CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 85

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a85L85FnonsynttGttT16357158900.9714525645-25647
ORF3a85L85FnonsynttGttC163574670.028550525645-25647
ORF3a85L85LsynttGttA10006850.68525645-25647
ORF3a85L85LsynTtgCtg10003140.31425645-25647
ORF3a85L85LsynTtGCtT100010.00125645-25647
ORF3a85L85VnonsynTtgGtg2642610.98863625645-25647
ORF3a85L85VnonsynTtGGtC26420.0075757625645-25647
ORF3a85L85VnonsynTtGGtT26410.0037878825645-25647
ORF3a85L85deldelTTG---155155125645-25647
ORF3a85L85SnonsyntTgtCg66650.98484825645-25647
ORF3a85L85SnonsyntTGtCA6610.015151525645-25647
ORF3a85L85del1delttGtt-58440.75862125645-25647
ORF3a85L85del1delTtg-tg58130.22413825645-25647
ORF3a85L85del1deltTGtC-5810.017241425645-25647
ORF3a85L85del2deltTGt--14110.78571425645-25647
ORF3a85L85del2delTTg--g1420.14285725645-25647
ORF3a85L85del2delTTG--N1410.071428625645-25647
ORF3a85L85WnonsyntTgtGg1313125645-25647
ORF3a85L85MnonsynTtgAtg77125645-25647
ORF3a85L85PnonsynTTGCCA22125645-25647
ORF3a85L85InonsynTtGAtC210.525645-25647
ORF3a85L85InonsynTtGAtA210.525645-25647
ORF3a85L85XnonsyntTgtAg11125645-25647

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a85L85FttGttT1589016357All0.003039
ORF3a85L85FttGttC46716357All0.000089
ORF3a85L85FttGttT31413151B.1.1.70.002812
ORF3a85L85FttGttC103151B.1.1.70.000009
ORF3a85L85FttGttT24642477B.1.617.20.009278
ORF3a85L85FttGttC132477B.1.617.20.000049
ORF3a85L85FttGttT16181618AY.20.576211
ORF3a85L85FttGttT16011601B.1.177.210.122429
ORF3a85L85FttGttT11481153AY.40.001787
ORF3a85L85FttGttC51153AY.40.000008
ORF3a85L85FttGttT11321135AY.1020.030014
ORF3a85L85FttGttC31135AY.1020.00008
ORF3a85L85LttGttA6851000All0.000131
ORF3a85L85LTtgCtg3141000All0.00006
ORF3a85L85LTtGCtT11000All0
ORF3a85L85FttGttT472473AY.250.002839
ORF3a85L85FttGttC1473AY.250.000006
ORF3a85L85FttGttT363363AY.430.001608
ORF3a85L85LttGttA335335AY.210.635674
ORF3a85L85FttGttC313313Z.10.904624
ORF3a85L85VTtgGtg261264All0.00005
ORF3a85L85VTtGGtC2264All0
ORF3a85L85VTtGGtT1264All0
ORF3a85L85FttGttT243247AY.440.001479
ORF3a85L85FttGttC4247AY.440.000024
ORF3a85L85FttGttT242245B.10.002217
ORF3a85L85FttGttC3245B.10.000027
ORF3a85L85VTtgGtg236236AY.40.000367
ORF3a85L85LTtgCtg160203B.1.1.70.000143
ORF3a85L85LttGttA42203B.1.1.70.000038
ORF3a85L85LTtGCtT1203B.1.1.70.000001
ORF3a85L85FttGttT199199B.1.1770.00262
ORF3a85L85FttGttT197197AY.390.004868
ORF3a85L85FttGttT169169B.1.1.2260.982558
ORF3a85L85delTTG---155155All0.00003
ORF3a85L85FttGttT137137AY.4.10.101032
ORF3a85L85FttGttT117117B.1.2430.008141
ORF3a85L85FttGttT116116AY.30.001154
ORF3a85L85FttGttT116116AY.60.004771
ORF3a85L85LttGttA99111AY.40.000154
ORF3a85L85LTtgCtg12111AY.40.000019
ORF3a85L85FttGttT109110AY.450.013264
ORF3a85L85FttGttC1110AY.450.000122
ORF3a85L85FttGttT103103AY.1030.00064
ORF3a85L85FttGttT9292AY.5.30.031039
ORF3a85L85FttGttT8989B.1.2340.011743
ORF3a85L85FttGttC6976B.1.6210.006108
ORF3a85L85FttGttT776B.1.6210.00062
ORF3a85L85FttGttT7475P.10.001166
ORF3a85L85FttGttC175P.10.000016
ORF3a85L85FttGttT7071AY.260.001982
ORF3a85L85FttGttC171AY.260.000028
ORF3a85L85FttGttT4969B.1.1600.001528
ORF3a85L85FttGttC2069B.1.1600.000624
ORF3a85L85StTgtCg6566All0.000012
ORF3a85L85StTGtCA166All0
ORF3a85L85FttGttT6666AY.1110.012088
ORF3a85L85FttGttT6161AY.1190.002154
ORF3a85L85del1ttGtt-4458All0.000008
ORF3a85L85del1Ttg-tg1358All0.000002
ORF3a85L85del1tTGtC-158All0
ORF3a85L85FttGttT5858B.1.20.000511
ORF3a85L85FttGttT5757B.1.258.140.055882
ORF3a85L85LttGttA4245B.1.617.20.000158
ORF3a85L85LTtgCtg345B.1.617.20.000011
ORF3a85L85FttGttT4343B.1.5170.01836
ORF3a85L85FttGttT4040B.1.177.600.008737
ORF3a85L85FttGttT3838AY.460.003955
ORF3a85L85FttGttT3737B.1.10.000671
ORF3a85L85FttGttT3636AY.290.000568
ORF3a85L85FttGttT3636AY.330.002404
ORF3a85L85FttGttT3636AY.90.002433
ORF3a85L85LTtgCtg2034AY.430.000089
ORF3a85L85LttGttA1434AY.430.000062
ORF3a85L85FttGttT3434B.1.3510.001011
ORF3a85L85FttGttT3233AY.4.20.000694
ORF3a85L85FttGttC133AY.4.20.000022
ORF3a85L85delTTG---3232B.1.1.70.000029
ORF3a85L85FttGttT3232B.1.5960.002788
ORF3a85L85FttGttT3131AY.1210.004195
ORF3a85L85LTtgCtg2830AY.260.000793
ORF3a85L85LttGttA230AY.260.000057
ORF3a85L85FttGttT3030B.1.6230.016094
ORF3a85L85FttGttT2929AY.1170.002451
ORF3a85L85LttGttA2829AY.440.00017
ORF3a85L85LTtgCtg129AY.440.000006
ORF3a85L85FttGttT2526AY.1000.00115
ORF3a85L85FttGttC126AY.1000.000046
ORF3a85L85FttGttT2626B.1.3110.007139
ORF3a85L85FttGttT2525AY.1200.000929
ORF3a85L85FttGttT2525AY.370.007901
ORF3a85L85FttGttT2324AY.230.001604
ORF3a85L85FttGttC124AY.230.00007
ORF3a85L85LttGttA2124AY.50.000434
ORF3a85L85LTtgCtg324AY.50.000062
ORF3a85L85FttGttT2323B.1.4290.000541
ORF3a85L85FttGttT2222AY.1050.014148
ORF3a85L85delTTG---2121AY.40.000033
ORF3a85L85FttGttT2121AY.46.60.001516
ORF3a85L85FttGttT2021AY.50.000413
ORF3a85L85FttGttC121AY.50.000021
ORF3a85L85FttGttT2121AY.550.019266
ORF3a85L85FttGttT1818AY.200.0007
ORF3a85L85FttGttT1818B.1.5260.000423
ORF3a85L85FttGttT1818P.1.160.006734
ORF3a85L85FttGttT1717AY.100.009009
ORF3a85L85FttGttT1717AY.75.10.003065
ORF3a85L85FttGttT1717B.1.1.5190.000675
ORF3a85L85FttGttT1116AY.470.000342
ORF3a85L85FttGttC516AY.470.000156
ORF3a85L85FttGttT1616C.370.001857
ORF3a85L85FttGttT1515AY.1160.004302
ORF3a85L85FttGttT1515AY.620.006536
ORF3a85L85FttGttT1515AY.750.00084
ORF3a85L85FttGttT1515AY.98.10.000726
ORF3a85L85del2tTGt--1114All0.000002
ORF3a85L85del2TTg--g214All0
ORF3a85L85del2TTG--N114All0
ORF3a85L85FttGttT1414AY.1140.003235
ORF3a85L85FttGttT1414AY.1180.000877
ORF3a85L85FttGttT1414AY.710.006651
ORF3a85L85FttGttT1414AY.890.068627
ORF3a85L85LttGttA1014B.10.000092
ORF3a85L85LTtgCtg414B.10.000037
ORF3a85L85LTtgCtg1414B.1.1.280.004357
ORF3a85L85WtTgtGg1313All0.000002
ORF3a85L85FttGttT1313AY.39.10.000515
ORF3a85L85FttGttT1313AY.980.001027
ORF3a85L85FttGttT1212AY.29.10.002646
ORF3a85L85FttGttT1212AY.740.001388
ORF3a85L85FttGttT1111AY.1060.003684
ORF3a85L85LTtgCtg711B.1.10.000127
ORF3a85L85LttGttA411B.1.10.000073
ORF3a85L85FttGttT1111B.1.4990.011555
ORF3a85L85FttGttT1011B.1.5250.001132
ORF3a85L85FttGttC111B.1.5250.000113
ORF3a85L85FttGttT1111P.1.170.001779
ORF3a85L85FttGttT1010AY.540.000953
ORF3a85L85FttGttT1010AY.9.20.000367
ORF3a85L85FttGttT910B.1.2580.000599
ORF3a85L85FttGttC110B.1.2580.000067
ORF3a85L85FttGttT1010B.1.4280.010204
ORF3a85L85delTTG---1010B.1.617.20.000038
ORF3a85L85FttGttT99AY.650.004797
ORF3a85L85FttGttT99AY.950.006849
ORF3a85L85FttGttT99B.1.6370.000658
ORF3a85L85FttGttT88AY.34.10.00408
ORF3a85L85FttGttT88AY.420.000322
ORF3a85L85StTgtCg88AY.50.000165
ORF3a85L85FttGttT88AY.580.00726
ORF3a85L85FttGttT88AY.840.0035
ORF3a85L85FttGttT88AY.850.003417
ORF3a85L85StTgtCg88B.10.000073
ORF3a85L85MTtgAtg77All0.000001
ORF3a85L85FttGttT77AY.190.007982
ORF3a85L85delTTG---77AY.440.000043
ORF3a85L85FttGttT77AY.690.001307
ORF3a85L85FttGttT77AY.7.10.000789
ORF3a85L85LTtgCtg77AY.75.10.001262
ORF3a85L85FttGttT77B.1.1.280.002179
ORF3a85L85del1ttGtt-77B.1.1.70.000006
ORF3a85L85delTTG---77B.1.1770.000092
ORF3a85L85FttGttT77B.1.2210.000497
ORF3a85L85FttGttT77C.160.007423
ORF3a85L85FttGttT77P.20.001306
ORF3a85L85FttGttT66AY.10.002374
ORF3a85L85LTtgCtg56AY.230.000349
ORF3a85L85LttGttA16AY.230.00007
ORF3a85L85FttGttT66AY.360.000889
ORF3a85L85delTTG---66AY.430.000027
ORF3a85L85FttGttT66AY.46.20.003812
ORF3a85L85FttGttT66AY.5.40.00166
ORF3a85L85FttGttT66AY.99.20.000553
ORF3a85L85MTtgAtg66B.1.10.000109
ORF3a85L85StTgtCg66B.1.1.3980.019355
ORF3a85L85StTgtCg66B.1.1.70.000005
ORF3a85L85FttGttT66B.1.177.40.001266
ORF3a85L85FttGttT66B.1.4080.02214
ORF3a85L85FttGttT66B.1.6200.005676
ORF3a85L85FttGttT66P.1.140.000287
ORF3a85L85FttGttT66Q.70.006667
ORF3a85L85StTgtCg55AY.1030.000031
ORF3a85L85FttGttT55AY.1130.000712
ORF3a85L85FttGttT55AY.16.10.00235
ORF3a85L85FttGttT55AY.170.040984
ORF3a85L85del1ttGtt-55AY.40.000008
ORF3a85L85FttGttT55AY.46.10.005133
ORF3a85L85FttGttT55AY.590.002648
ORF3a85L85LTtgCtg55AY.610.000524
ORF3a85L85FttGttT55AY.610.000524
ORF3a85L85FttGttT55AY.860.004149
ORF3a85L85FttGttT55AY.9.10.000419
ORF3a85L85del1ttGtt-35B.10.000027
ORF3a85L85del1Ttg-tg25B.10.000018
ORF3a85L85FttGttT55B.1.1.2220.00102
ORF3a85L85LttGttA55B.1.1.250.002843
ORF3a85L85FttGttT55B.1.160.160.004647
ORF3a85L85LttGttA55B.1.4270.000252
ORF3a85L85FttGttT55B.1.5600.023148
ORF3a85L85delTTG---44AY.1030.000025
ORF3a85L85FttGttT44AY.160.001519
ORF3a85L85WtTgtGg44AY.270.000259
ORF3a85L85FttGttT34AY.270.000194
ORF3a85L85FttGttC14AY.270.000065
ORF3a85L85FttGttT44AY.280.007561
ORF3a85L85FttGttT44AY.320.00213
ORF3a85L85StTgtCg44AY.440.000024
ORF3a85L85LttGttA44AY.540.000381
ORF3a85L85FttGttT44AY.670.001857
ORF3a85L85FttGttT44AY.70.000784
ORF3a85L85LttGttA44AY.750.000224
ORF3a85L85LTtgCtg44AY.940.001771
ORF3a85L85LTtgCtg44AY.98.10.000194
ORF3a85L85FttGttT44AZ.20.003284
ORF3a85L85FttGttT34B0.000383
ORF3a85L85FttGttC14B0.000128
ORF3a85L85delTTG---44B.10.000037
ORF3a85L85FttGttT44B.1.1.1530.004381
ORF3a85L85FttGttT44B.1.1.500.002716
ORF3a85L85VTtgGtg44B.1.1770.000053
ORF3a85L85FttGttT44B.1.2400.000862
ORF3a85L85LTtgCtg34B.1.3510.000089
ORF3a85L85LttGttA14B.1.3510.00003
ORF3a85L85FttGttT44B.1.36.290.002069
ORF3a85L85FttGttT44B.1.3690.001141
ORF3a85L85del1ttGtt-44B.1.5250.000453
ORF3a85L85StTgtCg34B.1.617.20.000011
ORF3a85L85StTGtCA14B.1.617.20.000004
ORF3a85L85LttGttA44N.40.017021
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ORF3a85L85FttGttT44R.10.00036
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