CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF3a | 50 | V50I | nonsyn | Gtt | Att | 3152 | 3152 | 1 | 25540-25542 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3152 | 3152 | All | 0.000603 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1075 | 1075 | AY.4 | 0.001673 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 334 | 334 | B.1.1.7 | 0.000299 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 262 | 262 | P.4 | 0.996198 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 220 | 220 | AY.44 | 0.001339 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 188 | 188 | B.1.177.43 | 0.277696 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 111 | 111 | B.1.617.2 | 0.000418 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 95 | 95 | AY.24 | 0.040948 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 93 | 93 | AY.103 | 0.000577 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 55 | 55 | B.1.258.17 | 0.005718 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 46 | 46 | B.1.2 | 0.000405 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 40 | 40 | AY.25 | 0.000241 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 34 | 34 | AY.43 | 0.000151 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 30 | 30 | B.1 | 0.000275 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 27 | 27 | B.1.1 | 0.00049 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 27 | 27 | P.1 | 0.000425 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 26 | 26 | AY.45 | 0.003164 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 21 | 21 | AY.3 | 0.000209 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 21 | 21 | AY.9 | 0.001419 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 21 | 21 | B.1.1.519 | 0.000834 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 18 | 18 | AY.113 | 0.002563 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 18 | 18 | AY.39.1 | 0.000713 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 18 | 18 | AY.47 | 0.00056 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 16 | 16 | B.1.177 | 0.000211 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 15 | 15 | AY.120 | 0.000558 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 14 | 14 | AY.61 | 0.001467 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 13 | 13 | AY.102 | 0.000345 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 13 | 13 | AY.5 | 0.000268 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 13 | 13 | AY.53 | 0.003738 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 13 | 13 | B.1.160.29 | 0.054852 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 10 | 10 | AY.39 | 0.000247 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 10 | 10 | B.1.177.86 | 0.001835 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 9 | 9 | AY.118 | 0.000564 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 9 | 9 | AY.39.1.1 | 0.006522 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 8 | 8 | B.1.351 | 0.000238 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 8 | 8 | P.2 | 0.001493 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 8 | 8 | R.1 | 0.00072 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 7 | 7 | AY.75 | 0.000392 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 7 | 7 | AY.9.1 | 0.000586 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 6 | 6 | AU.1 | 0.007595 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 6 | 6 | AY.29 | 0.000095 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 6 | 6 | B.1.526 | 0.000141 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 5 | 5 | AY.100 | 0.00023 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 5 | 5 | AY.20 | 0.000194 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 5 | 5 | AY.29.1 | 0.001103 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 5 | 5 | AY.99.2 | 0.000461 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 5 | 5 | B.1.160 | 0.000156 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 5 | 5 | B.1.416.1 | 0.007812 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 5 | 5 | P.1.16 | 0.001871 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 4 | 4 | AY.33 | 0.000267 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 4 | 4 | B.1.429 | 0.000094 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | AY.13 | 0.000483 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | AY.26 | 0.000085 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | AY.4.2 | 0.000065 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | AY.46 | 0.000312 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | AY.62 | 0.001307 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | AY.75.1 | 0.000541 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | AY.84 | 0.001312 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | AY.98.1 | 0.000145 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | B.1.1.25 | 0.001706 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | B.1.1.28 | 0.000934 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | B.1.1.33 | 0.001263 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | B.1.177.58 | 0.003995 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 3 | 3 | B.1.311 | 0.000824 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | AY.46.5 | 0.000397 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | AY.54 | 0.000191 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | AY.74 | 0.000231 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | B.1.1.269 | 0.002706 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | B.1.1.485 | 0.033333 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | B.1.160.10 | 0.016129 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | B.1.438.1 | 0.000215 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | B.1.595 | 0.000522 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | C.14 | 0.008658 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 2 | 2 | P.1.15 | 0.000465 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | A.2.4 | 0.003367 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AD.2 | 0.000219 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.1 | 0.000396 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.11 | 0.001339 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.46.3 | 0.000934 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.60 | 0.000938 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.73 | 0.000665 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.121 | 0.002427 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.274 | 0.005051 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.317 | 0.000412 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.348 | 0.000796 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.46 | 0.004367 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.1.89 | 0.006061 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.105 | 0.009615 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.110.3 | 0.000718 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.139 | 0.000733 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.143 | 0.021277 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.160.30 | 0.002976 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.177.15 | 0.000631 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.177.35 | 0.000691 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.177.44 | 0.000519 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.258.3 | 0.001675 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.400 | 0.000429 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.411 | 0.003704 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.468 | 0.005714 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.480 | 0.002488 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.524 | 0.001406 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.1.78 | 0.008547 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | B.6.5 | 0.076923 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
ORF3a | 50 | V50I | Gtt | Att | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|