CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 27 & Codon = Tat

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	27	D27Y		nonsyn	Gat	Tat	27291	27291	1	25471-25473

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	27291	27291	All	0.00522
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	8843	8843	B.1.617.2	0.033298
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6013	6013	AY.102	0.159428
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3848	3848	B.1.1.7	0.003445
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	898	898	AY.42	0.036127
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	799	799	AY.4	0.001244
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	624	624	AY.44	0.003798
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	597	597	AY.39	0.014753
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	432	432	B.1.177.24	0.559585
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	373	373	AY.43	0.001653
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	246	246	AY.86	0.204149
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	240	240	B.1.2	0.002113
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	238	238	AY.9.2	0.008742
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	197	197	P.1	0.003104
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	150	150	AY.103	0.000931
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	148	148	AY.46	0.015404
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	137	137	B.1.160	0.004273
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	122	122	B.1.160.31	0.983871
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	119	119	AY.26	0.003369
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	113	113	AY.45	0.01375
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	104	104	B.1.1	0.001887
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	97	97	B.1.177	0.001277
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	92	92	AY.118	0.005764
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	87	87	B.1	0.000797
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	84	84	AY.104	0.166667
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	82	82	AY.27	0.005307
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	81	81	AY.117	0.006846
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	68	68	AY.25	0.000409
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	68	68	AY.34.1	0.034676
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	68	68	B.1.1.311	0.024355
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	65	65	B.1.1.130	1
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	65	65	P.1.15	0.015102
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	63	63	B.1.429	0.001482
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	61	61	AY.29	0.000962
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	57	57	AY.5.3	0.019231
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	56	56	B.1.1.519	0.002224
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	54	54	AY.5	0.001115
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	50	50	AY.98	0.00395
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	46	46	AY.46.4	0.007567
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	46	46	B.1.525	0.005205
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	43	43	AY.20	0.001671
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	42	42	AY.116	0.012045
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	42	42	B.1.351	0.001249
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	42	42	B.1.526	0.000987
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	42	42	B.1.536	1
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	40	40	AY.23	0.00279
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	37	37	AY.119	0.001306
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	37	37	AY.75.1	0.006671
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	35	35	AY.46.6	0.002527
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	34	34	AY.33	0.00227
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	33	33	AY.3	0.000328
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	33	33	AY.53	0.009488
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	33	33	B.1.36.35	0.085938
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	32	32	AY.111	0.005861
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	28	28	C.7	0.965517
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	27	27	Q.8	0.004453
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	25	25	AY.84	0.010936
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	24	24	AY.4.2	0.000521
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	24	24	AY.4.5	0.00258
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	24	24	B.1.1.445	0.888889
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	24	24	P.1.10	0.006467
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	22	22	AY.108	0.024256
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	22	22	AY.55	0.020183
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	21	21	B.1.1.1	0.006861
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	21	21	B.1.1.192	0.048499
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	20	20	AY.100	0.00092
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	19	19	AY.41	0.005585
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	18	18	AY.75	0.001008
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	18	18	B.1.177.86	0.003302
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	18	18	P.1.14	0.00086
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	17	17	AY.110	0.001916
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	17	17	AY.77	0.019166
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	17	17	AY.99	0.017838
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	16	16	AY.64	0.009524
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	16	16	AY.92	0.004596
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	15	15	AY.105	0.009646
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	15	15	AY.47	0.000467
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	14	14	AY.34	0.001358
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	12	12	AY.46.2	0.007624
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	12	12	AY.5.4	0.00332
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	12	12	B.1.1.480	0.3
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	12	12	B.1.637	0.000877
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	12	12	C.30	0.020725
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	11	11	AY.50	0.008793
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	11	11	B.1.575	0.003337
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	11	11	B.1.621	0.000974
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	11	11	Q.7	0.012222
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	10	10	AY.120	0.000372
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	10	10	AY.46.1	0.010267
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	10	10	AY.56	0.016051
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	10	10	AY.78	0.015408
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	10	10	AY.98.1	0.000484
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	10	10	B.1.346	0.013106
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	9	9	AY.114	0.00208
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	9	9	AY.61	0.000943
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	9	9	AY.80	0.010158
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	9	9	B.1.1.284	0.000967
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	9	9	B.1.1.318	0.002716
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	9	9	B.1.177.32	0.012146
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	9	9	B.1.298	0.019027
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	9	9	B.1.36	0.001313
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	8	8	AY.74	0.000925
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	8	8	AY.90	0.005476
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	8	8	B.1.1.25	0.004548
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	7	7	AY.106	0.002344
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	7	7	AY.120.1	0.002247
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	7	7	AY.14	0.000616
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	7	7	C.38	0.056452
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	7	7	P.1.2	0.008092
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	7	7	P.2	0.001306
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	AY.52	0.004886
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	AY.58	0.005445
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	AY.59	0.003178
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	AY.87	0.004996
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	AY.89	0.029412
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	AY.99.2	0.000553
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	B.1.243	0.000418
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	B.1.258	0.000399
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	B.1.438	0.039216
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	B.1.596	0.000523
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	B.1.617.1	0.000774
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	6	6	P.1.17	0.000971
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	A.1	0.001409
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	AY.17	0.040984
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	AY.54	0.000477
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	AY.88	0.004421
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	AY.9	0.000338
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	B.1.1.214	0.000277
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	B.1.1.411	0.073529
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	B.1.36.1	0.005701
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	B.1.36.17	0.00247
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	B.1.480	0.012438
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	B.1.609	0.002397
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	5	5	C.37	0.00058
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	AY.11	0.005355
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	AY.8	0.002424
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	AZ.3	0.006079
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.240	0.018779
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.243	0.016327
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.434	0.001394
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.50	0.002716
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.54	0.012085
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.177.60	0.000874
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.177.82	0.001909
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.221	0.000284
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.234	0.000528
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.241	0.003247
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.258.17	0.000416
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	4	4	B.1.36.29	0.002069
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	AU.1	0.003797
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	AY.1	0.001187
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	AY.121	0.000406
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	AY.19	0.003421
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	AY.21	0.005693
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	AY.35	0.000699
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	AY.38	0.001498
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	AY.39.1	0.000119
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	AY.40	0.002893
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	AY.6	0.000123
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	AY.85	0.001282
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.170	0.003741
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.294	0.003797
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.63	0.001157
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	B.1.240	0.000647
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	B.1.427	0.000151
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	B.1.588	0.00273
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	B.1.605	0.017857
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	3	3	Q.2	0.00184
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	A	0.000774
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.10	0.00106
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.109	0.001479
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.113	0.000285
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.24	0.000862
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.4.2.1	0.000298
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.48	0.00093
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.57	0.001312
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.68	0.000547
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.70	0.000417
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.71	0.00095
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.93	0.000546
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AY.95	0.001522
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AZ.1	0.001735
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	AZ.2	0.001642
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.141	0.004024
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.305	0.007722
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.326	0.003521
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.37	0.000386
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.523	0.003125
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.110.3	0.001437
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.177.79	0.004684
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.232	0.001075
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.258.14	0.001961
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.367	0.001585
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.401	0.016393
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.409	0.001563
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.470	0.002809
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.543	0.02
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.570	0.005882
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.589	0.015152
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	B.1.93	0.001867
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	C.8	0.008929
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	P.1.1	0.000635
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	Q.1	0.000253
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	2	2	Q.3	0.00029
ORF3a	27	D27Y	Gat	Tat	1	1	A.2	0.000662
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.