CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 260

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a260M260InonsynatGatT424033940.80047226170-26172
ORF3a260M260InonsynatGatA42408410.19834926170-26172
ORF3a260M260InonsynatGatC424050.0011792526170-26172
ORF3a260M260KnonsynaTgaAg114411380.99475526170-26172
ORF3a260M260KnonsynaTGaAA114460.0052447626170-26172
ORF3a260M260deldelATG---852852126170-26172
ORF3a260M260TnonsynaTgaCg695695126170-26172
ORF3a260M260LnonsynAtgTtg5504640.84363626170-26172
ORF3a260M260LnonsynAtgCtg550860.15636426170-26172
ORF3a260M260VnonsynAtgGtg5215200.99808126170-26172
ORF3a260M260VnonsynAtGGtT52110.0019193926170-26172
ORF3a260M260NnonsynaTGaAT45370.82222226170-26172
ORF3a260M260NnonsynaTGaAC4580.17777826170-26172
ORF3a260M260RnonsynaTgaGg19180.94736826170-26172
ORF3a260M260RnonsynATgCGg1910.052631626170-26172
ORF3a260M260del1delatGat-1570.46666726170-26172
ORF3a260M260del1delAtg-tg1570.46666726170-26172
ORF3a260M260del1delaTGaC-1510.066666726170-26172
ORF3a260M260PnonsynATgCCg11126170-26172
ORF3a260M260del2delATg--g11126170-26172

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a260M260IatGatT33944240All0.000649
ORF3a260M260IatGatA8414240All0.000161
ORF3a260M260IatGatC54240All0.000001
ORF3a260M260KaTgaAg11381144All0.000218
ORF3a260M260KaTGaAA61144All0.000001
ORF3a260M260delATG---852852All0.000163
ORF3a260M260IatGatT799832B.1.617.20.003009
ORF3a260M260IatGatA33832B.1.617.20.000124
ORF3a260M260IatGatT611785AY.30.006077
ORF3a260M260IatGatA174785AY.30.001731
ORF3a260M260TaTgaCg695695All0.000133
ORF3a260M260LAtgTtg464550All0.000089
ORF3a260M260LAtgCtg86550All0.000016
ORF3a260M260VAtgGtg520521All0.000099
ORF3a260M260VAtGGtT1521All0
ORF3a260M260TaTgaCg431431AY.440.002623
ORF3a260M260IatGatT228407AY.40.000355
ORF3a260M260IatGatA179407AY.40.000279
ORF3a260M260IatGatT335350AY.430.001484
ORF3a260M260IatGatA15350AY.430.000066
ORF3a260M260IatGatT279279AY.1020.007397
ORF3a260M260IatGatT279279P.60.877358
ORF3a260M260LAtgTtg255261B.1.617.20.00096
ORF3a260M260LAtgCtg6261B.1.617.20.000023
ORF3a260M260IatGatA249249AY.4.20.0054
ORF3a260M260VAtgGtg160160B.1.1.70.000143
ORF3a260M260KaTgaAg136137AY.4.20.00295
ORF3a260M260KaTGaAA1137AY.4.20.000022
ORF3a260M260IatGatT111132B.1.1.70.000099
ORF3a260M260IatGatA20132B.1.1.70.000018
ORF3a260M260IatGatC1132B.1.1.70.000001
ORF3a260M260delATG---116116AY.260.003284
ORF3a260M260LAtgTtg106106B.1.36.250.233996
ORF3a260M260IatGatT9495AY.390.002323
ORF3a260M260IatGatA195AY.390.000025
ORF3a260M260KaTgaAg9494P.10.001481
ORF3a260M260delATG---9191B.10.000834
ORF3a260M260KaTgaAg8989B.1.1.70.00008
ORF3a260M260VAtgGtg8585B.1.5750.025789
ORF3a260M260KaTgaAg8585B.1.617.20.00032
ORF3a260M260VAtgGtg8282AY.50.001693
ORF3a260M260KaTgaAg7879AY.40.000121
ORF3a260M260KaTGaAA179AY.40.000002
ORF3a260M260delATG---7878B.1.1.70.00007
ORF3a260M260IatGatT6068AY.440.000365
ORF3a260M260IatGatA868AY.440.000049
ORF3a260M260KaTgaAg6060AY.440.000365
ORF3a260M260delATG---5959AY.440.000359
ORF3a260M260delATG---5656AY.40.000087
ORF3a260M260KaTgaAg5353B.1.1.2180.407692
ORF3a260M260IatGatT4951B.1.20.000431
ORF3a260M260IatGatA251B.1.20.000018
ORF3a260M260NaTGaAT3745All0.000007
ORF3a260M260NaTGaAC845All0.000002
ORF3a260M260delATG---4545AY.250.000271
ORF3a260M260KaTgaAg4141AY.1200.001524
ORF3a260M260KaTgaAg4141AY.140.003609
ORF3a260M260KaTgaAg3939B.1.4080.143911
ORF3a260M260TaTgaCg3636B.1.1.70.000032
ORF3a260M260delATG---3636B.1.617.20.000136
ORF3a260M260KaTgaAg3334AY.30.000328
ORF3a260M260KaTGaAA134AY.30.00001
ORF3a260M260TaTgaCg3333AY.40.000051
ORF3a260M260LAtgTtg2232B.1.1.70.00002
ORF3a260M260LAtgCtg1032B.1.1.70.000009
ORF3a260M260IatGatT3031AY.1130.004272
ORF3a260M260IatGatA131AY.1130.000142
ORF3a260M260delATG---3131AY.470.000964
ORF3a260M260IatGatT3131B.1.258.170.003223
ORF3a260M260KaTgaAg2929AY.1030.00018
ORF3a260M260IatGatT2129AY.1030.00013
ORF3a260M260IatGatA829AY.1030.00005
ORF3a260M260IatGatT2429AY.1140.005547
ORF3a260M260IatGatA529AY.1140.001156
ORF3a260M260IatGatT2629AY.340.002521
ORF3a260M260IatGatC329AY.340.000291
ORF3a260M260LAtgCtg2729AY.40.000042
ORF3a260M260LAtgTtg229AY.40.000003
ORF3a260M260IatGatA1828AY.250.000108
ORF3a260M260IatGatT1028AY.250.00006
ORF3a260M260delATG---2727AY.130.004346
ORF3a260M260VAtgGtg2727B.1.20.000238
ORF3a260M260KaTgaAg2426AY.250.000144
ORF3a260M260KaTGaAA226AY.250.000012
ORF3a260M260KaTgaAg2626B.1.1600.000811
ORF3a260M260TaTgaCg2525B.1.617.20.000094
ORF3a260M260IatGatT2323AY.39.1.10.016667
ORF3a260M260NaTGaAT2323B.1.1.2180.176923
ORF3a260M260VAtgGtg2222AY.290.000347
ORF3a260M260IatGatA2222B.1.1.3450.956522
ORF3a260M260delATG---2121AY.30.000209
ORF3a260M260delATG---2020AY.510.018182
ORF3a260M260IatGatT2020AY.9.20.000735
ORF3a260M260KaTgaAg2020B.1.3110.005491
ORF3a260M260RaTgaGg1819All0.000003
ORF3a260M260RATgCGg119All0
ORF3a260M260delATG---1919AY.430.000084
ORF3a260M260LAtgTtg1919AZ.20.015599
ORF3a260M260IatGatT1019B.10.000092
ORF3a260M260IatGatA919B.10.000082
ORF3a260M260delATG---1919B.1.20.000167
ORF3a260M260VAtgGtg1717AY.40.000026
ORF3a260M260IatGatT1617B.1.4290.000376
ORF3a260M260IatGatA117B.1.4290.000024
ORF3a260M260TaTgaCg1616AY.1030.000099
ORF3a260M260IatGatT1516AY.230.001046
ORF3a260M260IatGatA116AY.230.00007
ORF3a260M260TaTgaCg1616AY.99.20.001475
ORF3a260M260VAtgGtg1616B.1.177.850.086957
ORF3a260M260del1atGat-715All0.000001
ORF3a260M260del1Atg-tg715All0.000001
ORF3a260M260del1aTGaC-115All0
ORF3a260M260KaTgaAg1515AY.1020.000398
ORF3a260M260IatGatT1515AY.1200.000558
ORF3a260M260KaTgaAg1515AY.470.000467
ORF3a260M260IatGatT1515AY.99.20.001382
ORF3a260M260IatGatA814AY.1160.002294
ORF3a260M260IatGatT614AY.1160.001721
ORF3a260M260IatGatA1313AY.46.60.000939
ORF3a260M260KaTgaAg1313AY.750.000728
ORF3a260M260delATG---1313B.1.177.210.000994
ORF3a260M260IatGatT1313B.1.36.10.014823
ORF3a260M260IatGatT1012AY.1170.000845
ORF3a260M260IatGatA212AY.1170.000169
ORF3a260M260LAtgCtg1212AY.340.001164
ORF3a260M260delATG---1212AY.50.000248
ORF3a260M260IatGatA712B.1.5260.000165
ORF3a260M260IatGatT512B.1.5260.000118
ORF3a260M260TaTgaCg1212P.10.000189
ORF3a260M260delATG---1111AY.1030.000068
ORF3a260M260IatGatT611AY.290.000095
ORF3a260M260IatGatA511AY.290.000079
ORF3a260M260KaTgaAg1111AY.430.000049
ORF3a260M260TaTgaCg1111AY.98.10.000533
ORF3a260M260IatGatT911B.1.10.000163
ORF3a260M260IatGatA211B.1.10.000036
ORF3a260M260KaTgaAg1111B.1.2580.000732
ORF3a260M260IatGatT1011B.1.36.290.005173
ORF3a260M260IatGatA111B.1.36.290.000517
ORF3a260M260delATG---1111B.1.6210.000974
ORF3a260M260IatGatT911P.10.000142
ORF3a260M260IatGatA211P.10.000032
ORF3a260M260KaTgaAg1111R.10.00099
ORF3a260M260KaTgaAg1010AY.1180.000626
ORF3a260M260KaTgaAg1010AY.230.000697
ORF3a260M260TaTgaCg1010AY.250.00006
ORF3a260M260IatGatT1010AY.460.001041
ORF3a260M260IatGatT910AY.50.000186
ORF3a260M260IatGatA110AY.50.000021
ORF3a260M260KaTgaAg1010AY.99.20.000922
ORF3a260M260KaTgaAg1010B.10.000092
ORF3a260M260LAtgTtg910B.1.1600.000281
ORF3a260M260LAtgCtg110B.1.1600.000031
ORF3a260M260IatGatA910B.1.2580.000599
ORF3a260M260IatGatT110B.1.2580.000067
ORF3a260M260TaTgaCg99AY.290.000142
ORF3a260M260VAtgGtg99AY.30.00009
ORF3a260M260KaTgaAg99AY.380.004493
ORF3a260M260VAtgGtg99AY.440.000055
ORF3a260M260IatGatT99AY.7.10.001014
ORF3a260M260LAtgTtg99B.1.1.5190.000357
ORF3a260M260delATG---99B.1.1770.000119
ORF3a260M260KaTgaAg99B.1.258.170.000936
ORF3a260M260TaTgaCg88AY.1020.000212
ORF3a260M260IatGatT88AY.46.40.001316
ORF3a260M260TaTgaCg88AY.750.000448
ORF3a260M260KaTgaAg88B.1.10.000145
ORF3a260M260IatGatT88B.1.1170.1
ORF3a260M260VAtgGtg88B.1.2430.000557
ORF3a260M260KaTgaAg88B.1.2430.000557
ORF3a260M260delATG---88B.1.3110.002197
ORF3a260M260IatGatT77A.280.018519
ORF3a260M260delATG---77AY.1180.000439
ORF3a260M260VAtgGtg77AY.200.000272
ORF3a260M260LAtgCtg77AY.250.000042
ORF3a260M260delATG---77AY.4.20.000152
ORF3a260M260KaTgaAg77AY.700.00146
ORF3a260M260IatGatT67AY.980.000474
ORF3a260M260IatGatA17AY.980.000079
ORF3a260M260delATG---77AY.98.10.000339
ORF3a260M260IatGatT77B.1.1.2220.001428
ORF3a260M260KaTgaAg77B.1.20.000062
ORF3a260M260VAtgGtg77B.1.4290.000165
ORF3a260M260delATG---77P.10.00011
ORF3a260M260IatGatT66AY.1070.002796
ORF3a260M260delATG---66AY.290.000095
ORF3a260M260IatGatA56AY.3.10.000426
ORF3a260M260IatGatT16AY.3.10.000085
ORF3a260M260TaTgaCg66AY.39.1.10.004348
ORF3a260M260VAtgGtg66AY.430.000027
ORF3a260M260KaTgaAg66AY.610.000629
ORF3a260M260delATG---66AY.90.000406
ORF3a260M260delATG---66B.1.5260.000141
ORF3a260M260TaTgaCg66B.1.6090.002876
ORF3a260M260VAtgGtg66B.1.617.20.000023
ORF3a260M260RaTgaGg66P.10.000095
ORF3a260M260KaTgaAg55A.10.001409
ORF3a260M260LAtgTtg55AY.1170.000423
ORF3a260M260LAtgTtg55AY.1180.000313
ORF3a260M260TaTgaCg55AY.1200.000186
ORF3a260M260KaTgaAg55AY.290.000079
ORF3a260M260del1Atg-tg55AY.70.00098
ORF3a260M260IatGatT55AY.940.002213
ORF3a260M260VAtgGtg55B.1.1.3480.003981
ORF3a260M260KaTgaAg55B.1.177.730.002831
ORF3a260M260delATG---55B.1.3890.00501
ORF3a260M260IatGatT55B.1.5610.001985
ORF3a260M260delATG---55B.1.6370.000365
ORF3a260M260delATG---440.222222
ORF3a260M260IatGatT44AY.1060.00134
ORF3a260M260delATG---44AY.120.10.001284
ORF3a260M260NaTGaAT44AY.30.00004
ORF3a260M260IatGatT44AY.34.10.00204
ORF3a260M260KaTgaAg44AY.390.000099
ORF3a260M260delATG---44AY.390.000099
ORF3a260M260IatGatT24AY.4.50.000215
ORF3a260M260IatGatA24AY.4.50.000215
ORF3a260M260KaTgaAg44AY.530.00115
ORF3a260M260TaTgaCg44AY.60.000165
ORF3a260M260VAtgGtg44B.10.000037
ORF3a260M260IatGatT44B.1.1.2180.030769
ORF3a260M260NaTGaAT44B.1.1.4640.005891
ORF3a260M260delATG---44B.1.1.5190.000159
ORF3a260M260delATG---44B.1.1600.000125
ORF3a260M260KaTgaAg44B.1.1770.000053
ORF3a260M260TaTgaCg44B.1.20.000035
ORF3a260M260LAtgCtg24B.1.20.000018
ORF3a260M260LAtgTtg24B.1.20.000018
ORF3a260M260IatGatA34B.1.2340.000396
ORF3a260M260IatGatT14B.1.2340.000132
ORF3a260M260IatGatT44B.1.3130.026316
ORF3a260M260IatGatA34B.1.3510.000089
ORF3a260M260IatGatT14B.1.3510.00003
ORF3a260M260delATG---44B.1.5250.000453
ORF3a260M260KaTgaAg44B.1.5750.001214
ORF3a260M260IatGatT44B.1.5880.00364
ORF3a260M260KaTgaAg44P.1.140.000191
ORF3a260M260IatGatT44P.40.015209
ORF3a260M260KaTgaAg33A.2.50.001497
ORF3a260M260delATG---33AY.1020.00008
ORF3a260M260LAtgTtg23AY.1020.000053
ORF3a260M260LAtgCtg13AY.1020.000027
ORF3a260M260RaTgaGg33AY.1030.000019
ORF3a260M260IatGatT33AY.120.000948
ORF3a260M260IatGatT33AY.260.000085
ORF3a260M260delATG---33AY.3.10.000256
ORF3a260M260KaTgaAg33AY.3.10.000256
ORF3a260M260TaTgaCg33AY.39.10.000119
ORF3a260M260NaTGaAC33AY.440.000018
ORF3a260M260KaTgaAg33AY.450.000365
ORF3a260M260delATG---33AY.450.000365
ORF3a260M260IatGatT33AY.450.000365
ORF3a260M260KaTgaAg33AY.46.20.001906
ORF3a260M260KaTgaAg33AY.46.60.000217
ORF3a260M260LAtgCtg33AY.470.000093
ORF3a260M260IatGatT23AY.610.00021
ORF3a260M260IatGatA13AY.610.000105
ORF3a260M260IatGatT23AY.680.000547
ORF3a260M260IatGatA13AY.680.000274
ORF3a260M260IatGatT33AY.750.000168
ORF3a260M260delATG---33AY.750.000168
ORF3a260M260IatGatT33AY.780.004622
ORF3a260M260IatGatT23AY.920.000575
ORF3a260M260IatGatA13AY.920.000287
ORF3a260M260IatGatT33AY.98.10.000145
ORF3a260M260IatGatA23B0.000256
ORF3a260M260IatGatT13B0.000128
ORF3a260M260NaTGaAT33B.10.000027
ORF3a260M260LAtgCtg23B.1.10.000036
ORF3a260M260LAtgTtg13B.1.10.000018
ORF3a260M260IatGatT33B.1.1.2160.002671
ORF3a260M260KaTgaAg33B.1.1.4160.002715
ORF3a260M260VAtgGtg33B.1.1600.000094
ORF3a260M260delATG---33B.1.177.40.000633
ORF3a260M260VAtgGtg33B.1.2340.000396
ORF3a260M260delATG---33B.1.258.110.001189
ORF3a260M260IatGatT23B.1.360.000292
ORF3a260M260IatGatA13B.1.360.000146
ORF3a260M260KaTgaAg33B.1.4000.001287
ORF3a260M260IatGatT33B.1.466.20.001174
ORF3a260M260VAtgGtg33B.1.5260.000071
ORF3a260M260NaTGaAC23B.1.617.20.000008
ORF3a260M260NaTGaAT13B.1.617.20.000004
ORF3a260M260TaTgaCg33B.1.6210.000266
ORF3a260M260IatGatA23C.370.000232
ORF3a260M260IatGatT13C.370.000116
ORF3a260M260delATG---33R.10.00027
ORF3a260M260del1atGat-220.111111
ORF3a260M260delATG---22A.270.003311
ORF3a260M260LAtgTtg22AH.20.024096
ORF3a260M260LAtgTtg22AY.1030.000012
ORF3a260M260VAtgGtg22AY.1030.000012
ORF3a260M260NaTGaAC22AY.1030.000012
ORF3a260M260IatGatT22AY.1080.002205
ORF3a260M260VAtgGtg22AY.1090.001479
ORF3a260M260LAtgTtg12AY.1100.000113
ORF3a260M260LAtgCtg12AY.1100.000113
ORF3a260M260IatGatA12AY.1150.005208
ORF3a260M260IatGatT12AY.1150.005208
ORF3a260M260TaTgaCg22AY.1180.000125
ORF3a260M260IatGatT22AY.1190.000071
ORF3a260M260KaTgaAg22AY.1190.000071
ORF3a260M260delATG---22AY.120.000632
ORF3a260M260LAtgTtg22AY.1200.000074
ORF3a260M260KaTgaAg22AY.200.000078
ORF3a260M260IatGatT12AY.200.000039
ORF3a260M260IatGatA12AY.200.000039
ORF3a260M260IatGatA22AY.210.003795
ORF3a260M260KaTgaAg22AY.260.000057
ORF3a260M260LAtgCtg22AY.30.00002
ORF3a260M260KaTgaAg22AY.34.10.00102
ORF3a260M260VAtgGtg22AY.360.000296
ORF3a260M260LAtgTtg12AY.4.20.000022
ORF3a260M260LAtgCtg12AY.4.20.000022
ORF3a260M260KaTgaAg22AY.4.2.10.000298
ORF3a260M260IatGatA12AY.4.2.10.000149
ORF3a260M260IatGatT12AY.4.2.10.000149
ORF3a260M260delATG---22AY.4.50.000215
ORF3a260M260IatGatA12AY.420.00004
ORF3a260M260IatGatT12AY.420.00004
ORF3a260M260LAtgCtg12AY.430.000004
ORF3a260M260LAtgTtg12AY.430.000004
ORF3a260M260LAtgTtg12AY.440.000006
ORF3a260M260LAtgCtg12AY.440.000006
ORF3a260M260TaTgaCg22AY.460.000208
ORF3a260M260IatGatT22AY.46.50.000397
ORF3a260M260TaTgaCg22AY.50.000041
ORF3a260M260IatGatT22AY.5.30.000675
ORF3a260M260IatGatT22AY.5.40.000553
ORF3a260M260IatGatA22AY.60.000082
ORF3a260M260VAtgGtg22AY.660.002139
ORF3a260M260delATG---22AY.75.10.000361
ORF3a260M260IatGatT22AY.840.000875
ORF3a260M260IatGatA22AY.90.000135
ORF3a260M260TaTgaCg22AY.9.10.000167
ORF3a260M260KaTgaAg22AY.960.004149
ORF3a260M260VAtgGtg22AY.98.10.000097
ORF3a260M260delATG---22AY.990.002099
ORF3a260M260TaTgaCg22B.10.000018
ORF3a260M260del1atGat-22B.10.000018
ORF3a260M260TaTgaCg22B.1.10.000036
ORF3a260M260TaTgaCg22B.1.1.1700.002494
ORF3a260M260KaTgaAg22B.1.1.2220.000408
ORF3a260M260LAtgTtg22B.1.1.2410.004141
ORF3a260M260delATG---22B.1.1.280.000622
ORF3a260M260KaTgaAg22B.1.1.2840.000215
ORF3a260M260IatGatT22B.1.1.2890.004167
ORF3a260M260IatGatT22B.1.1160.023256
ORF3a260M260LAtgCtg22B.1.1390.001466
ORF3a260M260RaTgaGg22B.1.1770.000026
ORF3a260M260VAtgGtg22B.1.1770.000026
ORF3a260M260delATG---22B.1.177.70.00033
ORF3a260M260KaTgaAg22B.1.177.870.001456
ORF3a260M260IatGatT22B.1.1920.018519
ORF3a260M260IatGatT22B.1.2210.000142
ORF3a260M260delATG---22B.1.2430.000139
ORF3a260M260IatGatT22B.1.2430.000139
ORF3a260M260TaTgaCg22B.1.2580.000133
ORF3a260M260KaTgaAg22B.1.3510.000059
ORF3a260M260delATG---22B.1.36.10.002281
ORF3a260M260IatGatT22B.1.36.180.00084
ORF3a260M260delATG---22B.1.36.290.001035
ORF3a260M260TaTgaCg22B.1.36.290.001035
ORF3a260M260KaTgaAg22B.1.3670.001585
ORF3a260M260IatGatT22B.1.4480.005249
ORF3a260M260TaTgaCg22B.1.5250.000226
ORF3a260M260KaTgaAg22B.1.5550.044444
ORF3a260M260TaTgaCg22B.1.5960.000174
ORF3a260M260IatGatT22B.1.6190.001742
ORF3a260M260delATG---22C.260.014706
ORF3a260M260KaTgaAg22C.370.000232
ORF3a260M260KaTgaAg22D.50.00995
ORF3a260M260VAtgGtg22P.10.000032
ORF3a260M260IatGatT22P.1.150.000465
ORF3a260M260VAtgGtg22P.1.70.000639
ORF3a260M260IatGatA12P.1.70.000319
ORF3a260M260IatGatT12P.1.70.000319
ORF3a260M260delATG---22Q.10.000253
ORF3a260M260IatGatT22Q.10.000253
ORF3a260M260IatGatT22Q.20.001227
ORF3a260M260IatGatT11A0.000387
ORF3a260M260IatGatA11A.2.50.000499
ORF3a260M260LAtgTtg11A.270.001656
ORF3a260M260IatGatA11A.30.002096
ORF3a260M260del2ATg--g11All0
ORF3a260M260PATgCCg11All0
ORF3a260M260delATG---11AU.10.001266
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.1000.000046
ORF3a260M260delATG---11AY.1000.000046
ORF3a260M260IatGatA11AY.1000.000046
ORF3a260M260VAtgGtg11AY.1020.000027
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.1040.001984
ORF3a260M260IatGatT11AY.1050.000643
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.1100.000113
ORF3a260M260IatGatT11AY.1110.000183
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.1130.000142
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.1140.000231
ORF3a260M260KaTGaAA11AY.1160.000287
ORF3a260M260delATG---11AY.1170.000085
ORF3a260M260VAtgGtg11AY.1180.000063
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.1190.000035
ORF3a260M260delATG---11AY.1190.000035
ORF3a260M260delATG---11AY.1200.000037
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.1210.000135
ORF3a260M260IatGatT11AY.160.00038
ORF3a260M260del1atGat-11AY.160.00038
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.160.00038
ORF3a260M260LAtgTtg11AY.16.10.00047
ORF3a260M260IatGatT11AY.16.10.00047
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.20.000356
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.20.000356
ORF3a260M260delATG---11AY.200.000039
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.230.00007
ORF3a260M260LAtgTtg11AY.230.00007
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.23.10.000417
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.240.000431
ORF3a260M260VAtgGtg11AY.250.000006
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.270.000065
ORF3a260M260IatGatT11AY.270.000065
ORF3a260M260del2ATg--g11AY.30.00001
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.30.00001
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.320.000532
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.330.000067
ORF3a260M260IatGatT11AY.330.000067
ORF3a260M260LAtgTtg11AY.330.000067
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.340.000097
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.360.000148
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.380.000499
ORF3a260M260LAtgTtg11AY.390.000025
ORF3a260M260VAtgGtg11AY.390.000025
ORF3a260M260LAtgTtg11AY.39.10.00004
ORF3a260M260IatGatT11AY.39.10.00004
ORF3a260M260delATG---11AY.39.10.00004
ORF3a260M260IatGatA11AY.4.10.000737
ORF3a260M260VAtgGtg11AY.4.20.000022
ORF3a260M260delATG---11AY.4.2.10.000149
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.4.30.000842
ORF3a260M260VAtgGtg11AY.4.40.000409
ORF3a260M260IatGatT11AY.4.40.000409
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.4.50.000107
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.4.50.000107
ORF3a260M260IatGatT11AY.410.000294
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.420.00004
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.430.000004
ORF3a260M260PATgCCg11AY.430.000004
ORF3a260M260RATgCGg11AY.430.000004
ORF3a260M260NaTGaAT11AY.430.000004
ORF3a260M260delATG---11AY.46.10.001027
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.46.40.000165
ORF3a260M260VAtgGtg11AY.470.000031
ORF3a260M260IatGatT11AY.490.003195
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.50.000021
ORF3a260M260delATG---11AY.5.30.000337
ORF3a260M260IatGatT11AY.500.000799
ORF3a260M260delATG---11AY.530.000288
ORF3a260M260IatGatT11AY.590.00053
ORF3a260M260VAtgGtg11AY.60.000041
ORF3a260M260LAtgCtg11AY.60.000041
ORF3a260M260RaTgaGg11AY.620.000436
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.620.000436
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.650.000533
ORF3a260M260IatGatT11AY.670.000464
ORF3a260M260delATG---11AY.670.000464
ORF3a260M260delATG---11AY.680.000274
ORF3a260M260IatGatA11AY.700.000209
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.720.001361
ORF3a260M260IatGatT11AY.740.000116
ORF3a260M260delATG---11AY.740.000116
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.75.10.00018
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.790.001211
ORF3a260M260LAtgCtg11AY.80.000606
ORF3a260M260IatGatT11AY.850.000427
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.850.000427
ORF3a260M260IatGatT11AY.870.000833
ORF3a260M260IatGatT11AY.880.000884
ORF3a260M260LAtgTtg11AY.9.20.000037
ORF3a260M260IatGatT11AY.900.000684
ORF3a260M260TaTgaCg11AY.920.000287
ORF3a260M260VAtgGtg11AY.950.000761
ORF3a260M260IatGatT11AY.960.002075
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.980.000079
ORF3a260M260KaTgaAg11AY.98.10.000048
ORF3a260M260RaTgaGg11B.10.000009
ORF3a260M260LAtgTtg11B.10.000009
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.10.000018
ORF3a260M260NaTGaAC11B.1.10.000018
ORF3a260M260delATG---11B.1.10.000018
ORF3a260M260IatGatT11B.1.1.100.001115
ORF3a260M260RaTgaGg11B.1.1.1530.001095
ORF3a260M260KaTgaAg11B.1.1.1910.004762
ORF3a260M260TaTgaCg11B.1.1.2140.000055
ORF3a260M260KaTgaAg11B.1.1.2140.000055
ORF3a260M260LAtgTtg11B.1.1.2140.000055
ORF3a260M260delATG---11B.1.1.2160.00089
ORF3a260M260LAtgCtg11B.1.1.2200.001859
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.1.2410.00207
ORF3a260M260IatGatT11B.1.1.280.000311
ORF3a260M260delATG---11B.1.1.2850.006536
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.1.3060.000438
ORF3a260M260delATG---11B.1.1.3170.000412
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.1.3180.000302
ORF3a260M260IatGatA11B.1.1.3180.000302
ORF3a260M260delATG---11B.1.1.330.000421
ORF3a260M260IatGatA11B.1.1.3320.03125
ORF3a260M260del1atGat-11B.1.1.3530.020833
ORF3a260M260delATG---11B.1.1.3720.000689
ORF3a260M260IatGatT11B.1.1.4030.025641
ORF3a260M260delATG---11B.1.1.4320.001266
ORF3a260M260delATG---11B.1.1.440.00241
ORF3a260M260IatGatC11B.1.1.470.005348
ORF3a260M260IatGatT11B.1.1.5170.006803
ORF3a260M260delATG---11B.1.1.5170.006803
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.1.5190.00004
ORF3a260M260IatGatT11B.1.1.5190.00004
ORF3a260M260LAtgTtg11B.1.1.5250.005464
ORF3a260M260RaTgaGg11B.1.1.70.000001
ORF3a260M260del1Atg-tg11B.1.1.70.000001
ORF3a260M260delATG---11B.1.1.700.000341
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.1280.000635
ORF3a260M260IatGatT11B.1.1770.000013
ORF3a260M260delATG---11B.1.177.240.001295
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.177.320.00135
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.177.50.001242
ORF3a260M260delATG---11B.1.177.600.000218
ORF3a260M260KaTgaAg11B.1.177.860.000183
ORF3a260M260delATG---11B.1.177.870.000728
ORF3a260M260del1Atg-tg11B.1.20.000009
ORF3a260M260RaTgaGg11B.1.20.000009
ORF3a260M260IatGatT11B.1.2060.000816
ORF3a260M260TaTgaCg11B.1.2100.002132
ORF3a260M260IatGatT11B.1.2140.003663
ORF3a260M260LAtgTtg11B.1.2210.000071
ORF3a260M260TaTgaCg11B.1.2210.000071
ORF3a260M260KaTgaAg11B.1.2220.001692
ORF3a260M260TaTgaCg11B.1.2340.000132
ORF3a260M260LAtgCtg11B.1.2360.002053
ORF3a260M260delATG---11B.1.2370.004975
ORF3a260M260delATG---11B.1.2580.000067
ORF3a260M260delATG---11B.1.2650.001271
ORF3a260M260delATG---11B.1.2980.002114
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.3110.000275
ORF3a260M260delATG---11B.1.3200.001245
ORF3a260M260TaTgaCg11B.1.3510.00003
ORF3a260M260LAtgCtg11B.1.3510.00003
ORF3a260M260KaTgaAg11B.1.360.000146
ORF3a260M260LAtgTtg11B.1.36.390.002217
ORF3a260M260IatGatT11B.1.36.70.004
ORF3a260M260IatGatA11B.1.3780.006849
ORF3a260M260delATG---11B.1.3800.006623
ORF3a260M260IatGatT11B.1.3980.002976
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.4270.00005
ORF3a260M260delATG---11B.1.4270.00005
ORF3a260M260IatGatA11B.1.4270.00005
ORF3a260M260LAtgTtg11B.1.4290.000024
ORF3a260M260KaTgaAg11B.1.4290.000024
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.438.10.000107
ORF3a260M260IatGatA11B.1.438.10.000107
ORF3a260M260delATG---11B.1.4590.004082
ORF3a260M260LAtgTtg11B.1.4700.001404
ORF3a260M260IatGatT11B.1.4700.001404
ORF3a260M260delATG---11B.1.4970.000315
ORF3a260M260LAtgCtg11B.1.5030.002488
ORF3a260M260IatGatT11B.1.5090.000866
ORF3a260M260delATG---11B.1.5210.004975
ORF3a260M260TaTgaCg11B.1.5240.001406
ORF3a260M260VAtGGtT11B.1.5250.000113
ORF3a260M260KaTgaAg11B.1.5510.00129
ORF3a260M260delATG---11B.1.5510.00129
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.5560.007519
ORF3a260M260IatGatT11B.1.5600.00463
ORF3a260M260LAtgTtg11B.1.5650.00081
ORF3a260M260KaTgaAg11B.1.5950.000261
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.5950.000261
ORF3a260M260KaTgaAg11B.1.5960.000087
ORF3a260M260delATG---11B.1.5960.000087
ORF3a260M260IatGatT11B.1.5960.000087
ORF3a260M260delATG---11B.1.617.10.000129
ORF3a260M260TaTgaCg11B.1.617.10.000129
ORF3a260M260del1atGat-11B.1.617.20.000004
ORF3a260M260VAtgGtg11B.1.6210.000089
ORF3a260M260KaTgaAg11B.1.6210.000089
ORF3a260M260IatGatT11B.1.6210.000089
ORF3a260M260del1aTGaC-11B.1.6210.000089
ORF3a260M260delATG---11B.1.621.10.000506
ORF3a260M260TaTgaCg11B.1.6270.00202
ORF3a260M260KaTgaAg11B.1.6280.000352
ORF3a260M260IatGatT11B.1.6370.000073
ORF3a260M260TaTgaCg11B.1.6370.000073
ORF3a260M260VAtgGtg11B.30.000831
ORF3a260M260TaTgaCg11B.4.70.010101
ORF3a260M260LAtgCtg11B.400.000364
ORF3a260M260KaTgaAg11B.550.00295
ORF3a260M260KaTgaAg11C.140.004329
ORF3a260M260RaTgaGg11C.180.002591
ORF3a260M260IatGatT11C.230.005814
ORF3a260M260KaTgaAg11C.300.001727
ORF3a260M260delATG---11D.20.000075
ORF3a260M260TaTgaCg11D.20.000075
ORF3a260M260IatGatT11L.30.003546
ORF3a260M260IatGatT11N.50.001767
ORF3a260M260IatGatT11P.1.140.000048
ORF3a260M260delATG---11P.1.140.000048
ORF3a260M260KaTgaAg11P.1.150.000232
ORF3a260M260RaTgaGg11P.1.150.000232
ORF3a260M260IatGatA11P.1.170.000162
ORF3a260M260IatGatA11P.20.000187
ORF3a260M260delATG---11P.20.000187
ORF3a260M260delATG---11P.60.003145
ORF3a260M260NaTGaAT11P.60.003145
ORF3a260M260KaTgaAg11Q.10.000126
ORF3a260M260VAtgGtg11Q.10.000126
ORF3a260M260IatGatT11Q.30.000145
ORF3a260M260IatGatT11Q.70.001111

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.