CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 77 & Codon = Att

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	77	V77I		nonsyn	Gtt	Att	1343	1343	1	25621-25623

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1343	1343	All	0.000257
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	250	250	AY.51	0.227273
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	238	238	B.1.1.216	0.211932
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	185	185	AY.44	0.001126
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	90	90	AY.47	0.002799
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	88	88	B.1.1.7	0.000079
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	88	88	B.1.36	0.012839
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	61	61	B.1.617.2	0.00023
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	43	43	B.1	0.000394
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	27	27	AY.4	0.000042
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	23	23	B.1.517	0.009821
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	20	20	AY.100	0.00092
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	18	18	AY.25	0.000108
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	18	18	B.1.2	0.000158
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	17	17	AY.104	0.03373
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	13	13	AY.65	0.00693
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	10	10	AY.120	0.000372
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	9	9	B.1.1	0.000163
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	8	8	AM.1	0.888889
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	8	8	AY.37	0.002528
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	8	8	B.1.1.519	0.000318
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	7	7	AY.103	0.000043
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	7	7	AY.3	0.00007
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	7	7	AY.9.2	0.000257
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	6	6	AY.105	0.003859
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	6	6	AY.43	0.000027
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	4	4	AY.39	0.000099
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	4	4	AY.61	0.000419
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	4	4	C.37	0.000464
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	3	3	AY.94	0.001328
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	3	3	B.1.1.355	0.046154
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	3	3	B.1.243	0.000209
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.102	0.000053
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.120.2.1	0.000997
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.20	0.000078
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.26	0.000057
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.5	0.000041
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.55	0.001835
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.6	0.000082
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.7.2	0.001119
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.10	0.00223
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.311	0.000716
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	B.1.232	0.001075
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	B.1.258	0.000133
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	B.1.36.38	0.003284
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	2	2	P.1	0.000032
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.107	0.000466
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.108	0.001103
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.24	0.000431
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.27	0.000065
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.45	0.000122
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.46	0.000104
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.49	0.003195
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.72	0.001361
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.77	0.001127
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.95	0.000761
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.196	0.005714
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.261	0.008621
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.262	0.015152
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	B.1.195	0.005025
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	B.1.538	0.008065
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	B.1.609	0.000479
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	B.1.621	0.000089
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	C.30	0.001727
ORF3a	77	V77I	Gtt	Att	1	1	Q.7	0.001111

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.