CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 259

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	259	V259L		nonsyn	Gta	Tta	5383	5228	0.971206	26167-26169
ORF3a	259	V259L		nonsyn	Gta	Cta	5383	155	0.0287944	26167-26169
ORF3a	259	V259del		del	GTA	---	2156	2156	1	26167-26169
ORF3a	259	V259del1		del	Gta	-ta	1359	1347	0.99117	26167-26169
ORF3a	259	V259del1		del	gtA	gt-	1359	7	0.00515085	26167-26169
ORF3a	259	V259del1		del	GtA	-tN	1359	4	0.00294334	26167-26169
ORF3a	259	V259del1		del	GTA	-NN	1359	1	0.000735835	26167-26169
ORF3a	259	V259A		nonsyn	gTa	gCa	259	258	0.996139	26167-26169
ORF3a	259	V259A		nonsyn	gTA	gCT	259	1	0.003861	26167-26169
ORF3a	259	V259I		nonsyn	Gta	Ata	227	227	1	26167-26169
ORF3a	259	V259V		syn	gtA	gtG	154	92	0.597403	26167-26169
ORF3a	259	V259V		syn	gtA	gtC	154	46	0.298701	26167-26169
ORF3a	259	V259V		syn	gtA	gtT	154	16	0.103896	26167-26169
ORF3a	259	V259Q		nonsyn	GTa	CAa	14	14	1	26167-26169
ORF3a	259	V259E		nonsyn	gTa	gAa	9	9	1	26167-26169
ORF3a	259	V259del2		del	GTa	--a	5	4	0.8	26167-26169
ORF3a	259	V259del2		del	gTA	g--	5	1	0.2	26167-26169
ORF3a	259	V259F		nonsyn	GtA	TtT	3	3	1	26167-26169
ORF3a	259	V259G		nonsyn	gTa	gGa	1	1	1	26167-26169
ORF3a	259	V259D		nonsyn	gTA	gAC	1	1	1	26167-26169

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	5228	5383	All	0.001
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	155	5383	All	0.00003
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2156	2156	All	0.000412
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1886	1886	B.1.621.1	0.953971
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1347	1359	All	0.000258
ORF3a	259	V259del1	gtA	gt-	7	1359	All	0.000001
ORF3a	259	V259del1	GtA	-tN	4	1359	All	0.000001
ORF3a	259	V259del1	GTA	-NN	1	1359	All	0
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1037	1103	AY.4	0.001614
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	66	1103	AY.4	0.000103
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	513	513	A.27	0.849338
ORF3a	259	V259del	GTA	---	411	411	B.1.1.7	0.000368
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	359	359	AY.43	0.001591
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	318	319	AY.3	0.003163
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	319	AY.3	0.00001
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	258	259	All	0.000049
ORF3a	259	V259A	gTA	gCT	1	259	All	0
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	220	236	B.1.1.7	0.000197
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	16	236	B.1.1.7	0.000014
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	227	227	All	0.000043
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	226	226	AY.4	0.000352
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	165	175	B.1.617.2	0.000621
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	10	175	B.1.617.2	0.000038
ORF3a	259	V259del	GTA	---	158	158	B.1.617.2	0.000595
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	92	154	All	0.000018
ORF3a	259	V259V	gtA	gtC	46	154	All	0.000009
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	16	154	All	0.000003
ORF3a	259	V259del	GTA	---	137	137	AY.4	0.000213
ORF3a	259	V259del	GTA	---	136	136	AY.103	0.000844
ORF3a	259	V259del	GTA	---	126	126	AY.43	0.000558
ORF3a	259	V259del	GTA	---	123	123	AY.26	0.003482
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	121	122	B.1.1.7	0.000108
ORF3a	259	V259del1	gtA	gt-	1	122	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	259	V259del	GTA	---	100	100	B.1	0.000916
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	85	85	AY.4	0.000132
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	82	82	B.1.1.231	0.25387
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	76	80	AY.4.2	0.001648
ORF3a	259	V259del1	GtA	-tN	3	80	AY.4.2	0.000065
ORF3a	259	V259del1	GTA	-NN	1	80	AY.4.2	0.000022
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	80	80	B.1.621	0.007082
ORF3a	259	V259del	GTA	---	73	73	AY.4.2	0.001583
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	71	73	B.1	0.00065
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	2	73	B.1	0.000018
ORF3a	259	V259del	GTA	---	70	70	AY.44	0.000426
ORF3a	259	V259del	GTA	---	67	67	AY.25	0.000403
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	59	61	AY.20	0.002293
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	2	61	AY.20	0.000078
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	49	58	AY.25	0.000295
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	9	58	AY.25	0.000054
ORF3a	259	V259del	GTA	---	55	55	B.1.517	0.023484
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	53	53	B.1.526	0.001246
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	48	52	AY.103	0.000298
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	4	52	AY.103	0.000025
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	41	45	B.1.2	0.000361
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	4	45	B.1.2	0.000035
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	43	43	B.1.427	0.002171
ORF3a	259	V259del	GTA	---	40	40	AY.3	0.000398
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	33	36	AY.44	0.000201
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	3	36	AY.44	0.000018
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	35	35	AY.43	0.000155
ORF3a	259	V259del	GTA	---	35	35	B.1.2	0.000308
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	34	35	B.1.617.2	0.000128
ORF3a	259	V259del1	GtA	-tN	1	35	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	34	34	AY.39.1	0.001347
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	31	32	B.1.2	0.000273
ORF3a	259	V259del1	gtA	gt-	1	32	B.1.2	0.000009
ORF3a	259	V259del	GTA	---	31	31	AY.47	0.000964
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	28	30	AY.39	0.000692
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	2	30	AY.39	0.000049
ORF3a	259	V259del	GTA	---	30	30	B.1.177	0.000395
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	29	29	AP.1	0.043544
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	29	29	AY.75	0.001625
ORF3a	259	V259V	gtA	gtC	29	29	B.1.1.170	0.03616
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	28	28	AY.102	0.000742
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	27	28	AY.102	0.000716
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	28	AY.102	0.000027
ORF3a	259	V259del	GTA	---	28	28	B.1.621	0.002479
ORF3a	259	V259del	GTA	---	27	27	AY.13	0.004346
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	27	27	P.1	0.000425
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	25	25	B.1.349	0.01787
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	24	24	B.1.177	0.000316
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	23	23	AY.103	0.000143
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	23	23	B.1.1.7	0.000021
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	22	22	AY.107	0.010252
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	22	22	AY.14	0.001936
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	21	21	AY.25	0.000126
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	21	21	AY.3	0.000209
ORF3a	259	V259del	GTA	---	21	21	AY.39	0.000519
ORF3a	259	V259del	GTA	---	20	20	AY.51	0.018182
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	20	20	AY.59	0.010593
ORF3a	259	V259del	GTA	---	20	20	B.1.1.519	0.000794
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	19	19	AY.29.1	0.00419
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	19	19	AY.4	0.00003
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	19	19	AY.5	0.000392
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	19	19	B.1.617.2	0.000072
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	18	18	B.1.177.5	0.02236
ORF3a	259	V259del	GTA	---	17	17	AY.71	0.008076
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	16	16	AY.84	0.006999
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	16	16	B.1.1.7	0.000014
ORF3a	259	V259del	GTA	---	16	16	B.1.160	0.000499
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	15	15	AY.39.1	0.000594
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	15	15	B.1.429	0.000353
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	15	15	B.1.617.1	0.001934
ORF3a	259	V259Q	GTa	CAa	14	14	All	0.000003
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	14	14	AY.42	0.000563
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	14	14	AY.44	0.000085
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	13	14	AY.44	0.000079
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	14	AY.44	0.000006
ORF3a	259	V259del	GTA	---	14	14	AY.5	0.000289
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	14	14	B.1.1	0.000254
ORF3a	259	V259del	GTA	---	13	13	AY.102	0.000345
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	13	13	AY.118	0.000814
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	13	13	AY.29	0.000205
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	11	13	AY.33	0.000735
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	2	13	AY.33	0.000134
ORF3a	259	V259del	GTA	---	13	13	B.1.177.21	0.000994
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	12	12	AY.119	0.000424
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	12	12	AY.46.4	0.001974
ORF3a	259	V259del	GTA	---	12	12	AY.75	0.000672
ORF3a	259	V259del	GTA	---	12	12	AY.91	0.008766
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	12	12	B.1	0.00011
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	12	12	B.1.1.519	0.000477
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	11	12	B.1.617.2	0.000041
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	12	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	259	V259del	GTA	---	12	12	P.1	0.000189
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	10	11	AY.20	0.000389
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	11	AY.20	0.000039
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	11	11	AY.26	0.000311
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	11	11	AY.98.1	0.000533
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	11	11	B.1.340	0.04721
ORF3a	259	V259del	GTA	---	11	11	B.1.637	0.000804
ORF3a	259	V259del	GTA	---	10	10	AY.29	0.000158
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	6	10	AY.75	0.000336
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	4	10	AY.75	0.000224
ORF3a	259	V259del	GTA	---	10	10	B.1.351	0.000297
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	10	10	B.1.36.22	0.012077
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	9	9	A	0.003483
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	9	9	A.27	0.014901
ORF3a	259	V259E	gTa	gAa	9	9	All	0.000002
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	9	9	AY.3	0.00009
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	9	9	AY.6	0.00037
ORF3a	259	V259V	gtA	gtC	9	9	B.1	0.000082
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	9	9	B.1.234	0.001187
ORF3a	259	V259del	GTA	---	9	9	B.1.311	0.002471
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	9	9	B.1.351	0.000268
ORF3a	259	V259del	GTA	---	9	9	B.1.429	0.000212
ORF3a	259	V259del	GTA	---	9	9	B.1.526	0.000212
ORF3a	259	V259del	GTA	---	8	8	AY.118	0.000501
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	8	8	AY.77	0.009019
ORF3a	259	V259del	GTA	---	8	8	B.1.1.282	0.093023
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	8	8	B.1.177.21	0.000612
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	8	8	B.1.298	0.016913
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	8	8	B.1.617.2	0.00003
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	7	8	B.1.637	0.000512
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	8	B.1.637	0.000073
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	7	7	A	0.002709
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	7	7	AY.120	0.00026
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	7	7	AY.42	0.000282
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	6	7	AY.43	0.000027
ORF3a	259	V259A	gTA	gCT	1	7	AY.43	0.000004
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	7	7	AY.5	0.000145
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	7	7	AY.6	0.000288
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	6	7	AY.61	0.000629
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	7	AY.61	0.000105
ORF3a	259	V259del	GTA	---	7	7	AY.98.1	0.000339
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	4	7	B.1.1.7	0.000004
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	3	7	B.1.1.7	0.000003
ORF3a	259	V259del	GTA	---	7	7	B.1.177.11	0.011885
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	7	7	B.1.221	0.000497
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	7	7	B.1.429	0.000165
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	7	7	P.1.17	0.001132
ORF3a	259	V259del	GTA	---	6	6	A.27	0.009934
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	6	6	AY.113	0.000854
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	6	6	AY.29	0.000095
ORF3a	259	V259del	GTA	---	6	6	AY.3.1	0.000512
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	6	6	AY.39	0.000148
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	4	6	AY.4.2	0.000087
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	6	AY.4.2	0.000043
ORF3a	259	V259del	GTA	---	6	6	AY.7	0.001176
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	6	6	AY.8	0.003636
ORF3a	259	V259del	GTA	---	6	6	AY.9	0.000406
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	6	6	B	0.000767
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	6	6	B.1.1.372	0.004132
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	6	6	B.1.36.19	0.055556
ORF3a	259	V259del	GTA	---	6	6	B.1.525	0.000679
ORF3a	259	V259del	GTA	---	6	6	B.1.596	0.000523
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	4	6	D.2	0.0003
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	2	6	D.2	0.00015
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	6	6	P.1.14	0.000287
ORF3a	259	V259del2	GTa	--a	4	5	All	0.000001
ORF3a	259	V259del2	gTA	g--	1	5	All	0
ORF3a	259	V259del	GTA	---	5	5	AY.20	0.000194
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	5	5	AY.23	0.000349
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	5	5	AY.29	0.000079
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	5	5	AY.46.4	0.000823
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	5	5	AY.9.2	0.000184
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	5	5	AY.94	0.002213
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	5	5	AY.98	0.000395
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	5	5	AY.99.2	0.000461
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	5	5	B.1.177	0.000066
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	4	5	B.1.177.86	0.000734
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	5	B.1.177.86	0.000183
ORF3a	259	V259Q	GTa	CAa	5	5	B.1.2	0.000044
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	5	5	B.1.350	0.014663
ORF3a	259	V259del	GTA	---	5	5	B.1.389	0.00501
ORF3a	259	V259del	GTA	---	5	5	B.1.427	0.000252
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	5	5	B.1.438.1	0.000536
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	5	5	B.1.526	0.000118
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	5	5	B.1.617.1	0.000645
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	5	5	P.2	0.000933
ORF3a	259	V259del	GTA	---	4	4		0.222222
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	4	4	AY.100	0.000184
ORF3a	259	V259del	GTA	---	4	4	AY.117	0.000338
ORF3a	259	V259del	GTA	---	4	4	AY.119	0.000141
ORF3a	259	V259del	GTA	---	4	4	AY.120.1	0.001284
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	4	4	AY.26	0.000113
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	2	4	AY.4	0.000003
ORF3a	259	V259V	gtA	gtC	1	4	AY.4	0.000002
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	4	AY.4	0.000002
ORF3a	259	V259del	GTA	---	4	4	AY.45	0.000487
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	4	4	AY.52	0.003257
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	4	4	AY.9	0.00027
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	4	4	B.1.1.318	0.001207
ORF3a	259	V259del	GTA	---	4	4	B.1.234	0.000528
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	4	4	B.1.243	0.000278
ORF3a	259	V259del	GTA	---	4	4	B.1.243	0.000278
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	4	4	B.1.258	0.000266
ORF3a	259	V259del2	GTa	--a	4	4	B.1.429	0.000094
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	4	4	B.1.591	0.042553
ORF3a	259	V259del	GTA	---	4	4	P.1.16	0.001496
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	4	P.2	0.00056
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	4	P.2	0.000187
ORF3a	259	V259del	GTA	---	4	4	R.1	0.00036
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	3	3	A.29	0.015957
ORF3a	259	V259F	GtA	TtT	3	3	All	0.000001
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	AY.1	0.001187
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	3	3	AY.102	0.00008
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	3	3	AY.103	0.000019
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	AY.107	0.001398
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	3	3	AY.113	0.000427
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	AY.116	0.00086
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	3	3	AY.118	0.000188
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	AY.12	0.000948
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	AY.12	0.000948
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	AY.120	0.000112
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	AY.121	0.000406
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	AY.3.1	0.000256
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	AY.38	0.001498
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	3	3	AY.39	0.000074
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	AY.4.4	0.001227
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF3a	259	V259F	GtA	TtT	3	3	AY.43	0.000013
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	2	3	AY.43	0.000009
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	3	AY.43	0.000004
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	AY.45	0.000365
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	3	3	AY.46	0.000312
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	3	AY.46	0.000208
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	3	AY.46	0.000104
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	AY.53	0.000863
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	AY.6	0.000123
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	AY.65	0.001599
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	AY.71	0.001425
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	AY.88	0.002653
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	AY.9	0.000203
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	2	3	AY.9.1	0.000167
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	3	AY.9.1	0.000084
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	AY.98	0.000237
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	B.1.1	0.000054
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	B.1.1.189	0.004539
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	B.1.1.222	0.000612
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	B.1.1.351	0.00838
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF3a	259	V259E	gTa	gAa	3	3	B.1.1.61	0.026316
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	B.1.177.4	0.000633
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	B.1.177.82	0.001432
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	3	3	B.1.2	0.000026
ORF3a	259	V259V	gtA	gtC	2	3	B.1.2	0.000018
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	3	B.1.2	0.000009
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	B.1.258	0.0002
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	B.1.258.11	0.001189
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	B.1.311	0.000824
ORF3a	259	V259Q	GTa	CAa	3	3	B.1.351	0.000089
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	B.1.36	0.000438
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	B.1.398	0.008929
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	3	3	B.1.525	0.000339
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	B.1.596	0.000261
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	B.1.609	0.001438
ORF3a	259	V259del1	gtA	gt-	3	3	B.1.621	0.000266
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	B.1.621.1	0.001517
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	B.1.623	0.001609
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	C.26	0.022059
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	C.37	0.000348
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	C.37	0.000348
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	3	3	P.1	0.000047
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	Q.1	0.000379
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	3	3	Q.3	0.000435
ORF3a	259	V259del	GTA	---	3	3	Q.8	0.000495
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	2	2		0.111111
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	2	2	AD.2	0.000438
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	2	2	AY.100	0.000092
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	AY.100	0.000092
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	2	2	AY.103	0.000012
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.110	0.000225
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.111	0.000366
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.116	0.000574
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.117	0.000169
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	AY.14	0.000176
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.24	0.000862
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	2	2	AY.25	0.000012
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.27	0.000129
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	2	2	AY.33	0.000134
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.34	0.000194
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	AY.35	0.000466
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	AY.36	0.000296
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	2	AY.39	0.000025
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	2	AY.39	0.000025
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.41	0.000588
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	2	2	AY.43	0.000009
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.47	0.000062
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	2	2	AY.47	0.000062
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	2	2	AY.58	0.001815
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	2	2	AY.6	0.000082
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.60	0.001876
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	AY.61	0.00021
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.67	0.000929
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	2	2	AY.7.2	0.001119
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	2	2	AY.74	0.000231
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF3a	259	V259V	gtA	gtC	2	2	AY.8	0.001212
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.91	0.001461
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	2	2	AY.97	0.003401
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	AY.99	0.002099
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	2	2	B.1	0.000018
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	2	2	B.1.1	0.000036
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	B.1.1.216	0.001781
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	2	B.1.1.216	0.00089
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	2	B.1.1.216	0.00089
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	2	2	B.1.1.230	0.018349
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.1.269	0.002706
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.1.337	0.007194
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	2	2	B.1.1.487	0.011173
ORF3a	259	V259Q	GTa	CAa	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.111	0.00235
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.147	0.001512
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	2	2	B.1.160	0.000062
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.160	0.000062
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	2	2	B.1.160	0.000062
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	2	2	B.1.160.16	0.001859
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	2	2	B.1.177	0.000026
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	B.1.177.62	0.002384
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.221	0.000142
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	2	2	B.1.221	0.000142
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.236	0.004107
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.252	0.013245
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.260	0.006689
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	B.1.36.1	0.002281
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.399	0.003868
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.524	0.002813
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	2	2	B.1.596	0.000174
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	B.1.617.3	0.00597
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	2	B.1.628	0.000352
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	2	B.1.628	0.000352
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	2	2	B.1.637	0.000146
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	2	2	P.1	0.000032
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	P.1.10	0.000539
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	P.1.7	0.000639
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	P.2	0.000373
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	2	2	P.5	0.027397
ORF3a	259	V259del	GTA	---	2	2	Q.1	0.000253
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1		0.055556
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	A.1	0.000282
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	A.18	0.05
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	A.2	0.000662
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	A.21	0.00277
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	A.27	0.001656
ORF3a	259	V259G	gTa	gGa	1	1	All	0
ORF3a	259	V259D	gTA	gAC	1	1	All	0
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AU.1	0.001266
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AV.1	0.005051
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	AY.100	0.000046
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.100	0.000046
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.101	0.00049
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.106	0.000335
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.107	0.000466
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.109	0.00074
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.109	0.00074
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.111	0.000183
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	AY.118	0.000063
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	259	V259V	gtA	gtC	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.121	0.000135
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.13	0.000161
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.16	0.00038
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.2	0.000356
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.2	0.000356
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.21	0.001898
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.24	0.000431
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.30	0.000396
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.32	0.000532
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.32	0.000532
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.33	0.000067
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	AY.34	0.000097
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.35	0.000233
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.36	0.000148
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.37	0.000316
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.38	0.000499
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.42	0.00004
ORF3a	259	V259E	gTa	gAa	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	259	V259E	gTa	gAa	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	1	AY.47	0.000031
ORF3a	259	V259V	gtA	gtC	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	AY.53	0.000288
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.55	0.000917
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.59	0.00053
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	AY.61	0.000105
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	1	AY.62	0.000436
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.62	0.000436
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.65	0.000533
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.66	0.00107
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.7	0.000196
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	AY.7	0.000196
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.70	0.000209
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.74	0.000116
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.74	0.000116
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.8	0.000606
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	AY.83	0.001724
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	AY.87	0.000833
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	259	V259Q	GTa	CAa	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AY.92	0.000287
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	AY.92	0.000287
ORF3a	259	V259V	gtA	gtC	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	AZ.2	0.000821
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	B	0.000128
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	259	V259E	gTa	gAa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	1	B.1.1.10	0.001115
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.152	0.04
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.165	0.015385
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.279	0.001121
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.282	0.011628
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.1.285	0.006536
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.1.351	0.002793
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.1.4	0.002976
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.1.420	0.001006
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF3a	259	V259E	gTa	gAa	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	B.1.1.528	0.004808
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF3a	259	V259D	gTA	gAC	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.126	0.001276
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.128	0.000635
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.149	0.003425
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.160.15	0.00495
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.160.33	0.004425
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.177.24	0.001295
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.177.5	0.001242
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.199	0.004132
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	259	V259Q	GTa	CAa	1	1	B.1.214.4	0.009091
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.218	0.005155
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.221.4	0.004167
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	B.1.234	0.000132
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.237	0.004975
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	1	B.1.243	0.00007
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.265	0.001271
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	1	B.1.279	0.000514
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.279	0.000514
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.298	0.002114
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.320	0.001245
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.320	0.001245
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.336	0.002439
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	B.1.340	0.004292
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF3a	259	V259del1	gtA	gt-	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF3a	259	V259del1	gtA	gt-	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	B.1.36.7	0.004
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.36.9	0.003215
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.379	0.017241
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.380	0.006623
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.389	0.001002
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	1	B.1.409	0.000781
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.409	0.000781
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	B.1.425	0.002994
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.428	0.00102
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.453	0.003236
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.459	0.004082
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.470	0.001404
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.470	0.001404
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.473	0.019231
ORF3a	259	V259G	gTa	gGa	1	1	B.1.497	0.000315
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.497	0.000315
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.503	0.002488
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.521	0.004975
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	B.1.545	0.014493
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.546	0.003704
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.551	0.00129
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.554	0.004405
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.561	0.000397
ORF3a	259	V259Q	GTa	CAa	1	1	B.1.565	0.00081
ORF3a	259	V259E	gTa	gAa	1	1	B.1.577	0.000687
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.577	0.000687
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	B.1.577	0.000687
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.595	0.000261
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.602	0.006536
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF3a	259	V259Q	GTa	CAa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	259	V259E	gTa	gAa	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	259	V259del2	gTA	g--	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	B.1.619	0.000871
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	1	B.1.621	0.000089
ORF3a	259	V259V	gtA	gtT	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	B.1.628	0.000352
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.1.91	0.002075
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.29	0.003509
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	B.3.1	0.001658
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.30	0.014706
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	B.40	0.000364
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	C.1	0.002392
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	C.36	0.000911
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	C.36.3	0.000567
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	C.36.3.1	0.002717
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	C.4	0.01
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	P.1.12	0.000484
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	P.1.14	0.000048
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	1	P.1.14	0.000048
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	P.1.14	0.000048
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	P.1.6	0.001946
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	P.3	0.001595
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	P.6	0.003145
ORF3a	259	V259A	gTa	gCa	1	1	Q.1	0.000126
ORF3a	259	V259I	Gta	Ata	1	1	Q.1	0.000126
ORF3a	259	V259del	GTA	---	1	1	Q.2	0.000613
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	Q.3	0.000145
ORF3a	259	V259V	gtA	gtG	1	1	Q.8	0.000165
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	Q.8	0.000165
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	Q.8	0.000165
ORF3a	259	V259L	Gta	Tta	1	1	R.1	0.00009
ORF3a	259	V259del1	Gta	-ta	1	1	R.1	0.00009
ORF3a	259	V259L	Gta	Cta	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.