CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 50

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a50V50InonsynGttAtt31523152125540-25542
ORF3a50V50AnonsyngTtgCt8798780.99886225540-25542
ORF3a50V50AnonsyngTTgCG87910.0011376625540-25542
ORF3a50V50FnonsynGttTtt570570125540-25542
ORF3a50V50VsyngtTgtA2711330.49077525540-25542
ORF3a50V50VsyngtTgtC2711050.38745425540-25542
ORF3a50V50VsyngtTgtG271330.12177125540-25542
ORF3a50V50deldelGTT---106106125540-25542
ORF3a50V50GnonsyngTtgGt1515125540-25542
ORF3a50V50LnonsynGttCtt66125540-25542
ORF3a50V50KnonsynGTTAAG640.66666725540-25542
ORF3a50V50KnonsynGTTAAA620.33333325540-25542
ORF3a50V50TnonsynGTTACG420.525540-25542
ORF3a50V50TnonsynGTTACA420.525540-25542
ORF3a50V50del2delGTt--t11125540-25542
ORF3a50V50SnonsynGTtAGt11125540-25542

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a50V50IGttAtt31523152All0.000603
ORF3a50V50IGttAtt10751075AY.40.001673
ORF3a50V50AgTtgCt878879All0.000168
ORF3a50V50AgTTgCG1879All0
ORF3a50V50AgTtgCt597597A.270.988411
ORF3a50V50FGttTtt570570All0.000109
ORF3a50V50IGttAtt334334B.1.1.70.000299
ORF3a50V50VgtTgtA133271All0.000025
ORF3a50V50VgtTgtC105271All0.00002
ORF3a50V50VgtTgtG33271All0.000006
ORF3a50V50IGttAtt262262P.40.996198
ORF3a50V50IGttAtt220220AY.440.001339
ORF3a50V50IGttAtt188188B.1.177.430.277696
ORF3a50V50FGttTtt153153AY.99.20.0141
ORF3a50V50AgTtgCt117117B.1.1.70.000105
ORF3a50V50IGttAtt111111B.1.617.20.000418
ORF3a50V50delGTT---106106All0.00002
ORF3a50V50IGttAtt9595AY.240.040948
ORF3a50V50FGttTtt9595AY.250.000571
ORF3a50V50IGttAtt9393AY.1030.000577
ORF3a50V50VgtTgtC4290B.1.1.70.000038
ORF3a50V50VgtTgtA3790B.1.1.70.000033
ORF3a50V50VgtTgtG1190B.1.1.70.00001
ORF3a50V50IGttAtt5555B.1.258.170.005718
ORF3a50V50FGttTtt5454AY.440.000329
ORF3a50V50FGttTtt5353B.1.1.70.000047
ORF3a50V50AgTtgCt4646AY.30.000458
ORF3a50V50IGttAtt4646B.1.20.000405
ORF3a50V50IGttAtt4040AY.250.000241
ORF3a50V50VgtTgtA3639AY.40.000056
ORF3a50V50VgtTgtC339AY.40.000005
ORF3a50V50IGttAtt3434AY.430.000151
ORF3a50V50IGttAtt3030B.10.000275
ORF3a50V50IGttAtt2727B.1.10.00049
ORF3a50V50IGttAtt2727P.10.000425
ORF3a50V50IGttAtt2626AY.450.003164
ORF3a50V50AgTtgCt2525A.50.048077
ORF3a50V50FGttTtt2424AY.430.000106
ORF3a50V50FGttTtt2323B.1.617.20.000087
ORF3a50V50IGttAtt2121AY.30.000209
ORF3a50V50IGttAtt2121AY.90.001419
ORF3a50V50IGttAtt2121B.1.1.5190.000834
ORF3a50V50IGttAtt1818AY.1130.002563
ORF3a50V50IGttAtt1818AY.39.10.000713
ORF3a50V50IGttAtt1818AY.470.00056
ORF3a50V50VgtTgtC1617B.1.20.000141
ORF3a50V50VgtTgtA117B.1.20.000009
ORF3a50V50FGttTtt1616AY.260.000453
ORF3a50V50delGTT---1616B.1.1.70.000014
ORF3a50V50IGttAtt1616B.1.1770.000211
ORF3a50V50GgTtgGt1515All0.000003
ORF3a50V50IGttAtt1515AY.1200.000558
ORF3a50V50VgtTgtA1415AY.430.000062
ORF3a50V50VgtTgtC115AY.430.000004
ORF3a50V50delGTT---1414AY.40.000022
ORF3a50V50IGttAtt1414AY.610.001467
ORF3a50V50IGttAtt1313AY.1020.000345
ORF3a50V50IGttAtt1313AY.50.000268
ORF3a50V50IGttAtt1313AY.530.003738
ORF3a50V50IGttAtt1313B.1.160.290.054852
ORF3a50V50FGttTtt1313B.1.177.860.002385
ORF3a50V50AgTtgCt1212A0.004644
ORF3a50V50FGttTtt1111B.1.20.000097
ORF3a50V50IGttAtt1010AY.390.000247
ORF3a50V50AgTtgCt1010B0.001278
ORF3a50V50IGttAtt1010B.1.177.860.001835
ORF3a50V50FGttTtt1010P.1.100.002695
ORF3a50V50IGttAtt99AY.1180.000564
ORF3a50V50IGttAtt99AY.39.1.10.006522
ORF3a50V50FGttTtt99B.1.3960.006351
ORF3a50V50VgtTgtG99B.1.5250.001018
ORF3a50V50FGttTtt99P.1.140.00043
ORF3a50V50VgtTgtC78AY.250.000042
ORF3a50V50VgtTgtA18AY.250.000006
ORF3a50V50VgtTgtA68AY.440.000037
ORF3a50V50VgtTgtC28AY.440.000012
ORF3a50V50IGttAtt88B.1.3510.000238
ORF3a50V50VgtTgtA78B.1.617.20.000026
ORF3a50V50VgtTgtC18B.1.617.20.000004
ORF3a50V50IGttAtt88P.20.001493
ORF3a50V50IGttAtt88R.10.00072
ORF3a50V50FGttTtt77AY.1020.000186
ORF3a50V50FGttTtt77AY.1030.000043
ORF3a50V50delGTT---77AY.440.000043
ORF3a50V50IGttAtt77AY.750.000392
ORF3a50V50IGttAtt77AY.9.10.000586
ORF3a50V50delGTT---77B.1.1770.000092
ORF3a50V50FGttTtt77P.10.00011
ORF3a50V50KGTTAAG460.222222
ORF3a50V50KGTTAAA260.111111
ORF3a50V50LGttCtt66All0.000001
ORF3a50V50KGTTAAG46All0.000001
ORF3a50V50KGTTAAA26All0
ORF3a50V50IGttAtt66AU.10.007595
ORF3a50V50IGttAtt66AY.290.000095
ORF3a50V50delGTT---66AY.430.000027
ORF3a50V50AgTtgCt66B.10.000055
ORF3a50V50IGttAtt66B.1.5260.000141
ORF3a50V50IGttAtt55AY.1000.00023
ORF3a50V50AgTtgCt55AY.200.000194
ORF3a50V50IGttAtt55AY.200.000194
ORF3a50V50IGttAtt55AY.29.10.001103
ORF3a50V50FGttTtt55AY.39.10.000198
ORF3a50V50IGttAtt55AY.99.20.000461
ORF3a50V50VgtTgtA35B.10.000027
ORF3a50V50VgtTgtC25B.10.000018
ORF3a50V50IGttAtt55B.1.1600.000156
ORF3a50V50IGttAtt55B.1.416.10.007812
ORF3a50V50VgtTgtA55B.1.4280.005102
ORF3a50V50IGttAtt55P.1.160.001871
ORF3a50V50TGTTACG240.111111
ORF3a50V50TGTTACA240.111111
ORF3a50V50TGTTACG24All0
ORF3a50V50TGTTACA24All0
ORF3a50V50VgtTgtG44AY.1010.001962
ORF3a50V50AgTtgCt44AY.250.000024
ORF3a50V50VgtTgtC44AY.30.00004
ORF3a50V50IGttAtt44AY.330.000267
ORF3a50V50AgTtgCt44AY.40.000006
ORF3a50V50delGTT---44AY.4.50.00043
ORF3a50V50FGttTtt44B.10.000037
ORF3a50V50AgTtgCt44B.1.10.000073
ORF3a50V50GgTtgGt44B.1.10.000073
ORF3a50V50FGttTtt44B.1.1.2160.003562
ORF3a50V50FGttTtt44B.1.177.210.000306
ORF3a50V50IGttAtt44B.1.4290.000094
ORF3a50V50VgtTgtA44B.1.4290.000094
ORF3a50V50AgTtgCt44B.1.617.20.000015
ORF3a50V50VgtTgtA34P.10.000047
ORF3a50V50VgtTgtC14P.10.000016
ORF3a50V50AgTtgCt33A.290.015957
ORF3a50V50IGttAtt33AY.130.000483
ORF3a50V50FGttTtt33AY.230.000209
ORF3a50V50GgTtgGt33AY.250.000018
ORF3a50V50IGttAtt33AY.260.000085
ORF3a50V50delGTT---33AY.30.00003
ORF3a50V50VgtTgtC23AY.330.000134
ORF3a50V50VgtTgtA13AY.330.000067
ORF3a50V50VgtTgtC33AY.340.000291
ORF3a50V50VgtTgtG33AY.39.20.004622
ORF3a50V50FGttTtt33AY.40.000005
ORF3a50V50IGttAtt33AY.4.20.000065
ORF3a50V50AgTtgCt33AY.4.20.000065
ORF3a50V50FGttTtt33AY.460.000312
ORF3a50V50IGttAtt33AY.460.000312
ORF3a50V50FGttTtt33AY.5.40.00083
ORF3a50V50IGttAtt33AY.620.001307
ORF3a50V50FGttTtt33AY.70.000588
ORF3a50V50IGttAtt33AY.75.10.000541
ORF3a50V50IGttAtt33AY.840.001312
ORF3a50V50IGttAtt33AY.98.10.000145
ORF3a50V50delGTT---33B.1.10.000054
ORF3a50V50FGttTtt33B.1.1.1010.03
ORF3a50V50IGttAtt33B.1.1.250.001706
ORF3a50V50IGttAtt33B.1.1.280.000934
ORF3a50V50IGttAtt33B.1.1.330.001263
ORF3a50V50GgTtgGt33B.1.1.70.000003
ORF3a50V50FGttTtt33B.1.1260.003827
ORF3a50V50IGttAtt33B.1.177.580.003995
ORF3a50V50IGttAtt33B.1.3110.000824
ORF3a50V50VgtTgtA23B.1.4270.000101
ORF3a50V50VgtTgtC13B.1.4270.00005
ORF3a50V50delGTT---33B.1.617.20.000011
ORF3a50V50VgtTgtC33B.1.6210.000266
ORF3a50V50LGttCtt220.111111
ORF3a50V50AgTtgCt22AU.20.004843
ORF3a50V50FGttTtt22AY.1000.000092
ORF3a50V50AgTtgCt22AY.1190.000071
ORF3a50V50IGttAtt22AY.1190.000071
ORF3a50V50VgtTgtC12AY.200.000039
ORF3a50V50VgtTgtA12AY.200.000039
ORF3a50V50IGttAtt22AY.230.000139
ORF3a50V50delGTT---22AY.250.000012
ORF3a50V50GgTtgGt22AY.40.000003
ORF3a50V50AgTTgCG12AY.440.000006
ORF3a50V50AgTtgCt12AY.440.000006
ORF3a50V50delGTT---22AY.46.20.001271
ORF3a50V50IGttAtt22AY.46.50.000397
ORF3a50V50IGttAtt22AY.540.000191
ORF3a50V50FGttTtt22AY.590.001059
ORF3a50V50VgtTgtG12AY.60.000041
ORF3a50V50VgtTgtC12AY.60.000041
ORF3a50V50FGttTtt22AY.610.00021
ORF3a50V50IGttAtt22AY.740.000231
ORF3a50V50VgtTgtC22AY.740.000231
ORF3a50V50delGTT---22AY.810.003984
ORF3a50V50delGTT---22AY.98.10.000097
ORF3a50V50IGttAtt22B0.000256
ORF3a50V50delGTT---22B0.000256
ORF3a50V50IGttAtt22B.1.1.2690.002706
ORF3a50V50FGttTtt22B.1.1.3060.000877
ORF3a50V50FGttTtt22B.1.1.3180.000604
ORF3a50V50IGttAtt22B.1.1.4850.033333
ORF3a50V50FGttTtt22B.1.1390.001466
ORF3a50V50IGttAtt22B.1.160.100.016129
ORF3a50V50GgTtgGt22B.1.20.000018
ORF3a50V50AgTtgCt22B.1.20.000018
ORF3a50V50delGTT---22B.1.2410.001623
ORF3a50V50IGttAtt22B.1.2580.000133
ORF3a50V50VgtTgtA22B.1.351.30.001753
ORF3a50V50AgTtgCt22B.1.3670.001585
ORF3a50V50IGttAtt22B.1.438.10.000215
ORF3a50V50IGttAtt22B.1.5950.000522
ORF3a50V50AgTtgCt22B.400.000729
ORF3a50V50IGttAtt22C.140.008658
ORF3a50V50IGttAtt22C.370.000232
ORF3a50V50delGTT---22P.10.000032
ORF3a50V50IGttAtt22P.1.150.000465
ORF3a50V50FGttTtt22P.20.000373
ORF3a50V50delGTT---22U.30.007722
ORF3a50V50VgtTgtA11A.10.000282
ORF3a50V50AgTtgCt11A.10.000282
ORF3a50V50VgtTgtC11A.110.058824
ORF3a50V50AgTtgCt11A.20.000662
ORF3a50V50VgtTgtA11A.20.000662
ORF3a50V50IGttAtt11A.2.40.003367
ORF3a50V50IGttAtt11AD.20.000219
ORF3a50V50delGTT---11AH.30.003802
ORF3a50V50del2GTt--t11All0
ORF3a50V50SGTtAGt11All0
ORF3a50V50IGttAtt11AY.10.000396
ORF3a50V50IGttAtt11AY.100.00053
ORF3a50V50VgtTgtC11AY.1000.000046
ORF3a50V50AgTtgCt11AY.1020.000027
ORF3a50V50AgTtgCt11AY.1030.000006
ORF3a50V50VgtTgtA11AY.1030.000006
ORF3a50V50delGTT---11AY.1030.000006
ORF3a50V50delGTT---11AY.1050.000643
ORF3a50V50IGttAtt11AY.1060.000335
ORF3a50V50VgtTgtG11AY.1060.000335
ORF3a50V50FGttTtt11AY.1080.001103
ORF3a50V50IGttAtt11AY.110.001339
ORF3a50V50delGTT---11AY.1110.000183
ORF3a50V50LGttCtt11AY.1160.000287
ORF3a50V50AgTtgCt11AY.1170.000085
ORF3a50V50GgTtgGt11AY.1170.000085
ORF3a50V50IGttAtt11AY.120.000316
ORF3a50V50delGTT---11AY.1200.000037
ORF3a50V50VgtTgtC11AY.140.000088
ORF3a50V50delGTT---11AY.140.000088
ORF3a50V50FGttTtt11AY.160.00038
ORF3a50V50IGttAtt11AY.160.00038
ORF3a50V50IGttAtt11AY.16.10.00047
ORF3a50V50FGttTtt11AY.200.000039
ORF3a50V50delGTT---11AY.230.00007
ORF3a50V50AgTtgCt11AY.290.000016
ORF3a50V50FGttTtt11AY.290.000016
ORF3a50V50delGTT---11AY.29.10.000221
ORF3a50V50VgtTgtC11AY.29.10.000221
ORF3a50V50FGttTtt11AY.30.00001
ORF3a50V50IGttAtt11AY.300.000396
ORF3a50V50delGTT---11AY.300.000396
ORF3a50V50FGttTtt11AY.340.000097
ORF3a50V50AgTtgCt11AY.340.000097
ORF3a50V50IGttAtt11AY.340.000097
ORF3a50V50IGttAtt11AY.34.10.00051
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