CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : Mut = E19G

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	19	E19G		nonsyn	gAa	gGa	1182	1180	0.998308	25447-25449
ORF3a	19	E19G		nonsyn	gAA	gGT	1182	2	0.00169205	25447-25449

Details of the mutation E19G within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1180	1182	All	0.000226
ORF3a	19	E19G	gAA	gGT	2	1182	All	0
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	367	367	B.1.617.2	0.001382
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	272	272	B.1.265	0.345616
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	148	148	AY.102	0.003924
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	29	29	AY.3	0.000288
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	29	29	AY.43	0.000128
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	27	27	B.1.1.7	0.000024
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	24	24	B.1.258	0.001597
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	22	22	AY.4	0.000034
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	18	18	B.1.160	0.000561
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	15	15	AY.44	0.000091
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	15	15	B.1.1	0.000272
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	14	14	AY.86	0.011618
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	12	12	AY.39	0.000297
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	10	10	B.1.258.14	0.009804
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	9	9	AY.34.1	0.004589
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	9	9	B.1	0.000082
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	9	9	B.1.595	0.002349
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	9	9	P.1	0.000142
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	7	7	AY.46	0.000729
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	7	7	AY.98	0.000553
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	6	6	B.1.2	0.000053
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	5	5	R.1	0.00045
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	AY.116	0.001147
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	AY.120	0.000149
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	AY.20	0.000155
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	AY.23.1	0.001669
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	AY.46.4	0.000658
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	B.1.1.27	0.022599
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	B.1.1.317	0.001647
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	B.1.243	0.000278
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	B.1.93	0.003735
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	AY.118	0.000188
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	AY.25	0.000018
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	AY.45	0.000365
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	AY.47	0.000093
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	AY.54	0.000286
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	B.1.177	0.00004
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	B.1.177.75	0.003122
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	D.2	0.000225
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2		0.111111
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	AY.103	0.000012
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	AY.61	0.00021
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	B.1.1.389	0.012121
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	B.1.177.55	0.004662
ORF3a	19	E19G	gAA	gGT	2	2	B.1.214.2	0.001199
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	B.1.311	0.000549
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	P.1.10	0.000539
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AU.3	0.00211
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.110	0.000113
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.13	0.000161
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.14	0.000088
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.30	0.000396
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.34	0.000097
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.41	0.000294
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.63	0.000387
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.64	0.000595
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.88	0.000884
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.90	0.000684
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.92	0.000287
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.177	0.019231
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.402	0.011111
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.58	0.005376
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.367	0.000792
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.538	0.008065
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.544	0.006024
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.565	0.00081
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.615	0.04
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.4.1	0.018868
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	P.2	0.000187
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	P.3	0.001595

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.