CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 86 & Codon = ttT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a86L86FnonsynttGttT393839060.99187425648-25650

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a86L86FttGttT39063938All0.000747
ORF3a86L86FttGttT632637B.1.1.70.000566
ORF3a86L86FttGttT612613AY.40.000953
ORF3a86L86FttGttT424424B.1.2980.896406
ORF3a86L86FttGttT234234AY.91.10.95122
ORF3a86L86FttGttT163163B.1.351.20.049319
ORF3a86L86FttGttT142143B.1.617.20.000535
ORF3a86L86FttGttT125127AY.430.000554
ORF3a86L86FttGttT9393AY.250.000559
ORF3a86L86FttGttT8787AY.910.06355
ORF3a86L86FttGttT7575AY.440.000457
ORF3a86L86FttGttT7373AY.1020.001936
ORF3a86L86FttGttT7070B.1.5750.021238
ORF3a86L86FttGttT6767AY.1030.000416
ORF3a86L86FttGttT6566B.1.20.000572
ORF3a86L86FttGttT6464P.10.001008
ORF3a86L86FttGttT6060B.1.4290.001412
ORF3a86L86FttGttT5656B.1.5960.00488
ORF3a86L86FttGttT4548B.10.000412
ORF3a86L86FttGttT4848B.1.350.40678
ORF3a86L86FttGttT3840B.1.10.000689
ORF3a86L86FttGttT3333B.1.1600.001029
ORF3a86L86FttGttT3031AY.30.000298
ORF3a86L86FttGttT3030B.1.5260.000705
ORF3a86L86FttGttT2828AY.260.000793
ORF3a86L86FttGttT2424AY.4.20.000521
ORF3a86L86FttGttT2323AY.390.000568
ORF3a86L86FttGttT2020AY.470.000622
ORF3a86L86FttGttT1920B.1.5250.00215
ORF3a86L86FttGttT1919L.20.215909
ORF3a86L86FttGttT1718AY.1190.0006
ORF3a86L86FttGttT1515B.1.1770.000198
ORF3a86L86FttGttT1515B.1.3510.000446
ORF3a86L86FttGttT1414AY.290.000221
ORF3a86L86FttGttT1414AY.980.001106
ORF3a86L86FttGttT1414B.1.6310.047138
ORF3a86L86FttGttT1111AY.1000.000506
ORF3a86L86FttGttT1111AY.9.10.000921
ORF3a86L86FttGttT1111B.1.4270.000555
ORF3a86L86FttGttT1111B.1.6090.005273
ORF3a86L86FttGttT1010AY.200.000389
ORF3a86L86FttGttT1010C.370.001161
ORF3a86L86FttGttT99B.1.177.570.002529
ORF3a86L86FttGttT48AY.330.000267
ORF3a86L86FttGttT88AY.60.000329
ORF3a86L86FttGttT88B.1.4000.003432
ORF3a86L86FttGttT77AY.50.000145
ORF3a86L86FttGttT77AY.7.10.000789
ORF3a86L86FttGttT77B.1.1.3480.005573
ORF3a86L86FttGttT77B.1.177.860.001284
ORF3a86L86FttGttT77B.1.4040.009115
ORF3a86L86FttGttT77C.1.10.538462
ORF3a86L86FttGttT77P.1.150.001626
ORF3a86L86FttGttT77P.20.001306
ORF3a86L86FttGttT56AY.98.10.000242
ORF3a86L86FttGttT66B.1.1.3060.00263
ORF3a86L86FttGttT66B.1.5670.02
ORF3a86L86FttGttT66P.1.140.000287
ORF3a86L86FttGttT66Q.30.00087
ORF3a86L86FttGttT55AY.1200.000186
ORF3a86L86FttGttT55AY.3.10.000426
ORF3a86L86FttGttT55AY.610.000524
ORF3a86L86FttGttT55B.1.1.280.001556
ORF3a86L86FttGttT55B.1.1.330.002104
ORF3a86L86FttGttT55B.1.466.20.001956
ORF3a86L86FttGttT44AY.1130.00057
ORF3a86L86FttGttT44AY.1170.000338
ORF3a86L86FttGttT44AY.1210.000541
ORF3a86L86FttGttT44AY.230.000279
ORF3a86L86FttGttT44AY.360.000593
ORF3a86L86FttGttT44AY.420.000161
ORF3a86L86FttGttT44B.1.2340.000528
ORF3a86L86FttGttT34B.1.6210.000266
ORF3a86L86FttGttT33AY.1140.000693
ORF3a86L86FttGttT33AY.450.000365
ORF3a86L86FttGttT33B.1.1.100.003344
ORF3a86L86FttGttT33B.1.1.2250.021583
ORF3a86L86FttGttT33B.1.1.5190.000119
ORF3a86L86FttGttT33B.1.351.50.001799
ORF3a86L86FttGttT33B.1.360.000438
ORF3a86L86FttGttT33B.1.36.10.003421
ORF3a86L86FttGttT33B.1.5240.004219
ORF3a86L86FttGttT33B.1.5950.000783
ORF3a86L86FttGttT33B.1.617.10.000387
ORF3a86L86FttGttT33B.1.6370.000219
ORF3a86L86FttGttT33B.400.001093
ORF3a86L86FttGttT33D.20.000225
ORF3a86L86FttGttT33P.1.120.001452
ORF3a86L86FttGttT33Z.10.008671
ORF3a86L86FttGttT22AY.1180.000125
ORF3a86L86FttGttT22AY.120.000632
ORF3a86L86FttGttT22AY.120.10.000642
ORF3a86L86FttGttT22AY.39.10.000079
ORF3a86L86FttGttT22AY.46.60.000144
ORF3a86L86FttGttT22AY.550.001835
ORF3a86L86FttGttT22AY.720.002721
ORF3a86L86FttGttT22AY.780.003082
ORF3a86L86FttGttT22AY.9.20.000073
ORF3a86L86FttGttT22B.1.1.2840.000215
ORF3a86L86FttGttT22B.1.1.2910.001485
ORF3a86L86FttGttT22B.1.1.3040.005618
ORF3a86L86FttGttT22B.1.1.3350.025974
ORF3a86L86FttGttT22B.1.1.500.001358
ORF3a86L86FttGttT22B.1.1.990.047619
ORF3a86L86FttGttT22B.1.110.30.001437
ORF3a86L86FttGttT22B.1.2210.000142
ORF3a86L86FttGttT22B.1.2580.000133
ORF3a86L86FttGttT22B.1.3110.000549
ORF3a86L86FttGttT22B.1.36.190.018519
ORF3a86L86FttGttT22B.1.3950.014085
ORF3a86L86FttGttT22B.1.6280.000705
ORF3a86L86FttGttT22C.1.20.008511
ORF3a86L86FttGttT22C.350.001548
ORF3a86L86FttGttT22Q.80.00033
ORF3a86L86FttGttT110.055556
ORF3a86L86FttGttT11A.190.009434
ORF3a86L86FttGttT11A.210.00277
ORF3a86L86FttGttT11AY.100.00053
ORF3a86L86FttGttT11AY.1050.000643
ORF3a86L86FttGttT11AY.1060.000335
ORF3a86L86FttGttT11AY.1080.001103
ORF3a86L86FttGttT11AY.1090.00074
ORF3a86L86FttGttT11AY.116.10.000311
ORF3a86L86FttGttT11AY.140.000088
ORF3a86L86FttGttT11AY.150.002222
ORF3a86L86FttGttT11AY.160.00038
ORF3a86L86FttGttT11AY.270.000065
ORF3a86L86FttGttT11AY.340.000097
ORF3a86L86FttGttT11AY.370.000316
ORF3a86L86FttGttT11AY.4.2.10.000149
ORF3a86L86FttGttT11AY.4.50.000107
ORF3a86L86FttGttT11AY.460.000104
ORF3a86L86FttGttT11AY.46.40.000165
ORF3a86L86FttGttT11AY.46.50.000198
ORF3a86L86FttGttT11AY.5.10.003759
ORF3a86L86FttGttT11AY.570.000656
ORF3a86L86FttGttT11AY.70.000196
ORF3a86L86FttGttT11AY.710.000475
ORF3a86L86FttGttT11AY.750.000056
ORF3a86L86FttGttT11AY.770.001127
ORF3a86L86FttGttT11AY.790.001211
ORF3a86L86FttGttT11AY.840.000437
ORF3a86L86FttGttT11AY.850.000427
ORF3a86L86FttGttT11AY.880.000884
ORF3a86L86FttGttT11AY.90.000068
ORF3a86L86FttGttT11AY.920.000287
ORF3a86L86FttGttT11AY.990.001049
ORF3a86L86FttGttT11AY.99.20.000092
ORF3a86L86FttGttT11B0.000128
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.1590.004673
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.2160.00089
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.2410.00207
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.2610.008621
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.2630.001558
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.3160.000925
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.3170.000412
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.3180.000302
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.4090.002833
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.4160.000905
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.4320.001266
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.4490.022727
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.5070.008696
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1.80.003584
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1280.000635
ORF3a86L86FttGttT11B.1.1690.014925
ORF3a86L86FttGttT11B.1.177.100.000878
ORF3a86L86FttGttT11B.1.177.110.001698
ORF3a86L86FttGttT11B.1.177.40.000211
ORF3a86L86FttGttT11B.1.177.530.002392
ORF3a86L86FttGttT11B.1.177.750.001041
ORF3a86L86FttGttT11B.1.177.810.000189
ORF3a86L86FttGttT11B.1.177.90.001332
ORF3a86L86FttGttT11B.1.2390.001221
ORF3a86L86FttGttT11B.1.2400.000216
ORF3a86L86FttGttT11B.1.2410.000812
ORF3a86L86FttGttT11B.1.2430.00007
ORF3a86L86FttGttT11B.1.258.170.000104
ORF3a86L86FttGttT11B.1.3240.001605
ORF3a86L86FttGttT11B.1.36.310.001751
ORF3a86L86FttGttT11B.1.3990.001934
ORF3a86L86FttGttT11B.1.4070.035714
ORF3a86L86FttGttT11B.1.4410.009615
ORF3a86L86FttGttT11B.1.4700.001404
ORF3a86L86FttGttT11B.1.5420.03125
ORF3a86L86FttGttT11B.1.5760.000907
ORF3a86L86FttGttT11B.1.5900.004545
ORF3a86L86FttGttT11B.1.596.10.009346
ORF3a86L86FttGttT11B.1.621.10.000506
ORF3a86L86FttGttT11C.130.025641
ORF3a86L86FttGttT11C.140.004329
ORF3a86L86FttGttT11N.30.005814
ORF3a86L86FttGttT11N.50.001767
ORF3a86L86FttGttT11N.90.005952
ORF3a86L86FttGttT11P.1.170.000162
ORF3a86L86FttGttT11R.10.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.