CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 19

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF619M19InonsynatGatT5233720.71128127256-27258
ORF619M19InonsynatGatA5231500.28680727256-27258
ORF619M19InonsynatGatC52310.0019120527256-27258
ORF619M19VnonsynAtgGtg3633610.9944927256-27258
ORF619M19VnonsynAtGGtC36320.0055096427256-27258
ORF619M19deldelATG---179179127256-27258
ORF619M19TnonsynaTgaCg1791780.99441327256-27258
ORF619M19TnonsynaTGaCC17910.0055865927256-27258
ORF619M19RnonsynaTgaGg41400.9756127256-27258
ORF619M19RnonsynaTGaGA4110.024390227256-27258
ORF619M19KnonsynaTGaAA31190.61290327256-27258
ORF619M19KnonsynaTgaAg31120.38709727256-27258
ORF619M19LnonsynAtgTtg1580.53333327256-27258
ORF619M19LnonsynAtGTtA1530.227256-27258
ORF619M19LnonsynAtgCtg1530.227256-27258
ORF619M19LnonsynAtGCtT1510.066666727256-27258
ORF619M19del1delatGat-830.37527256-27258
ORF619M19del1delAtg-tg820.2527256-27258
ORF619M19del1delAtG-tT810.12527256-27258
ORF619M19del1delAtG-tA810.12527256-27258
ORF619M19del1delaTga-g810.12527256-27258
ORF619M19FnonsynAtGTtT55127256-27258
ORF619M19XnonsynATgTAg210.527256-27258
ORF619M19XnonsynATGTGA210.527256-27258
ORF619M19WnonsynATgTGg11127256-27258
ORF619M19YnonsynATGTAT11127256-27258
ORF619M19del2delaTGa--11127256-27258

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF619M19IatGatT372523All0.000071
ORF619M19IatGatA150523All0.000029
ORF619M19IatGatC1523All0
ORF619M19VAtgGtg361363All0.000069
ORF619M19VAtGGtC2363All0
ORF619M19delATG---179179All0.000034
ORF619M19TaTgaCg178179All0.000034
ORF619M19TaTGaCC1179All0
ORF619M19IatGatT162162B.1.6050.964286
ORF619M19IatGatA98111B.1.1.70.000088
ORF619M19IatGatT12111B.1.1.70.000011
ORF619M19IatGatC1111B.1.1.70.000001
ORF619M19VAtgGtg7777AY.40.00012
ORF619M19delATG---4848B.1.177.210.003671
ORF619M19VAtgGtg4343B.1.20.000379
ORF619M19RaTgaGg4041All0.000008
ORF619M19RaTGaGA141All0
ORF619M19delATG---3535AY.40.000054
ORF619M19VAtgGtg3434B.1.1.70.00003
ORF619M19TaTgaCg3232AY.540.003051
ORF619M19KaTGaAA1931All0.000004
ORF619M19KaTgaAg1231All0.000002
ORF619M19VAtgGtg3131AY.1030.000192
ORF619M19IatGatT2831AY.30.000278
ORF619M19IatGatA331AY.30.00003
ORF619M19RaTgaGg2727B.1.177.210.002065
ORF619M19TaTgaCg2626B.1.1.70.000023
ORF619M19VAtgGtg2525AY.30.000249
ORF619M19delATG---2424B.1.1.70.000021
ORF619M19IatGatT2121B.10.000192
ORF619M19KaTGaAA1516AY.40.000023
ORF619M19KaTgaAg116AY.40.000002
ORF619M19LAtgTtg815All0.000002
ORF619M19LAtgCtg315All0.000001
ORF619M19LAtGTtA315All0.000001
ORF619M19LAtGCtT115All0
ORF619M19IatGatA1515B.1.1770.000198
ORF619M19IatGatT1414B.1.2790.007191
ORF619M19TaTgaCg1414B.1.617.20.000053
ORF619M19IatGatT1313B.1.20.000114
ORF619M19VAtgGtg1212AY.4.2.10.001788
ORF619M19VAtgGtg1212B.1.1.630.00463
ORF619M19IatGatT1011AY.430.000044
ORF619M19IatGatA111AY.430.000004
ORF619M19VAtgGtg1111AY.440.000067
ORF619M19VAtgGtg1111AY.730.007319
ORF619M19IatGatT1010AY.1160.002868
ORF619M19IatGatT610AY.40.000009
ORF619M19IatGatA410AY.40.000006
ORF619M19VAtgGtg1010B.1.1490.034247
ORF619M19VAtgGtg1010B.1.617.20.000038
ORF619M19TaTgaCg99AY.610.000943
ORF619M19TaTgaCg99B.1.5960.000784
ORF619M19IatGatT69B.1.617.20.000023
ORF619M19IatGatA39B.1.617.20.000011
ORF619M19del1atGat-38All0.000001
ORF619M19del1Atg-tg28All0
ORF619M19del1AtG-tA18All0
ORF619M19del1AtG-tT18All0
ORF619M19del1aTga-g18All0
ORF619M19IatGatT68AY.1030.000037
ORF619M19IatGatA28AY.1030.000012
ORF619M19TaTgaCg88AY.440.000049
ORF619M19VAtgGtg88B.1.1.280.00249
ORF619M19IatGatA77AY.200.000272
ORF619M19IatGatT77AY.250.000042
ORF619M19TaTgaCg77AY.40.000011
ORF619M19delATG---660.333333
ORF619M19TaTgaCg66AY.460.000624
ORF619M19VAtgGtg66AY.460.000624
ORF619M19IatGatT66B.1.4270.000303
ORF619M19IatGatT66B.1.5250.000679
ORF619M19delATG---66B.1.617.20.000023
ORF619M19FAtGTtT55All0.000001
ORF619M19VAtgGtg55AY.250.00003
ORF619M19TaTgaCg55AY.4.20.000108
ORF619M19delATG---55AY.430.000022
ORF619M19TaTgaCg55AY.430.000022
ORF619M19VAtgGtg55AY.610.000524
ORF619M19VAtgGtg55B.10.000046
ORF619M19IatGatT55B.1.5260.000118
ORF619M19VAtgGtg44AY.16.10.00188
ORF619M19VAtgGtg44AY.200.000155
ORF619M19VAtgGtg44AY.390.000099
ORF619M19VAtgGtg44AY.430.000018
ORF619M19delATG---44AY.840.00175
ORF619M19delATG---44B.10.000037
ORF619M19LAtgTtg24B.1.1.70.000002
ORF619M19LAtGTtA24B.1.1.70.000002
ORF619M19IatGatT44B.1.177.320.005398
ORF619M19IatGatT44B.1.177.860.000734
ORF619M19delATG---44B.1.20.000035
ORF619M19delATG---44B.1.5260.000094
ORF619M19IatGatT44B.1.5580.018265
ORF619M19KaTgaAg34B.1.617.20.000011
ORF619M19KaTGaAA14B.1.617.20.000004
ORF619M19TaTgaCg44P.1.140.000191
ORF619M19TaTgaCg33AY.1020.00008
ORF619M19TaTgaCg33AY.1030.000019
ORF619M19IatGatT33AY.1130.000427
ORF619M19TaTgaCg33AY.1190.000106
ORF619M19delATG---33AY.1190.000106
ORF619M19delATG---33AY.250.000018
ORF619M19TaTgaCg33AY.250.000018
ORF619M19IatGatT33AY.360.000445
ORF619M19RaTgaGg33AY.430.000013
ORF619M19IatGatT23B.1.10.000036
ORF619M19LAtgTtg23B.1.10.000036
ORF619M19LAtGCtT13B.1.10.000018
ORF619M19IatGatA13B.1.10.000018
ORF619M19RaTgaGg33B.1.1.4340.001046
ORF619M19IatGatA33B.1.1.5190.000119
ORF619M19FAtGTtT33B.1.1.70.000003
ORF619M19TaTgaCg33B.1.20.000026
ORF619M19VAtgGtg33B.1.4290.000071
ORF619M19TaTgaCg33B.1.4970.000944
ORF619M19KaTgaAg33L.30.010638
ORF619M19delATG---33P.10.000047
ORF619M19VAtgGtg33P.10.000047
ORF619M19VAtGGtC220.111111
ORF619M19XATgTAg12All0
ORF619M19XATGTGA12All0
ORF619M19IatGatA12AY.1020.000027
ORF619M19IatGatT12AY.1020.000027
ORF619M19delATG---22AY.1030.000012
ORF619M19delATG---22AY.130.000322
ORF619M19TaTgaCg22AY.230.000139
ORF619M19VAtgGtg22AY.260.000057
ORF619M19KaTgaAg22AY.270.000129
ORF619M19TaTgaCg22AY.300.000791
ORF619M19TaTgaCg22AY.34.10.00102
ORF619M19LAtgCtg22AY.40.000003
ORF619M19VAtgGtg22AY.4.20.000043
ORF619M19VAtgGtg22AY.420.00008
ORF619M19delATG---22AY.420.00008
ORF619M19del1Atg-tg12AY.440.000006
ORF619M19del1atGat-12AY.440.000006
ORF619M19TaTgaCg22AY.450.000243
ORF619M19delATG---22AY.50.000041
ORF619M19IatGatT22AY.50.000041
ORF619M19IatGatT22AY.540.000191
ORF619M19IatGatT22AY.90.000135
ORF619M19delATG---22AY.9.10.000167
ORF619M19IatGatT22AY.99.20.000184
ORF619M19RaTgaGg22B.10.000018
ORF619M19VAtgGtg22B.1.10.000036
ORF619M19delATG---22B.1.10.000036
ORF619M19TaTgaCg22B.1.1.2220.000408
ORF619M19VAtgGtg22B.1.1.3540.008772
ORF619M19del1AtG-tA12B.1.1.70.000001
ORF619M19del1AtG-tT12B.1.1.70.000001
ORF619M19VAtgGtg22B.1.1770.000026
ORF619M19TaTgaCg22B.1.1770.000026
ORF619M19TaTgaCg22B.1.177.210.000153
ORF619M19TaTgaCg22B.1.2430.000139
ORF619M19IatGatA12B.1.3690.000285
ORF619M19IatGatT12B.1.3690.000285
ORF619M19IatGatT22B.1.5160.003914
ORF619M19delATG---22B.1.5250.000226
ORF619M19TaTgaCg22B.1.5260.000047
ORF619M19IatGatT22B.1.5950.000522
ORF619M19RaTGaGA12B.1.617.20.000004
ORF619M19RaTgaGg12B.1.617.20.000004
ORF619M19LAtGTtA12B.1.617.20.000004
ORF619M19LAtgTtg12B.1.617.20.000004
ORF619M19IatGatT22D.20.00015
ORF619M19VAtgGtg22P.30.00319
ORF619M19del2aTGa--11All0
ORF619M19YATGTAT11All0
ORF619M19WATgTGg11All0
ORF619M19delATG---11AY.1020.000027
ORF619M19VAtgGtg11AY.1020.000027
ORF619M19del1atGat-11AY.1030.000006
ORF619M19RaTgaGg11AY.1030.000006
ORF619M19TaTgaCg11AY.1070.000466
ORF619M19TaTgaCg11AY.1080.001103
ORF619M19delATG---11AY.1130.000142
ORF619M19VAtgGtg11AY.1170.000085
ORF619M19delATG---11AY.1180.000063
ORF619M19VAtgGtg11AY.1180.000063
ORF619M19IatGatT11AY.1190.000035
ORF619M19IatGatT11AY.120.000316
ORF619M19TaTgaCg11AY.1200.000037
ORF619M19IatGatA11AY.120.10.000321
ORF619M19IatGatT11AY.1210.000135
ORF619M19VAtgGtg11AY.140.000088
ORF619M19IatGatA11AY.160.00038
ORF619M19VAtgGtg11AY.160.00038
ORF619M19delATG---11AY.200.000039
ORF619M19TaTgaCg11AY.200.000039
ORF619M19IatGatT11AY.230.00007
ORF619M19IatGatA11AY.240.000431
ORF619M19KaTGaAA11AY.250.000006
ORF619M19delATG---11AY.260.000028
ORF619M19TaTgaCg11AY.260.000028
ORF619M19VAtgGtg11AY.330.000067
ORF619M19IatGatA11AY.330.000067
ORF619M19delATG---11AY.370.000316
ORF619M19TaTgaCg11AY.390.000025
ORF619M19IatGatT11AY.390.000025
ORF619M19delATG---11AY.390.000025
ORF619M19del1atGat-11AY.39.10.00004
ORF619M19IatGatT11AY.39.10.00004
ORF619M19KaTGaAA11AY.440.000006
ORF619M19delATG---11AY.440.000006
ORF619M19VAtgGtg11AY.450.000122
ORF619M19delATG---11AY.450.000122
ORF619M19IatGatT11AY.46.40.000165
ORF619M19delATG---11AY.470.000031
ORF619M19IatGatT11AY.5.40.000277
ORF619M19VAtgGtg11AY.510.000909
ORF619M19IatGatT11AY.60.000041
ORF619M19VAtgGtg11AY.680.000274
ORF619M19IatGatT11AY.680.000274
ORF619M19IatGatT11AY.690.000187
ORF619M19VAtgGtg11AY.7.10.000113
ORF619M19LAtgCtg11AY.710.000475
ORF619M19TaTgaCg11AY.720.001361
ORF619M19delATG---11AY.750.000056
ORF619M19VAtgGtg11AY.750.000056
ORF619M19TaTgaCg11AY.870.000833
ORF619M19VAtgGtg11AY.910.00073
ORF619M19delATG---11AY.990.001049
ORF619M19del1aTga-g11B.10.000009
ORF619M19TaTgaCg11B.10.000009
ORF619M19LAtgTtg11B.10.000009
ORF619M19KaTgaAg11B.10.000009
ORF619M19RaTgaGg11B.1.10.000018
ORF619M19FAtGTtT11B.1.10.000018
ORF619M19RaTgaGg11B.1.1.10.000327
ORF619M19TaTGaCC11B.1.1.1530.001095
ORF619M19IatGatA11B.1.1.2040.00304
ORF619M19delATG---11B.1.1.2220.000204
ORF619M19IatGatT11B.1.1.2440.015385
ORF619M19TaTgaCg11B.1.1.2690.001353
ORF619M19IatGatT11B.1.1.2910.000742
ORF619M19TaTgaCg11B.1.1.3180.000302
ORF619M19TaTgaCg11B.1.1.3280.016949
ORF619M19IatGatT11B.1.1.330.000421
ORF619M19IatGatA11B.1.1.370.000193
ORF619M19IatGatA11B.1.1.4340.000349
ORF619M19delATG---11B.1.1.5190.00004
ORF619M19KaTgaAg11B.1.1.70.000001
ORF619M19YATGTAT11B.1.1.70.000001
ORF619M19RaTgaGg11B.1.1.70.000001
ORF619M19del2aTGa--11B.1.1.70.000001
ORF619M19LAtgTtg11B.1.1770.000013
ORF619M19KaTGaAA11B.1.177.210.000076
ORF619M19LAtgTtg11B.1.177.210.000076
ORF619M19IatGatT11B.1.177.540.000606
ORF619M19IatGatA11B.1.177.560.000668
ORF619M19IatGatT11B.1.177.70.000165
ORF619M19IatGatT11B.1.177.750.001041
ORF619M19KaTgaAg11B.1.20.000009
ORF619M19IatGatA11B.1.2080.04
ORF619M19TaTgaCg11B.1.2210.000071
ORF619M19TaTgaCg11B.1.2340.000132
ORF619M19VAtgGtg11B.1.2580.000067
ORF619M19VAtgGtg11B.1.258.110.000396
ORF619M19XATgTAg11B.1.258.110.000396
ORF619M19FAtGTtT11B.1.258.110.000396
ORF619M19VAtgGtg11B.1.3240.001605
ORF619M19VAtgGtg11B.1.3510.00003
ORF619M19IatGatT11B.1.3510.00003
ORF619M19TaTgaCg11B.1.3610.001289
ORF619M19IatGatT11B.1.3980.002976
ORF619M19VAtgGtg11B.1.4080.00369
ORF619M19TaTgaCg11B.1.438.10.000107
ORF619M19VAtgGtg11B.1.5950.000261
ORF619M19del1Atg-tg11B.1.5960.000087
ORF619M19IatGatA11B.1.617.10.000129
ORF619M19XATGTGA11B.1.617.20.000004
ORF619M19WATgTGg11B.1.617.20.000004
ORF619M19delATG---11B.1.617.30.002985
ORF619M19IatGatT11B.1.6230.000536
ORF619M19delATG---11B.1.6270.00202
ORF619M19IatGatT11B.280.003279
ORF619M19IatGatT11B.460.020833
ORF619M19VAtgGtg11C.300.001727
ORF619M19TaTgaCg11C.36.30.000567
ORF619M19IatGatA11P.10.000016
ORF619M19IatGatT11P.1.140.000048
ORF619M19IatGatT11P.1.20.001156
ORF619M19VAtgGtg11P.70.004367

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.