CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 67

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	67	K67N		nonsyn	aaG	aaT	5269	3899	0.739989	25591-25593
ORF3a	67	K67N		nonsyn	aaG	aaC	5269	1370	0.260011	25591-25593
ORF3a	67	K67K		syn	aaG	aaA	1080	1080	1	25591-25593
ORF3a	67	K67R		nonsyn	aAg	aGg	527	525	0.996205	25591-25593
ORF3a	67	K67R		nonsyn	aAG	aGA	527	2	0.00379507	25591-25593
ORF3a	67	K67E		nonsyn	Aag	Gag	296	296	1	25591-25593
ORF3a	67	K67M		nonsyn	aAg	aTg	210	210	1	25591-25593
ORF3a	67	K67T		nonsyn	aAg	aCg	71	71	1	25591-25593
ORF3a	67	K67Q		nonsyn	Aag	Cag	67	66	0.985075	25591-25593
ORF3a	67	K67Q		nonsyn	AaG	CaA	67	1	0.0149254	25591-25593
ORF3a	67	K67del		del	AAG	---	65	65	1	25591-25593
ORF3a	67	K67I		nonsyn	aAG	aTT	9	4	0.444444	25591-25593
ORF3a	67	K67I		nonsyn	aAG	aTA	9	4	0.444444	25591-25593
ORF3a	67	K67I		nonsyn	aAG	aTC	9	1	0.111111	25591-25593
ORF3a	67	K67G		nonsyn	AAg	GGg	8	4	0.5	25591-25593
ORF3a	67	K67G		nonsyn	AAG	GGT	8	2	0.25	25591-25593
ORF3a	67	K67G		nonsyn	AAG	GGA	8	2	0.25	25591-25593
ORF3a	67	K67L		nonsyn	AAg	CTg	6	2	0.333333	25591-25593
ORF3a	67	K67L		nonsyn	AAG	CTT	6	1	0.166667	25591-25593
ORF3a	67	K67L		nonsyn	AAG	CTA	6	1	0.166667	25591-25593
ORF3a	67	K67L		nonsyn	AAg	TTg	6	1	0.166667	25591-25593
ORF3a	67	K67L		nonsyn	AAG	CTC	6	1	0.166667	25591-25593
ORF3a	67	K67X		nonsyn	Aag	Tag	5	5	1	25591-25593
ORF3a	67	K67V		nonsyn	AAG	GTT	5	2	0.4	25591-25593
ORF3a	67	K67V		nonsyn	AAG	GTA	5	2	0.4	25591-25593
ORF3a	67	K67V		nonsyn	AAg	GTg	5	1	0.2	25591-25593
ORF3a	67	K67S		nonsyn	aAG	aGT	4	4	1	25591-25593
ORF3a	67	K67del2		del	AAg	--g	3	2	0.666667	25591-25593
ORF3a	67	K67del2		del	aAG	a--	3	1	0.333333	25591-25593
ORF3a	67	K67del1		del	aaG	aa-	2	2	1	25591-25593
ORF3a	67	K67H		nonsyn	AaG	CaC	2	1	0.5	25591-25593
ORF3a	67	K67H		nonsyn	AaG	CaT	2	1	0.5	25591-25593
ORF3a	67	K67Y		nonsyn	AaG	TaT	1	1	1	25591-25593
ORF3a	67	K67F		nonsyn	AAG	TTT	1	1	1	25591-25593

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3899	5269	All	0.000746
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1370	5269	All	0.000262
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1067	1102	AY.4	0.001661
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	35	1102	AY.4	0.000054
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	677	1081	B.1.1.7	0.000606
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	404	1081	B.1.1.7	0.000362
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1080	1080	All	0.000207
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	525	527	All	0.0001
ORF3a	67	K67R	aAG	aGA	2	527	All	0
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	353	353	B.1.2	0.003108
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	195	299	AY.3	0.00194
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	104	299	AY.3	0.001034
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	296	296	All	0.000057
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	296	296	AY.3	0.002944
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	204	233	B.1.617.2	0.000768
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	29	233	B.1.617.2	0.000109
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	210	210	All	0.00004
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	193	199	P.1.14	0.009226
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	6	199	P.1.14	0.000287
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	143	167	AY.103	0.000888
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	24	167	AY.103	0.000149
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	146	152	AY.43	0.000647
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	6	152	AY.43	0.000027
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	107	138	B.1.2	0.000942
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	31	138	B.1.2	0.000273
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	127	127	AY.116.1	0.039552
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	117	118	AY.9.2	0.004297
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	118	AY.9.2	0.000037
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	116	116	AY.4	0.000181
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	62	103	B.1	0.000568
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	41	103	B.1	0.000376
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	76	100	AY.44	0.000463
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	24	100	AY.44	0.000146
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	85	85	B.1.2	0.000748
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	80	80	B.1.1.7	0.000072
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	66	77	AY.26	0.001868
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	11	77	AY.26	0.000311
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	73	77	AY.47	0.002271
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	4	77	AY.47	0.000124
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	76	76	B.1.596	0.006623
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	72	72	B.1.429	0.001694
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	71	71	All	0.000014
ORF3a	67	K67Q	Aag	Cag	66	67	All	0.000013
ORF3a	67	K67Q	AaG	CaA	1	67	All	0
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	66	66	AY.117	0.005578
ORF3a	67	K67del	AAG	---	65	65	All	0.000012
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	61	61	B.1.258.20	0.968254
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	58	58	AY.44	0.000353
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	54	54	B.1.1.7	0.000048
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	46	46	AY.5.3	0.01552
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	44	44	AY.44	0.000268
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	39	41	P.1	0.000614
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	41	P.1	0.000032
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	29	40	AY.39	0.000717
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	11	40	AY.39	0.000272
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	39	39	AY.4	0.000061
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	36	39	B.1.1	0.000653
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	3	39	B.1.1	0.000054
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	37	37	AY.4.2	0.000802
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	27	37	B.1.351	0.000803
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	10	37	B.1.351	0.000297
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	36	36	B.1.1.7	0.000032
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	23	35	AY.25	0.000138
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	12	35	AY.25	0.000072
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	35	35	B.1.160	0.001092
ORF3a	67	K67Q	Aag	Cag	33	33	AY.3	0.000328
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	33	33	AY.39	0.000815
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	23	32	AY.102	0.00061
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	9	32	AY.102	0.000239
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	21	31	B.1.526	0.000494
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	10	31	B.1.526	0.000235
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	30	30	B.1.1.7	0.000027
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	30	30	B.1.147	0.022676
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	18	30	B.1.429	0.000424
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	12	30	B.1.429	0.000282
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	17	28	B.1.177	0.000224
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	11	28	B.1.177	0.000145
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	28	28	B.3	0.023256
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	27	27	AY.43	0.00012
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	13	25	B.1.1.519	0.000516
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	12	25	B.1.1.519	0.000477
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	23	24	AY.120	0.000855
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	24	AY.120	0.000037
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	23	23	B.1.258	0.001531
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	23	23	B.1.526	0.000541
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	22	22	B.1.240	0.004742
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	11	21	AY.39.1	0.000436
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	10	21	AY.39.1	0.000396
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	21	21	B.1.177.77	0.015251
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	21	21	B.1.617.2	0.000079
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	20	20	AY.6	0.000823
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	19	19	AY.111	0.00348
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	19	19	B.1.366	0.092683
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	17	18	AY.5	0.000351
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	18	AY.5	0.000021
ORF3a	67	K67Q	Aag	Cag	18	18	C.39	0.339623
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	18	18	P.1	0.000284
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	9	17	B.1.595	0.002349
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	8	17	B.1.595	0.002088
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	16	16	AY.103	0.000099
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	11	16	AY.33	0.000735
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	5	16	AY.33	0.000334
ORF3a	67	K67del	AAG	---	16	16	B.1.1.7	0.000014
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	15	15	AY.93	0.004096
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	15	15	B.1.630	0.078534
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	14	14	B.1.595	0.003653
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	14	14	P.2	0.002613
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	11	13	AY.23	0.000767
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	13	AY.23	0.000139
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	12	13	AY.34	0.001164
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	13	AY.34	0.000097
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	13	13	B.1.400	0.005577
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	13	13	Q.8	0.002144
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	12	12	A.2.5	0.005988
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	7	12	AY.100	0.000322
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	5	12	AY.100	0.00023
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	9	12	AY.20	0.00035
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	3	12	AY.20	0.000117
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	12	12	AY.43	0.000053
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	10	12	AY.45	0.001217
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	12	AY.45	0.000243
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	11	12	B.1.1.1	0.003594
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	12	B.1.1.1	0.000327
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	9	12	B.1.1.214	0.000499
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	3	12	B.1.1.214	0.000166
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	12	12	B.1.2	0.000106
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	12	12	B.1.617.2	0.000045
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	12	12	B.1.617.2	0.000045
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	11	12	C.37	0.001277
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	12	C.37	0.000116
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	11	11	AY.3.1	0.000938
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	11	11	AY.4	0.000017
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	11	11	B.1.1.37	0.002122
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	11	11	B.1.1.50	0.007468
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	11	11	B.1.617.2	0.000041
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	10	10	AY.25	0.00006
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	10	10	AY.69	0.001867
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	10	10	AY.98.1	0.000484
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	10	10	B.1.36.19	0.092593
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	9	10	B.1.427	0.000454
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	10	B.1.427	0.00005
ORF3a	67	K67I	aAG	aTA	4	9	All	0.000001
ORF3a	67	K67I	aAG	aTT	4	9	All	0.000001
ORF3a	67	K67I	aAG	aTC	1	9	All	0
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	9	9	AY.26	0.000255
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	9	9	AY.29	0.000142
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	9	9	AY.39	0.000222
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	9	9	B.1	0.000082
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	9	9	B.1.1	0.000163
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	9	9	B.1.214.3	0.064286
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	6	9	B.1.36	0.000875
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	9	B.1.36	0.000438
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	9	9	B.1.596	0.000784
ORF3a	67	K67G	AAg	GGg	4	8	All	0.000001
ORF3a	67	K67G	AAG	GGT	2	8	All	0
ORF3a	67	K67G	AAG	GGA	2	8	All	0
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	7	8	AY.42	0.000282
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	8	AY.42	0.00004
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	6	8	AY.46	0.000624
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	8	AY.46	0.000208
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	8	8	B.1.177.84	0.053333
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	8	8	P.1	0.000126
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	7	7	AY.121	0.000947
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	6	7	AY.98	0.000474
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	7	AY.98	0.000079
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	7	7	B.1.1.186	0.024055
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	7	7	B.1.177	0.000092
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	7	7	B.1.177.88	0.08642
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	7	7	B.1.241	0.005682
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	7	7	B.1.369	0.001997
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	7	7	B.1.471	0.019126
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	7	7	R.1	0.00063
ORF3a	67	K67I	aAG	aTT	3	6		0.166667
ORF3a	67	K67I	aAG	aTA	2	6		0.111111
ORF3a	67	K67I	aAG	aTC	1	6		0.055556
ORF3a	67	K67L	AAg	CTg	2	6	All	0
ORF3a	67	K67L	AAG	CTA	1	6	All	0
ORF3a	67	K67L	AAG	CTT	1	6	All	0
ORF3a	67	K67L	AAg	TTg	1	6	All	0
ORF3a	67	K67L	AAG	CTC	1	6	All	0
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	6	6	AY.103	0.000037
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	6	6	AY.117	0.000507
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	4	6	AY.119	0.000141
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	6	AY.119	0.000071
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	5	6	AY.75	0.00028
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	6	AY.75	0.000056
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	6	6	AY.99.2	0.000553
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	6	6	B.1.240	0.001293
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	6	6	B.1.258	0.000399
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	6	6	B.1.258.17	0.000624
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	6	6	B.1.351	0.000178
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	6	6	B.1.398	0.017857
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	4	6	B.1.621	0.000354
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	6	B.1.621	0.000177
ORF3a	67	K67X	Aag	Tag	5	5	All	0.000001
ORF3a	67	K67V	AAG	GTA	2	5	All	0
ORF3a	67	K67V	AAG	GTT	2	5	All	0
ORF3a	67	K67V	AAg	GTg	1	5	All	0
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	5	5	AY.100	0.00023
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	5	5	AY.102	0.000133
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	5	5	AY.116	0.001434
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	5	5	AY.120.2	0.006427
ORF3a	67	K67del	AAG	---	5	5	AY.25	0.00003
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	5	5	AY.43	0.000022
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	5	5	AY.57	0.003281
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	5	5	B.1	0.000046
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	5	5	B.1.1.343	0.104167
ORF3a	67	K67del	AAG	---	5	5	B.1.177	0.000066
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	5	5	B.1.177	0.000066
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	5	B.1.221	0.000213
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	5	B.1.221	0.000142
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	5	5	B.1.36.8	0.005
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	5	5	B.1.438.1	0.000536
ORF3a	67	K67S	aAG	aGT	4	4		0.222222
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	4		0.166667
ORF3a	67	K67R	aAG	aGA	2	4		0.111111
ORF3a	67	K67G	AAG	GGA	2	4		0.111111
ORF3a	67	K67G	AAG	GGT	2	4		0.111111
ORF3a	67	K67V	AAG	GTT	2	4		0.111111
ORF3a	67	K67V	AAG	GTA	2	4		0.111111
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	2	4		0.111111
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	4		0.055556
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	4	A	0.001161
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	4	A	0.000387
ORF3a	67	K67S	aAG	aGT	4	4	All	0.000001
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	4	AY.117	0.000169
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	4	AY.117	0.000169
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	4	4	AY.26	0.000113
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	4	AY.29	0.000047
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	4	AY.29	0.000016
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	4	4	AY.3	0.00004
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	4	4	AY.36	0.000593
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	4	4	AY.4	0.000006
ORF3a	67	K67del	AAG	---	4	4	AY.4	0.000006
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	4	4	AY.41	0.001176
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	3	4	AY.61	0.000314
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	4	AY.61	0.000105
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	4	4	AY.9	0.00027
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	4	B.1.1.222	0.000612
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	4	B.1.1.222	0.000204
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	4	4	B.1.1.244	0.061538
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	4	4	B.1.1.25	0.002274
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	4	4	B.1.1.315	0.033898
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	4	4	B.1.1.359	0.111111
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	4	4	B.1.1.434	0.001394
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	4	4	B.1.1.50	0.002716
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	4	4	B.1.1.519	0.000159
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	4	4	B.1.1.528	0.019231
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	4	4	B.1.1.63	0.001543
ORF3a	67	K67Q	Aag	Cag	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	4	4	B.1.243	0.000278
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	4	4	B.1.270	0.022472
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	4	4	B.1.320	0.004981
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	4	4	B.1.588	0.00364
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	4	4	C.36.3	0.002269
ORF3a	67	K67L	AAg	CTg	1	3		0.055556
ORF3a	67	K67L	AAG	CTC	1	3		0.055556
ORF3a	67	K67L	AAg	TTg	1	3		0.055556
ORF3a	67	K67del2	AAg	--g	2	3	All	0
ORF3a	67	K67del2	aAG	a--	1	3	All	0
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	3	3	AY.103	0.000019
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	3	3	AY.107	0.001398
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	3	AY.113	0.000285
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	3	AY.113	0.000142
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	3	3	AY.119	0.000106
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	3	AY.19	0.003421
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	3	3	AY.25	0.000018
ORF3a	67	K67Q	Aag	Cag	3	3	AY.4	0.000005
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF3a	67	K67del	AAG	---	3	3	AY.43	0.000013
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	3	3	AY.44	0.000018
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	3	AY.71	0.001425
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF3a	67	K67del	AAG	---	3	3	B.1	0.000027
ORF3a	67	K67L	AAg	CTg	1	3	B.1	0.000009
ORF3a	67	K67L	AAG	CTT	1	3	B.1	0.000009
ORF3a	67	K67L	AAG	CTA	1	3	B.1	0.000009
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	3	3	B.1.1	0.000054
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	3	3	B.1.1	0.000054
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	3	B.1.1.216	0.001781
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	3	B.1.1.216	0.00089
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	3	B.1.1.486	0.004732
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	3	B.1.1.51	0.005155
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	3	3	B.1.160	0.000094
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	3	3	B.1.177	0.00004
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	3	3	B.1.221	0.000213
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	3	B.1.362	0.004622
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	3	B.1.466.2	0.000782
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	3	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	3	3	B.1.577	0.002062
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF3a	67	K67del	AAG	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	3	B.1.637	0.000146
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	3	B.1.637	0.000073
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	3	3	D.2	0.000225
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	3	N.4	0.008511
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	3	N.4	0.004255
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	3	P.1.2	0.002312
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	3	P.1.2	0.001156
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	3	3	Q.4	0.001364
ORF3a	67	K67del	AAG	---	3	3	U.3	0.011583
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	2	2		0.111111
ORF3a	67	K67Q	Aag	Cag	2	2		0.111111
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	2	2		0.111111
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	2	AD.2	0.000219
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	2	AD.2	0.000219
ORF3a	67	K67del1	aaG	aa-	2	2	All	0
ORF3a	67	K67H	AaG	CaC	1	2	All	0
ORF3a	67	K67H	AaG	CaT	1	2	All	0
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	AY.106	0.00067
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	AY.109	0.001479
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	2	AY.118	0.000063
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	2	AY.118	0.000063
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	AY.13	0.000322
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	2	2	AY.23	0.000139
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	AY.32	0.001065
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	2	2	AY.39	0.000049
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	2	2	AY.4	0.000003
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	2	2	AY.4.2.1	0.000298
ORF3a	67	K67del	AAG	---	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	AY.53	0.000575
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	AY.54	0.000191
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	2	AY.56	0.001605
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	2	AY.56	0.001605
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	2	2	AY.64	0.00119
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF3a	67	K67I	aAG	aTT	1	2	B.1	0.000009
ORF3a	67	K67I	aAG	aTA	1	2	B.1	0.000009
ORF3a	67	K67Q	Aag	Cag	1	2	B.1	0.000009
ORF3a	67	K67Q	AaG	CaA	1	2	B.1	0.000009
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	2	B.1.1.159	0.009346
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.1.229	0.011494
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.1.294	0.002532
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.1.328	0.033898
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	2	B.1.1.33	0.000421
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	2	B.1.1.33	0.000421
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.1.354	0.008772
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.1.368	0.006173
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.145	0.105263
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	2	2	B.1.177	0.000026
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	2	2	B.1.177.85	0.01087
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.214	0.007326
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.234	0.000264
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	2	B.1.239	0.001221
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	2	B.1.239	0.001221
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.258.12	0.015748
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	2	B.1.311	0.000275
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	2	B.1.311	0.000275
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	2	2	B.1.351	0.000059
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	2	B.1.36.17	0.000494
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	2	B.1.36.17	0.000494
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	2	B.1.409	0.001563
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	2	2	B.1.427	0.000101
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.480	0.004975
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.499	0.002101
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.525	0.000226
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.540	0.019417
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	2	2	B.1.605	0.011905
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	B.1.609	0.000959
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF3a	67	K67Q	Aag	Cag	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	2	2	B.1.638	0.105263
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	D.2	0.00015
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	P.1.1	0.000635
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	2	2	P.2	0.000373
ORF3a	67	K67H	AaG	CaC	1	1		0.055556
ORF3a	67	K67Y	AaG	TaT	1	1		0.055556
ORF3a	67	K67F	AAG	TTT	1	1		0.055556
ORF3a	67	K67X	Aag	Tag	1	1		0.055556
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	A.1	0.000282
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	A.19	0.009434
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	A.2	0.000662
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	A.2.5	0.000499
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	A.2.5.2	0.001572
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	AD.2	0.000219
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	AH.3	0.003802
ORF3a	67	K67Y	AaG	TaT	1	1	All	0
ORF3a	67	K67F	AAG	TTT	1	1	All	0
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	AY.1	0.000396
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.105	0.000643
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	AY.111	0.000183
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	AY.113	0.000142
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	AY.113	0.000142
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.115	0.005208
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	AY.116	0.000287
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	67	K67G	AAg	GGg	1	1	AY.12	0.000316
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.14	0.000088
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	AY.2	0.000356
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.24	0.000431
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	67	K67Q	Aag	Cag	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	AY.26	0.000028
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	AY.32	0.000532
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	AY.33	0.000067
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	AY.34	0.000097
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.35	0.000233
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	AY.36	0.000148
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.38	0.000499
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	AY.38	0.000499
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	AY.39	0.000025
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	AY.39	0.000025
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF3a	67	K67del2	AAg	--g	1	1	AY.4	0.000002
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.40	0.000964
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	AY.42	0.00004
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	AY.42	0.00004
ORF3a	67	K67I	aAG	aTA	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	67	K67del2	aAG	a--	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	AY.47	0.000031
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.48	0.000465
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	1	1	AY.55	0.000917
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.58	0.000907
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.59	0.00053
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.7	0.000196
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.73	0.000665
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.76	0.004831
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.77	0.001127
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	AY.79	0.001211
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.79	0.001211
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	AY.83	0.001724
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.86	0.00083
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	AY.9	0.000068
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.90	0.000684
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	AY.91	0.00073
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.95	0.000761
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.96	0.002075
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	AY.97	0.001701
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B	0.000128
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	67	K67X	Aag	Tag	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	67	K67H	AaG	CaT	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	67	K67Q	Aag	Cag	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.1.133	0.008475
ORF3a	67	K67V	AAg	GTg	1	1	B.1.1.139	0.022727
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.1.141	0.002012
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.1.218	0.007692
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.218	0.007692
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.226	0.005814
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.297	0.002237
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.304	0.002809
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF3a	67	K67Q	Aag	Cag	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.374	0.002375
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.442	0.018519
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.48	0.002874
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	1	1	B.1.1.61	0.008772
ORF3a	67	K67del1	aaG	aa-	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	67	K67G	AAg	GGg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	67	K67X	Aag	Tag	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.1.89	0.006061
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.160.11	0.005714
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	B.1.161	0.017241
ORF3a	67	K67G	AAg	GGg	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.177.85	0.005435
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.192	0.009259
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	67	K67G	AAg	GGg	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.223	0.002778
ORF3a	67	K67X	Aag	Tag	1	1	B.1.234	0.000132
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	B.1.234	0.000132
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.236	0.002053
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	B.1.243	0.00007
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	B.1.243	0.00007
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	B.1.245	0.03125
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.258.7	0.001912
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.284	0.013158
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.301	0.005917
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	B.1.314	0.007519
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	B.1.320	0.001245
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.326	0.007576
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	1	1	B.1.349	0.000715
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.36.24	0.006173
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.381	0.007812
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.382	0.008929
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.396	0.000706
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.397	0.004854
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	B.1.400	0.000429
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	B.1.411	0.003704
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	B.1.415	0.014286
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.428	0.00102
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	67	K67X	Aag	Tag	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.434	0.052632
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	B.1.446	0.02
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.456	0.003268
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.459	0.004082
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.504	0.03125
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.542	0.03125
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	B.1.561	0.000397
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.1.564.1	0.001577
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.565	0.00081
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	1	1	B.1.568	0.001111
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	B.1.570	0.002941
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.575	0.000303
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.585	0.027778
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	B.1.588	0.00091
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.588	0.00091
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	B.1.595	0.000261
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	B.1.597	0.00463
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	B.1.609	0.000479
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.612	0.002653
ORF3a	67	K67del1	aaG	aa-	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	67	K67del2	AAg	--g	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	B.1.621	0.000089
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.623	0.000536
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	B.1.628	0.000352
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.637	0.000073
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	B.1.638	0.052632
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.9.4	0.006135
ORF3a	67	K67N	aaG	aaT	1	1	B.1.93	0.000934
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	B.1.94	0.027027
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	B.40	0.000364
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.40	0.000364
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	B.55	0.00295
ORF3a	67	K67T	aAg	aCg	1	1	C.1.2	0.004255
ORF3a	67	K67R	aAg	aGg	1	1	C.2.1	0.006667
ORF3a	67	K67M	aAg	aTg	1	1	C.35	0.000774
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	K.2	0.04
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	P.1.12	0.000484
ORF3a	67	K67del	AAG	---	1	1	P.1.15	0.000232
ORF3a	67	K67E	Aag	Gag	1	1	P.1.15	0.000232
ORF3a	67	K67K	aaG	aaA	1	1	P.1.7	0.000319
ORF3a	67	K67N	aaG	aaC	1	1	Q.5	0.016949

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.