CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 50

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	50	V50I		nonsyn	Gtt	Att	3152	3152	1	25540-25542
ORF3a	50	V50A		nonsyn	gTt	gCt	879	878	0.998862	25540-25542
ORF3a	50	V50A		nonsyn	gTT	gCG	879	1	0.00113766	25540-25542
ORF3a	50	V50F		nonsyn	Gtt	Ttt	570	570	1	25540-25542
ORF3a	50	V50V		syn	gtT	gtA	271	133	0.490775	25540-25542
ORF3a	50	V50V		syn	gtT	gtC	271	105	0.387454	25540-25542
ORF3a	50	V50V		syn	gtT	gtG	271	33	0.121771	25540-25542
ORF3a	50	V50del		del	GTT	---	106	106	1	25540-25542
ORF3a	50	V50G		nonsyn	gTt	gGt	15	15	1	25540-25542
ORF3a	50	V50L		nonsyn	Gtt	Ctt	6	6	1	25540-25542
ORF3a	50	V50K		nonsyn	GTT	AAG	6	4	0.666667	25540-25542
ORF3a	50	V50K		nonsyn	GTT	AAA	6	2	0.333333	25540-25542
ORF3a	50	V50T		nonsyn	GTT	ACG	4	2	0.5	25540-25542
ORF3a	50	V50T		nonsyn	GTT	ACA	4	2	0.5	25540-25542
ORF3a	50	V50del2		del	GTt	--t	1	1	1	25540-25542
ORF3a	50	V50S		nonsyn	GTt	AGt	1	1	1	25540-25542

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3152	3152	All	0.000603
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1075	1075	AY.4	0.001673
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	878	879	All	0.000168
ORF3a	50	V50A	gTT	gCG	1	879	All	0
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	597	597	A.27	0.988411
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	570	570	All	0.000109
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	334	334	B.1.1.7	0.000299
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	133	271	All	0.000025
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	105	271	All	0.00002
ORF3a	50	V50V	gtT	gtG	33	271	All	0.000006
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	262	262	P.4	0.996198
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	220	220	AY.44	0.001339
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	188	188	B.1.177.43	0.277696
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	153	153	AY.99.2	0.0141
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	117	117	B.1.1.7	0.000105
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	111	111	B.1.617.2	0.000418
ORF3a	50	V50del	GTT	---	106	106	All	0.00002
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	95	95	AY.24	0.040948
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	95	95	AY.25	0.000571
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	93	93	AY.103	0.000577
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	42	90	B.1.1.7	0.000038
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	37	90	B.1.1.7	0.000033
ORF3a	50	V50V	gtT	gtG	11	90	B.1.1.7	0.00001
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	55	55	B.1.258.17	0.005718
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	54	54	AY.44	0.000329
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	53	53	B.1.1.7	0.000047
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	46	46	AY.3	0.000458
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	46	46	B.1.2	0.000405
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	40	40	AY.25	0.000241
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	36	39	AY.4	0.000056
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	3	39	AY.4	0.000005
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	34	34	AY.43	0.000151
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	30	30	B.1	0.000275
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	27	27	B.1.1	0.00049
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	27	27	P.1	0.000425
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	26	26	AY.45	0.003164
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	25	25	A.5	0.048077
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	24	24	AY.43	0.000106
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	23	23	B.1.617.2	0.000087
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	21	21	AY.3	0.000209
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	21	21	AY.9	0.001419
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	21	21	B.1.1.519	0.000834
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	18	18	AY.113	0.002563
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	18	18	AY.39.1	0.000713
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	18	18	AY.47	0.00056
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	16	17	B.1.2	0.000141
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	17	B.1.2	0.000009
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	16	16	AY.26	0.000453
ORF3a	50	V50del	GTT	---	16	16	B.1.1.7	0.000014
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	16	16	B.1.177	0.000211
ORF3a	50	V50G	gTt	gGt	15	15	All	0.000003
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	15	15	AY.120	0.000558
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	14	15	AY.43	0.000062
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	15	AY.43	0.000004
ORF3a	50	V50del	GTT	---	14	14	AY.4	0.000022
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	14	14	AY.61	0.001467
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	13	13	AY.102	0.000345
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	13	13	AY.5	0.000268
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	13	13	AY.53	0.003738
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	13	13	B.1.160.29	0.054852
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	13	13	B.1.177.86	0.002385
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	12	12	A	0.004644
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	11	11	B.1.2	0.000097
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	10	10	AY.39	0.000247
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	10	10	B	0.001278
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	10	10	B.1.177.86	0.001835
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	10	10	P.1.10	0.002695
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	9	9	AY.118	0.000564
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	9	9	AY.39.1.1	0.006522
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	9	9	B.1.396	0.006351
ORF3a	50	V50V	gtT	gtG	9	9	B.1.525	0.001018
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	9	9	P.1.14	0.00043
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	7	8	AY.25	0.000042
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	8	AY.25	0.000006
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	6	8	AY.44	0.000037
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	2	8	AY.44	0.000012
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	8	8	B.1.351	0.000238
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	7	8	B.1.617.2	0.000026
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	8	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	8	8	P.2	0.001493
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	8	8	R.1	0.00072
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	7	7	AY.102	0.000186
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	7	7	AY.103	0.000043
ORF3a	50	V50del	GTT	---	7	7	AY.44	0.000043
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	7	7	AY.75	0.000392
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	7	7	AY.9.1	0.000586
ORF3a	50	V50del	GTT	---	7	7	B.1.177	0.000092
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	7	7	P.1	0.00011
ORF3a	50	V50K	GTT	AAG	4	6		0.222222
ORF3a	50	V50K	GTT	AAA	2	6		0.111111
ORF3a	50	V50L	Gtt	Ctt	6	6	All	0.000001
ORF3a	50	V50K	GTT	AAG	4	6	All	0.000001
ORF3a	50	V50K	GTT	AAA	2	6	All	0
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	6	6	AU.1	0.007595
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	6	6	AY.29	0.000095
ORF3a	50	V50del	GTT	---	6	6	AY.43	0.000027
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	6	6	B.1	0.000055
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	6	6	B.1.526	0.000141
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	5	5	AY.100	0.00023
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	5	5	AY.20	0.000194
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	5	5	AY.20	0.000194
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	5	5	AY.29.1	0.001103
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	5	5	AY.99.2	0.000461
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	3	5	B.1	0.000027
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	2	5	B.1	0.000018
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	5	5	B.1.160	0.000156
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	5	5	B.1.416.1	0.007812
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	5	5	B.1.428	0.005102
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	5	5	P.1.16	0.001871
ORF3a	50	V50T	GTT	ACG	2	4		0.111111
ORF3a	50	V50T	GTT	ACA	2	4		0.111111
ORF3a	50	V50T	GTT	ACG	2	4	All	0
ORF3a	50	V50T	GTT	ACA	2	4	All	0
ORF3a	50	V50V	gtT	gtG	4	4	AY.101	0.001962
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	4	4	AY.25	0.000024
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	4	4	AY.3	0.00004
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	4	4	AY.33	0.000267
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	4	4	AY.4	0.000006
ORF3a	50	V50del	GTT	---	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	4	4	B.1	0.000037
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	4	4	B.1.1	0.000073
ORF3a	50	V50G	gTt	gGt	4	4	B.1.1	0.000073
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.1.216	0.003562
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.177.21	0.000306
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	4	4	B.1.429	0.000094
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	4	4	B.1.429	0.000094
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	3	4	P.1	0.000047
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	4	P.1	0.000016
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	3	3	A.29	0.015957
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	AY.13	0.000483
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	3	3	AY.23	0.000209
ORF3a	50	V50G	gTt	gGt	3	3	AY.25	0.000018
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	AY.26	0.000085
ORF3a	50	V50del	GTT	---	3	3	AY.3	0.00003
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	2	3	AY.33	0.000134
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	3	AY.33	0.000067
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	3	3	AY.34	0.000291
ORF3a	50	V50V	gtT	gtG	3	3	AY.39.2	0.004622
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	3	3	AY.4	0.000005
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	3	3	AY.46	0.000312
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	AY.46	0.000312
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	3	3	AY.5.4	0.00083
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	AY.62	0.001307
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	3	3	AY.7	0.000588
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	AY.75.1	0.000541
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	AY.84	0.001312
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF3a	50	V50del	GTT	---	3	3	B.1.1	0.000054
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.1.101	0.03
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	B.1.1.28	0.000934
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF3a	50	V50G	gTt	gGt	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.126	0.003827
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	B.1.177.58	0.003995
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	3	3	B.1.311	0.000824
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	2	3	B.1.427	0.000101
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	3	B.1.427	0.00005
ORF3a	50	V50del	GTT	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	3	3	B.1.621	0.000266
ORF3a	50	V50L	Gtt	Ctt	2	2		0.111111
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	2	2	AU.2	0.004843
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	2	2	AY.100	0.000092
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	2	2	AY.119	0.000071
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	AY.119	0.000071
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	2	AY.20	0.000039
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	2	AY.20	0.000039
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	AY.23	0.000139
ORF3a	50	V50del	GTT	---	2	2	AY.25	0.000012
ORF3a	50	V50G	gTt	gGt	2	2	AY.4	0.000003
ORF3a	50	V50A	gTT	gCG	1	2	AY.44	0.000006
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	2	AY.44	0.000006
ORF3a	50	V50del	GTT	---	2	2	AY.46.2	0.001271
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	AY.46.5	0.000397
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	AY.54	0.000191
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	2	2	AY.59	0.001059
ORF3a	50	V50V	gtT	gtG	1	2	AY.6	0.000041
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	2	AY.6	0.000041
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	2	2	AY.61	0.00021
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	AY.74	0.000231
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	2	2	AY.74	0.000231
ORF3a	50	V50del	GTT	---	2	2	AY.81	0.003984
ORF3a	50	V50del	GTT	---	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	B	0.000256
ORF3a	50	V50del	GTT	---	2	2	B	0.000256
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.269	0.002706
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.485	0.033333
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.139	0.001466
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	B.1.160.10	0.016129
ORF3a	50	V50G	gTt	gGt	2	2	B.1.2	0.000018
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	2	2	B.1.2	0.000018
ORF3a	50	V50del	GTT	---	2	2	B.1.241	0.001623
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	B.1.258	0.000133
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	2	2	B.1.351.3	0.001753
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	2	2	B.1.367	0.001585
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	B.1.595	0.000522
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	2	2	B.40	0.000729
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	C.14	0.008658
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	C.37	0.000232
ORF3a	50	V50del	GTT	---	2	2	P.1	0.000032
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	2	2	P.1.15	0.000465
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	2	2	P.2	0.000373
ORF3a	50	V50del	GTT	---	2	2	U.3	0.007722
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	1	A.1	0.000282
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	A.1	0.000282
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	A.11	0.058824
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	A.2	0.000662
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	1	A.2	0.000662
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	A.2.4	0.003367
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AD.2	0.000219
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AH.3	0.003802
ORF3a	50	V50del2	GTt	--t	1	1	All	0
ORF3a	50	V50S	GTt	AGt	1	1	All	0
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.1	0.000396
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.10	0.00053
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	AY.100	0.000046
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.105	0.000643
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.106	0.000335
ORF3a	50	V50V	gtT	gtG	1	1	AY.106	0.000335
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.108	0.001103
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.11	0.001339
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.111	0.000183
ORF3a	50	V50L	Gtt	Ctt	1	1	AY.116	0.000287
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	50	V50G	gTt	gGt	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.12	0.000316
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	AY.14	0.000088
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.14	0.000088
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.16	0.00038
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.16	0.00038
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.30	0.000396
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.30	0.000396
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.34	0.000097
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	AY.34	0.000097
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.34	0.000097
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.38	0.000499
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.39	0.000025
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	1	AY.39	0.000025
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.46.3	0.000934
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	50	V50V	gtT	gtG	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.55	0.000917
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.59	0.00053
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.6	0.000041
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.60	0.000938
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	AY.67	0.000464
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	1	AY.71	0.000475
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.71	0.000475
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.73	0.000665
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.9	0.000068
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.92	0.000287
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.93	0.000273
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.121	0.002427
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.241	0.00207
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.274	0.005051
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF3a	50	V50L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	B.1.1.389	0.006061
ORF3a	50	V50L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.46	0.004367
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	1	B.1.1.528	0.004808
ORF3a	50	V50S	GTt	AGt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.89	0.006061
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.105	0.009615
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.139	0.000733
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.143	0.021277
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.160.30	0.002976
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	B.1.160.33	0.004425
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	B.1.160.33	0.004425
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF3a	50	V50L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	B.1.234	0.000132
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.234	0.000132
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.260	0.003344
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	B.1.264	0.012346
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	B.1.3	0.002618
ORF3a	50	V50V	gtT	gtG	1	1	B.1.311	0.000275
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	50	V50V	gtT	gtG	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.400	0.000429
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.403	0.003268
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.411	0.003704
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	B.1.422	0.000812
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.468	0.005714
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.480	0.002488
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.524	0.001406
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	50	V50del2	GTt	--t	1	1	B.1.580	0.004065
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF3a	50	V50V	gtT	gtA	1	1	B.1.595	0.000261
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.609	0.000479
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.621	0.000089
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.623	0.000536
ORF3a	50	V50V	gtT	gtG	1	1	B.1.636	0.006711
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	B.1.638	0.052632
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.1.78	0.008547
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	B.55	0.00295
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.6	0.00091
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	B.6.5	0.076923
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	N.6	0.007092
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	P.1.12	0.000484
ORF3a	50	V50del	GTT	---	1	1	P.1.15	0.000232
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	P.1.17	0.000162
ORF3a	50	V50F	Gtt	Ttt	1	1	P.1.17	0.000162
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	P.2	0.000187
ORF3a	50	V50I	Gtt	Att	1	1	Q.1	0.000126
ORF3a	50	V50V	gtT	gtC	1	1	Q.8	0.000165
ORF3a	50	V50A	gTt	gCt	1	1	Z.1	0.00289

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.