1ttTtt-22AY.1030.000012
ORF622F22FttTttC22AY.1090.001479
ORF622F22del1Ttt-tt12AY.1190.000035
ORF622F22del1ttTtt-12AY.1190.000035
ORF622F22delTTT---22AY.120.000632
ORF622F22del2tTTt--22AY.1200.000074
ORF622F22delTTT---22AY.120.20.002571
ORF622F22del2tTTt--22AY.200.000078
ORF622F22delTTT---22AY.230.000139
ORF622F22YtTttAt22AY.250.000012
ORF622F22delTTT---22AY.280.003781
ORF622F22del1Ttt-tt22AY.30.00002
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