CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 88

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a88V88LnonsynGtaTta665563350.95191625654-25656
ORF3a88V88LnonsynGtaCta66553190.047933925654-25656
ORF3a88V88LnonsynGtATtG665510.00015026325654-25656
ORF3a88V88VsyngtAgtG5685290.93133825654-25656
ORF3a88V88VsyngtAgtT568280.049295825654-25656
ORF3a88V88VsyngtAgtC568110.019366225654-25656
ORF3a88V88AnonsyngTagCa3443410.99127925654-25656
ORF3a88V88AnonsyngTAgCT34420.0058139525654-25656
ORF3a88V88AnonsyngTAgCG34410.0029069825654-25656
ORF3a88V88InonsynGtaAta3303290.9969725654-25656
ORF3a88V88InonsynGtAAtT33010.003030325654-25656
ORF3a88V88deldelGTA---174174125654-25656
ORF3a88V88EnonsyngTagAa14130.92857125654-25656
ORF3a88V88EnonsyngTAgAG1410.071428625654-25656
ORF3a88V88GnonsyngTagGa1313125654-25656
ORF3a88V88FnonsynGtATtT1313125654-25656
ORF3a88V88del1delGta-ta1380.61538525654-25656
ORF3a88V88del1delgtAgt-1340.30769225654-25656
ORF3a88V88del1delGTA-NN1310.076923125654-25656
ORF3a88V88SnonsynGTaTCa420.525654-25656
ORF3a88V88SnonsynGTATCT420.525654-25656
ORF3a88V88QnonsynGTaCAa33125654-25656
ORF3a88V88TnonsynGTaACa22125654-25656
ORF3a88V88KnonsynGTAAAG210.525654-25656
ORF3a88V88KnonsynGTaAAa210.525654-25656
ORF3a88V88PnonsynGTaCCa11125654-25656
ORF3a88V88del2delgTAg--11125654-25656
ORF3a88V88MnonsynGtAAtG11125654-25656

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a88V88LGtaTta63356655All0.001212
ORF3a88V88LGtaCta3196655All0.000061
ORF3a88V88LGtATtG16655All0
ORF3a88V88LGtaTta31333136AY.50.064694
ORF3a88V88LGtaCta33136AY.50.000062
ORF3a88V88VgtAgtG529568All0.000101
ORF3a88V88VgtAgtT28568All0.000005
ORF3a88V88VgtAgtC11568All0.000002
ORF3a88V88LGtaTta402448AY.40.000626
ORF3a88V88LGtaCta46448AY.40.000072
ORF3a88V88VgtAgtG372374AY.40.000579
ORF3a88V88VgtAgtT2374AY.40.000003
ORF3a88V88AgTagCa341344All0.000065
ORF3a88V88AgTAgCT2344All0
ORF3a88V88AgTAgCG1344All0
ORF3a88V88IGtaAta329330All0.000063
ORF3a88V88IGtAAtT1330All0
ORF3a88V88LGtaTta220322B.1.1.70.000197
ORF3a88V88LGtaCta102322B.1.1.70.000091
ORF3a88V88LGtaTta308321AY.250.001853
ORF3a88V88LGtaCta13321AY.250.000078
ORF3a88V88LGtaTta272272B.1.2430.018927
ORF3a88V88LGtaTta162185B.1.617.20.00061
ORF3a88V88LGtaCta23185B.1.617.20.000087
ORF3a88V88delGTA---174174All0.000033
ORF3a88V88LGtaTta166166AY.9.20.006097
ORF3a88V88LGtaTta132159B.1.20.001162
ORF3a88V88LGtaCta27159B.1.20.000238
ORF3a88V88AgTagCa9898AY.440.000597
ORF3a88V88LGtaTta9494P.1.70.030013
ORF3a88V88LGtaTta8686B.1.110.30.061782
ORF3a88V88LGtaTta8182AY.430.000359
ORF3a88V88LGtaCta182AY.430.000004
ORF3a88V88LGtaTta8282AY.5.40.02269
ORF3a88V88LGtaTta6971B.1.4290.001623
ORF3a88V88LGtaCta271B.1.4290.000047
ORF3a88V88AgTagCa6868B.301
ORF3a88V88LGtaTta5456AY.30.000537
ORF3a88V88LGtaCta256AY.30.00002
ORF3a88V88LGtaTta5556B.10.000504
ORF3a88V88LGtaCta156B.10.000009
ORF3a88V88IGtaAta5050B.1.1.70.000045
ORF3a88V88LGtaTta4049AY.1030.000248
ORF3a88V88LGtaCta949AY.1030.000056
ORF3a88V88AgTagCa4747AY.40.000073
ORF3a88V88LGtaTta4046AY.1020.001061
ORF3a88V88LGtaCta646AY.1020.000159
ORF3a88V88IGtaAta4444AY.440.000268
ORF3a88V88IGtaAta4343AY.50.000888
ORF3a88V88LGtaCta3142AY.5.30.010459
ORF3a88V88LGtaTta1142AY.5.30.003711
ORF3a88V88IGtaAta4141B.1.20.000361
ORF3a88V88LGtaTta2538AY.440.000152
ORF3a88V88LGtaCta1338AY.440.000079
ORF3a88V88LGtaTta3838B.1.1470.028723
ORF3a88V88delGTA---3636B.1.1.70.000032
ORF3a88V88IGtaAta3535B.1.617.20.000132
ORF3a88V88IGtaAta3030AY.250.00018
ORF3a88V88VgtAgtG2929AY.740.003354
ORF3a88V88LGtaTta2929B.1.177.170.02381
ORF3a88V88AgTagCa2626AY.46.60.001877
ORF3a88V88LGtaTta2424B.1.1.10.007841
ORF3a88V88LGtaTta2323AY.1170.001944
ORF3a88V88LGtaTta2323P.10.000362
ORF3a88V88VgtAgtG2022AY.260.000566
ORF3a88V88VgtAgtT222AY.260.000057
ORF3a88V88VgtAgtG1722B.1.1.70.000015
ORF3a88V88VgtAgtT422B.1.1.70.000004
ORF3a88V88VgtAgtC122B.1.1.70.000001
ORF3a88V88delGTA---2121AY.40.000033
ORF3a88V88LGtaTta2121B.1.1770.000277
ORF3a88V88LGtaTta2020B.1.1920.185185
ORF3a88V88LGtaTta1919AY.230.001325
ORF3a88V88VgtAgtG1618AY.30.000159
ORF3a88V88VgtAgtT218AY.30.00002
ORF3a88V88LGtaTta1818B.1.177.150.011356
ORF3a88V88LGtaTta1818B.1.1890.077253
ORF3a88V88LGtaTta1818B.1.5260.000423
ORF3a88V88LGtaTta1717AY.390.00042
ORF3a88V88LGtaTta1616B.1.1.2560.219178
ORF3a88V88LGtaTta1416B.1.1600.000437
ORF3a88V88LGtaCta216B.1.1600.000062
ORF3a88V88LGtaTta1515P.1.170.002426
ORF3a88V88EgTagAa1314All0.000002
ORF3a88V88EgTAgAG114All0
ORF3a88V88LGtaTta1414AY.200.000544
ORF3a88V88LGtaTta1314AY.260.000368
ORF3a88V88LGtaCta114AY.260.000028
ORF3a88V88AgTagCa1414AY.60.000576
ORF3a88V88LGtaTta1314B.1.10.000236
ORF3a88V88LGtaCta114B.1.10.000018
ORF3a88V88LGtaTta1414B.1.360.002043
ORF3a88V88LGtaTta1314R.10.00117
ORF3a88V88LGtaCta114R.10.00009
ORF3a88V88FGtATtT1313All0.000002
ORF3a88V88GgTagGa1313All0.000002
ORF3a88V88del1Gta-ta813All0.000002
ORF3a88V88del1gtAgt-413All0.000001
ORF3a88V88del1GTA-NN113All0
ORF3a88V88LGtaTta1113AY.290.000174
ORF3a88V88LGtaCta213AY.290.000032
ORF3a88V88IGtaAta1313AY.40.00002
ORF3a88V88LGtaTta1313B.1.1.5190.000516
ORF3a88V88LGtaTta1113B.1.6210.000974
ORF3a88V88LGtaCta213B.1.6210.000177
ORF3a88V88LGtaTta1212AY.1200.000446
ORF3a88V88LGtaTta1112AY.420.000443
ORF3a88V88LGtaCta112AY.420.00004
ORF3a88V88LGtaTta1212AY.590.006356
ORF3a88V88LGtaTta1212AY.750.000672
ORF3a88V88LGtaTta1212B.1.2580.000799
ORF3a88V88LGtaTta1212P.1.140.000574
ORF3a88V88LGtaTta1212Z.10.034682
ORF3a88V88VgtAgtG811AY.1030.00005
ORF3a88V88VgtAgtT211AY.1030.000012
ORF3a88V88VgtAgtC111AY.1030.000006
ORF3a88V88LGtaTta1111B.1.1.4330.01567
ORF3a88V88VgtAgtG1111B.1.4290.000259
ORF3a88V88VgtAgtT910AY.250.000054
ORF3a88V88VgtAgtG110AY.250.000006
ORF3a88V88AgTagCa1010AY.30.000099
ORF3a88V88LGtaTta910AY.450.001095
ORF3a88V88LGtaCta110AY.450.000122
ORF3a88V88LGtaTta1010B.1.1.3160.009251
ORF3a88V88delGTA---1010B.1.1770.000132
ORF3a88V88LGtaTta1010C.370.001161
ORF3a88V88LGtaTta99AY.4.20.000195
ORF3a88V88AgTagCa99B.1.1770.000119
ORF3a88V88LGtaTta88AY.1140.001849
ORF3a88V88LGtaTta88AY.4.2.10.001192
ORF3a88V88VgtAgtG88AY.430.000035
ORF3a88V88LGtaTta78B.1.1.280.002179
ORF3a88V88LGtaCta18B.1.1.280.000311
ORF3a88V88LGtaTta88B.1.1120.041451
ORF3a88V88delGTA---88B.1.617.20.00003
ORF3a88V88GgTagGa88B.1.617.20.00003
ORF3a88V88VgtAgtG78B.1.617.20.000026
ORF3a88V88VgtAgtC18B.1.617.20.000004
ORF3a88V88LGtaTta88N.50.014134
ORF3a88V88LGtaTta77AY.1110.001282
ORF3a88V88FGtATtT77AY.250.000042
ORF3a88V88LGtaTta77AY.46.50.001389
ORF3a88V88LGtaCta47AY.90.00027
ORF3a88V88LGtaTta37AY.90.000203
ORF3a88V88LGtaTta77B.1.1.2220.001428
ORF3a88V88AgTagCa77B.1.1.2530.017544
ORF3a88V88AgTagCa77B.1.1.70.000006
ORF3a88V88LGtaTta77B.1.466.20.002739
ORF3a88V88AgTagCa77B.1.617.20.000026
ORF3a88V88LGtaTta66AY.1130.000854
ORF3a88V88EgTagAa66AY.160.002278
ORF3a88V88delGTA---66AY.430.000027
ORF3a88V88LGtaTta66AY.460.000624
ORF3a88V88LGtaTta66AY.740.000694
ORF3a88V88LGtaTta66B.1.1.3170.00247
ORF3a88V88AgTagCa66B.1.177.70.000989
ORF3a88V88LGtaTta56B.1.3510.000149
ORF3a88V88LGtaCta16B.1.3510.00003
ORF3a88V88LGtaTta66B.1.5250.000679
ORF3a88V88delGTA---66B.1.5250.000679
ORF3a88V88LGtaTta45AY.1190.000141
ORF3a88V88LGtaCta15AY.1190.000035
ORF3a88V88AgTagCa35AY.250.000018
ORF3a88V88AgTAgCT25AY.250.000012
ORF3a88V88IGtaAta55AY.260.000142
ORF3a88V88LGtaTta55AY.340.000485
ORF3a88V88delGTA---55AY.440.00003
ORF3a88V88LGtaTta55AY.46.60.000361
ORF3a88V88VgtAgtG55AY.470.000156
ORF3a88V88LGtaTta55AY.610.000524
ORF3a88V88LGtaTta55B0.000639
ORF3a88V88IGtaAta45B.10.000037
ORF3a88V88IGtAAtT15B.10.000009
ORF3a88V88LGtaTta55B.1.160.70.010395
ORF3a88V88LGtaCta55L.30.01773
ORF3a88V88SGTATCT24All0
ORF3a88V88SGTaTCa24All0
ORF3a88V88LGtaTta44AY.1000.000184
ORF3a88V88VgtAgtC44AY.1020.000106
ORF3a88V88delGTA---44AY.1030.000025
ORF3a88V88LGtaTta44AY.1160.001147
ORF3a88V88LGtaTta44AY.120.001264
ORF3a88V88delGTA---44AY.230.000279
ORF3a88V88SGTaTCa24AY.250.000012
ORF3a88V88SGTATCT24AY.250.000012
ORF3a88V88delGTA---44AY.290.000063
ORF3a88V88VgtAgtG24AY.290.000032
ORF3a88V88VgtAgtT24AY.290.000032
ORF3a88V88LGtaCta34AY.330.0002
ORF3a88V88LGtaTta14AY.330.000067
ORF3a88V88IGtaAta44AY.390.000099
ORF3a88V88LGtaTta44AY.46.10.004107
ORF3a88V88LGtaTta44AY.470.000124
ORF3a88V88IGtaAta44AY.60.000165
ORF3a88V88LGtaCta24AY.990.002099
ORF3a88V88LGtaTta24AY.990.002099
ORF3a88V88AgTagCa44B.1.1.2200.007435
ORF3a88V88LGtaTta44B.1.1.390.002039
ORF3a88V88LGtaTta44B.1.1100.0181
ORF3a88V88LGtaTta44B.1.2210.000284
ORF3a88V88LGtaTta44B.1.3960.002823
ORF3a88V88IGtaAta44B.1.5260.000094
ORF3a88V88IGtaAta44P.10.000063
ORF3a88V88LGtaTta44P.1.10.001271
ORF3a88V88LGtaTta44Q.10.000505
ORF3a88V88IGtaAta33A.2.5.10.014423
ORF3a88V88QGTaCAa33All0.000001
ORF3a88V88delGTA---33AY.1020.00008
ORF3a88V88LGtaTta33AY.1180.000188
ORF3a88V88IGtaAta33AY.1190.000106
ORF3a88V88AgTagCa33AY.1210.000406
ORF3a88V88VgtAgtG23AY.230.000139
ORF3a88V88VgtAgtT13AY.230.00007
ORF3a88V88delGTA---33AY.250.000018
ORF3a88V88AgTagCa33AY.340.000291
ORF3a88V88LGtaTta33AY.39.10.000119
ORF3a88V88IGtaAta33AY.430.000013
ORF3a88V88VgtAgtG33AY.440.000018
ORF3a88V88LGtaTta33AY.46.40.000494
ORF3a88V88IGtaAta33AY.470.000093
ORF3a88V88LGtaTta33AY.530.000863
ORF3a88V88LGtaTta33AY.60.000123
ORF3a88V88LGtaTta33AY.680.000821
ORF3a88V88LGtaTta33AY.7.10.000338
ORF3a88V88LGtaTta33AY.9.10.000251
ORF3a88V88LGtaTta33AY.920.000862
ORF3a88V88LGtaTta23AY.980.000158
ORF3a88V88LGtaCta13AY.980.000079
ORF3a88V88VgtAgtG33AY.98.10.000145
ORF3a88V88delGTA---33B.10.000027
ORF3a88V88LGtaTta33B.1.1.3050.011583
ORF3a88V88VgtAgtG33B.1.1600.000094
ORF3a88V88LGtaCta23B.1.2340.000264
ORF3a88V88LGtaTta13B.1.2340.000132
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