CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 262

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a262P262SnonsynCcaTca28902890126176-26178
ORF3a262P262LnonsyncCacTa133813370.99925326176-26178
ORF3a262P262LnonsynCCaTTa133810.00074738426176-26178
ORF3a262P262deldelCCA---532532126176-26178
ORF3a262P262PsynccAccT4763360.70588226176-26178
ORF3a262P262PsynccAccG4761190.2526176-26178
ORF3a262P262PsynccAccC476210.044117626176-26178
ORF3a262P262TnonsynCcaAca133133126176-26178
ORF3a262P262QnonsyncCacAa60530.88333326176-26178
ORF3a262P262QnonsyncCAcAG6070.11666726176-26178
ORF3a262P262RnonsyncCacGa5959126176-26178
ORF3a262P262del2delCCa--a22150.68181826176-26178
ORF3a262P262del2delCCA--N2270.31818226176-26178
ORF3a262P262del1delCca-ca55126176-26178
ORF3a262P262DnonsynCCAGAT11126176-26178

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a262P262SCcaTca28902890All0.000553
ORF3a262P262SCcaTca13531353B.1.1.70.001211
ORF3a262P262LcCacTa13371338All0.000256
ORF3a262P262LCCaTTa11338All0
ORF3a262P262delCCA---532532All0.000102
ORF3a262P262PccAccT336476All0.000064
ORF3a262P262PccAccG119476All0.000023
ORF3a262P262PccAccC21476All0.000004
ORF3a262P262SCcaTca446446AY.40.000694
ORF3a262P262LcCacTa246247B.1.1.70.00022
ORF3a262P262LCCaTTa1247B.1.1.70.000001
ORF3a262P262LcCacTa204204AY.250.001227
ORF3a262P262PccAccT175187AY.30.001741
ORF3a262P262PccAccC10187AY.30.000099
ORF3a262P262PccAccG2187AY.30.00002
ORF3a262P262LcCacTa167167AY.440.001016
ORF3a262P262LcCacTa142142B.1.20.00125
ORF3a262P262TCcaAca133133All0.000025
ORF3a262P262LcCacTa120120B.1.5250.013579
ORF3a262P262SCcaTca7777B.1.5260.00181
ORF3a262P262SCcaTca7474B.1.20.000652
ORF3a262P262LcCacTa7070AY.40.000109
ORF3a262P262SCcaTca7070B.1.1.2840.007518
ORF3a262P262delCCA---6565B.1.1.70.000058
ORF3a262P262QcCacAa5360All0.00001
ORF3a262P262QcCAcAG760All0.000001
ORF3a262P262RcCacGa5959All0.000011
ORF3a262P262PccAccG3556B.1.1.70.000031
ORF3a262P262PccAccT2156B.1.1.70.000019
ORF3a262P262delCCA---5555AY.440.000335
ORF3a262P262SCcaTca5252B.1.1770.000685
ORF3a262P262RcCacGa4747AY.5.40.013005
ORF3a262P262LcCacTa4545B.1.177.600.00983
ORF3a262P262SCcaTca4545B.1.617.20.000169
ORF3a262P262delCCA---4444AY.40.000068
ORF3a262P262delCCA---4242AY.250.000253
ORF3a262P262SCcaTca4141AY.440.00025
ORF3a262P262PccAccG3040AY.440.000183
ORF3a262P262PccAccT940AY.440.000055
ORF3a262P262PccAccC140AY.440.000006
ORF3a262P262SCcaTca3838AY.430.000168
ORF3a262P262SCcaTca3737AY.250.000223
ORF3a262P262PccAccT2836AY.40.000044
ORF3a262P262PccAccG836AY.40.000012
ORF3a262P262SCcaTca3535AY.90.002366
ORF3a262P262SCcaTca3434B.1.1.5190.00135
ORF3a262P262QcCacAa3131AY.40.000048
ORF3a262P262LcCacTa3131B.10.000284
ORF3a262P262delCCA---3131B.1.617.20.000117
ORF3a262P262PccAccT1829B.1.617.20.000068
ORF3a262P262PccAccG1129B.1.617.20.000041
ORF3a262P262SCcaTca2828B.1.5960.00244
ORF3a262P262SCcaTca2828P.10.000441
ORF3a262P262LcCacTa2626AY.430.000115
ORF3a262P262delCCA---2626AY.470.000809
ORF3a262P262TCcaAca2424AY.160.009112
ORF3a262P262SCcaTca2424B.1.1600.000749
ORF3a262P262LcCacTa2323AY.1030.000143
ORF3a262P262delCCA---2323AY.130.003703
ORF3a262P262del2CCa--a1522All0.000003
ORF3a262P262del2CCA--N722All0.000001
ORF3a262P262SCcaTca2222B.10.000202
ORF3a262P262LcCacTa2222B.1.36.170.01087
ORF3a262P262TCcaAca2121AY.4.20.000455
ORF3a262P262SCcaTca1919B.1.258.220.050667
ORF3a262P262SCcaTca1818B.1.10.000327
ORF3a262P262SCcaTca1717AY.1030.000106
ORF3a262P262SCcaTca1717AY.370.005373
ORF3a262P262delCCA---1717B.1.20.00015
ORF3a262P262LcCacTa1717B.1.4270.000858
ORF3a262P262PccAccT1516AY.1020.000398
ORF3a262P262PccAccC116AY.1020.000027
ORF3a262P262SCcaTca1616AY.260.000453
ORF3a262P262delCCA---1515AY.510.013636
ORF3a262P262TCcaAca1414P.1.160.005238
ORF3a262P262LcCacTa1313AY.1020.000345
ORF3a262P262LcCacTa1313AY.30.000129
ORF3a262P262SCcaTca1313AY.30.000129
ORF3a262P262delCCA---1313B.1.177.210.000994
ORF3a262P262LcCacTa1313D.50.064677
ORF3a262P262delCCA---1212AY.30.000119
ORF3a262P262LcCacTa1212B.1.1.5190.000477
ORF3a262P262delCCA---1111AY.1030.000068
ORF3a262P262SCcaTca1111AY.360.00163
ORF3a262P262delCCA---1111B.10.000101
ORF3a262P262SCcaTca1111B.1.1.950.215686
ORF3a262P262RcCacGa1111B.1.20.000097
ORF3a262P262SCcaTca1111B.1.4780.129412
ORF3a262P262LcCacTa1111B.1.617.20.000041
ORF3a262P262LcCacTa1111C.360.010018
ORF3a262P262TCcaAca1010AY.40.000016
ORF3a262P262SCcaTca1010B.1.1310.087719
ORF3a262P262SCcaTca1010B.1.177.160.006645
ORF3a262P262PccAccT910B.1.4290.000212
ORF3a262P262PccAccG110B.1.4290.000024
ORF3a262P262delCCA---99B.1.1770.000119
ORF3a262P262SCcaTca99B.1.177.720.030508
ORF3a262P262SCcaTca99B.1.4290.000212
ORF3a262P262LcCacTa99P.10.000142
ORF3a262P262LcCacTa88AY.290.000126
ORF3a262P262SCcaTca88AY.320.00426
ORF3a262P262SCcaTca88AY.470.000249
ORF3a262P262SCcaTca88AY.99.20.000737
ORF3a262P262SCcaTca88B.1.1.2790.008969
ORF3a262P262del2CCa--a88B.1.3110.002197
ORF3a262P262delCCA---88B.1.6210.000708
ORF3a262P262SCcaTca77AE.80.003423
ORF3a262P262SCcaTca77AY.1020.000186
ORF3a262P262PccAccT37AY.1030.000019
ORF3a262P262PccAccC27AY.1030.000012
ORF3a262P262PccAccG27AY.1030.000012
ORF3a262P262delCCA---77AY.1180.000439
ORF3a262P262delCCA---77AY.4.20.000152
ORF3a262P262PccAccG47AY.430.000018
ORF3a262P262PccAccT37AY.430.000013
ORF3a262P262SCcaTca77AY.460.000729
ORF3a262P262SCcaTca77AY.610.000733
ORF3a262P262SCcaTca77B.1.1.2140.000388
ORF3a262P262TCcaAca77B.1.177.860.001284
ORF3a262P262SCcaTca77B.1.2210.000497
ORF3a262P262SCcaTca77B.1.5170.002989
ORF3a262P262delCCA---660.333333
ORF3a262P262SCcaTca66AY.1000.000276
ORF3a262P262delCCA---66AY.430.000027
ORF3a262P262PccAccT66AY.46.50.00119
ORF3a262P262delCCA---66AY.90.000406
ORF3a262P262SCcaTca66B.1.2580.000399
ORF3a262P262SCcaTca66B.1.258.170.000624
ORF3a262P262LcCacTa66B.1.3510.000178
ORF3a262P262delCCA---66B.1.5260.000141
ORF3a262P262del1Cca-ca55All0.000001
ORF3a262P262SCcaTca55AY.1200.000186
ORF3a262P262LcCacTa55AY.200.000194
ORF3a262P262delCCA---55AY.290.000079
ORF3a262P262SCcaTca55AY.390.000124
ORF3a262P262PccAccT35AY.4.20.000065
ORF3a262P262PccAccC25AY.4.20.000043
ORF3a262P262SCcaTca55AY.420.000201
ORF3a262P262TCcaAca55AY.430.000022
ORF3a262P262LcCacTa55AY.46.20.003177
ORF3a262P262LcCacTa55AY.46.60.000361
ORF3a262P262delCCA---55AY.98.10.000242
ORF3a262P262SCcaTca55B.1.1.3570.625
ORF3a262P262LcCacTa55B.1.1390.003666
ORF3a262P262PccAccT55B.1.20.000044
ORF3a262P262SCcaTca55B.1.2430.000348
ORF3a262P262SCcaTca55B.1.360.00073
ORF3a262P262delCCA---55B.1.3890.00501
ORF3a262P262SCcaTca55B.1.6210.000443
ORF3a262P262delCCA---55B.1.6370.000365
ORF3a262P262delCCA---55P.10.000079
ORF3a262P262TCcaAca44AY.1000.000184
ORF3a262P262SCcaTca44AY.1190.000141
ORF3a262P262delCCA---44AY.120.10.001284
ORF3a262P262SCcaTca44AY.200.000155
ORF3a262P262PccAccT34AY.250.000018
ORF3a262P262PccAccC14AY.250.000006
ORF3a262P262SCcaTca44AY.290.000063
ORF3a262P262LcCacTa44AY.390.000099
ORF3a262P262PccAccT34AY.460.000312
ORF3a262P262PccAccG14AY.460.000104
ORF3a262P262LcCacTa44AY.470.000124
ORF3a262P262TCcaAca44AY.98.10.000194
ORF3a262P262LcCacTa44AY.98.10.000194
ORF3a262P262LcCacTa44B.1.10.000073
ORF3a262P262TCcaAca44B.1.1.70.000004
ORF3a262P262SCcaTca44B.1.177.480.0125
ORF3a262P262SCcaTca44B.1.177.770.002905
ORF3a262P262SCcaTca44B.1.2340.000528
ORF3a262P262SCcaTca44B.1.3510.000119
ORF3a262P262PccAccT34B.1.5250.000339
ORF3a262P262PccAccG14B.1.5250.000113
ORF3a262P262LcCacTa44B.1.5260.000094
ORF3a262P262LcCacTa44B.1.5960.000349
ORF3a262P262del2CCA--N44B.1.617.20.000015
ORF3a262P262SCcaTca44P.20.000747
ORF3a262P262SCcaTca33AD.20.000657
ORF3a262P262delCCA---33AY.1020.00008
ORF3a262P262TCcaAca33AY.1030.000019
ORF3a262P262PccAccG33AY.1050.001929
ORF3a262P262SCcaTca33AY.1180.000188
ORF3a262P262PccAccT33AY.230.000209
ORF3a262P262delCCA---33AY.260.000085
ORF3a262P262SCcaTca33AY.270.000194
ORF3a262P262PccAccC23AY.290.000032
ORF3a262P262PccAccT13AY.290.000016
ORF3a262P262SCcaTca33AY.330.0002
ORF3a262P262delCCA---33AY.390.000074
ORF3a262P262PccAccG23AY.390.000049
ORF3a262P262PccAccT13AY.390.000025
ORF3a262P262LcCacTa33AY.4.20.000065
ORF3a262P262SCcaTca33AY.450.000365
ORF3a262P262PccAccT23AY.470.000062
ORF3a262P262PccAccG13AY.470.000031
ORF3a262P262SCcaTca33AY.550.002752
ORF3a262P262SCcaTca33AY.60.000123
ORF3a262P262SCcaTca33AY.750.000168
ORF3a262P262delCCA---33AY.750.000168
ORF3a262P262SCcaTca33AY.930.000819
ORF3a262P262TCcaAca33B.10.000027
ORF3a262P262TCcaAca33B.1.1.2160.002671
ORF3a262P262delCCA---33B.1.1.5190.000119
ORF3a262P262SCcaTca33B.1.177.860.00055
ORF3a262P262LcCacTa33B.1.2210.000213
ORF3a262P262SCcaTca33B.1.2320.001612
ORF3a262P262delCCA---33B.1.258.110.001189
ORF3a262P262SCcaTca33B.1.4040.003906
ORF3a262P262SCcaTca33B.1.4270.000151
ORF3a262P262LcCacTa33B.1.4680.017143
ORF3a262P262delCCA---33B.1.5250.000339
ORF3a262P262TCcaAca33B.1.617.20.000011
ORF3a262P262del1Cca-ca33B.1.6210.000266
ORF3a262P262SCcaTca33B.60.00273
ORF3a262P262TCcaAca33C.160.003181
ORF3a262P262SCcaTca33C.370.000348
ORF3a262P262PccAccT23P.1.140.000096
ORF3a262P262PccAccG13P.1.140.000048
ORF3a262P262delCCA---33R.10.00027
ORF3a262P262SCcaTca22A.2.40.006734
ORF3a262P262SCcaTca22A.2.5.10.009615
ORF3a262P262LcCacTa22AA.10.014493
ORF3a262P262TCcaAca22AY.1020.000053
ORF3a262P262SCcaTca22AY.1100.000225
ORF3a262P262LcCacTa22AY.1160.000574
ORF3a262P262PccAccG22AY.1160.000574
ORF3a262P262PccAccT12AY.1170.000085
ORF3a262P262QcCacAa12AY.1170.000085
ORF3a262P262QcCAcAG12AY.1170.000085
ORF3a262P262PccAccG12AY.1170.000085
ORF3a262P262PccAccT22AY.1180.000125
ORF3a262P262PccAccT22AY.1190.000071
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.