CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : Mut = D27H

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	27	D27H		nonsyn	Gat	Cat	1368	1368	1	25471-25473

Details of the mutation D27H within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1368	1368	All	0.000262
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	240	240	B.1.1.7	0.000215
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	165	165	B.1.526	0.003878
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	98	98	B.1.160	0.003056
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	85	85	AY.4	0.000132
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	75	75	B.1.2	0.00066
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	63	63	B.1	0.000577
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	62	62	B.1.617.2	0.000233
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	51	51	AY.103	0.000317
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	33	33	AY.14	0.002904
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	31	31	B.1.258	0.002063
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	25	25	AY.25	0.00015
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	25	25	B.1.1	0.000454
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	25	25	P.1	0.000394
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	23	23	P.1.14	0.001099
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	18	18	AY.43	0.00008
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	18	18	B.1.617.1	0.002321
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	17	17	B.1.221	0.001208
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	16	16	B.1.470	0.022472
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	15	15	B.1.1.3	0.130435
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	15	15	B.1.177.86	0.002752
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	12	12	AY.100	0.000552
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	12	12	AY.120	0.000446
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	12	12	B.1.621	0.001062
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	11	11	AY.44	0.000067
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	10	10	R.1	0.0009
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	8	8	C.36.3	0.004538
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	7	7	B.1.177	0.000092
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	7	7	B.1.351	0.000208
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	7	7	B.1.36.1	0.007982
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	6	6	AY.102	0.000159
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	6	6	B.1.576	0.00544
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	6	6	B.1.619	0.005226
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	6	6	P.1.1	0.001906
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	5	5	AY.6	0.000206
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	5	5	AY.62	0.002179
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	5	5	B.1.1.1	0.001633
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	5	5	B.1.623	0.002682
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	5	5	P.2	0.000933
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	4	4	B.1.1.240	0.018779
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	4	4	B.1.596	0.000349
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	AY.110	0.000338
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	AY.20	0.000117
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	AY.39	0.000074
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	AY.45	0.000365
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	AY.5	0.000062
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	AY.5.3	0.001012
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	AY.9.2	0.00011
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	B.1.1.214	0.000166
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	B.1.1.222	0.000612
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	B.1.1.397	0.006757
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	B.1.36	0.000438
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	3	3	C.16	0.003181
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	A.2.5	0.000998
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	AY.105	0.001286
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	AY.42	0.00008
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	AY.47	0.000062
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	AY.69	0.000373
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	B.1.1.43	0.029851
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	B.1.1.448	0.004065
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	B.1.1.518	0.012658
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	B.1.177.8	0.001505
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	B.1.429	0.000047
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	B.1.620	0.001892
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	2	2	B.40	0.000729
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	A.2.5.2	0.001572
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AU.1	0.001266
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.104	0.001984
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.113	0.000142
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.115	0.005208
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.33	0.000067
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.74	0.000116
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.79	0.001211
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.84	0.000437
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B	0.000128
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.258	0.003257
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.354	0.004386
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.377	0.001381
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.461	0.012048
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.58	0.005376
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.157	0.002985
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.160.28	0.002924
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.243	0.00007
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.332	0.003497
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.362	0.001541
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.416	0.001269
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.450	0.011364
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.509	0.000866
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.517	0.000427
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.561	0.000397
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.580	0.004065
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.625	0.002353
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	B.1.637	0.000073
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	C.14	0.004329
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	C.39	0.018868
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	N.5	0.001767
ORF3a	27	D27H	Gat	Cat	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.