CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 29

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a29V29deldelGTT---15611561125477-25479
ORF3a29V29FnonsynGttTtt13691369125477-25479
ORF3a29V29AnonsyngTtgCt832832125477-25479
ORF3a29V29InonsynGttAtt506506125477-25479
ORF3a29V29VsyngtTgtC3151650.5238125477-25479
ORF3a29V29VsyngtTgtG3151150.36507925477-25479
ORF3a29V29VsyngtTgtA315350.11111125477-25479
ORF3a29V29LnonsynGttCtt194194125477-25479
ORF3a29V29GnonsyngTtgGt3636125477-25479
ORF3a29V29del1delGtt-tt35270.77142925477-25479
ORF3a29V29del1delgtTgt-3540.11428625477-25479
ORF3a29V29del1delGtT-tA3530.085714325477-25479
ORF3a29V29del1delgTtg-t3510.028571425477-25479
ORF3a29V29DnonsyngTtgAt1212125477-25479
ORF3a29V29NnonsynGTtAAt55125477-25479
ORF3a29V29TnonsynGTtACt22125477-25479
ORF3a29V29HnonsynGTtCAt22125477-25479
ORF3a29V29PnonsynGTtCCt22125477-25479
ORF3a29V29del2delgTTg--22125477-25479

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a29V29delGTT---15611561All0.000299
ORF3a29V29FGttTtt13691369All0.000262
ORF3a29V29AgTtgCt832832All0.000159
ORF3a29V29delGTT---829829AY.40.00129
ORF3a29V29AgTtgCt566566B.1.1.70.000507
ORF3a29V29IGttAtt506506All0.000097
ORF3a29V29FGttTtt377377B.1.1.70.000337
ORF3a29V29VgtTgtC165315All0.000032
ORF3a29V29VgtTgtG115315All0.000022
ORF3a29V29VgtTgtA35315All0.000007
ORF3a29V29delGTT---213213AY.490.680511
ORF3a29V29LGttCtt194194All0.000037
ORF3a29V29IGttAtt162162B.1.1.250.092098
ORF3a29V29AgTtgCt131131AY.330.008748
ORF3a29V29LGttCtt9191B.1.1.70.000081
ORF3a29V29FGttTtt8282AY.40.000128
ORF3a29V29FGttTtt6969B.1.3510.002051
ORF3a29V29delGTT---6666AY.39.10.002614
ORF3a29V29VgtTgtG6466B.1.20.000564
ORF3a29V29VgtTgtC266B.1.20.000018
ORF3a29V29IGttAtt6363AY.440.000383
ORF3a29V29FGttTtt5858P.10.000914
ORF3a29V29VgtTgtC5858P.1.100.015629
ORF3a29V29delGTT---5757B.1.1.70.000051
ORF3a29V29IGttAtt5656AY.40.000087
ORF3a29V29FGttTtt4949B.10.000449
ORF3a29V29FGttTtt4848AY.430.000213
ORF3a29V29FGttTtt4444B.1.5260.001034
ORF3a29V29FGttTtt3939B.1.617.20.000147
ORF3a29V29GgTtgGt3636All0.000007
ORF3a29V29del1Gtt-tt2735All0.000005
ORF3a29V29del1gtTgt-435All0.000001
ORF3a29V29del1GtT-tA335All0.000001
ORF3a29V29del1gTtg-t135All0
ORF3a29V29FGttTtt3535B.1.20.000308
ORF3a29V29VgtTgtC1933B.1.1.70.000017
ORF3a29V29VgtTgtG1333B.1.1.70.000012
ORF3a29V29VgtTgtA133B.1.1.70.000001
ORF3a29V29delGTT---3232AY.1030.000199
ORF3a29V29VgtTgtA2432AY.40.000037
ORF3a29V29VgtTgtC832AY.40.000012
ORF3a29V29IGttAtt3232B.1.1.70.000029
ORF3a29V29FGttTtt3232B.1.4290.000753
ORF3a29V29delGTT---3131AY.30.000308
ORF3a29V29delGTT---3030P.10.000473
ORF3a29V29AgTtgCt2929AY.50.000599
ORF3a29V29FGttTtt2828AY.440.00017
ORF3a29V29delGTT---2727AY.1190.000953
ORF3a29V29FGttTtt2727AY.250.000162
ORF3a29V29AgTtgCt2727AY.40.000042
ORF3a29V29FGttTtt2727B.1.1770.000356
ORF3a29V29delGTT---2626AY.250.000156
ORF3a29V29IGttAtt2424AY.1030.000149
ORF3a29V29delGTT---2323AY.440.00014
ORF3a29V29delGTT---2323B.1.10.000417
ORF3a29V29FGttTtt2020AY.1030.000124
ORF3a29V29LGttCtt2020AY.40.000031
ORF3a29V29FGttTtt2020B.1.1.5190.000794
ORF3a29V29FGttTtt1919B.1.416.10.029687
ORF3a29V29IGttAtt1818B.1.1.5190.000715
ORF3a29V29delGTT---1717AY.46.20.010801
ORF3a29V29LGttCtt1717B.1.20.00015
ORF3a29V29VgtTgtC1616B.1.177.820.007637
ORF3a29V29FGttTtt1515AY.30.000149
ORF3a29V29FGttTtt1515B.1.177.440.007784
ORF3a29V29delGTT---1414AY.4.20.000304
ORF3a29V29delGTT---1313AY.1140.003004
ORF3a29V29delGTT---1313AY.99.20.001198
ORF3a29V29delGTT---1313B.1.617.20.000049
ORF3a29V29AgTtgCt1313B.1.617.20.000049
ORF3a29V29FGttTtt1313P.1.160.004863
ORF3a29V29DgTtgAt1212All0.000002
ORF3a29V29VgtTgtC1112AY.1030.000068
ORF3a29V29VgtTgtG112AY.1030.000006
ORF3a29V29FGttTtt1212AY.50.000248
ORF3a29V29FGttTtt1212B.1.10.000218
ORF3a29V29del1Gtt-tt1212P.10.000189
ORF3a29V29FGttTtt1212P.1.150.002788
ORF3a29V29IGttAtt1212P.1.170.001941
ORF3a29V29FGttTtt1212Q.20.007362
ORF3a29V29IGttAtt1111B.1.617.20.000041
ORF3a29V29LGttCtt1111P.1.70.003512
ORF3a29V29FGttTtt1010AY.1020.000265
ORF3a29V29VgtTgtG1010AY.250.00006
ORF3a29V29delGTT---1010AY.290.000158
ORF3a29V29delGTT---1010AY.3.10.000853
ORF3a29V29AgTtgCt1010AY.4.20.000217
ORF3a29V29FGttTtt1010AY.98.10.000484
ORF3a29V29IGttAtt1010B.1.1600.000312
ORF3a29V29IGttAtt1010B.1.20.000088
ORF3a29V29FGttTtt1010B.1.3690.002852
ORF3a29V29delGTT---99AY.430.00004
ORF3a29V29FGttTtt99B.1.1.2140.000499
ORF3a29V29IGttAtt880.444444
ORF3a29V29FGttTtt88A.270.013245
ORF3a29V29IGttAtt88AY.250.000048
ORF3a29V29AgTtgCt88AY.430.000035
ORF3a29V29IGttAtt88B.10.000073
ORF3a29V29FGttTtt88B.1.1.1530.008762
ORF3a29V29FGttTtt88B.1.1.370.001543
ORF3a29V29IGttAtt88B.1.1.4350.275862
ORF3a29V29VgtTgtC88B.1.1600.00025
ORF3a29V29VgtTgtG48B.1.617.20.000015
ORF3a29V29VgtTgtC28B.1.617.20.000008
ORF3a29V29VgtTgtA28B.1.617.20.000008
ORF3a29V29GgTtgGt77AY.40.000011
ORF3a29V29IGttAtt77AY.430.000031
ORF3a29V29delGTT---77AZ.20.005747
ORF3a29V29FGttTtt77B.1.177.570.001967
ORF3a29V29FGttTtt66AY.1180.000376
ORF3a29V29FGttTtt66AY.390.000148
ORF3a29V29delGTT---66AY.4.50.000645
ORF3a29V29LGttCtt66AY.590.003178
ORF3a29V29delGTT---66B.1.1770.000079
ORF3a29V29FGttTtt66B.1.5580.027397
ORF3a29V29FGttTtt66B.1.5960.000523
ORF3a29V29LGttCtt66B.1.617.20.000023
ORF3a29V29VgtTgtC46P.10.000063
ORF3a29V29VgtTgtG26P.10.000032
ORF3a29V29FGttTtt66P.1.140.000287
ORF3a29V29DgTtgAt550.277778
ORF3a29V29VgtTgtG55A.20.003309
ORF3a29V29FGttTtt55A.2.50.002495
ORF3a29V29NGTtAAt55All0.000001
ORF3a29V29IGttAtt55AY.1200.000186
ORF3a29V29delGTT---55AY.320.002662
ORF3a29V29FGttTtt55AY.4.10.003687
ORF3a29V29VgtTgtC35AY.430.000013
ORF3a29V29VgtTgtG25AY.430.000009
ORF3a29V29delGTT---55AY.450.000608
ORF3a29V29GgTtgGt55AY.50.000103
ORF3a29V29GgTtgGt55B.1.1.3010.005896
ORF3a29V29FGttTtt55B.1.2430.000348
ORF3a29V29VgtTgtA55B.1.6210.000443
ORF3a29V29LGttCtt440.222222
ORF3a29V29NGTtAAt440.222222
ORF3a29V29IGttAtt44AY.200.000155
ORF3a29V29AgTtgCt44AY.30.00004
ORF3a29V29FGttTtt44AY.340.000388
ORF3a29V29FGttTtt44AY.4.20.000087
ORF3a29V29FGttTtt44B.1.1.50.033333
ORF3a29V29AgTtgCt44B.1.1770.000053
ORF3a29V29delGTT---44B.1.2580.000266
ORF3a29V29FGttTtt44B.1.3400.017167
ORF3a29V29FGttTtt44B.1.5250.000453
ORF3a29V29FGttTtt44B.1.5610.001588
ORF3a29V29FGttTtt44D.20.0003
ORF3a29V29GgTtgGt33AY.1180.000188
ORF3a29V29FGttTtt33AY.1200.000112
ORF3a29V29FGttTtt33AY.130.000483
ORF3a29V29FGttTtt33AY.290.000047
ORF3a29V29FGttTtt33AY.330.0002
ORF3a29V29AgTtgCt33AY.390.000074
ORF3a29V29LGttCtt33AY.39.10.000119
ORF3a29V29FGttTtt33AY.420.000121
ORF3a29V29delGTT---33AY.420.000121
ORF3a29V29FGttTtt33AY.470.000093
ORF3a29V29AgTtgCt33AY.750.000168
ORF3a29V29delGTT---33AY.9.20.00011
ORF3a29V29FGttTtt33AY.980.000237
ORF3a29V29IGttAtt33AY.98.10.000145
ORF3a29V29VgtTgtC23B.10.000018
ORF3a29V29VgtTgtG13B.10.000009
ORF3a29V29LGttCtt33B.1.10.000054
ORF3a29V29FGttTtt33B.1.1.10.00098
ORF3a29V29del1Gtt-tt33B.1.1.70.000003
ORF3a29V29FGttTtt33B.1.110.30.002155
ORF3a29V29delGTT---33B.1.160.240.013274
ORF3a29V29VgtTgtG23B.1.1770.000026
ORF3a29V29VgtTgtC13B.1.1770.000013
ORF3a29V29FGttTtt33B.1.177.210.000229
ORF3a29V29AgTtgCt33B.1.177.40.000633
ORF3a29V29del1gtTgt-33B.1.177.810.000568
ORF3a29V29IGttAtt33B.1.177.870.002183
ORF3a29V29delGTT---33B.1.214.10.06
ORF3a29V29delGTT---33B.1.2180.015464
ORF3a29V29VgtTgtC33B.1.2430.000209
ORF3a29V29FGttTtt33B.1.351.20.000908
ORF3a29V29FGttTtt33B.1.360.000438
ORF3a29V29FGttTtt33B.1.4260.003027
ORF3a29V29FGttTtt33B.1.438.10.000322
ORF3a29V29DgTtgAt33B.1.617.10.000387
ORF3a29V29IGttAtt33C.300.005181
ORF3a29V29IGttAtt33P.10.000047
ORF3a29V29VgtTgtC33P.20.00056
ORF3a29V29delGTT---33U.30.011583
ORF3a29V29TGTtACt220.111111
ORF3a29V29HGTtCAt220.111111
ORF3a29V29PGTtCCt220.111111
ORF3a29V29AgTtgCt220.111111
ORF3a29V29FGttTtt22A0.000774
ORF3a29V29VgtTgtG22AD.20.000438
ORF3a29V29HGTtCAt22All0
ORF3a29V29PGTtCCt22All0
ORF3a29V29del2gTTg--22All0
ORF3a29V29TGTtACt22All0
ORF3a29V29IGttAtt22AY.1020.000053
ORF3a29V29LGttCtt22AY.1030.000012
ORF3a29V29AgTtgCt22AY.1030.000012
ORF3a29V29FGttTtt22AY.1080.002205
ORF3a29V29FGttTtt22AY.1130.000285
ORF3a29V29FGttTtt22AY.116.10.000623
ORF3a29V29LGttCtt22AY.1200.000074
ORF3a29V29delGTT---22AY.130.000322
ORF3a29V29delGTT---22AY.220.004184
ORF3a29V29delGTT---22AY.230.000139
ORF3a29V29LGttCtt22AY.250.000012
ORF3a29V29AgTtgCt22AY.250.000012
ORF3a29V29AgTtgCt22AY.260.000057
ORF3a29V29delGTT---22AY.260.000057
ORF3a29V29FGttTtt22AY.260.000057
ORF3a29V29VgtTgtC22AY.30.00002
ORF3a29V29IGttAtt22AY.320.001065
ORF3a29V29del1Gtt-tt22AY.390.000049
ORF3a29V29VgtTgtG22AY.39.10.000079
ORF3a29V29VgtTgtC22AY.420.00008
ORF3a29V29VgtTgtG12AY.440.000006
ORF3a29V29VgtTgtC12AY.440.000006
ORF3a29V29FGttTtt22AY.450.000243
ORF3a29V29delGTT---22AY.540.000191
ORF3a29V29delGTT---22AY.70.000392
ORF3a29V29delGTT---22AY.810.003984
ORF3a29V29FGttTtt22AY.9.20.000073
ORF3a29V29IGttAtt22AY.940.000885
ORF3a29V29del1Gtt-tt22AY.99.20.000184
ORF3a29V29FGttTtt22B0.000256
ORF3a29V29LGttCtt22B.10.000018
ORF3a29V29AgTtgCt22B.10.000018
ORF3a29V29FGttTtt22B.1.1.2160.001781
ORF3a29V29FGttTtt22B.1.1.2220.000408
ORF3a29V29AgTtgCt22B.1.1.280.000622
ORF3a29V29FGttTtt22B.1.1.3110.000716
ORF3a29V29VgtTgtC22B.1.1.330.000842
ORF3a29V29FGttTtt22B.1.1.3680.006173
ORF3a29V29FGttTtt22B.1.1.4200.002012
ORF3a29V29FGttTtt22B.1.1.530.027397
ORF3a29V29IGttAtt22B.1.1.580.010753
ORF3a29V29GgTtgGt22B.1.1.70.000002
ORF3a29V29delGTT---22B.1.160.330.00885
ORF3a29V29LGttCtt22B.1.1770.000026
ORF3a29V29IGttAtt22B.1.1770.000026
ORF3a29V29IGttAtt22B.1.177.810.000379
ORF3a29V29VgtTgtC22B.1.177.810.000379
ORF3a29V29FGttTtt22B.1.2400.000431
ORF3a29V29FGttTtt22B.1.258.110.000793
ORF3a29V29LGttCtt22B.1.3510.000059
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