CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : Mut = W69C

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a69W69CnonsyntgGtgT808479400.98218725597-25599
ORF3a69W69CnonsyntgGtgC80841440.01781325597-25599

Details of the mutation W69C within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a69W69CtgGtgT79408084All0.001519
ORF3a69W69CtgGtgC1448084All0.000028
ORF3a69W69CtgGtgT13061310B.1.1.70.001169
ORF3a69W69CtgGtgC41310B.1.1.70.000004
ORF3a69W69CtgGtgT10651132B.1.617.20.00401
ORF3a69W69CtgGtgC671132B.1.617.20.000252
ORF3a69W69CtgGtgT732742AY.40.001139
ORF3a69W69CtgGtgC10742AY.40.000016
ORF3a69W69CtgGtgT537537AY.390.01327
ORF3a69W69CtgGtgT346346AY.1170.029243
ORF3a69W69CtgGtgT343345AY.430.00152
ORF3a69W69CtgGtgC2345AY.430.000009
ORF3a69W69CtgGtgT269269AY.440.001637
ORF3a69W69CtgGtgT178179AY.1020.004719
ORF3a69W69CtgGtgC1179AY.1020.000027
ORF3a69W69CtgGtgT157157AY.1030.000975
ORF3a69W69CtgGtgT149149AY.250.000896
ORF3a69W69CtgGtgT131132AY.30.001303
ORF3a69W69CtgGtgC1132AY.30.00001
ORF3a69W69CtgGtgT123125P.10.001938
ORF3a69W69CtgGtgC2125P.10.000032
ORF3a69W69CtgGtgT121121AY.330.00808
ORF3a69W69CtgGtgT112112B.1.258.170.011645
ORF3a69W69CtgGtgT107107AY.39.10.004239
ORF3a69W69CtgGtgT9899AY.1200.003644
ORF3a69W69CtgGtgC199AY.1200.000037
ORF3a69W69CtgGtgT9797AY.420.003902
ORF3a69W69CtgGtgT8484AY.200.003265
ORF3a69W69CtgGtgT8080AY.99.20.007373
ORF3a69W69CtgGtgT7777AY.850.032892
ORF3a69W69CtgGtgT7777B.1.4290.001812
ORF3a69W69CtgGtgT5357B.1.20.000467
ORF3a69W69CtgGtgC457B.1.20.000035
ORF3a69W69CtgGtgT5657P.1.150.013011
ORF3a69W69CtgGtgC157P.1.150.000232
ORF3a69W69CtgGtgT5252AY.1190.001836
ORF3a69W69CtgGtgC2752AY.50.000558
ORF3a69W69CtgGtgT2552AY.50.000516
ORF3a69W69CtgGtgT5151B.1.617.10.006577
ORF3a69W69CtgGtgT4848AY.450.005841
ORF3a69W69CtgGtgT4345AY.470.001338
ORF3a69W69CtgGtgC245AY.470.000062
ORF3a69W69CtgGtgT4343AY.230.002999
ORF3a69W69CtgGtgT4243AY.260.001189
ORF3a69W69CtgGtgC143AY.260.000028
ORF3a69W69CtgGtgT4141P.1.140.00196
ORF3a69W69CtgGtgT3939AY.4.20.000846
ORF3a69W69CtgGtgT3838AY.340.003685
ORF3a69W69CtgGtgT3838B.1.10.000689
ORF3a69W69CtgGtgT3636AY.980.002844
ORF3a69W69CtgGtgT3434AY.60.001398
ORF3a69W69CtgGtgT3333AY.1110.006044
ORF3a69W69CtgGtgT3132B.10.000284
ORF3a69W69CtgGtgC132B.10.000009
ORF3a69W69CtgGtgT2929AY.34.10.014788
ORF3a69W69CtgGtgT2929B.1.4270.001464
ORF3a69W69CtgGtgT2828AY.140.002464
ORF3a69W69CtgGtgT2727AY.700.00563
ORF3a69W69CtgGtgT2626B.1.1.2840.002792
ORF3a69W69CtgGtgT2525AY.1000.00115
ORF3a69W69CtgGtgT2424B.1.1.1781
ORF3a69W69CtgGtgT2223AY.290.000347
ORF3a69W69CtgGtgC123AY.290.000016
ORF3a69W69CtgGtgT2123B.1.1770.000277
ORF3a69W69CtgGtgC223B.1.1770.000026
ORF3a69W69CtgGtgT2323B.1.177.230.074434
ORF3a69W69CtgGtgT2323B.1.438.10.002467
ORF3a69W69CtgGtgT2121A.2.50.010479
ORF3a69W69CtgGtgT2121B.1.1.2410.043478
ORF3a69W69CtgGtgT2121B.1.1.2770.015933
ORF3a69W69CtgGtgT2121P.20.003919
ORF3a69W69CtgGtgT2020AY.46.40.00329
ORF3a69W69CtgGtgT2020B.1.5650.016207
ORF3a69W69CtgGtgT1818AY.360.002668
ORF3a69W69CtgGtgT1616P.1.170.002588
ORF3a69W69CtgGtgT1515AY.1180.00094
ORF3a69W69CtgGtgT1515AY.4.50.001612
ORF3a69W69CtgGtgT1515B.1.1600.000468
ORF3a69W69CtgGtgT1414AY.9.20.000514
ORF3a69W69CtgGtgT1414B.1.5960.00122
ORF3a69W69CtgGtgT1313AY.1100.001465
ORF3a69W69CtgGtgT1313AY.300.005144
ORF3a69W69CtgGtgT1013AY.610.001048
ORF3a69W69CtgGtgC313AY.610.000314
ORF3a69W69CtgGtgT1313D.20.000976
ORF3a69W69CtgGtgT1212AY.46.60.000866
ORF3a69W69CtgGtgT1212B.1.1.2220.002448
ORF3a69W69CtgGtgT1212M.21
ORF3a69W69CtgGtgT1111AY.710.005226
ORF3a69W69CtgGtgT1111B.1.1.1980.016153
ORF3a69W69CtgGtgT1011B.1.2400.002156
ORF3a69W69CtgGtgC111B.1.2400.000216
ORF3a69W69CtgGtgT1010AY.3.10.000853
ORF3a69W69CtgGtgT1010B.1.1.4320.012658
ORF3a69W69CtgGtgT1010P.1.70.003193
ORF3a69W69CtgGtgT99AY.1130.001282
ORF3a69W69CtgGtgT99AY.120.20.011568
ORF3a69W69CtgGtgT99B.1.177.860.001651
ORF3a69W69CtgGtgT99C.370.001045
ORF3a69W69CtgGtgT88AY.1160.002294
ORF3a69W69CtgGtgT88AY.460.000833
ORF3a69W69CtgGtgT88AY.9.10.00067
ORF3a69W69CtgGtgT88B.1.3510.000238
ORF3a69W69CtgGtgT88B.1.5260.000188
ORF3a69W69CtgGtgT77AY.270.000453
ORF3a69W69CtgGtgT77AY.570.004593
ORF3a69W69CtgGtgT77B.1.1.2140.000388
ORF3a69W69CtgGtgT77B.1.1.3260.012324
ORF3a69W69CtgGtgC460.222222
ORF3a69W69CtgGtgT260.111111
ORF3a69W69CtgGtgT66AY.750.000336
ORF3a69W69CtgGtgT66AY.98.10.000291
ORF3a69W69CtgGtgT66B.1.1.3060.00263
ORF3a69W69CtgGtgT66B.1.1.5190.000238
ORF3a69W69CtgGtgT56B.1.2430.000348
ORF3a69W69CtgGtgC16B.1.2430.00007
ORF3a69W69CtgGtgT66R.10.00054
ORF3a69W69CtgGtgT55AY.10.001979
ORF3a69W69CtgGtgT55AY.240.002155
ORF3a69W69CtgGtgT55AY.39.1.10.003623
ORF3a69W69CtgGtgT55AY.400.004822
ORF3a69W69CtgGtgT55AY.590.002648
ORF3a69W69CtgGtgT45B.1.2580.000266
ORF3a69W69CtgGtgC15B.1.2580.000067
ORF3a69W69CtgGtgT55B.1.6280.001762
ORF3a69W69CtgGtgT55P.1.160.001871
ORF3a69W69CtgGtgT44AY.1050.002572
ORF3a69W69CtgGtgT44AY.1060.00134
ORF3a69W69CtgGtgT44AY.1140.000924
ORF3a69W69CtgGtgT44AY.670.001857
ORF3a69W69CtgGtgT44AY.90.00027
ORF3a69W69CtgGtgT44B.1.360.000584
ORF3a69W69CtgGtgT44P.1.40.003906
ORF3a69W69CtgGtgT33AY.16.10.00141
ORF3a69W69CtgGtgT33AY.4.2.10.000447
ORF3a69W69CtgGtgT33AY.46.20.001906
ORF3a69W69CtgGtgT33AY.540.000286
ORF3a69W69CtgGtgT33AY.550.002752
ORF3a69W69CtgGtgT33AY.620.001307
ORF3a69W69CtgGtgC33AY.690.00056
ORF3a69W69CtgGtgT33AY.7.20.001678
ORF3a69W69CtgGtgT33AY.840.001312
ORF3a69W69CtgGtgT33AY.880.002653
ORF3a69W69CtgGtgT33AY.920.000862
ORF3a69W69CtgGtgT33B0.000383
ORF3a69W69CtgGtgT33B.1.1.250.001706
ORF3a69W69CtgGtgT33B.1.1.280.000934
ORF3a69W69CtgGtgT33B.1.2210.000213
ORF3a69W69CtgGtgT33B.1.5250.000339
ORF3a69W69CtgGtgT22A.2.5.30.020619
ORF3a69W69CtgGtgT22AY.1090.001479
ORF3a69W69CtgGtgT22AY.160.000759
ORF3a69W69CtgGtgT22AY.29.10.000441
ORF3a69W69CtgGtgT22AY.5.40.000553
ORF3a69W69CtgGtgT22AY.510.001818
ORF3a69W69CtgGtgT22AY.650.001066
ORF3a69W69CtgGtgT22AY.680.000547
ORF3a69W69CtgGtgT22AY.900.001369
ORF3a69W69CtgGtgT22AY.930.000546
ORF3a69W69CtgGtgT22AZ.40.006711
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.1.1890.003026
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.1.2650.006309
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.1.3180.000604
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.1.330.000842
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.1.3540.008772
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.1.630.000772
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.177.440.001038
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.177.70.00033
ORF3a69W69CtgGtgT12B.1.2340.000132
ORF3a69W69CtgGtgC12B.1.2340.000132
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.2410.001623
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.30.005236
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.351.50.001199
ORF3a69W69CtgGtgC22B.1.3690.00057
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.3990.003868
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.4160.002538
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.4220.001625
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.466.20.000782
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.4950.018182
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.6250.004706
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.6370.000146
ORF3a69W69CtgGtgT22B.1.9.50.011364
ORF3a69W69CtgGtgT22C.10.004785
ORF3a69W69CtgGtgT11A0.000387
ORF3a69W69CtgGtgT11A.20.000662
ORF3a69W69CtgGtgT11A.2.20.001689
ORF3a69W69CtgGtgT11A.23.10.000704
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.1010.00049
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.1080.001103
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.116.10.000311
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.120.000316
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.1210.000135
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.130.000161
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.190.00114
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.23.10.000417
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.280.00189
ORF3a69W69CtgGtgC11AY.320.000532
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.350.000233
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.370.000316
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.4.30.000842
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.4.40.000409
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.480.000465
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.5.30.000337
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.520.000814
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.530.000288
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.660.00107
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.740.000116
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.75.10.00018
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.780.001541
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.790.001211
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.860.00083
ORF3a69W69CtgGtgT11AY.870.000833
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.1.10.000327
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.1.2910.000742
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.1.2940.001266
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.1.3110.000358
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.1.3720.000689
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.1.3780.007299
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.1.390.00051
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.1.4340.000349
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.1.5180.006329
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.1.700.000341
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.130.002375
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.1490.003425
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.160.140.002119
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.160.230.004831
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.177.160.000664
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.177.240.001295
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.177.430.001477
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.177.520.001757
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.177.580.001332
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.177.60.000977
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.177.820.000477
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.2100.002132
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.214.20.0006
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.2320.000537
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.3290.000608
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.36.180.00042
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.3660.004878
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.3750.00082
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.3890.001002
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.4430.004673
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.4650.003802
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.4800.002488
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.4990.00105
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.5230.002451
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.5370.02
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.5510.00129
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.5640.000426
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.5760.000907
ORF3a69W69CtgGtgT11B.1.5950.000261
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.