CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : Mut = T12I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	12	T12I		nonsyn	aCt	aTt	5302	5300	0.999623	25426-25428
ORF3a	12	T12I		nonsyn	aCT	aTC	5302	2	0.000377216	25426-25428

Details of the mutation T12I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	5300	5302	All	0.001014
ORF3a	12	T12I	aCT	aTC	2	5302	All	0
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3212	3214	B.1.1.7	0.002875
ORF3a	12	T12I	aCT	aTC	2	3214	B.1.1.7	0.000002
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	346	346	P.1	0.005451
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	316	316	AY.4	0.000492
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	241	241	B.1.160	0.007516
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	97	97	AY.25	0.000583
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	64	64	B.1.2	0.000564
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	59	59	B.1.177	0.000777
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	56	56	B.1.617.2	0.000211
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	39	39	AY.44	0.000237
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	39	39	B.1.621	0.003452
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	38	38	AY.4.2	0.000824
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	38	38	AY.43	0.000168
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	38	38	Q.1	0.0048
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	37	37	AY.113	0.005268
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	37	37	B.1.1	0.000671
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	34	34	B.1.526	0.000799
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	27	27	B.1	0.000247
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	26	26	AY.103	0.000161
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	22	22	AY.39	0.000544
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	22	22	B.1.351	0.000654
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	19	19	AY.3	0.000189
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	17	17	AY.14	0.001496
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	17	17	P.1.14	0.000813
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	15	15	B.1.637	0.001096
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	14	14	B.1.243	0.000974
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	12	12	AE.7	1
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	12	12	AY.102	0.000318
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	12	12	AY.118	0.000752
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	12	12	B.1.1.519	0.000477
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	11	11	AY.117	0.00093
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	11	11	AY.119	0.000388
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	11	11	AY.62	0.004793
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	10	10	AY.42	0.000402
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	10	10	AY.5	0.000206
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	9	9	AY.120	0.000335
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.316	0.008326
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	9	9	B.1.429	0.000212
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	8	8	AY.75	0.000448
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	8	8	B.1.177.33	0.013158
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	7	7	AY.100	0.000322
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	7	7	B.1.427	0.000353
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	6	6	AY.29	0.000095
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.1	0.00196
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	6	6	P.2	0.00112
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	5	5	AY.20	0.000194
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	5	5	AY.5.3	0.001687
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	5	5	B.1.234	0.00066
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	5	5	B.1.258.4	0.017241
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	5	5	B.1.36.36	0.00301
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	5	5	B.1.525	0.000566
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	5	5	B.1.596	0.000436
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	5	5	B.1.617.1	0.000645
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	4	4	AY.26	0.000113
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	4	4	AY.87	0.003331
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	4	4	AY.99.2	0.000369
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	4	4	B.1.221	0.000284
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	4	4	B.1.258	0.000266
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	4	4	B.1.619.1	0.002566
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	4	4	P.1.12	0.001936
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	AY.3.1	0.000256
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	AY.33	0.0002
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	AY.34	0.000291
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	AY.5.4	0.00083
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	AY.75.1	0.000541
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.214	0.000166
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.77	0.002179
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	B.1.240	0.000647
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	B.1.375	0.002459
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	B.1.453	0.009709
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	B.1.469	0.01083
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	B.1.577	0.002062
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	3	3	Q.8	0.000495
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AD.2	0.000438
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AY.116.1	0.000623
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AY.16	0.000759
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AY.23	0.000139
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AY.36	0.000296
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AY.45	0.000243
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AY.46	0.000208
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AY.47	0.000062
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AY.6	0.000082
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AY.9	0.000135
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.153	0.002191
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.170	0.002494
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.210	0.011429
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.302	0.004149
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.370	0.025316
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.521	0.010695
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.70	0.000682
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.73	0.001133
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.189	0.008584
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.351.3	0.001753
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.36	0.000292
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.575	0.000607
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.1.620	0.001892
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	B.23	0.005848
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	C.36	0.001821
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	C.37	0.000232
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	D.2	0.00015
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	P.1.10.1	0.01626
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	2	2	Q.7	0.002222
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	A.27	0.001656
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AL.1	0.012987
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.1	0.000396
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.101	0.00049
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.110	0.000113
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.114	0.000231
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.2	0.000356
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.38	0.000499
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.51	0.000909
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.55	0.000917
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.61	0.000105
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.63	0.000387
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.64	0.000595
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.86	0.00083
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.92	0.000287
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.95	0.000761
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AY.99	0.001049
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	AZ.1	0.000867
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B	0.000128
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.158	0.012195
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.229	0.005747
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.337	0.003597
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.400	0.05
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.57	0.011494
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.89	0.006061
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.170	0.00431
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.221.3	0.000833
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.232	0.000537
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.241	0.000812
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.265	0.001271
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.22	0.001208
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.7	0.004
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.9	0.003215
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.362	0.001541
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.369	0.000285
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.425	0.002994
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.509	0.000866
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.588	0.00091
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.590	0.004545
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.609	0.000479
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.623	0.000536
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.8	0.001972
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.9.5	0.005682
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.1.93	0.000934
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	B.58	0.010204
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	C.35	0.000774
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	K.1	0.02381
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	P.1.1	0.000318
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	P.1.10	0.000269
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	P.1.13	0.000898
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	P.1.15	0.000232
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	P.1.7	0.000319
ORF3a	12	T12I	aCt	aTt	1	1	Q.4	0.000455

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.