CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 69

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a69W69CnonsyntgGtgT808479400.98218725597-25599
ORF3a69W69CnonsyntgGtgC80841440.01781325597-25599
ORF3a69W69LnonsyntGgtTg374437370.9981325597-25599
ORF3a69W69LnonsynTGgCTg374430.00080128225597-25599
ORF3a69W69LnonsynTGGCTC374420.00053418825597-25599
ORF3a69W69LnonsynTGGCTT374410.00026709425597-25599
ORF3a69W69LnonsyntGGtTA374410.00026709425597-25599
ORF3a69W69RnonsynTggCgg4213830.90973925597-25599
ORF3a69W69RnonsynTggAgg421340.080760125597-25599
ORF3a69W69RnonsynTgGCgC42130.0071258925597-25599
ORF3a69W69RnonsynTgGCgT42110.002375325597-25599
ORF3a69W69SnonsyntGgtCg2162110.97685225597-25599
ORF3a69W69SnonsynTgGAgC21630.013888925597-25599
ORF3a69W69SnonsynTgGAgT21610.0046296325597-25599
ORF3a69W69SnonsyntGGtCT21610.0046296325597-25599
ORF3a69W69deldelTGG---5454125597-25599
ORF3a69W69GnonsynTggGgg36300.83333325597-25599
ORF3a69W69GnonsynTgGGgC3640.11111125597-25599
ORF3a69W69GnonsynTgGGgT3620.055555625597-25599
ORF3a69W69XnonsyntgGtgA26150.57692325597-25599
ORF3a69W69XnonsyntGgtAg2690.34615425597-25599
ORF3a69W69XnonsyntGGtAA2620.076923125597-25599
ORF3a69W69del1delTgg-gg1080.825597-25599
ORF3a69W69QnonsynTGgCAg1070.725597-25599
ORF3a69W69QnonsynTGGCAA1030.325597-25599
ORF3a69W69del1deltGgt-g1020.225597-25599
ORF3a69W69FnonsyntGGtTT970.77777825597-25599
ORF3a69W69FnonsyntGGtTC920.22222225597-25599
ORF3a69W69VnonsynTGGGTT420.525597-25599
ORF3a69W69VnonsynTGgGTg420.525597-25599
ORF3a69W69MnonsynTGgATg22125597-25599
ORF3a69W69AnonsynTGGGCT210.525597-25599
ORF3a69W69AnonsynTGgGCg210.525597-25599
ORF3a69W69InonsynTGGATT11125597-25599
ORF3a69W69TnonsynTGGACT11125597-25599
ORF3a69W69KnonsynTGgAAg11125597-25599
ORF3a69W69YnonsyntGGtAT11125597-25599

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a69W69CtgGtgT79408084All0.001519
ORF3a69W69CtgGtgC1448084All0.000028
ORF3a69W69LtGgtTg37373744All0.000715
ORF3a69W69LTGgCTg33744All0.000001
ORF3a69W69LTGGCTC23744All0
ORF3a69W69LTGGCTT13744All0
ORF3a69W69LtGGtTA13744All0
ORF3a69W69CtgGtgT13061310B.1.1.70.001169
ORF3a69W69CtgGtgC41310B.1.1.70.000004
ORF3a69W69CtgGtgT10651132B.1.617.20.00401
ORF3a69W69CtgGtgC671132B.1.617.20.000252
ORF3a69W69CtgGtgT732742AY.40.001139
ORF3a69W69CtgGtgC10742AY.40.000016
ORF3a69W69LtGgtTg702702B.1.1.5190.027877
ORF3a69W69CtgGtgT537537AY.390.01327
ORF3a69W69RTggCgg383421All0.000073
ORF3a69W69RTggAgg34421All0.000007
ORF3a69W69RTgGCgC3421All0.000001
ORF3a69W69RTgGCgT1421All0
ORF3a69W69LtGgtTg404404B.1.1260.515306
ORF3a69W69LtGgtTg387387B.1.177.300.972362
ORF3a69W69CtgGtgT346346AY.1170.029243
ORF3a69W69CtgGtgT343345AY.430.00152
ORF3a69W69CtgGtgC2345AY.430.000009
ORF3a69W69LtGgtTg308308R.10.027723
ORF3a69W69CtgGtgT269269AY.440.001637
ORF3a69W69LtGgtTg222222B.1.617.20.000836
ORF3a69W69StGgtCg211216All0.00004
ORF3a69W69STgGAgC3216All0.000001
ORF3a69W69STgGAgT1216All0
ORF3a69W69StGGtCT1216All0
ORF3a69W69LtGgtTg210210AY.50.004336
ORF3a69W69LtGgtTg207208B.1.1.70.000185
ORF3a69W69LtGGtTA1208B.1.1.70.000001
ORF3a69W69CtgGtgT178179AY.1020.004719
ORF3a69W69CtgGtgC1179AY.1020.000027
ORF3a69W69CtgGtgT157157AY.1030.000975
ORF3a69W69CtgGtgT149149AY.250.000896
ORF3a69W69CtgGtgT131132AY.30.001303
ORF3a69W69CtgGtgC1132AY.30.00001
ORF3a69W69CtgGtgT123125P.10.001938
ORF3a69W69CtgGtgC2125P.10.000032
ORF3a69W69CtgGtgT121121AY.330.00808
ORF3a69W69CtgGtgT112112B.1.258.170.011645
ORF3a69W69CtgGtgT107107AY.39.10.004239
ORF3a69W69LtGgtTg103103AY.1020.002731
ORF3a69W69CtgGtgT9899AY.1200.003644
ORF3a69W69CtgGtgC199AY.1200.000037
ORF3a69W69CtgGtgT9797AY.420.003902
ORF3a69W69LtGgtTg8989AY.1030.000553
ORF3a69W69RTggCgg8787B.1.1.3020.180498
ORF3a69W69CtgGtgT8484AY.200.003265
ORF3a69W69LtGgtTg8282B.1.10.001488
ORF3a69W69CtgGtgT8080AY.99.20.007373
ORF3a69W69CtgGtgT7777AY.850.032892
ORF3a69W69CtgGtgT7777B.1.4290.001812
ORF3a69W69LtGgtTg7070B.10.000641
ORF3a69W69LtGgtTg6464AY.40.0001
ORF3a69W69LtGgtTg6363AY.430.000279
ORF3a69W69CtgGtgT5357B.1.20.000467
ORF3a69W69CtgGtgC457B.1.20.000035
ORF3a69W69CtgGtgT5657P.1.150.013011
ORF3a69W69CtgGtgC157P.1.150.000232
ORF3a69W69LtGgtTg5656AY.30.000557
ORF3a69W69LtGgtTg5555B.1.20.000484
ORF3a69W69delTGG---5454All0.00001
ORF3a69W69RTggCgg5253B.1.1.70.000047
ORF3a69W69RTggAgg153B.1.1.70.000001
ORF3a69W69CtgGtgT5252AY.1190.001836
ORF3a69W69CtgGtgC2752AY.50.000558
ORF3a69W69CtgGtgT2552AY.50.000516
ORF3a69W69LtGgtTg5252P.10.000819
ORF3a69W69CtgGtgT5151B.1.617.10.006577
ORF3a69W69LtGgtTg5050AY.440.000304
ORF3a69W69CtgGtgT4848AY.450.005841
ORF3a69W69CtgGtgT4345AY.470.001338
ORF3a69W69CtgGtgC245AY.470.000062
ORF3a69W69StGgtCg4244B.1.20.00037
ORF3a69W69STgGAgC244B.1.20.000018
ORF3a69W69CtgGtgT4343AY.230.002999
ORF3a69W69CtgGtgT4243AY.260.001189
ORF3a69W69CtgGtgC143AY.260.000028
ORF3a69W69RTggCgg4242AY.1200.001562
ORF3a69W69CtgGtgT4141P.1.140.00196
ORF3a69W69CtgGtgT3939AY.4.20.000846
ORF3a69W69CtgGtgT3838AY.340.003685
ORF3a69W69CtgGtgT3838B.1.10.000689
ORF3a69W69LtGgtTg3737AY.930.010104
ORF3a69W69GTggGgg3036All0.000006
ORF3a69W69GTgGGgC436All0.000001
ORF3a69W69GTgGGgT236All0
ORF3a69W69CtgGtgT3636AY.980.002844
ORF3a69W69RTggCgg3535AY.40.000054
ORF3a69W69CtgGtgT3434AY.60.001398
ORF3a69W69LtGgtTg3434AY.9.20.001249
ORF3a69W69CtgGtgT3333AY.1110.006044
ORF3a69W69CtgGtgT3132B.10.000284
ORF3a69W69CtgGtgC132B.10.000009
ORF3a69W69LtGgtTg3232B.1.1.3601
ORF3a69W69LtGgtTg3131AY.1200.001153
ORF3a69W69CtgGtgT2929AY.34.10.014788
ORF3a69W69LtGgtTg2929B.1.1770.000382
ORF3a69W69CtgGtgT2929B.1.4270.001464
ORF3a69W69CtgGtgT2828AY.140.002464
ORF3a69W69CtgGtgT2727AY.700.00563
ORF3a69W69XtgGtgA1526All0.000003
ORF3a69W69XtGgtAg926All0.000002
ORF3a69W69XtGGtAA226All0
ORF3a69W69CtgGtgT2626B.1.1.2840.002792
ORF3a69W69LtGgtTg2626B.1.177.870.018923
ORF3a69W69CtgGtgT2525AY.1000.00115
ORF3a69W69CtgGtgT2424B.1.1.1781
ORF3a69W69CtgGtgT2223AY.290.000347
ORF3a69W69CtgGtgC123AY.290.000016
ORF3a69W69CtgGtgT2123B.1.1770.000277
ORF3a69W69CtgGtgC223B.1.1770.000026
ORF3a69W69CtgGtgT2323B.1.177.230.074434
ORF3a69W69CtgGtgT2323B.1.438.10.002467
ORF3a69W69CtgGtgT2121A.2.50.010479
ORF3a69W69CtgGtgT2121B.1.1.2410.043478
ORF3a69W69CtgGtgT2121B.1.1.2770.015933
ORF3a69W69CtgGtgT2121P.20.003919
ORF3a69W69CtgGtgT2020AY.46.40.00329
ORF3a69W69CtgGtgT2020B.1.5650.016207
ORF3a69W69StGgtCg1819B.10.000165
ORF3a69W69StGGtCT119B.10.000009
ORF3a69W69RTggCgg1919B.1.3510.000565
ORF3a69W69CtgGtgT1818AY.360.002668
ORF3a69W69StGgtCg1818B.1.1.70.000016
ORF3a69W69LtGgtTg1717B.1.1.280.005291
ORF3a69W69StGgtCg1717C.370.001973
ORF3a69W69LtGgtTg1616AY.1000.000736
ORF3a69W69StGgtCg1616B.1.5300.114286
ORF3a69W69CtgGtgT1616P.1.170.002588
ORF3a69W69RTggAgg1515AY.1090.011095
ORF3a69W69CtgGtgT1515AY.1180.00094
ORF3a69W69CtgGtgT1515AY.4.50.001612
ORF3a69W69LtGgtTg1515B.1.1.2650.047319
ORF3a69W69CtgGtgT1515B.1.1600.000468
ORF3a69W69StGgtCg1515B.1.1600.000468
ORF3a69W69LtGgtTg1414AY.250.000084
ORF3a69W69CtgGtgT1414AY.9.20.000514
ORF3a69W69CtgGtgT1414B.1.5960.00122
ORF3a69W69CtgGtgT1313AY.1100.001465
ORF3a69W69CtgGtgT1313AY.300.005144
ORF3a69W69StGgtCg1313AY.420.000523
ORF3a69W69CtgGtgT1013AY.610.001048
ORF3a69W69CtgGtgC313AY.610.000314
ORF3a69W69RTggCgg1313B.1.1460.055085
ORF3a69W69StGgtCg1313B.1.617.20.000049
ORF3a69W69LtGgtTg1313B.290.045614
ORF3a69W69CtgGtgT1313D.20.000976
ORF3a69W69LtGgtTg6120.333333
ORF3a69W69LTGgCTg3120.166667
ORF3a69W69LTGGCTC2120.111111
ORF3a69W69LTGGCTT1120.055556
ORF3a69W69LtGgtTg1212AY.330.000801
ORF3a69W69CtgGtgT1212AY.46.60.000866
ORF3a69W69CtgGtgT1212B.1.1.2220.002448
ORF3a69W69delTGG---1212B.1.1.70.000011
ORF3a69W69CtgGtgT1212M.21
ORF3a69W69RTggCgg1111AY.30.000109
ORF3a69W69LtGgtTg1111AY.390.000272
ORF3a69W69CtgGtgT1111AY.710.005226
ORF3a69W69CtgGtgT1111B.1.1.1980.016153
ORF3a69W69CtgGtgT1011B.1.2400.002156
ORF3a69W69CtgGtgC111B.1.2400.000216
ORF3a69W69LtGgtTg1111B.1.3510.000327
ORF3a69W69LtGgtTg1111B.1.4290.000259
ORF3a69W69del1Tgg-gg810All0.000002
ORF3a69W69QTGgCAg710All0.000001
ORF3a69W69QTGGCAA310All0.000001
ORF3a69W69del1tGgt-g210All0
ORF3a69W69LtGgtTg1010AY.1190.000353
ORF3a69W69RTggCgg810AY.250.000048
ORF3a69W69RTggAgg210AY.250.000012
ORF3a69W69CtgGtgT1010AY.3.10.000853
ORF3a69W69CtgGtgT1010B.1.1.4320.012658
ORF3a69W69RTggCgg810B.1.20.00007
ORF3a69W69RTggAgg210B.1.20.000018
ORF3a69W69LtGgtTg1010B.1.4740.019011
ORF3a69W69CtgGtgT1010P.1.70.003193
ORF3a69W69FtGGtTT79All0.000001
ORF3a69W69FtGGtTC29All0
ORF3a69W69CtgGtgT99AY.1130.001282
ORF3a69W69CtgGtgT99AY.120.20.011568
ORF3a69W69LtGgtTg99B.1.1.510.015464
ORF3a69W69CtgGtgT99B.1.177.860.001651
ORF3a69W69GTggGgg99B.1.438.10.000965
ORF3a69W69CtgGtgT99C.370.001045
ORF3a69W69RTggCgg380.166667
ORF3a69W69RTggAgg280.111111
ORF3a69W69RTgGCgC280.111111
ORF3a69W69RTgGCgT180.055556
ORF3a69W69CtgGtgT88AY.1160.002294
ORF3a69W69CtgGtgT88AY.460.000833
ORF3a69W69CtgGtgT88AY.9.10.00067
ORF3a69W69CtgGtgT88B.1.3510.000238
ORF3a69W69LtGgtTg88B.1.438.10.000858
ORF3a69W69CtgGtgT88B.1.5260.000188
ORF3a69W69LtGgtTg88B.1.5260.000188
ORF3a69W69CtgGtgT77AY.270.000453
ORF3a69W69StGgtCg77AY.40.000011
ORF3a69W69RTggCgg77AY.440.000043
ORF3a69W69CtgGtgT77AY.570.004593
ORF3a69W69LtGgtTg77AY.7.10.000789
ORF3a69W69CtgGtgT77B.1.1.2140.000388
ORF3a69W69LtGgtTg77B.1.1.2320.012704
ORF3a69W69CtgGtgT77B.1.1.3260.012324
ORF3a69W69LtGgtTg77P.1.40.006836
ORF3a69W69CtgGtgC460.222222
ORF3a69W69CtgGtgT260.111111
ORF3a69W69RTggCgg66AY.46.60.000433
ORF3a69W69CtgGtgT66AY.750.000336
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ORF3a69W69CtgGtgT66AY.98.10.000291
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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