CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF6 : CodonNum = 16

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF616L16LsynCtaTta764776010.99398527247-27249
ORF616L16LsynctActG7647260.0034000327247-27249
ORF616L16LsynctActT7647150.0019615527247-27249
ORF616L16LsynctActC764750.00065385127247-27249
ORF616L16deldelCTA---207207127247-27249
ORF616L16PnonsyncTacCa62610.98387127247-27249
ORF616L16PnonsyncTAcCG6210.01612927247-27249
ORF616L16InonsynCtaAta59570.96610227247-27249
ORF616L16InonsynCtAAtT5920.033898327247-27249
ORF616L16del2delCTa--a16100.62527247-27249
ORF616L16del2delCTA--N1630.187527247-27249
ORF616L16del2delcTAc--1620.12527247-27249
ORF616L16del2delCTA--C1610.062527247-27249
ORF616L16VnonsynCtaGta14130.92857127247-27249
ORF616L16VnonsynCtAGtG1410.071428627247-27249
ORF616L16del1delctAct-960.66666727247-27249
ORF616L16del1delcTac-a910.11111127247-27249
ORF616L16del1delCtA-tT910.11111127247-27249
ORF616L16del1delCTA-NN910.11111127247-27249
ORF616L16QnonsyncTacAa66127247-27249
ORF616L16XnonsynCTaTAa33127247-27249
ORF616L16MnonsynCtAAtG33127247-27249
ORF616L16SnonsynCTaTCa22127247-27249
ORF616L16KnonsynCTaAAa11127247-27249
ORF616L16TnonsynCTAACC11127247-27249
ORF616L16YnonsynCTATAT11127247-27249

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF616L16LCtaTta76017647All0.001454
ORF616L16LctActG267647All0.000005
ORF616L16LctActT157647All0.000003
ORF616L16LctActC57647All0.000001
ORF616L16LCtaTta21772180AY.40.003388
ORF616L16LctActC12180AY.40.000002
ORF616L16LctActG12180AY.40.000002
ORF616L16LctActT12180AY.40.000002
ORF616L16LCtaTta18571859B.1.1.70.001662
ORF616L16LctActC21859B.1.1.70.000002
ORF616L16LCtaTta597597A.270.988411
ORF616L16LCtaTta289289AY.250.001738
ORF616L16LCtaTta244246B.1.20.002149
ORF616L16LctActT2246B.1.20.000018
ORF616L16LCtaTta202210B.1.617.20.000761
ORF616L16LctActG7210B.1.617.20.000026
ORF616L16LctActT1210B.1.617.20.000004
ORF616L16delCTA---207207All0.00004
ORF616L16LCtaTta183185AY.1030.001136
ORF616L16LctActG2185AY.1030.000012
ORF616L16LCtaTta173173AY.440.001053
ORF616L16LCtaTta104105B.1.10.001887
ORF616L16LctActG1105B.1.10.000018
ORF616L16LCtaTta9596B.10.00087
ORF616L16LctActT196B.10.000009
ORF616L16delCTA---9292B.1.177.210.007035
ORF616L16LCtaTta8587AY.430.000377
ORF616L16LctActG287AY.430.000009
ORF616L16LCtaTta7777AY.20.027422
ORF616L16LCtaTta7676P.10.001197
ORF616L16PcTacCa6162All0.000012
ORF616L16PcTAcCG162All0
ORF616L16ICtaAta5759All0.000011
ORF616L16ICtAAtT259All0
ORF616L16LCtaTta4949B.1.5260.001152
ORF616L16LCtaTta4646AY.30.000458
ORF616L16LCtaTta4444B.1.360.00642
ORF616L16LCtaTta4242AY.9.20.001543
ORF616L16LCtaTta3939B.1.1770.000514
ORF616L16LCtaTta3737B.1.258.170.003847
ORF616L16LCtaTta3434AY.290.000536
ORF616L16LCtaTta3434B.1.2210.002415
ORF616L16LCtaTta2932AY.390.000717
ORF616L16LctActG332AY.390.000074
ORF616L16LCtaTta3131B.1.1600.000967
ORF616L16LCtaTta3131B.1.4700.043539
ORF616L16delCTA---3030AY.40.000047
ORF616L16LCtaTta2727B.1.3510.000803
ORF616L16PcTacCa2626AY.250.000156
ORF616L16LCtaTta2525B.1.6370.001827
ORF616L16LCtaTta2323AY.50.000475
ORF616L16LCtaTta2323C.270.425926
ORF616L16delCTA---2222B.1.1.70.00002
ORF616L16LCtaTta2022B.1.4290.000471
ORF616L16LctActT222B.1.4290.000047
ORF616L16LCtaTta1720AY.1190.0006
ORF616L16LctActG320AY.1190.000106
ORF616L16LCtaTta2020AY.230.001395
ORF616L16LCtaTta1717AY.260.000481
ORF616L16LCtaTta1717AY.470.000529
ORF616L16del2CTa--a1016All0.000002
ORF616L16del2CTA--N316All0.000001
ORF616L16del2cTAc--216All0
ORF616L16del2CTA--C116All0
ORF616L16LCtaTta1616AY.1020.000424
ORF616L16LCtaTta1516AY.200.000583
ORF616L16LctActT116AY.200.000039
ORF616L16LCtaTta1616B.1.351.20.004841
ORF616L16ICtaAta1415B.1.1.70.000013
ORF616L16ICtAAtT115B.1.1.70.000001
ORF616L16LCtaTta1415B.1.177.210.001071
ORF616L16del2CTa--a1015B.1.177.210.000765
ORF616L16del2CTA--N315B.1.177.210.000229
ORF616L16del2cTAc--115B.1.177.210.000076
ORF616L16LctActC115B.1.177.210.000076
ORF616L16del2CTA--C115B.1.177.210.000076
ORF616L16LCtaTta1515B.1.2430.001044
ORF616L16LCtaTta1515C.36.3.10.040761
ORF616L16LCtaTta1515Q.80.002474
ORF616L16VCtaGta1314All0.000002
ORF616L16VCtAGtG114All0
ORF616L16LCtaTta1414AY.1060.004689
ORF616L16LCtaTta1313A0.005031
ORF616L16LCtaTta1313B0.001662
ORF616L16LCtaTta1212AY.140.001056
ORF616L16LCtaTta1212AY.420.000483
ORF616L16LCtaTta1212AY.9.10.001005
ORF616L16LCtaTta1212AY.98.10.000581
ORF616L16LCtaTta1112B.1.1.5190.000437
ORF616L16LctActG112B.1.1.5190.00004
ORF616L16LCtaTta1212B.1.3490.008578
ORF616L16LCtaTta1212C.370.001393
ORF616L16LCtaTta911AY.330.000601
ORF616L16LctActG211AY.330.000134
ORF616L16LCtaTta1111AY.460.001145
ORF616L16LCtaTta1111AY.60.000452
ORF616L16LCtaTta1111B.1.177.730.006229
ORF616L16LCtaTta1111B.1.2580.000732
ORF616L16LCtaTta1111B.1.4270.000555
ORF616L16LCtaTta1010B.1.1.2070.01182
ORF616L16LCtaTta1010B.1.5960.000871
ORF616L16LCtaTta1010Q.10.001263
ORF616L16del1ctAct-69All0.000001
ORF616L16del1cTac-a19All0
ORF616L16del1CtA-tT19All0
ORF616L16del1CTA-NN19All0
ORF616L16LCtaTta99AY.240.003879
ORF616L16LCtaTta99AY.4.20.000195
ORF616L16LCtaTta99AY.450.001095
ORF616L16LCtaTta99B.1.1.1931
ORF616L16LCtaTta99B.1.5250.001018
ORF616L16LCtaTta88AY.1180.000501
ORF616L16LCtaTta88AY.850.003417
ORF616L16LCtaTta88B.1.1.2220.001632
ORF616L16ICtaAta88B.1.1.5190.000318
ORF616L16LCtaTta88B.1.1.700.002729
ORF616L16ICtaAta88B.1.617.20.00003
ORF616L16LCtaTta88P.40.030418
ORF616L16ICtaAta77AY.1000.000322
ORF616L16LCtaTta77AY.1070.003262
ORF616L16LCtaTta77AY.99.20.000645
ORF616L16LCtaTta77B.1.1.4020.077778
ORF616L16LCtaTta77B.1.177.120.001062
ORF616L16LCtaTta77B.1.2340.000924
ORF616L16QcTacAa66All0.000001
ORF616L16LCtaTta66AY.360.000889
ORF616L16LCtaTta66B.1.1.2160.005343
ORF616L16LCtaTta66B.1.1.4160.00543
ORF616L16LCtaTta66B.1.177.320.008097
ORF616L16LCtaTta66B.1.2370.029851
ORF616L16LCtaTta66B.1.36.290.003104
ORF616L16LCtaTta66B.1.6210.000531
ORF616L16LCtaTta66P.1.150.001394
ORF616L16LCtaTta55AY.1000.00023
ORF616L16LCtaTta55AY.1200.000186
ORF616L16LCtaTta55AY.270.000324
ORF616L16LCtaTta55AY.340.000485
ORF616L16LCtaTta55AY.4.40.002046
ORF616L16LCtaTta55AY.46.40.000823
ORF616L16LCtaTta55AY.590.002648
ORF616L16LCtaTta55AY.710.002375
ORF616L16PcTacCa55B.1.1.70.000004
ORF616L16LCtaTta55B.1.177.600.001092
ORF616L16PcTacCa55B.1.20.000044
ORF616L16delCTA---55B.1.20.000044
ORF616L16LCtaTta55B.1.3770.022831
ORF616L16LCtaTta55B.1.438.10.000536
ORF616L16VCtaGta55B.1.617.20.000019
ORF616L16delCTA---55B.1.617.20.000019
ORF616L16LCtaTta55C.36.30.002836
ORF616L16LCtaTta55P.1.140.000239
ORF616L16LCtaTta44AY.4.50.00043
ORF616L16delCTA---44AY.430.000018
ORF616L16LCtaTta44AY.75.10.000721
ORF616L16delCTA---44AY.840.00175
ORF616L16LCtaTta44B.1.1.280.001245
ORF616L16LCtaTta44B.1.1.4190.02963
ORF616L16LCtaTta44B.1.1.630.001543
ORF616L16LCtaTta44B.1.2400.000862
ORF616L16delCTA---44B.1.5260.000094
ORF616L16LCtaTta44B.1.5610.001588
ORF616L16PcTacCa34B.1.617.20.000011
ORF616L16PcTAcCG14B.1.617.20.000004
ORF616L16LCtaTta24D.20.00015
ORF616L16LctActC14D.20.000075
ORF616L16LctActT14D.20.000075
ORF616L16LCtaTta44P.1.70.001277
ORF616L16LCtaTta44P.20.000747
ORF616L16LCtaTta44R.10.00036
ORF616L16MCtAAtG330.166667
ORF616L16LCtaTta230.111111
ORF616L16LctActG130.055556
ORF616L16LCtaTta33A.210.00831
ORF616L16LCtaTta33A.290.015957
ORF616L16MCtAAtG33All0.000001
ORF616L16XCTaTAa33All0.000001
ORF616L16delCTA---33AY.1190.000106
ORF616L16LCtaTta33AY.1210.000406
ORF616L16LCtaTta33AY.160.001139
ORF616L16LCtaTta33AY.3.10.000256
ORF616L16PcTacCa33AY.40.000005
ORF616L16LCtaTta33AY.510.002727
ORF616L16LCtaTta33AY.610.000314
ORF616L16LCtaTta33AY.620.001307
ORF616L16LCtaTta33AY.740.000347
ORF616L16LCtaTta33AY.750.000168
ORF616L16LCtaTta33AY.90.000203
ORF616L16del1ctAct-33B.10.000027
ORF616L16delCTA---33B.10.000027
ORF616L16LCtaTta33B.1.1.3290.011538
ORF616L16LCtaTta33B.1.1.4340.001046
ORF616L16LCtaTta33B.1.1.460.0131
ORF616L16LCtaTta33B.1.110.30.002155
ORF616L16LCtaTta33B.1.177.100.002634
ORF616L16LCtaTta33B.1.177.540.001819
ORF616L16LCtaTta33B.1.177.870.002183
ORF616L16LCtaTta33B.1.221.20.012048
ORF616L16LCtaTta33B.1.36.350.007812
ORF616L16LCtaTta33B.1.4990.003151
ORF616L16LCtaTta33B.1.617.10.000387
ORF616L16LCtaTta33B.4.70.030303
ORF616L16delCTA---33P.10.000047
ORF616L16LCtaTta33P.1.80.014354
ORF616L16LCtaTta33P.60.009434
ORF616L16delCTA---220.111111
ORF616L16VCtAGtG120.055556
ORF616L16VCtaGta120.055556
ORF616L16LCtaTta22A.10.000564
ORF616L16LCtaTta22A.20.001324
ORF616L16LCtaTta22A.23.10.001408
ORF616L16SCTaTCa22All0
ORF616L16delCTA---22AY.1030.000012
ORF616L16ICtaAta22AY.1030.000012
ORF616L16LCtaTta22AY.1050.001286
ORF616L16LCtaTta22AY.1160.000574
ORF616L16delCTA---22AY.130.000322
ORF616L16delCTA---22AY.250.000012
ORF616L16LCtaTta22AY.280.003781
ORF616L16LCtaTta22AY.320.001065
ORF616L16LCtaTta22AY.39.10.000079
ORF616L16ICtaAta22AY.40.000003
ORF616L16LCtaTta22AY.410.000588
ORF616L16delCTA---22AY.420.00008
ORF616L16PcTacCa22AY.470.000062
ORF616L16delCTA---22AY.50.000041
ORF616L16LCtaTta22AY.580.001815
ORF616L16LCtaTta22AY.650.001066
ORF616L16delCTA---22AY.9.10.000167
ORF616L16LCtaTta12AY.950.000761
ORF616L16LctActG12AY.950.000761
ORF616L16delCTA---22B.1.10.000036
ORF616L16PcTacCa22B.1.10.000036
ORF616L16LCtaTta22B.1.1.1700.002494
ORF616L16LCtaTta22B.1.1.2140.000111
ORF616L16LCtaTta22B.1.1.3060.000877
ORF616L16LCtaTta22B.1.1.4320.002532
ORF616L16LCtaTta22B.1.1.440.004819
ORF616L16XCTaTAa22B.1.1.70.000002
ORF616L16ICtaAta22B.1.1770.000026
ORF616L16LCtaTta22B.1.177.70.00033
ORF616L16ICtaAta22B.1.20.000018
ORF616L16LCtaTta22B.1.258.110.000793
ORF616L16LctActT12B.1.3960.000706
ORF616L16LCtaTta12B.1.3960.000706
ORF616L16LCtaTta22B.1.466.20.000782
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