CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : Mut = M260I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	260	M260I		nonsyn	atG	atT	4240	3394	0.800472	26170-26172
ORF3a	260	M260I		nonsyn	atG	atA	4240	841	0.198349	26170-26172
ORF3a	260	M260I		nonsyn	atG	atC	4240	5	0.00117925	26170-26172

Details of the mutation M260I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	260	M260I	atG	atT	3394	4240	All	0.000649
ORF3a	260	M260I	atG	atA	841	4240	All	0.000161
ORF3a	260	M260I	atG	atC	5	4240	All	0.000001
ORF3a	260	M260I	atG	atT	799	832	B.1.617.2	0.003009
ORF3a	260	M260I	atG	atA	33	832	B.1.617.2	0.000124
ORF3a	260	M260I	atG	atT	611	785	AY.3	0.006077
ORF3a	260	M260I	atG	atA	174	785	AY.3	0.001731
ORF3a	260	M260I	atG	atT	228	407	AY.4	0.000355
ORF3a	260	M260I	atG	atA	179	407	AY.4	0.000279
ORF3a	260	M260I	atG	atT	335	350	AY.43	0.001484
ORF3a	260	M260I	atG	atA	15	350	AY.43	0.000066
ORF3a	260	M260I	atG	atT	279	279	AY.102	0.007397
ORF3a	260	M260I	atG	atT	279	279	P.6	0.877358
ORF3a	260	M260I	atG	atA	249	249	AY.4.2	0.0054
ORF3a	260	M260I	atG	atT	111	132	B.1.1.7	0.000099
ORF3a	260	M260I	atG	atA	20	132	B.1.1.7	0.000018
ORF3a	260	M260I	atG	atC	1	132	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	260	M260I	atG	atT	94	95	AY.39	0.002323
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	95	AY.39	0.000025
ORF3a	260	M260I	atG	atT	60	68	AY.44	0.000365
ORF3a	260	M260I	atG	atA	8	68	AY.44	0.000049
ORF3a	260	M260I	atG	atT	49	51	B.1.2	0.000431
ORF3a	260	M260I	atG	atA	2	51	B.1.2	0.000018
ORF3a	260	M260I	atG	atT	30	31	AY.113	0.004272
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	31	AY.113	0.000142
ORF3a	260	M260I	atG	atT	31	31	B.1.258.17	0.003223
ORF3a	260	M260I	atG	atT	21	29	AY.103	0.00013
ORF3a	260	M260I	atG	atA	8	29	AY.103	0.00005
ORF3a	260	M260I	atG	atT	24	29	AY.114	0.005547
ORF3a	260	M260I	atG	atA	5	29	AY.114	0.001156
ORF3a	260	M260I	atG	atT	26	29	AY.34	0.002521
ORF3a	260	M260I	atG	atC	3	29	AY.34	0.000291
ORF3a	260	M260I	atG	atA	18	28	AY.25	0.000108
ORF3a	260	M260I	atG	atT	10	28	AY.25	0.00006
ORF3a	260	M260I	atG	atT	23	23	AY.39.1.1	0.016667
ORF3a	260	M260I	atG	atA	22	22	B.1.1.345	0.956522
ORF3a	260	M260I	atG	atT	20	20	AY.9.2	0.000735
ORF3a	260	M260I	atG	atT	10	19	B.1	0.000092
ORF3a	260	M260I	atG	atA	9	19	B.1	0.000082
ORF3a	260	M260I	atG	atT	16	17	B.1.429	0.000376
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	17	B.1.429	0.000024
ORF3a	260	M260I	atG	atT	15	16	AY.23	0.001046
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	16	AY.23	0.00007
ORF3a	260	M260I	atG	atT	15	15	AY.120	0.000558
ORF3a	260	M260I	atG	atT	15	15	AY.99.2	0.001382
ORF3a	260	M260I	atG	atA	8	14	AY.116	0.002294
ORF3a	260	M260I	atG	atT	6	14	AY.116	0.001721
ORF3a	260	M260I	atG	atA	13	13	AY.46.6	0.000939
ORF3a	260	M260I	atG	atT	13	13	B.1.36.1	0.014823
ORF3a	260	M260I	atG	atT	10	12	AY.117	0.000845
ORF3a	260	M260I	atG	atA	2	12	AY.117	0.000169
ORF3a	260	M260I	atG	atA	7	12	B.1.526	0.000165
ORF3a	260	M260I	atG	atT	5	12	B.1.526	0.000118
ORF3a	260	M260I	atG	atT	6	11	AY.29	0.000095
ORF3a	260	M260I	atG	atA	5	11	AY.29	0.000079
ORF3a	260	M260I	atG	atT	9	11	B.1.1	0.000163
ORF3a	260	M260I	atG	atA	2	11	B.1.1	0.000036
ORF3a	260	M260I	atG	atT	10	11	B.1.36.29	0.005173
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	11	B.1.36.29	0.000517
ORF3a	260	M260I	atG	atT	9	11	P.1	0.000142
ORF3a	260	M260I	atG	atA	2	11	P.1	0.000032
ORF3a	260	M260I	atG	atT	10	10	AY.46	0.001041
ORF3a	260	M260I	atG	atT	9	10	AY.5	0.000186
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	10	AY.5	0.000021
ORF3a	260	M260I	atG	atA	9	10	B.1.258	0.000599
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	10	B.1.258	0.000067
ORF3a	260	M260I	atG	atT	9	9	AY.7.1	0.001014
ORF3a	260	M260I	atG	atT	8	8	AY.46.4	0.001316
ORF3a	260	M260I	atG	atT	8	8	B.1.117	0.1
ORF3a	260	M260I	atG	atT	7	7	A.28	0.018519
ORF3a	260	M260I	atG	atT	6	7	AY.98	0.000474
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	7	AY.98	0.000079
ORF3a	260	M260I	atG	atT	7	7	B.1.1.222	0.001428
ORF3a	260	M260I	atG	atT	6	6	AY.107	0.002796
ORF3a	260	M260I	atG	atA	5	6	AY.3.1	0.000426
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	6	AY.3.1	0.000085
ORF3a	260	M260I	atG	atT	5	5	AY.94	0.002213
ORF3a	260	M260I	atG	atT	5	5	B.1.561	0.001985
ORF3a	260	M260I	atG	atT	4	4	AY.106	0.00134
ORF3a	260	M260I	atG	atT	4	4	AY.34.1	0.00204
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	4	AY.4.5	0.000215
ORF3a	260	M260I	atG	atA	2	4	AY.4.5	0.000215
ORF3a	260	M260I	atG	atT	4	4	B.1.1.218	0.030769
ORF3a	260	M260I	atG	atA	3	4	B.1.234	0.000396
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	4	B.1.234	0.000132
ORF3a	260	M260I	atG	atT	4	4	B.1.313	0.026316
ORF3a	260	M260I	atG	atA	3	4	B.1.351	0.000089
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	4	B.1.351	0.00003
ORF3a	260	M260I	atG	atT	4	4	B.1.588	0.00364
ORF3a	260	M260I	atG	atT	4	4	P.4	0.015209
ORF3a	260	M260I	atG	atT	3	3	AY.12	0.000948
ORF3a	260	M260I	atG	atT	3	3	AY.26	0.000085
ORF3a	260	M260I	atG	atT	3	3	AY.45	0.000365
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	3	AY.61	0.00021
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	3	AY.61	0.000105
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	3	AY.68	0.000547
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	3	AY.68	0.000274
ORF3a	260	M260I	atG	atT	3	3	AY.75	0.000168
ORF3a	260	M260I	atG	atT	3	3	AY.78	0.004622
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	3	AY.92	0.000575
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	3	AY.92	0.000287
ORF3a	260	M260I	atG	atT	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF3a	260	M260I	atG	atA	2	3	B	0.000256
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	3	B	0.000128
ORF3a	260	M260I	atG	atT	3	3	B.1.1.216	0.002671
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	3	B.1.36	0.000292
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	3	B.1.36	0.000146
ORF3a	260	M260I	atG	atT	3	3	B.1.466.2	0.001174
ORF3a	260	M260I	atG	atA	2	3	C.37	0.000232
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	3	C.37	0.000116
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	AY.108	0.002205
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	2	AY.115	0.005208
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	2	AY.115	0.005208
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	AY.119	0.000071
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	2	AY.20	0.000039
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	2	AY.20	0.000039
ORF3a	260	M260I	atG	atA	2	2	AY.21	0.003795
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	2	AY.4.2.1	0.000149
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	2	AY.4.2.1	0.000149
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	2	AY.42	0.00004
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	2	AY.42	0.00004
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	AY.46.5	0.000397
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF3a	260	M260I	atG	atA	2	2	AY.6	0.000082
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	AY.84	0.000875
ORF3a	260	M260I	atG	atA	2	2	AY.9	0.000135
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	B.1.1.289	0.004167
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	B.1.116	0.023256
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	B.1.192	0.018519
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	B.1.221	0.000142
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	B.1.243	0.000139
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	B.1.36.18	0.00084
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	B.1.448	0.005249
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	B.1.619	0.001742
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	P.1.15	0.000465
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	2	P.1.7	0.000319
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	2	P.1.7	0.000319
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	Q.1	0.000253
ORF3a	260	M260I	atG	atT	2	2	Q.2	0.001227
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	A	0.000387
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	A.2.5	0.000499
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	A.3	0.002096
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	AY.100	0.000046
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.105	0.000643
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.111	0.000183
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.16	0.00038
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.27	0.000065
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.33	0.000067
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	AY.4.1	0.000737
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.41	0.000294
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.49	0.003195
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.50	0.000799
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.59	0.00053
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.67	0.000464
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	AY.70	0.000209
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.74	0.000116
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.85	0.000427
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.87	0.000833
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.88	0.000884
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.90	0.000684
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	AY.96	0.002075
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.1.10	0.001115
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	B.1.1.332	0.03125
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.1.403	0.025641
ORF3a	260	M260I	atG	atC	1	1	B.1.1.47	0.005348
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.1.517	0.006803
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.206	0.000816
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.214	0.003663
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.36.7	0.004
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	B.1.378	0.006849
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.398	0.002976
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.470	0.001404
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.509	0.000866
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.560	0.00463
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.621	0.000089
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	B.1.637	0.000073
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	C.23	0.005814
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	L.3	0.003546
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	N.5	0.001767
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	P.1.14	0.000048
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	P.1.17	0.000162
ORF3a	260	M260I	atG	atA	1	1	P.2	0.000187
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	Q.3	0.000145
ORF3a	260	M260I	atG	atT	1	1	Q.7	0.001111

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.