CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 39

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a39A39AsyngcCgcT412137470.90924525507-25509
ORF3a39A39AsyngcCgcA41213590.087114825507-25509
ORF3a39A39AsyngcCgcG4121150.0036398925507-25509
ORF3a39A39TnonsynGccAcc15631563125507-25509
ORF3a39A39deldelGCC---766766125507-25509
ORF3a39A39SnonsynGccTcc4304280.99534925507-25509
ORF3a39A39SnonsynGcCTcT43020.0046511625507-25509
ORF3a39A39VnonsyngCcgTc1601570.9812525507-25509
ORF3a39A39VnonsyngCCgTT16030.0187525507-25509
ORF3a39A39DnonsyngCcgAc9797125507-25509
ORF3a39A39GnonsyngCCgGT850.62525507-25509
ORF3a39A39GnonsyngCcgGc820.2525507-25509
ORF3a39A39GnonsyngCCgGA810.12525507-25509
ORF3a39A39PnonsynGccCcc55125507-25509
ORF3a39A39FnonsynGCcTTc22125507-25509
ORF3a39A39del1delgCcg-c22125507-25509
ORF3a39A39del2delgCCg--210.525507-25509
ORF3a39A39del2delGCC--N210.525507-25509
ORF3a39A39EnonsyngCCgAA11125507-25509
ORF3a39A39InonsynGCcATc11125507-25509

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a39A39AgcCgcT37474121All0.000717
ORF3a39A39AgcCgcA3594121All0.000069
ORF3a39A39AgcCgcG154121All0.000003
ORF3a39A39TGccAcc15631563All0.000299
ORF3a39A39AgcCgcT10321033B.1.3510.030678
ORF3a39A39AgcCgcA11033B.1.3510.00003
ORF3a39A39AgcCgcT954976B.1.1.70.000854
ORF3a39A39AgcCgcA22976B.1.1.70.00002
ORF3a39A39delGCC---766766All0.000147
ORF3a39A39TGccAcc696696B.1.6370.050859
ORF3a39A39AgcCgcT678679AY.30.006744
ORF3a39A39AgcCgcA1679AY.30.00001
ORF3a39A39SGccTcc428430All0.000082
ORF3a39A39SGcCTcT2430All0
ORF3a39A39AgcCgcT214228AY.40.000333
ORF3a39A39AgcCgcA12228AY.40.000019
ORF3a39A39AgcCgcG2228AY.40.000003
ORF3a39A39delGCC---193193AY.260.005464
ORF3a39A39AgcCgcT139164B.1.617.20.000523
ORF3a39A39AgcCgcA23164B.1.617.20.000087
ORF3a39A39AgcCgcG2164B.1.617.20.000008
ORF3a39A39VgCcgTc157160All0.00003
ORF3a39A39VgCCgTT3160All0.000001
ORF3a39A39delGCC---153153B.1.6300.801047
ORF3a39A39TGccAcc131131B.1.2430.009116
ORF3a39A39AgcCgcT53104AY.440.000323
ORF3a39A39AgcCgcA51104AY.440.00031
ORF3a39A39DgCcgAc9797All0.000019
ORF3a39A39TGccAcc9393B.1.617.20.00035
ORF3a39A39TGccAcc9292AY.40.000143
ORF3a39A39SGccTcc7171B.1.1.70.000064
ORF3a39A39AgcCgcT6066C.160.063627
ORF3a39A39AgcCgcA666C.160.006363
ORF3a39A39SGccTcc6363AY.250.000379
ORF3a39A39SGccTcc6161B.1.2340.008049
ORF3a39A39AgcCgcT4455AY.430.000195
ORF3a39A39AgcCgcA1055AY.430.000044
ORF3a39A39AgcCgcG155AY.430.000004
ORF3a39A39TGccAcc5555B.1.1.70.000049
ORF3a39A39delGCC---5454B.1.177.820.025776
ORF3a39A39TGccAcc5353B.10.000485
ORF3a39A39delGCC---4949B.1.1.70.000044
ORF3a39A39delGCC---4444AY.430.000195
ORF3a39A39AgcCgcA3244B.1.1.280.00996
ORF3a39A39AgcCgcT1244B.1.1.280.003735
ORF3a39A39AgcCgcA3643AY.1000.001656
ORF3a39A39AgcCgcT743AY.1000.000322
ORF3a39A39SGccTcc4242B.1.20.00037
ORF3a39A39AgcCgcT2442B.1.20.000211
ORF3a39A39AgcCgcA1742B.1.20.00015
ORF3a39A39AgcCgcG142B.1.20.000009
ORF3a39A39AgcCgcT3440AY.250.000205
ORF3a39A39AgcCgcA640AY.250.000036
ORF3a39A39TGccAcc3838R.10.00342
ORF3a39A39delGCC---3636B.1.1770.000474
ORF3a39A39AgcCgcT2735B.10.000247
ORF3a39A39AgcCgcA635B.10.000055
ORF3a39A39AgcCgcG235B.10.000018
ORF3a39A39VgCcgTc3434B.10.000311
ORF3a39A39TGccAcc3333AY.250.000198
ORF3a39A39TGccAcc3232B.1.177.210.002447
ORF3a39A39delGCC---3030AY.40.000047
ORF3a39A39AgcCgcA1628AY.1030.000099
ORF3a39A39AgcCgcT1228AY.1030.000075
ORF3a39A39AgcCgcT2428B.1.10.000435
ORF3a39A39AgcCgcA428B.1.10.000073
ORF3a39A39AgcCgcT1928P.10.000299
ORF3a39A39AgcCgcA928P.10.000142
ORF3a39A39VgCcgTc2727Q.10.003411
ORF3a39A39SGccTcc2525B.1.1770.000329
ORF3a39A39TGccAcc2424B.1.1.5190.000953
ORF3a39A39TGccAcc2323AU.30.048523
ORF3a39A39delGCC---2323B.1.10.000417
ORF3a39A39TGccAcc2323B.1.20.000203
ORF3a39A39AgcCgcT2323B.1.4000.009867
ORF3a39A39DgCcgAc2222AY.250.000132
ORF3a39A39AgcCgcT2122B.1.4290.000494
ORF3a39A39AgcCgcA122B.1.4290.000024
ORF3a39A39SGccTcc2121AY.1170.001775
ORF3a39A39delGCC---2020AY.250.00012
ORF3a39A39SGccTcc2020B.1.2430.001392
ORF3a39A39SGccTcc2020B.1.617.20.000075
ORF3a39A39AgcCgcT1919AY.420.000764
ORF3a39A39AgcCgcT1919AY.98.10.00092
ORF3a39A39TGccAcc1919B.1.221.30.015833
ORF3a39A39VgCcgTc1818AY.200.0007
ORF3a39A39TGccAcc1818P.10.000284
ORF3a39A39TGccAcc1717B.1.1.3910.145299
ORF3a39A39AgcCgcT1717P.1.140.000813
ORF3a39A39AgcCgcT1717Q.80.002803
ORF3a39A39TGccAcc1515AY.440.000091
ORF3a39A39AgcCgcT1515AY.950.011416
ORF3a39A39AgcCgcT1515B.1.2580.000998
ORF3a39A39TGccAcc1414B.1.2580.000932
ORF3a39A39AgcCgcT1313A.2.50.006487
ORF3a39A39AgcCgcT1213AY.260.00034
ORF3a39A39AgcCgcG113AY.260.000028
ORF3a39A39TGccAcc1313B.1.10.000236
ORF3a39A39AgcCgcA712AY.1190.000247
ORF3a39A39AgcCgcT412AY.1190.000141
ORF3a39A39AgcCgcG112AY.1190.000035
ORF3a39A39AgcCgcA612AY.470.000187
ORF3a39A39AgcCgcT612AY.470.000187
ORF3a39A39SGccTcc1212B.10.00011
ORF3a39A39TGccAcc1212B.1.1260.015306
ORF3a39A39delGCC---1212B.1.617.20.000045
ORF3a39A39AgcCgcT1011AY.1020.000265
ORF3a39A39AgcCgcA111AY.1020.000027
ORF3a39A39TGccAcc1111AY.390.000272
ORF3a39A39DgCcgAc1111B.1.1.70.00001
ORF3a39A39AgcCgcT1111C.370.001277
ORF3a39A39VgCcgTc1010B.1.1.70.000009
ORF3a39A39TGccAcc1010B.1.1770.000132
ORF3a39A39AgcCgcA1010B.1.177.790.023419
ORF3a39A39AgcCgcT89AY.460.000833
ORF3a39A39AgcCgcA19AY.460.000104
ORF3a39A39AgcCgcA89AY.90.000541
ORF3a39A39AgcCgcT19AY.90.000068
ORF3a39A39VgCcgTc99B.1.1770.000119
ORF3a39A39delGCC---99B.1.2580.000599
ORF3a39A39TGccAcc99B.1.5260.000212
ORF3a39A39AgcCgcT99P.1.70.002874
ORF3a39A39AgcCgcA99R.10.00081
ORF3a39A39GgCCgGT58All0.000001
ORF3a39A39GgCcgGc28All0
ORF3a39A39GgCCgGA18All0
ORF3a39A39DgCcgAc88AY.1030.00005
ORF3a39A39delGCC---88AY.1030.00005
ORF3a39A39AgcCgcT78AY.1170.000592
ORF3a39A39AgcCgcA18AY.1170.000085
ORF3a39A39SGccTcc88AY.30.00008
ORF3a39A39AgcCgcT88AY.540.000763
ORF3a39A39TGccAcc77AY.30.00007
ORF3a39A39delGCC---77AY.390.000173
ORF3a39A39AgcCgcA77AY.4.30.005892
ORF3a39A39SGccTcc77AY.440.000043
ORF3a39A39AgcCgcT77B.1.5800.028455
ORF3a39A39AgcCgcT77B.1.5960.00061
ORF3a39A39AgcCgcA66AY.290.000095
ORF3a39A39AgcCgcT56AY.390.000124
ORF3a39A39AgcCgcA16AY.390.000025
ORF3a39A39SGccTcc66AY.40.000009
ORF3a39A39VgCcgTc66AY.40.000009
ORF3a39A39DgCcgAc66AY.40.000009
ORF3a39A39VgCcgTc66AY.4.50.000645
ORF3a39A39TGccAcc66AY.430.000027
ORF3a39A39delGCC---66AY.440.000037
ORF3a39A39VgCcgTc66B.1.20.000053
ORF3a39A39SGccTcc66B.1.2580.000399
ORF3a39A39AgcCgcT66B.1.5240.008439
ORF3a39A39AgcCgcA56B.1.5260.000118
ORF3a39A39AgcCgcT16B.1.5260.000024
ORF3a39A39delGCC---66P.10.000095
ORF3a39A39PGccCcc55All0.000001
ORF3a39A39TGccAcc55AY.1020.000133
ORF3a39A39AgcCgcT55AY.1200.000186
ORF3a39A39AgcCgcT45AY.270.000259
ORF3a39A39AgcCgcA15AY.270.000065
ORF3a39A39GgCCgGT55AY.30.00005
ORF3a39A39AgcCgcT35AY.4.20.000065
ORF3a39A39AgcCgcA25AY.4.20.000043
ORF3a39A39VgCcgTc55AY.440.00003
ORF3a39A39DgCcgAc55AY.440.00003
ORF3a39A39AgcCgcT55AY.450.000608
ORF3a39A39TGccAcc55AY.50.000103
ORF3a39A39TGccAcc55AY.9.10.000419
ORF3a39A39delGCC---55B.1.20.000044
ORF3a39A39TGccAcc55B.1.258.170.00052
ORF3a39A39delGCC---55B.1.438.10.000536
ORF3a39A39DgCcgAc55B.1.617.20.000019
ORF3a39A39AgcCgcT55D.20.000375
ORF3a39A39TGccAcc44AY.1190.000141
ORF3a39A39AgcCgcT24AY.200.000078
ORF3a39A39AgcCgcA24AY.200.000078
ORF3a39A39AgcCgcT44AY.230.000279
ORF3a39A39DgCcgAc44AY.260.000113
ORF3a39A39delGCC---44AY.4.20.000087
ORF3a39A39delGCC---44AY.4.50.00043
ORF3a39A39SGccTcc44AY.430.000018
ORF3a39A39SGccTcc44AY.5.40.001107
ORF3a39A39AgcCgcT44AY.620.001743
ORF3a39A39delGCC---44B.10.000037
ORF3a39A39DgCcgAc44B.10.000037
ORF3a39A39AgcCgcT34B.1.1600.000094
ORF3a39A39AgcCgcA14B.1.1600.000031
ORF3a39A39AgcCgcT34B.1.1770.00004
ORF3a39A39AgcCgcA14B.1.1770.000013
ORF3a39A39SGccTcc44B.1.3510.000119
ORF3a39A39AgcCgcT44B.1.575.10.009756
ORF3a39A39TGccAcc44B.1.617.30.01194
ORF3a39A39delGCC---44P.1.90.019231
ORF3a39A39TGccAcc33AY.10.001187
ORF3a39A39SGccTcc33AY.1020.00008
ORF3a39A39AgcCgcT33AY.1050.001929
ORF3a39A39TGccAcc33AY.1060.001005
ORF3a39A39delGCC---33AY.1200.000112
ORF3a39A39TGccAcc33AY.130.000483
ORF3a39A39TGccAcc33AY.140.000264
ORF3a39A39AgcCgcA23AY.240.000862
ORF3a39A39AgcCgcT13AY.240.000431
ORF3a39A39TGccAcc33AY.290.000047
ORF3a39A39AgcCgcT33AY.3.10.000256
ORF3a39A39VgCcgTc33AY.39.10.000119
ORF3a39A39DgCcgAc33AY.4.20.000065
ORF3a39A39DgCcgAc33AY.430.000013
ORF3a39A39delGCC---33AY.450.000365
ORF3a39A39SGccTcc33AY.470.000093
ORF3a39A39DgCcgAc33AY.50.000062
ORF3a39A39SGccTcc33AY.840.001312
ORF3a39A39DgCcgAc33AY.90.000203
ORF3a39A39AgcCgcA33AY.9.10.000251
ORF3a39A39VgCcgTc33AY.9.20.00011
ORF3a39A39VgCcgTc33AY.98.10.000145
ORF3a39A39AgcCgcT33B.1.1.2220.000612
ORF3a39A39AgcCgcT33B.1.1.250.001706
ORF3a39A39TGccAcc33B.1.1.2840.000322
ORF3a39A39delGCC---33B.1.160.240.013274
ORF3a39A39SGccTcc33B.1.2210.000213
ORF3a39A39VgCcgTc33B.1.36.170.001482
ORF3a39A39AgcCgcT33B.1.4240.024194
ORF3a39A39delGCC---33B.1.4270.000151
ORF3a39A39TGccAcc33B.1.4290.000071
ORF3a39A39TGccAcc33B.1.4970.000944
ORF3a39A39SGccTcc33B.1.4990.003151
ORF3a39A39TGccAcc33C.370.000348
ORF3a39A39AgcCgcA33P.1.150.000697
ORF3a39A39TGccAcc33P.1.170.000485
ORF3a39A39AgcCgcT33P.20.00056
ORF3a39A39AgcCgcT33Q.40.001364
ORF3a39A39delGCC---33U.30.011583
ORF3a39A39VgCCgTT220.111111
ORF3a39A39GgCcgGc12A0.000387
ORF3a39A39GgCCgGA12A0.000387
ORF3a39A39FGCcTTc22All0
ORF3a39A39del1gCcg-c22All0
ORF3a39A39del2GCC--N12All0
ORF3a39A39del2gCCg--12All0
ORF3a39A39TGccAcc22AU.10.002532
ORF3a39A39DgCcgAc22AY.1020.000053
ORF3a39A39SGccTcc22AY.1030.000012
ORF3a39A39TGccAcc22AY.1030.000012
ORF3a39A39TGccAcc22AY.1080.002205
ORF3a39A39TGccAcc22AY.1200.000074
ORF3a39A39delGCC---22AY.130.000322
ORF3a39A39delGCC---22AY.200.000078
ORF3a39A39TGccAcc22AY.260.000057
ORF3a39A39SGccTcc22AY.260.000057
ORF3a39A39SGccTcc22AY.280.003781
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