CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF3a | 27 | D27Y | nonsyn | Gat | Tat | 27291 | 27291 | 1 | 25471-25473 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 27291 | 27291 | All | 0.00522 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 8843 | 8843 | B.1.617.2 | 0.033298 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6013 | 6013 | AY.102 | 0.159428 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3848 | 3848 | B.1.1.7 | 0.003445 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 898 | 898 | AY.42 | 0.036127 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 799 | 799 | AY.4 | 0.001244 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 624 | 624 | AY.44 | 0.003798 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 597 | 597 | AY.39 | 0.014753 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 432 | 432 | B.1.177.24 | 0.559585 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 373 | 373 | AY.43 | 0.001653 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 246 | 246 | AY.86 | 0.204149 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 240 | 240 | B.1.2 | 0.002113 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 238 | 238 | AY.9.2 | 0.008742 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 197 | 197 | P.1 | 0.003104 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 150 | 150 | AY.103 | 0.000931 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 148 | 148 | AY.46 | 0.015404 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 137 | 137 | B.1.160 | 0.004273 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 122 | 122 | B.1.160.31 | 0.983871 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 119 | 119 | AY.26 | 0.003369 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 113 | 113 | AY.45 | 0.01375 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 104 | 104 | B.1.1 | 0.001887 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 97 | 97 | B.1.177 | 0.001277 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 92 | 92 | AY.118 | 0.005764 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 87 | 87 | B.1 | 0.000797 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 84 | 84 | AY.104 | 0.166667 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 82 | 82 | AY.27 | 0.005307 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 81 | 81 | AY.117 | 0.006846 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 68 | 68 | AY.25 | 0.000409 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 68 | 68 | AY.34.1 | 0.034676 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 68 | 68 | B.1.1.311 | 0.024355 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 65 | 65 | B.1.1.130 | 1 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 65 | 65 | P.1.15 | 0.015102 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 63 | 63 | B.1.429 | 0.001482 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 61 | 61 | AY.29 | 0.000962 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 57 | 57 | AY.5.3 | 0.019231 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 56 | 56 | B.1.1.519 | 0.002224 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 54 | 54 | AY.5 | 0.001115 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 50 | 50 | AY.98 | 0.00395 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 46 | 46 | AY.46.4 | 0.007567 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 46 | 46 | B.1.525 | 0.005205 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 43 | 43 | AY.20 | 0.001671 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 42 | 42 | AY.116 | 0.012045 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 42 | 42 | B.1.351 | 0.001249 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 42 | 42 | B.1.526 | 0.000987 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 42 | 42 | B.1.536 | 1 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 40 | 40 | AY.23 | 0.00279 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 37 | 37 | AY.119 | 0.001306 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 37 | 37 | AY.75.1 | 0.006671 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 35 | 35 | AY.46.6 | 0.002527 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 34 | 34 | AY.33 | 0.00227 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 33 | 33 | AY.3 | 0.000328 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 33 | 33 | AY.53 | 0.009488 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 33 | 33 | B.1.36.35 | 0.085938 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 32 | 32 | AY.111 | 0.005861 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 28 | 28 | C.7 | 0.965517 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 27 | 27 | Q.8 | 0.004453 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 25 | 25 | AY.84 | 0.010936 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 24 | 24 | AY.4.2 | 0.000521 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 24 | 24 | AY.4.5 | 0.00258 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 24 | 24 | B.1.1.445 | 0.888889 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 24 | 24 | P.1.10 | 0.006467 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 22 | 22 | AY.108 | 0.024256 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 22 | 22 | AY.55 | 0.020183 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 21 | 21 | B.1.1.1 | 0.006861 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 21 | 21 | B.1.1.192 | 0.048499 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 20 | 20 | AY.100 | 0.00092 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 19 | 19 | AY.41 | 0.005585 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 18 | 18 | AY.75 | 0.001008 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 18 | 18 | B.1.177.86 | 0.003302 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 18 | 18 | P.1.14 | 0.00086 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 17 | 17 | AY.110 | 0.001916 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 17 | 17 | AY.77 | 0.019166 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 17 | 17 | AY.99 | 0.017838 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 16 | 16 | AY.64 | 0.009524 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 16 | 16 | AY.92 | 0.004596 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 15 | 15 | AY.105 | 0.009646 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 15 | 15 | AY.47 | 0.000467 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 14 | 14 | AY.34 | 0.001358 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 12 | 12 | AY.46.2 | 0.007624 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 12 | 12 | AY.5.4 | 0.00332 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 12 | 12 | B.1.1.480 | 0.3 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 12 | 12 | B.1.637 | 0.000877 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 12 | 12 | C.30 | 0.020725 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 11 | 11 | AY.50 | 0.008793 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 11 | 11 | B.1.575 | 0.003337 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 11 | 11 | B.1.621 | 0.000974 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 11 | 11 | Q.7 | 0.012222 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.120 | 0.000372 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.46.1 | 0.010267 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.56 | 0.016051 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.78 | 0.015408 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.98.1 | 0.000484 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 10 | 10 | B.1.346 | 0.013106 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 9 | 9 | AY.114 | 0.00208 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 9 | 9 | AY.61 | 0.000943 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 9 | 9 | AY.80 | 0.010158 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 9 | 9 | B.1.1.284 | 0.000967 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 9 | 9 | B.1.1.318 | 0.002716 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 9 | 9 | B.1.177.32 | 0.012146 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 9 | 9 | B.1.298 | 0.019027 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 9 | 9 | B.1.36 | 0.001313 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.74 | 0.000925 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.90 | 0.005476 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 8 | 8 | B.1.1.25 | 0.004548 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.106 | 0.002344 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.120.1 | 0.002247 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.14 | 0.000616 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 7 | 7 | C.38 | 0.056452 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 7 | 7 | P.1.2 | 0.008092 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 7 | 7 | P.2 | 0.001306 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.52 | 0.004886 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.58 | 0.005445 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.59 | 0.003178 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.87 | 0.004996 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.89 | 0.029412 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.99.2 | 0.000553 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.243 | 0.000418 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.258 | 0.000399 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.438 | 0.039216 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.596 | 0.000523 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.617.1 | 0.000774 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 6 | 6 | P.1.17 | 0.000971 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | A.1 | 0.001409 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.17 | 0.040984 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.54 | 0.000477 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.88 | 0.004421 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.9 | 0.000338 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.1.214 | 0.000277 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.1.411 | 0.073529 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.36.1 | 0.005701 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.36.17 | 0.00247 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.480 | 0.012438 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.609 | 0.002397 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 5 | 5 | C.37 | 0.00058 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.11 | 0.005355 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.8 | 0.002424 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AZ.3 | 0.006079 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.1.240 | 0.018779 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.1.243 | 0.016327 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.1.434 | 0.001394 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.1.50 | 0.002716 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.1.54 | 0.012085 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.177.60 | 0.000874 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.177.82 | 0.001909 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.221 | 0.000284 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.234 | 0.000528 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.241 | 0.003247 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.258.17 | 0.000416 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.36.29 | 0.002069 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AU.1 | 0.003797 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.1 | 0.001187 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.121 | 0.000406 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.19 | 0.003421 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.21 | 0.005693 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.35 | 0.000699 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.38 | 0.001498 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.39.1 | 0.000119 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.40 | 0.002893 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.6 | 0.000123 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.85 | 0.001282 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.170 | 0.003741 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.294 | 0.003797 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.317 | 0.001235 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.33 | 0.001263 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.63 | 0.001157 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.240 | 0.000647 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.427 | 0.000151 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.588 | 0.00273 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.605 | 0.017857 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 3 | 3 | Q.2 | 0.00184 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | A | 0.000774 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.10 | 0.00106 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.109 | 0.001479 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.113 | 0.000285 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.24 | 0.000862 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.4.2.1 | 0.000298 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.48 | 0.00093 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.57 | 0.001312 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.68 | 0.000547 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.70 | 0.000417 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.71 | 0.00095 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.93 | 0.000546 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.95 | 0.001522 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AZ.1 | 0.001735 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AZ.2 | 0.001642 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.141 | 0.004024 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.28 | 0.000622 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.305 | 0.007722 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.326 | 0.003521 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.348 | 0.001592 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.37 | 0.000386 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.523 | 0.003125 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.110.3 | 0.001437 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.177.21 | 0.000153 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.177.79 | 0.004684 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.232 | 0.001075 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.258.14 | 0.001961 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.36.8 | 0.002 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.367 | 0.001585 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.401 | 0.016393 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.409 | 0.001563 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.470 | 0.002809 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.543 | 0.02 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.570 | 0.005882 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.589 | 0.015152 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.93 | 0.001867 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | C.8 | 0.008929 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | P.1.1 | 0.000635 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | Q.1 | 0.000253 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 2 | 2 | Q.3 | 0.00029 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | A.2 | 0.000662 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | A.23.1 | 0.000704 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | A.27 | 0.001656 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | A.29 | 0.005319 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AD.2 | 0.000219 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AE.3 | 0.032258 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AU.3 | 0.00211 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.107 | 0.000466 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.116.1 | 0.000311 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.39.2 | 0.001541 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.46.5 | 0.000198 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.5.1 | 0.003759 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.51 | 0.000909 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.66 | 0.00107 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.82 | 0.001357 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.94 | 0.000443 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AZ.5 | 0.003509 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.135 | 0.004695 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.153 | 0.001095 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.157 | 0.000913 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.158 | 0.012195 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.161 | 0.003534 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.163 | 0.007634 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.189 | 0.001513 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.232 | 0.001815 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.253 | 0.002506 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.266 | 0.012195 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.355 | 0.015385 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.369 | 0.000446 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.372 | 0.000689 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.419 | 0.007407 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.420 | 0.001006 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.486 | 0.001577 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.528 | 0.004808 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.58 | 0.005376 |
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ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.74 | 0.00431 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.89 | 0.006061 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.147 | 0.000756 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.160.25 | 0.011111 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.170 | 0.00431 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.31 | 0.011494 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.35 | 0.000691 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.5 | 0.001242 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.56 | 0.000668 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.6 | 0.000977 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.75 | 0.001041 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.77 | 0.000726 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.80 | 0.001912 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.213 | 0.014925 |
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ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.337 | 0.005587 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.340 | 0.004292 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.349 | 0.000715 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.351.2 | 0.000303 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.22 | 0.001208 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.24 | 0.006173 |
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ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.398 | 0.002976 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.402 | 0.009804 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.413 | 0.004255 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.416 | 0.001269 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.416.1 | 0.001563 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.428 | 0.00102 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.453 | 0.003236 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.462 | 0.007246 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.508 | 0.025641 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.541 | 0.004425 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.551 | 0.00129 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.568 | 0.001111 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.573 | 0.006098 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.575.2 | 0.004808 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.576 | 0.000907 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.581 | 0.009434 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.599 | 0.00365 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.603 | 0.010638 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.619.1 | 0.000641 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.9.5 | 0.005682 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.3 | 0.000831 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.47 | 0.020408 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.6.6 | 0.000889 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | C.26 | 0.007353 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | C.36 | 0.000911 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1.13 | 0.000898 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1.17.1 | 0.000875 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.6 | 0.003145 |
ORF3a | 27 | D27Y | Gat | Tat | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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