CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF3a | 260 | M260I | nonsyn | atG | atT | 4240 | 3394 | 0.800472 | 26170-26172 | |
ORF3a | 260 | M260I | nonsyn | atG | atA | 4240 | 841 | 0.198349 | 26170-26172 | |
ORF3a | 260 | M260I | nonsyn | atG | atC | 4240 | 5 | 0.00117925 | 26170-26172 |
Details of the mutation M260I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 3394 | 4240 | All | 0.000649 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 841 | 4240 | All | 0.000161 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atC | 5 | 4240 | All | 0.000001 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 799 | 832 | B.1.617.2 | 0.003009 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 33 | 832 | B.1.617.2 | 0.000124 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 611 | 785 | AY.3 | 0.006077 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 174 | 785 | AY.3 | 0.001731 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 228 | 407 | AY.4 | 0.000355 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 179 | 407 | AY.4 | 0.000279 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 335 | 350 | AY.43 | 0.001484 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 15 | 350 | AY.43 | 0.000066 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 279 | 279 | AY.102 | 0.007397 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 279 | 279 | P.6 | 0.877358 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 249 | 249 | AY.4.2 | 0.0054 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 111 | 132 | B.1.1.7 | 0.000099 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 20 | 132 | B.1.1.7 | 0.000018 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atC | 1 | 132 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 94 | 95 | AY.39 | 0.002323 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 95 | AY.39 | 0.000025 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 60 | 68 | AY.44 | 0.000365 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 8 | 68 | AY.44 | 0.000049 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 49 | 51 | B.1.2 | 0.000431 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 2 | 51 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 30 | 31 | AY.113 | 0.004272 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 31 | AY.113 | 0.000142 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 31 | 31 | B.1.258.17 | 0.003223 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 21 | 29 | AY.103 | 0.00013 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 8 | 29 | AY.103 | 0.00005 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 24 | 29 | AY.114 | 0.005547 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 5 | 29 | AY.114 | 0.001156 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 26 | 29 | AY.34 | 0.002521 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atC | 3 | 29 | AY.34 | 0.000291 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 18 | 28 | AY.25 | 0.000108 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 10 | 28 | AY.25 | 0.00006 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 23 | 23 | AY.39.1.1 | 0.016667 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 22 | 22 | B.1.1.345 | 0.956522 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 20 | 20 | AY.9.2 | 0.000735 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 10 | 19 | B.1 | 0.000092 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 9 | 19 | B.1 | 0.000082 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 16 | 17 | B.1.429 | 0.000376 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 17 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 15 | 16 | AY.23 | 0.001046 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 16 | AY.23 | 0.00007 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 15 | 15 | AY.120 | 0.000558 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 15 | 15 | AY.99.2 | 0.001382 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 8 | 14 | AY.116 | 0.002294 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 6 | 14 | AY.116 | 0.001721 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 13 | 13 | AY.46.6 | 0.000939 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 13 | 13 | B.1.36.1 | 0.014823 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 10 | 12 | AY.117 | 0.000845 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 2 | 12 | AY.117 | 0.000169 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 7 | 12 | B.1.526 | 0.000165 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 5 | 12 | B.1.526 | 0.000118 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 6 | 11 | AY.29 | 0.000095 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 5 | 11 | AY.29 | 0.000079 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 9 | 11 | B.1.1 | 0.000163 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 2 | 11 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 10 | 11 | B.1.36.29 | 0.005173 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 11 | B.1.36.29 | 0.000517 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 9 | 11 | P.1 | 0.000142 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 2 | 11 | P.1 | 0.000032 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 10 | 10 | AY.46 | 0.001041 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 9 | 10 | AY.5 | 0.000186 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 10 | AY.5 | 0.000021 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 9 | 10 | B.1.258 | 0.000599 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 10 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 9 | 9 | AY.7.1 | 0.001014 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 8 | 8 | AY.46.4 | 0.001316 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.117 | 0.1 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 7 | 7 | A.28 | 0.018519 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 6 | 7 | AY.98 | 0.000474 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 7 | AY.98 | 0.000079 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 7 | 7 | B.1.1.222 | 0.001428 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 6 | 6 | AY.107 | 0.002796 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 5 | 6 | AY.3.1 | 0.000426 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 6 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 5 | 5 | AY.94 | 0.002213 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.561 | 0.001985 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 4 | 4 | AY.106 | 0.00134 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 4 | 4 | AY.34.1 | 0.00204 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 4 | AY.4.5 | 0.000215 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 2 | 4 | AY.4.5 | 0.000215 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.218 | 0.030769 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 3 | 4 | B.1.234 | 0.000396 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 4 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.313 | 0.026316 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 3 | 4 | B.1.351 | 0.000089 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 4 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.588 | 0.00364 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 4 | 4 | P.4 | 0.015209 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 3 | 3 | AY.12 | 0.000948 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 3 | 3 | AY.26 | 0.000085 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 3 | 3 | AY.45 | 0.000365 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 3 | AY.61 | 0.00021 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 3 | AY.61 | 0.000105 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 3 | AY.68 | 0.000547 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 3 | AY.68 | 0.000274 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 3 | 3 | AY.75 | 0.000168 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 3 | 3 | AY.78 | 0.004622 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 3 | AY.92 | 0.000575 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 3 | AY.92 | 0.000287 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 3 | 3 | AY.98.1 | 0.000145 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 2 | 3 | B | 0.000256 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 3 | B | 0.000128 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.216 | 0.002671 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 3 | B.1.36 | 0.000292 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 3 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.466.2 | 0.001174 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 2 | 3 | C.37 | 0.000232 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 3 | C.37 | 0.000116 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | AY.108 | 0.002205 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 2 | AY.115 | 0.005208 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 2 | AY.115 | 0.005208 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 2 | AY.20 | 0.000039 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 2 | AY.20 | 0.000039 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 2 | 2 | AY.21 | 0.003795 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 2 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 2 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 2 | AY.42 | 0.00004 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 2 | AY.42 | 0.00004 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | AY.46.5 | 0.000397 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | AY.5.3 | 0.000675 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | AY.5.4 | 0.000553 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | AY.84 | 0.000875 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 2 | 2 | AY.9 | 0.000135 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.289 | 0.004167 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.116 | 0.023256 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.192 | 0.018519 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.243 | 0.000139 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.36.18 | 0.00084 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.448 | 0.005249 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.619 | 0.001742 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | P.1.15 | 0.000465 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 2 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 2 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | Q.1 | 0.000253 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 2 | 2 | Q.2 | 0.001227 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | A.3 | 0.002096 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | AY.4.1 | 0.000737 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.41 | 0.000294 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.49 | 0.003195 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.50 | 0.000799 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | AY.70 | 0.000209 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.87 | 0.000833 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.88 | 0.000884 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.90 | 0.000684 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.10 | 0.001115 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | B.1.1.332 | 0.03125 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.403 | 0.025641 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atC | 1 | 1 | B.1.1.47 | 0.005348 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.517 | 0.006803 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.206 | 0.000816 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.214 | 0.003663 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.36.7 | 0.004 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | B.1.378 | 0.006849 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.398 | 0.002976 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | B.1.438.1 | 0.000107 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.509 | 0.000866 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.560 | 0.00463 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | C.23 | 0.005814 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | L.3 | 0.003546 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | N.5 | 0.001767 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atA | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | Q.3 | 0.000145 |
ORF3a | 260 | M260I | atG | atT | 1 | 1 | Q.7 | 0.001111 |
![]() |
![]() |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|