CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 86

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a86L86FnonsynttGttT393839060.99187425648-25650
ORF3a86L86FnonsynttGttC3938320.0081259525648-25650
ORF3a86L86LsynttGttA7256260.86344825648-25650
ORF3a86L86LsynTtgCtg725960.13241425648-25650
ORF3a86L86LsynTtGCtT72530.0041379325648-25650
ORF3a86L86deldelTTG---189189125648-25650
ORF3a86L86SnonsyntTgtCg78740.94871825648-25650
ORF3a86L86SnonsyntTGtCT7820.02564125648-25650
ORF3a86L86SnonsyntTGtCC7810.012820525648-25650
ORF3a86L86SnonsyntTGtCA7810.012820525648-25650
ORF3a86L86VnonsynTtgGtg16140.87525648-25650
ORF3a86L86VnonsynTtGGtT1620.12525648-25650
ORF3a86L86del2delTTg--g870.87525648-25650
ORF3a86L86del2deltTGt--810.12525648-25650
ORF3a86L86WnonsyntTgtGg77125648-25650
ORF3a86L86MnonsynTtgAtg66125648-25650
ORF3a86L86del1delttGtt-650.83333325648-25650
ORF3a86L86XnonsyntTgtAg640.66666725648-25650
ORF3a86L86del1delTtg-tg610.16666725648-25650
ORF3a86L86XnonsyntTGtAA610.16666725648-25650
ORF3a86L86XnonsyntTGtGA610.16666725648-25650
ORF3a86L86YnonsyntTGtAT430.7525648-25650
ORF3a86L86RnonsynTTGCGT420.525648-25650
ORF3a86L86RnonsynTTgCGg420.525648-25650
ORF3a86L86YnonsyntTGtAC410.2525648-25650
ORF3a86L86KnonsynTTgAAg320.66666725648-25650
ORF3a86L86PnonsynTTgCCg320.66666725648-25650
ORF3a86L86KnonsynTTGAAA310.33333325648-25650
ORF3a86L86InonsynTtGAtT310.33333325648-25650
ORF3a86L86PnonsynTTGCCT310.33333325648-25650
ORF3a86L86TnonsynTTGACC310.33333325648-25650
ORF3a86L86TnonsynTTgACg310.33333325648-25650
ORF3a86L86TnonsynTTGACT310.33333325648-25650
ORF3a86L86InonsynTtGAtC310.33333325648-25650
ORF3a86L86InonsynTtGAtA310.33333325648-25650
ORF3a86L86CnonsyntTGtGT22125648-25650
ORF3a86L86NnonsynTTGAAT210.525648-25650
ORF3a86L86NnonsynTTGAAC210.525648-25650

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a86L86FttGttT39063938All0.000747
ORF3a86L86FttGttC323938All0.000006
ORF3a86L86LttGttA626725All0.00012
ORF3a86L86LTtgCtg96725All0.000018
ORF3a86L86LTtGCtT3725All0.000001
ORF3a86L86FttGttT632637B.1.1.70.000566
ORF3a86L86FttGttC5637B.1.1.70.000004
ORF3a86L86FttGttT612613AY.40.000953
ORF3a86L86FttGttC1613AY.40.000002
ORF3a86L86FttGttT424424B.1.2980.896406
ORF3a86L86LttGttA351354AY.250.002111
ORF3a86L86LTtgCtg2354AY.250.000012
ORF3a86L86LTtGCtT1354AY.250.000006
ORF3a86L86FttGttT234234AY.91.10.95122
ORF3a86L86delTTG---189189All0.000036
ORF3a86L86FttGttT163163B.1.351.20.049319
ORF3a86L86FttGttT142143B.1.617.20.000535
ORF3a86L86FttGttC1143B.1.617.20.000004
ORF3a86L86FttGttT125127AY.430.000554
ORF3a86L86FttGttC2127AY.430.000009
ORF3a86L86FttGttT9393AY.250.000559
ORF3a86L86FttGttT8787AY.910.06355
ORF3a86L86StTgtCg7478All0.000014
ORF3a86L86StTGtCT278All0
ORF3a86L86StTGtCC178All0
ORF3a86L86StTGtCA178All0
ORF3a86L86FttGttT7575AY.440.000457
ORF3a86L86FttGttT7373AY.1020.001936
ORF3a86L86FttGttT7070B.1.5750.021238
ORF3a86L86FttGttT6767AY.1030.000416
ORF3a86L86FttGttT6566B.1.20.000572
ORF3a86L86FttGttC166B.1.20.000009
ORF3a86L86FttGttT6464P.10.001008
ORF3a86L86LttGttA3762B.1.1.70.000033
ORF3a86L86LTtgCtg2362B.1.1.70.000021
ORF3a86L86LTtGCtT262B.1.1.70.000002
ORF3a86L86FttGttT6060B.1.4290.001412
ORF3a86L86FttGttT5656B.1.5960.00488
ORF3a86L86LttGttA4249AY.40.000065
ORF3a86L86LTtgCtg749AY.40.000011
ORF3a86L86FttGttT4548B.10.000412
ORF3a86L86FttGttC348B.10.000027
ORF3a86L86FttGttT4848B.1.350.40678
ORF3a86L86delTTG---4141B.1.1.70.000037
ORF3a86L86FttGttT3840B.1.10.000689
ORF3a86L86FttGttC240B.1.10.000036
ORF3a86L86FttGttT3333B.1.1600.001029
ORF3a86L86FttGttT3031AY.30.000298
ORF3a86L86FttGttC131AY.30.00001
ORF3a86L86FttGttT3030B.1.5260.000705
ORF3a86L86FttGttT2828AY.260.000793
ORF3a86L86LttGttA2425B.1.10.000435
ORF3a86L86LTtgCtg125B.1.10.000018
ORF3a86L86FttGttT2424AY.4.20.000521
ORF3a86L86FttGttT2323AY.390.000568
ORF3a86L86delTTG---2121AY.40.000033
ORF3a86L86LttGttA1921B.1.617.20.000072
ORF3a86L86LTtgCtg221B.1.617.20.000008
ORF3a86L86LttGttA1920AY.1030.000118
ORF3a86L86LTtgCtg120AY.1030.000006
ORF3a86L86FttGttT2020AY.470.000622
ORF3a86L86LttGttA2020AY.710.009501
ORF3a86L86FttGttT1920B.1.5250.00215
ORF3a86L86FttGttC120B.1.5250.000113
ORF3a86L86FttGttT1919L.20.215909
ORF3a86L86FttGttT1718AY.1190.0006
ORF3a86L86FttGttC118AY.1190.000035
ORF3a86L86VTtgGtg1416All0.000003
ORF3a86L86VTtGGtT216All0
ORF3a86L86LttGttA1315AY.440.000079
ORF3a86L86LTtgCtg215AY.440.000012
ORF3a86L86FttGttT1515B.1.1770.000198
ORF3a86L86FttGttT1515B.1.3510.000446
ORF3a86L86LttGttA714AY.200.000272
ORF3a86L86LTtgCtg714AY.200.000272
ORF3a86L86FttGttT1414AY.290.000221
ORF3a86L86FttGttT1414AY.980.001106
ORF3a86L86FttGttT1414B.1.6310.047138
ORF3a86L86StTgtCg1313AY.5.30.004386
ORF3a86L86LTtgCtg1212B.1.177.430.017725
ORF3a86L86FttGttT1111AY.1000.000506
ORF3a86L86FttGttT1111AY.9.10.000921
ORF3a86L86FttGttT1111B.1.4270.000555
ORF3a86L86FttGttT1111B.1.6090.005273
ORF3a86L86delTTG---1111B.1.617.20.000041
ORF3a86L86LTtgCtg611P.10.000095
ORF3a86L86LttGttA511P.10.000079
ORF3a86L86FttGttT1010AY.200.000389
ORF3a86L86delTTG---1010B.1.1770.000132
ORF3a86L86FttGttT1010C.370.001161
ORF3a86L86StTgtCg99AY.1030.000056
ORF3a86L86LttGttA99AY.3.10.000767
ORF3a86L86FttGttT99B.1.177.570.002529
ORF3a86L86del2TTg--g78All0.000001
ORF3a86L86del2tTGt--18All0
ORF3a86L86LttGttA88AY.30.00008
ORF3a86L86FttGttC48AY.330.000267
ORF3a86L86FttGttT48AY.330.000267
ORF3a86L86FttGttT88AY.60.000329
ORF3a86L86StTgtCg88B.1.1770.000105
ORF3a86L86FttGttT88B.1.4000.003432
ORF3a86L86WtTgtGg77All0.000001
ORF3a86L86LttGttA77AY.270.000453
ORF3a86L86delTTG---77AY.440.000043
ORF3a86L86FttGttT77AY.50.000145
ORF3a86L86FttGttT77AY.7.10.000789
ORF3a86L86FttGttT77B.1.1.3480.005573
ORF3a86L86VTtgGtg77B.1.1.70.000006
ORF3a86L86FttGttT77B.1.177.860.001284
ORF3a86L86FttGttT77B.1.4040.009115
ORF3a86L86FttGttT77C.1.10.538462
ORF3a86L86FttGttT77P.1.150.001626
ORF3a86L86FttGttT77P.20.001306
ORF3a86L86MTtgAtg66All0.000001
ORF3a86L86del1ttGtt-56All0.000001
ORF3a86L86XtTgtAg46All0.000001
ORF3a86L86del1Ttg-tg16All0
ORF3a86L86XtTGtGA16All0
ORF3a86L86XtTGtAA16All0
ORF3a86L86LTtgCtg36AY.330.0002
ORF3a86L86LttGttA36AY.330.0002
ORF3a86L86StTgtCg66AY.430.000027
ORF3a86L86LttGttA56AY.430.000022
ORF3a86L86LTtgCtg16AY.430.000004
ORF3a86L86FttGttT56AY.98.10.000242
ORF3a86L86FttGttC16AY.98.10.000048
ORF3a86L86FttGttT66B.1.1.3060.00263
ORF3a86L86StTgtCg56B.1.1.70.000004
ORF3a86L86StTGtCT16B.1.1.70.000001
ORF3a86L86delTTG---66B.1.5250.000679
ORF3a86L86FttGttT66B.1.5670.02
ORF3a86L86FttGttT66P.1.140.000287
ORF3a86L86FttGttT66Q.30.00087
ORF3a86L86FttGttT55AY.1200.000186
ORF3a86L86FttGttT55AY.3.10.000426
ORF3a86L86LTtgCtg55AY.4.10.003687
ORF3a86L86delTTG---55AY.430.000022
ORF3a86L86FttGttT55AY.610.000524
ORF3a86L86FttGttT55B.1.1.280.001556
ORF3a86L86FttGttT55B.1.1.330.002104
ORF3a86L86FttGttT55B.1.466.20.001956
ORF3a86L86LttGttA55B.1.5990.018248
ORF3a86L86YtTGtAT34All0.000001
ORF3a86L86RTTgCGg24All0
ORF3a86L86RTTGCGT24All0
ORF3a86L86YtTGtAC14All0
ORF3a86L86LTtgCtg44AY.1000.000184
ORF3a86L86LttGttA34AY.1020.00008
ORF3a86L86LTtgCtg14AY.1020.000027
ORF3a86L86delTTG---44AY.1030.000025
ORF3a86L86FttGttT44AY.1130.00057
ORF3a86L86FttGttT44AY.1170.000338
ORF3a86L86FttGttT44AY.1210.000541
ORF3a86L86FttGttT44AY.230.000279
ORF3a86L86delTTG---44AY.230.000279
ORF3a86L86delTTG---44AY.290.000063
ORF3a86L86FttGttT44AY.360.000593
ORF3a86L86FttGttT44AY.420.000161
ORF3a86L86delTTG---44B.10.000037
ORF3a86L86FttGttT44B.1.2340.000528
ORF3a86L86FttGttT34B.1.6210.000266
ORF3a86L86FttGttC14B.1.6210.000089
ORF3a86L86PTTgCCg23All0
ORF3a86L86KTTgAAg23All0
ORF3a86L86ITtGAtA13All0
ORF3a86L86TTTGACC13All0
ORF3a86L86PTTGCCT13All0
ORF3a86L86ITtGAtC13All0
ORF3a86L86TTTgACg13All0
ORF3a86L86ITtGAtT13All0
ORF3a86L86TTTGACT13All0
ORF3a86L86KTTGAAA13All0
ORF3a86L86FttGttT33AY.1140.000693
ORF3a86L86LttGttA33AY.390.000074
ORF3a86L86StTgtCg33AY.40.000005
ORF3a86L86StTgtCg33AY.440.000018
ORF3a86L86FttGttT33AY.450.000365
ORF3a86L86FttGttT33B.1.1.100.003344
ORF3a86L86LTtgCtg33B.1.1.2220.000612
ORF3a86L86FttGttT33B.1.1.2250.021583
ORF3a86L86FttGttT33B.1.1.5190.000119
ORF3a86L86LTtgCtg33B.1.1770.00004
ORF3a86L86LttGttA33B.1.177.90.003995
ORF3a86L86LttGttA23B.1.20.000018
ORF3a86L86LTtgCtg13B.1.20.000009
ORF3a86L86FttGttT33B.1.351.50.001799
ORF3a86L86FttGttT33B.1.360.000438
ORF3a86L86FttGttT33B.1.36.10.003421
ORF3a86L86LTtgCtg33B.1.36.290.001552
ORF3a86L86FttGttT33B.1.5240.004219
ORF3a86L86StTGtCT13B.1.5250.000113
ORF3a86L86TTTgACg13B.1.5250.000113
ORF3a86L86StTGtCC13B.1.5250.000113
ORF3a86L86TTTGACT13B.1.5250.000113
ORF3a86L86TTTGACC13B.1.5250.000113
ORF3a86L86StTgtCg13B.1.5250.000113
ORF3a86L86FttGttT33B.1.5950.000783
ORF3a86L86FttGttT33B.1.617.10.000387
ORF3a86L86StTgtCg33B.1.617.20.000011
ORF3a86L86StTgtCg33B.1.6210.000266
ORF3a86L86FttGttT33B.1.6370.000219
ORF3a86L86FttGttT33B.400.001093
ORF3a86L86FttGttT33D.20.000225
ORF3a86L86FttGttT33P.1.120.001452
ORF3a86L86delTTG---33U.30.011583
ORF3a86L86FttGttT33Z.10.008671
ORF3a86L86LTtgCtg220.111111
ORF3a86L86delTTG---22A0.000774
ORF3a86L86CtTGtGT22All0
ORF3a86L86NTTGAAC12All0
ORF3a86L86NTTGAAT12All0
ORF3a86L86delTTG---22AY.1000.000092
ORF3a86L86delTTG---22AY.1020.000053
ORF3a86L86delTTG---22AY.1170.000169
ORF3a86L86FttGttT22AY.1180.000125
ORF3a86L86LttGttA22AY.1180.000125
ORF3a86L86FttGttT22AY.120.000632
ORF3a86L86LTtgCtg12AY.1200.000037
ORF3a86L86LttGttA12AY.1200.000037
ORF3a86L86FttGttT22AY.120.10.000642
ORF3a86L86YtTGtAT22AY.250.000012
ORF3a86L86delTTG---22AY.250.000012
ORF3a86L86XtTgtAg22AY.250.000012
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.