CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 84

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a84L84LsynctGctT1142684280.73761625642-25644
ORF3a84L84LsynCtgTtg1142617890.15657325642-25644
ORF3a84L84LsynctGctA114269670.084631525642-25644
ORF3a84L84LsynctGctC114262420.021179825642-25644
ORF3a84L84MnonsynCtgAtg127127125642-25644
ORF3a84L84deldelCTG---7575125642-25644
ORF3a84L84VnonsynCtgGtg53520.98113225642-25644
ORF3a84L84VnonsynCtGGtT5310.018867925642-25644
ORF3a84L84PnonsyncTgcCg4646125642-25644
ORF3a84L84FnonsynCtGTtT2424125642-25644
ORF3a84L84QnonsyncTgcAg13120.92307725642-25644
ORF3a84L84QnonsyncTGcAA1310.076923125642-25644
ORF3a84L84del1delctGct-1190.81818225642-25644
ORF3a84L84del1delCtg-tg1110.090909125642-25644
ORF3a84L84del1delcTgc-g1110.090909125642-25644
ORF3a84L84del2delcTGc--850.62525642-25644
ORF3a84L84del2delCTGT--830.37525642-25644
ORF3a84L84RnonsyncTgcGg420.525642-25644
ORF3a84L84RnonsyncTGcGC410.2525642-25644
ORF3a84L84RnonsynCTgAGg410.2525642-25644
ORF3a84L84InonsynCtGAtC11125642-25644
ORF3a84L84SnonsynCTGAGC11125642-25644

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a84L84LctGctT842811426All0.001612
ORF3a84L84LCtgTtg178911426All0.000342
ORF3a84L84LctGctA96711426All0.000185
ORF3a84L84LctGctC24211426All0.000046
ORF3a84L84LctGctT42385428B.1.1.70.003794
ORF3a84L84LctGctA6525428B.1.1.70.000584
ORF3a84L84LCtgTtg4775428B.1.1.70.000427
ORF3a84L84LctGctC615428B.1.1.70.000055
ORF3a84L84LctGctT353524B.1.617.20.001329
ORF3a84L84LCtgTtg125524B.1.617.20.000471
ORF3a84L84LctGctA44524B.1.617.20.000166
ORF3a84L84LctGctC2524B.1.617.20.000008
ORF3a84L84LctGctT461464AY.90.031161
ORF3a84L84LCtgTtg3464AY.90.000203
ORF3a84L84LctGctT233412AY.40.000363
ORF3a84L84LCtgTtg126412AY.40.000196
ORF3a84L84LctGctA35412AY.40.000054
ORF3a84L84LctGctC18412AY.40.000028
ORF3a84L84LctGctT335336AY.1050.215434
ORF3a84L84LCtgTtg1336AY.1050.000643
ORF3a84L84LctGctT224292AY.430.000992
ORF3a84L84LCtgTtg53292AY.430.000235
ORF3a84L84LctGctC10292AY.430.000044
ORF3a84L84LctGctA5292AY.430.000022
ORF3a84L84LctGctT158198AY.250.00095
ORF3a84L84LCtgTtg31198AY.250.000186
ORF3a84L84LctGctA9198AY.250.000054
ORF3a84L84LCtgTtg68193B.1.20.000599
ORF3a84L84LctGctT62193B.1.20.000546
ORF3a84L84LctGctC51193B.1.20.000449
ORF3a84L84LctGctA12193B.1.20.000106
ORF3a84L84LctGctT132139B.1.4290.003106
ORF3a84L84LCtgTtg5139B.1.4290.000118
ORF3a84L84LctGctA2139B.1.4290.000047
ORF3a84L84LCtgTtg100137B.1.1770.001317
ORF3a84L84LctGctC24137B.1.1770.000316
ORF3a84L84LctGctT11137B.1.1770.000145
ORF3a84L84LctGctA2137B.1.1770.000026
ORF3a84L84LctGctT132132AY.500.105516
ORF3a84L84LctGctT116131B.1.1600.003618
ORF3a84L84LCtgTtg9131B.1.1600.000281
ORF3a84L84LctGctA6131B.1.1600.000187
ORF3a84L84MCtgAtg127127All0.000024
ORF3a84L84LctGctT124126AY.1140.028657
ORF3a84L84LCtgTtg2126AY.1140.000462
ORF3a84L84LctGctT95126AY.440.000578
ORF3a84L84LCtgTtg19126AY.440.000116
ORF3a84L84LctGctA10126AY.440.000061
ORF3a84L84LctGctC2126AY.440.000012
ORF3a84L84LctGctT82117B.10.000751
ORF3a84L84LCtgTtg21117B.10.000192
ORF3a84L84LctGctA12117B.10.00011
ORF3a84L84LctGctC2117B.10.000018
ORF3a84L84LctGctT85108B.1.10.001542
ORF3a84L84LCtgTtg23108B.1.10.000417
ORF3a84L84LctGctT7599P.10.001182
ORF3a84L84LCtgTtg1799P.10.000268
ORF3a84L84LctGctA699P.10.000095
ORF3a84L84LctGctC199P.10.000016
ORF3a84L84LctGctT7592AY.30.000746
ORF3a84L84LCtgTtg1192AY.30.000109
ORF3a84L84LctGctA692AY.30.00006
ORF3a84L84LctGctT5889AY.1030.00036
ORF3a84L84LCtgTtg2689AY.1030.000161
ORF3a84L84LctGctA589AY.1030.000031
ORF3a84L84LctGctT4678AY.1020.00122
ORF3a84L84LCtgTtg1878AY.1020.000477
ORF3a84L84LctGctA1178AY.1020.000292
ORF3a84L84LctGctC378AY.1020.00008
ORF3a84L84delCTG---7575All0.000014
ORF3a84L84LctGctT5375AY.330.003539
ORF3a84L84LctGctA2075AY.330.001336
ORF3a84L84LCtgTtg275AY.330.000134
ORF3a84L84LCtgTtg7373B.1.177.810.013821
ORF3a84L84LctGctT5367AY.9.20.001947
ORF3a84L84LctGctA1167AY.9.20.000404
ORF3a84L84LCtgTtg267AY.9.20.000073
ORF3a84L84LctGctC167AY.9.20.000037
ORF3a84L84LCtgTtg5766AY.1200.002119
ORF3a84L84LctGctT866AY.1200.000297
ORF3a84L84LctGctA166AY.1200.000037
ORF3a84L84LctGctT5962AY.7.10.006649
ORF3a84L84LCtgTtg362AY.7.10.000338
ORF3a84L84LctGctT5062B.1.1.5190.001986
ORF3a84L84LCtgTtg962B.1.1.5190.000357
ORF3a84L84LctGctA362B.1.1.5190.000119
ORF3a84L84MCtgAtg5555B.1.438.10.005899
ORF3a84L84LctGctT5354AY.4.20.00115
ORF3a84L84LctGctA154AY.4.20.000022
ORF3a84L84VCtgGtg5253All0.00001
ORF3a84L84VCtGGtT153All0
ORF3a84L84LctGctT5153AY.9.10.00427
ORF3a84L84LCtgTtg253AY.9.10.000167
ORF3a84L84LctGctT4450B.1.360.00642
ORF3a84L84LCtgTtg550B.1.360.00073
ORF3a84L84LctGctC150B.1.360.000146
ORF3a84L84PcTgcCg4646All0.000009
ORF3a84L84LctGctC4346B.1.5750.013046
ORF3a84L84LctGctT346B.1.5750.00091
ORF3a84L84LCtgTtg1744AY.200.000661
ORF3a84L84LctGctA1544AY.200.000583
ORF3a84L84LctGctT1244AY.200.000466
ORF3a84L84LctGctT3740AY.50.000764
ORF3a84L84LctGctA240AY.50.000041
ORF3a84L84LCtgTtg140AY.50.000021
ORF3a84L84LctGctT3536AY.540.003337
ORF3a84L84LCtgTtg136AY.540.000095
ORF3a84L84LCtgTtg3435B.1.1.700.011596
ORF3a84L84LctGctT135B.1.1.700.000341
ORF3a84L84LCtgTtg3034AY.1110.005495
ORF3a84L84LctGctT434AY.1110.000733
ORF3a84L84LctGctT2932B.1.6090.013902
ORF3a84L84LCtgTtg332B.1.6090.001438
ORF3a84L84LCtgTtg2632P.1.140.001243
ORF3a84L84LctGctT632P.1.140.000287
ORF3a84L84LctGctT2231AY.450.002677
ORF3a84L84LctGctA631AY.450.00073
ORF3a84L84LCtgTtg331AY.450.000365
ORF3a84L84MCtgAtg3030B.1.1.70.000027
ORF3a84L84LctGctT1629AY.420.000644
ORF3a84L84LCtgTtg1329AY.420.000523
ORF3a84L84VCtgGtg2929B.1.3490.020729
ORF3a84L84LctGctT2929B.1.6310.097643
ORF3a84L84LctGctT1628AY.390.000395
ORF3a84L84LCtgTtg928AY.390.000222
ORF3a84L84LctGctA328AY.390.000074
ORF3a84L84LCtgTtg1928AY.530.005463
ORF3a84L84LctGctT928AY.530.002588
ORF3a84L84LctGctT2427AY.1210.003248
ORF3a84L84LCtgTtg327AY.1210.000406
ORF3a84L84LCtgTtg2727AY.950.020548
ORF3a84L84LctGctT2027B.1.3510.000595
ORF3a84L84LCtgTtg327B.1.3510.000089
ORF3a84L84LctGctA327B.1.3510.000089
ORF3a84L84LctGctC127B.1.3510.00003
ORF3a84L84FCtGTtT2424All0.000005
ORF3a84L84LctGctT2424Q.80.003958
ORF3a84L84LctGctT1323AY.290.000205
ORF3a84L84LCtgTtg923AY.290.000142
ORF3a84L84LctGctC123AY.290.000016
ORF3a84L84LctGctT2323AY.5.40.006364
ORF3a84L84LctGctT2123B.1.1.2220.004284
ORF3a84L84LCtgTtg223B.1.1.2220.000408
ORF3a84L84FCtGTtT2222AY.1030.000137
ORF3a84L84LctGctA1722AY.160.006454
ORF3a84L84LCtgTtg522AY.160.001898
ORF3a84L84LctGctT1922B.1.1.3060.00833
ORF3a84L84LCtgTtg222B.1.1.3060.000877
ORF3a84L84LctGctA122B.1.1.3060.000438
ORF3a84L84LCtgTtg1421B.1.2210.000994
ORF3a84L84LctGctT721B.1.2210.000497
ORF3a84L84LCtgTtg1320B.1.1.280.004046
ORF3a84L84LctGctT420B.1.1.280.001245
ORF3a84L84LctGctA320B.1.1.280.000934
ORF3a84L84LCtgTtg1120B.1.4270.000555
ORF3a84L84LctGctT820B.1.4270.000404
ORF3a84L84LctGctA120B.1.4270.00005
ORF3a84L84LctGctT1420B.1.5260.000329
ORF3a84L84LctGctA420B.1.5260.000094
ORF3a84L84LCtgTtg220B.1.5260.000047
ORF3a84L84LCtgTtg1319AY.1000.000598
ORF3a84L84LctGctT519AY.1000.00023
ORF3a84L84LctGctA119AY.1000.000046
ORF3a84L84LctGctT1219AY.60.000494
ORF3a84L84LCtgTtg619AY.60.000247
ORF3a84L84LctGctA119AY.60.000041
ORF3a84L84delCTG---1919B.1.1.70.000017
ORF3a84L84PcTgcCg1919B.1.1.70.000017
ORF3a84L84LctGctT1318AY.260.000368
ORF3a84L84LCtgTtg318AY.260.000085
ORF3a84L84LctGctA218AY.260.000057
ORF3a84L84LctGctT1717AY.870.014155
ORF3a84L84LCtgTtg1217B.1.6210.001062
ORF3a84L84LctGctT417B.1.6210.000354
ORF3a84L84LctGctA117B.1.6210.000089
ORF3a84L84LCtgTtg1616AY.1070.007456
ORF3a84L84LctGctT1616AY.640.009524
ORF3a84L84LctGctC1116B.1.1.1760.004833
ORF3a84L84LctGctT516B.1.1.1760.002197
ORF3a84L84LctGctT1315AY.1170.001099
ORF3a84L84LctGctA115AY.1170.000085
ORF3a84L84LCtgTtg115AY.1170.000085
ORF3a84L84LctGctT815AY.230.000558
ORF3a84L84LCtgTtg415AY.230.000279
ORF3a84L84LctGctC215AY.230.000139
ORF3a84L84LctGctA115AY.230.00007
ORF3a84L84LctGctT1515B.1.1.3861
ORF3a84L84LCtgTtg1515B.1.110.30.010776
ORF3a84L84LctGctT1415B.1.3110.003844
ORF3a84L84LctGctA115B.1.3110.000275
ORF3a84L84LCtgTtg714AY.1190.000247
ORF3a84L84LctGctT714AY.1190.000247
ORF3a84L84LctGctT1014AY.99.20.000922
ORF3a84L84LctGctA214AY.99.20.000184
ORF3a84L84LCtgTtg214AY.99.20.000184
ORF3a84L84LCtgTtg1214B.1.1.3110.004298
ORF3a84L84LctGctT214B.1.1.3110.000716
ORF3a84L84QcTgcAg1213All0.000002
ORF3a84L84QcTGcAA113All0
ORF3a84L84LctGctT1313B.1.177.210.000994
ORF3a84L84LctGctT1012AY.46.60.000722
ORF3a84L84LCtgTtg212AY.46.60.000144
ORF3a84L84LctGctT812B.1.1.330.003367
ORF3a84L84LCtgTtg412B.1.1.330.001684
ORF3a84L84LctGctT1212B.1.351.20.003631
ORF3a84L84LctGctT1112B.1.617.10.001419
ORF3a84L84LCtgTtg112B.1.617.10.000129
ORF3a84L84del1ctGct-911All0.000002
ORF3a84L84del1cTgc-g111All0
ORF3a84L84del1Ctg-tg111All0
ORF3a84L84LctGctA611AY.98.10.000291
ORF3a84L84LCtgTtg311AY.98.10.000145
ORF3a84L84LctGctT211AY.98.10.000097
ORF3a84L84LctGctT910AY.610.000943
ORF3a84L84LCtgTtg110AY.610.000105
ORF3a84L84LctGctT1010B.1.1.390.005097
ORF3a84L84VCtgGtg1010B.1.1.70.000009
ORF3a84L84LctGctT710B.1.5250.000792
ORF3a84L84LCtgTtg310B.1.5250.000339
ORF3a84L84LCtgTtg510C.370.00058
ORF3a84L84LctGctT410C.370.000464
ORF3a84L84LctGctA110C.370.000116
ORF3a84L84LctGctT49AY.470.000124
ORF3a84L84LctGctA49AY.470.000124
ORF3a84L84LCtgTtg19AY.470.000031
ORF3a84L84LctGctT99B.1.5230.022059
ORF3a84L84LCtgTtg59P.20.000933
ORF3a84L84LctGctT49P.20.000747
ORF3a84L84del2cTGc--58All0.000001
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