CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF3a | 251 | G251V | nonsyn | gGt | gTt | 8074 | 8069 | 0.999381 | 26143-26145 | |
ORF3a | 251 | G251V | nonsyn | gGT | gTA | 8074 | 3 | 0.000371563 | 26143-26145 | |
ORF3a | 251 | G251V | nonsyn | gGT | gTG | 8074 | 2 | 0.000247709 | 26143-26145 |
Details of the mutation G251V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 8069 | 8074 | All | 0.001543 |
ORF3a | 251 | G251V | gGT | gTA | 3 | 8074 | All | 0.000001 |
ORF3a | 251 | G251V | gGT | gTG | 2 | 8074 | All | 0 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2753 | 2753 | B | 0.351866 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2658 | 2658 | B.40 | 0.968306 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 421 | 421 | B.39 | 0.981352 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 299 | 299 | B.28 | 0.980328 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 277 | 277 | B.29 | 0.97193 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 258 | 258 | B.31 | 0.962687 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 183 | 183 | B.1.499 | 0.192227 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 171 | 171 | B.61 | 0.982759 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 125 | 125 | B.35 | 0.976562 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 124 | 124 | B.41 | 0.992 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 95 | 95 | B.58 | 0.969388 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 72 | 72 | B.34 | 0.986301 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 69 | 69 | B.43 | 0.985714 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 67 | 67 | B.30 | 0.985294 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 61 | 61 | B.60 | 0.968254 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 46 | 46 | B.33 | 0.978723 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 42 | 42 | B.38 | 1 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 39 | 40 | B.1 | 0.000357 |
ORF3a | 251 | G251V | gGT | gTA | 1 | 40 | B.1 | 0.000009 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 39 | 39 | AY.103 | 0.000242 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 37 | 37 | B.32 | 1 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 33 | 33 | B.37 | 0.942857 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 30 | 30 | B.42 | 1 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 18 | 18 | AY.4 | 0.000028 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 16 | 16 | B.1.1.7 | 0.000014 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 13 | 13 | B.36 | 1 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 12 | 12 | B.1.1 | 0.000218 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 10 | 10 | B.44 | 1 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.617.2 | 0.000026 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.55 | 0.020649 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.9 | 0.000338 |
ORF3a | 251 | G251V | gGT | gTG | 2 | 4 | 0.111111 | |
ORF3a | 251 | G251V | gGT | gTA | 2 | 4 | 0.111111 | |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.25 | 0.000024 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.44 | 0.000024 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.621 | 0.000354 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.497 | 0.000944 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | A | 0.000774 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | A.2 | 0.001324 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.30 | 0.000791 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.36 | 0.000296 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.47 | 0.000062 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.161 | 0.007067 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.157 | 0.00597 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.23 | 0.005848 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.3 | 0.001661 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.4 | 0.004415 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 2 | 2 | P.1 | 0.000032 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | A.2.2 | 0.001689 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | A.2.3 | 0.004739 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | A.5 | 0.001923 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.467 | 0.019231 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.89 | 0.006061 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.142 | 0.002899 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.146 | 0.004237 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.44 | 0.000519 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.215 | 0.009615 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.336 | 0.002439 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.423 | 0.010204 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.503 | 0.002488 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.4.7 | 0.010101 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.47 | 0.020408 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | C.35 | 0.000774 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF3a | 251 | G251V | gGt | gTt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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