CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 19

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF619M19InonsynatGatT5233720.71128127256-27258
ORF619M19InonsynatGatA5231500.28680727256-27258
ORF619M19InonsynatGatC52310.0019120527256-27258
ORF619M19VnonsynAtgGtg3633610.9944927256-27258
ORF619M19VnonsynAtGGtC36320.0055096427256-27258
ORF619M19deldelATG---179179127256-27258
ORF619M19TnonsynaTgaCg1791780.99441327256-27258
ORF619M19TnonsynaTGaCC17910.0055865927256-27258
ORF619M19RnonsynaTgaGg41400.9756127256-27258
ORF619M19RnonsynaTGaGA4110.024390227256-27258
ORF619M19KnonsynaTGaAA31190.61290327256-27258
ORF619M19KnonsynaTgaAg31120.38709727256-27258
ORF619M19LnonsynAtgTtg1580.53333327256-27258
ORF619M19LnonsynAtGTtA1530.227256-27258
ORF619M19LnonsynAtgCtg1530.227256-27258
ORF619M19LnonsynAtGCtT1510.066666727256-27258
ORF619M19del1delatGat-830.37527256-27258
ORF619M19del1delAtg-tg820.2527256-27258
ORF619M19del1delAtG-tT810.12527256-27258
ORF619M19del1delAtG-tA810.12527256-27258
ORF619M19del1delaTga-g810.12527256-27258
ORF619M19FnonsynAtGTtT55127256-27258
ORF619M19XnonsynATgTAg210.527256-27258
ORF619M19XnonsynATGTGA210.527256-27258
ORF619M19WnonsynATgTGg11127256-27258
ORF619M19YnonsynATGTAT11127256-27258
ORF619M19del2delaTGa--11127256-27258

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF619M19IatGatT372523All0.000071
ORF619M19IatGatA150523All0.000029
ORF619M19IatGatC1523All0
ORF619M19VAtgGtg361363All0.000069
ORF619M19VAtGGtC2363All0
ORF619M19delATG---179179All0.000034
ORF619M19TaTgaCg178179All0.000034
ORF619M19TaTGaCC1179All0
ORF619M19IatGatT162162B.1.6050.964286
ORF619M19IatGatA98111B.1.1.70.000088
ORF619M19IatGatT12111B.1.1.70.000011
ORF619M19IatGatC1111B.1.1.70.000001
ORF619M19VAtgGtg7777AY.40.00012
ORF619M19delATG---4848B.1.177.210.003671
ORF619M19VAtgGtg4343B.1.20.000379
ORF619M19RaTgaGg4041All0.000008
ORF619M19RaTGaGA141All0
ORF619M19delATG---3535AY.40.000054
ORF619M19VAtgGtg3434B.1.1.70.00003
ORF619M19TaTgaCg3232AY.540.003051
ORF619M19KaTGaAA1931All0.000004
ORF619M19KaTgaAg1231All0.000002
ORF619M19VAtgGtg3131AY.1030.000192
ORF619M19IatGatT2831AY.30.000278
ORF619M19IatGatA331AY.30.00003
ORF619M19RaTgaGg2727B.1.177.210.002065
ORF619M19TaTgaCg2626B.1.1.70.000023
ORF619M19VAtgGtg2525AY.30.000249
ORF619M19delATG---2424B.1.1.70.000021
ORF619M19IatGatT2121B.10.000192
ORF619M19KaTGaAA1516AY.40.000023
ORF619M19KaTgaAg116AY.40.000002
ORF619M19LAtgTtg815All0.000002
ORF619M19LAtgCtg315All0.000001
ORF619M19LAtGTtA315All0.000001
ORF619M19LAtGCtT115All0
ORF619M19IatGatA1515B.1.1770.000198
ORF619M19IatGatT1414B.1.2790.007191
ORF619M19TaTgaCg1414B.1.617.20.000053
ORF619M19IatGatT1313B.1.20.000114
ORF619M19VAtgGtg1212AY.4.2.10.001788
ORF619M19VAtgGtg1212B.1.1.630.00463
ORF619M19IatGatT1011AY.430.000044
ORF619M19IatGatA111AY.430.000004
ORF619M19VAtgGtg1111AY.440.000067
ORF619M19VAtgGtg1111AY.730.007319
ORF619M19IatGatT1010AY.1160.002868
ORF619M19IatGatT610AY.40.000009
ORF619M19IatGatA410AY.40.000006
ORF619M19VAtgGtg1010B.1.1490.034247
ORF619M19VAtgGtg1010B.1.617.20.000038
ORF619M19TaTgaCg99AY.610.000943
ORF619M19TaTgaCg99B.1.5960.000784
ORF619M19IatGatT69B.1.617.20.000023
ORF619M19IatGatA39B.1.617.20.000011
ORF619M19del1atGat-38All0.000001
ORF619M19del1Atg-tg28All0
ORF619M19del1AtG-tA18All0
ORF619M19del1AtG-tT18All0
ORF619M19del1aTga-g18All0
ORF619M19IatGatT68AY.1030.000037
ORF619M19IatGatA28AY.1030.000012
ORF619M19TaTgaCg88AY.440.000049
ORF619M19VAtgGtg88B.1.1.280.00249
ORF619M19IatGatA77AY.200.000272
ORF619M19IatGatT77AY.250.000042
ORF619M19TaTgaCg77AY.40.000011
ORF619M19delATG---660.333333
ORF619M19TaTgaCg66AY.460.000624
ORF619M19VAtgGtg66AY.460.000624
ORF619M19IatGatT66B.1.4270.000303
ORF619M19IatGatT66B.1.5250.000679
ORF619M19delATG---66B.1.617.20.000023
ORF619M19FAtGTtT55All0.000001
ORF619M19VAtgGtg55AY.250.00003
ORF619M19TaTgaCg55AY.4.20.000108
ORF619M19delATG---55AY.430.000022
ORF619M19TaTgaCg55AY.430.000022
ORF619M19VAtgGtg55AY.610.000524
ORF619M19VAtgGtg55B.10.000046
ORF619M19IatGatT55B.1.5260.000118
ORF619M19VAtgGtg44AY.16.10.00188
ORF619M19VAtgGtg44AY.200.000155
ORF619M19VAtgGtg44AY.390.000099
ORF619M19VAtgGtg44AY.430.000018
ORF619M19delATG---44AY.840.00175
ORF619M19delATG---44B.10.000037
ORF619M19LAtgTtg24B.1.1.70.000002
ORF619M19LAtGTtA24B.1.1.70.000002
ORF619M19IatGatT44B.1.177.320.005398
ORF619M19IatGatT44B.1.177.860.000734
ORF619M19delATG---44B.1.20.000035
ORF619M19delATG---44B.1.5260.000094
ORF619M19IatGatT44B.1.5580.018265
ORF619M19KaTgaAg34B.1.617.20.000011
ORF619M19KaTGaAA14B.1.617.20.000004
ORF619M19TaTgaCg44P.1.140.000191
ORF619M19TaTgaCg33AY.1020.00008
ORF619M19TaTgaCg33AY.1030.000019
ORF619M19IatGatT33AY.1130.000427
ORF619M19TaTgaCg33AY.1190.000106
ORF619M19delATG---33AY.1190.000106
ORF619M19delATG---33AY.250.000018
ORF619M19TaTgaCg33AY.250.000018
ORF619M19IatGatT33AY.360.000445
ORF619M19RaTgaGg33AY.430.000013
ORF619M19IatGatT23B.1.10.000036
ORF619M19LAtgTtg23B.1.10.000036
ORF619M19LAtGCtT13B.1.10.000018
ORF619M19IatGatA13B.1.10.000018
ORF619M19RaTgaGg33B.1.1.4340.001046
ORF619M19IatGatA33B.1.1.5190.000119
ORF619M19FAtGTtT33B.1.1.70.000003
ORF619M19TaTgaCg33B.1.20.000026
ORF619M19VAtgGtg33B.1.4290.000071
ORF619M19TaTgaCg33B.1.4970.000944
ORF619M19KaTgaAg33L.30.010638
ORF619M19delATG---33P.10.000047
ORF619M19VAtgGtg33P.10.000047
ORF619M19VAtGGtC220.111111
ORF619M19XATgTAg12All0
ORF619M19XATGTGA12All0
ORF619M19IatGatA12AY.1020.000027
ORF619M19IatGatT12AY.1020.000027
ORF619M19delATG---22AY.1030.000012
ORF619M19delATG---22AY.130.000322
ORF619M19TaTgaCg22AY.230.000139
ORF619M19VAtgGtg22AY.260.000057
ORF619M19KaTgaAg22AY.270.000129
ORF619M19TaTgaCg22AY.300.000791
ORF619M19TaTgaCg22AY.34.10.00102
ORF619M19LAtgCtg22AY.40.000003
ORF619M19VAtgGtg22AY.4.20.000043
ORF619M19VAtgGtg22AY.420.00008
ORF619M19delATG---22AY.420.00008
ORF619M19del1Atg-tg12AY.440.000006
ORF619M19del1atGat-12AY.440.000006
ORF619M19TaTgaCg22AY.450.000243
ORF619M19delATG---22AY.50.000041
ORF619M19IatGatT22AY.50.000041
ORF619M19IatGatT22AY.540.000191
ORF619M19IatGatT22AY.90.000135
ORF619M19delATG---22AY.9.10.000167
ORF619M19IatGatT22AY.99.20.000184
ORF619M19RaTgaGg22B.10.000018
ORF619M19VAtgGtg22B.1.10.000036
ORF619M19delATG---22B.1.10.000036
ORF619M19TaTgaCg22B.1.1.2220.000408
ORF619M19VAtgGtg22B.1.1.3540.008772
ORF619M19del1AtG-tA12B.1.1.70.000001
ORF619M19del1AtG-tT12B.1.1.70.000001
ORF619M19VAtgGtg22B.1.1770.000026
ORF619M19TaTgaCg22B.1.1770.000026
ORF619M19TaTgaCg22B.1.177.210.000153
ORF619M19TaTgaCg22B.1.2430.000139
ORF619M19IatGatA12B.1.3690.000285
ORF619M19IatGatT12B.1.3690.000285
ORF619M19IatGatT22B.1.5160.003914
ORF619M19delATG---22B.1.5250.000226
ORF619M19TaTgaCg22B.1.5260.000047
ORF619M19IatGatT22B.1.5950.000522
ORF619M19RaTGaGA12B.1.617.20.000004
ORF619M19RaTgaGg12B.1.617.20.000004
ORF619M19LAtGTtA12B.1.617.20.000004
ORF619M19LAtgTtg12B.1.617.20.000004
ORF619M19IatGatT22D.20.00015
ORF619M19VAtgGtg22P.30.00319
ORF619M19del2aTGa--11All0
ORF619M19YATGTAT11All0
ORF619M19WATgTGg11All0
ORF619M19delATG---11AY.1020.000027
ORF619M19VAtgGtg11AY.1020.000027
ORF619M19del1atGat-11AY.1030.000006
ORF619M19RaTgaGg11AY.1030.000006
ORF619M19TaTgaCg11AY.1070.000466
ORF619M19TaTgaCg11AY.1080.001103
ORF619M19delATG---11AY.1130.000142
ORF619M19VAtgGtg11AY.1170.000085
ORF619M19delATG---11AY.1180.000063
ORF619M19VAtgGtg11AY.1180.000063
ORF619M19IatGatT11AY.1190.000035
ORF619M19IatGatT11AY.120.000316
ORF619M19TaTgaCg11AY.1200.000037
ORF619M19IatGatA11AY.120.10.000321
ORF619M19IatGatT11AY.1210.000135
ORF619M19VAtgGtg11AY.140.000088
ORF619M19IatGatA11AY.160.00038
ORF619M19VAtgGtg11AY.160.00038
ORF619M19delATG---11AY.200.000039
ORF619M19TaTgaCg11AY.200.000039
ORF619M19IatGatT11AY.230.00007
ORF619M19IatGatA11AY.240.000431
ORF619M19KaTGaAA11AY.250.000006
ORF619M19delATG---11AY.260.000028
ORF619M19TaTgaCg11AY.260.000028
ORF619M19VAtgGtg11AY.330.000067
ORF619M19IatGatA11AY.330.000067
ORF619M19delATG---11AY.370.000316
ORF619M19TaTgaCg11AY.390.000025
ORF619M19IatGatT11AY.390.000025
ORF619M19delATG---11AY.390.000025
ORF619M19del1atGat-11AY.39.10.00004
ORF619M19IatGatT11AY.39.10.00004
ORF619M19KaTGaAA11AY.440.000006
ORF619M19delATG---11AY.440.000006
ORF619M19VAtgGtg11AY.450.000122
ORF619M19delATG---11AY.450.000122
ORF619M19IatGatT11AY.46.40.000165
ORF619M19delATG---11AY.470.000031
ORF619M19IatGatT11AY.5.40.000277
ORF619M19VAtgGtg11AY.510.000909
ORF619M19IatGatT11AY.60.000041
ORF619M19VAtgGtg11AY.680.000274
ORF619M19IatGatT11AY.680.000274
ORF619M19IatGatT11AY.690.000187
ORF619M19VAtgGtg11AY.7.10.000113
ORF619M19LAtgCtg11AY.710.000475
ORF619M19TaTgaCg11AY.720.001361
ORF619M19delATG---11AY.750.000056
ORF619M19VAtgGtg11AY.750.000056
ORF619M19TaTgaCg11AY.870.000833
ORF619M19VAtgGtg11AY.910.00073
ORF619M19delATG---11AY.990.001049
ORF619M19del1aTga-g11B.10.000009
ORF619M19TaTgaCg11B.10.000009
ORF619M19LAtgTtg11B.10.000009
ORF619M19KaTgaAg11B.10.000009
ORF619M19RaTgaGg11B.1.10.000018
ORF619M19FAtGTtT11B.1.10.000018
ORF619M19RaTgaGg11B.1.1.10.000327
ORF619M19TaTGaCC11B.1.1.1530.001095
ORF619M19IatGatA11B.1.1.2040.00304
ORF619M19delATG---11B.1.1.2220.000204
ORF619M19IatGatT11B.1.1.2440.015385
ORF619M19TaTgaCg11B.1.1.2690.001353
ORF619M19IatGatT11B.1.1.2910.000742
ORF619M19TaTgaCg11B.1.1.3180.000302
ORF619M19TaTgaCg11B.1.1.3280.016949
ORF619M19IatGatT11B.1.1.330.000421
ORF619M19IatGatA11B.1.1.370.000193
ORF619M19IatGatA11B.1.1.4340.000349
ORF619M19delATG---11B.1.1.5190.00004
ORF619M19KaTgaAg11B.1.1.70.000001
ORF619M19YATGTAT11B.1.1.70.000001
ORF619M19RaTgaGg11B.1.1.70.000001
ORF619M19del2aTGa--11B.1.1.70.000001
ORF619M19LAtgTtg11B.1.1770.000013
ORF619M19KaTGaAA11B.1.177.210.000076
ORF619M19LAtgTtg11B.1.177.210.000076
ORF619M19IatGatT11B.1.177.540.000606
ORF619M19IatGatA11B.1.177.560.000668
ORF619M19IatGatT11B.1.177.70.000165
ORF619M19IatGatT11B.1.177.750.001041
ORF619M19KaTgaAg11B.1.20.000009
ORF619M19IatGatA11B.1.2080.04
ORF619M19TaTgaCg11B.1.2210.000071
ORF619M19TaTgaCg11B.1.2340.000132
ORF619M19VAtgGtg11B.1.2580.000067
ORF619M19VAtgGtg11B.1.258.110.000396
ORF619M19XATgTAg11B.1.258.110.000396
ORF619M19FAtGTtT11B.1.258.110.000396
ORF619M19VAtgGtg11B.1.3240.001605
ORF619M19VAtgGtg11B.1.3510.00003
ORF619M19IatGatT11B.1.3510.00003
ORF619M19TaTgaCg11B.1.3610.001289
ORF619M19IatGatT11B.1.3980.002976
ORF619M19VAtgGtg11B.1.4080.00369
ORF619M19TaTgaCg11B.1.438.10.000107
ORF619M19VAtgGtg11B.1.5950.000261
ORF619M19del1Atg-tg11B.1.5960.000087
ORF619M19IatGatA11B.1.617.10.000129
ORF619M19XATGTGA11B.1.617.20.000004
ORF619M19WATgTGg11B.1.617.20.000004
ORF619M19delATG---11B.1.617.30.002985
ORF619M19IatGatT11B.1.6230.000536
ORF619M19delATG---11B.1.6270.00202
ORF619M19IatGatT11B.280.003279
ORF619M19IatGatT11B.460.020833
ORF619M19VAtgGtg11C.300.001727
ORF619M19TaTgaCg11C.36.30.000567
ORF619M19IatGatA11P.10.000016
ORF619M19IatGatT11P.1.140.000048
ORF619M19IatGatT11P.1.20.001156
ORF619M19VAtgGtg11P.70.004367