CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 259

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a259V259LnonsynGtaTta538352280.97120626167-26169
ORF3a259V259LnonsynGtaCta53831550.028794426167-26169
ORF3a259V259deldelGTA---21562156126167-26169
ORF3a259V259del1delGta-ta135913470.9911726167-26169
ORF3a259V259del1delgtAgt-135970.0051508526167-26169
ORF3a259V259del1delGtA-tN135940.0029433426167-26169
ORF3a259V259del1delGTA-NN135910.00073583526167-26169
ORF3a259V259AnonsyngTagCa2592580.99613926167-26169
ORF3a259V259AnonsyngTAgCT25910.00386126167-26169
ORF3a259V259InonsynGtaAta227227126167-26169
ORF3a259V259VsyngtAgtG154920.59740326167-26169
ORF3a259V259VsyngtAgtC154460.29870126167-26169
ORF3a259V259VsyngtAgtT154160.10389626167-26169
ORF3a259V259QnonsynGTaCAa1414126167-26169
ORF3a259V259EnonsyngTagAa99126167-26169
ORF3a259V259del2delGTa--a540.826167-26169
ORF3a259V259del2delgTAg--510.226167-26169
ORF3a259V259FnonsynGtATtT33126167-26169
ORF3a259V259GnonsyngTagGa11126167-26169
ORF3a259V259DnonsyngTAgAC11126167-26169

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a259V259LGtaTta52285383All0.001
ORF3a259V259LGtaCta1555383All0.00003
ORF3a259V259delGTA---21562156All0.000412
ORF3a259V259LGtaTta18861886B.1.621.10.953971
ORF3a259V259del1Gta-ta13471359All0.000258
ORF3a259V259del1gtAgt-71359All0.000001
ORF3a259V259del1GtA-tN41359All0.000001
ORF3a259V259del1GTA-NN11359All0
ORF3a259V259LGtaTta10371103AY.40.001614
ORF3a259V259LGtaCta661103AY.40.000103
ORF3a259V259del1Gta-ta513513A.270.849338
ORF3a259V259delGTA---411411B.1.1.70.000368
ORF3a259V259LGtaTta359359AY.430.001591
ORF3a259V259LGtaTta318319AY.30.003163
ORF3a259V259LGtaCta1319AY.30.00001
ORF3a259V259AgTagCa258259All0.000049
ORF3a259V259AgTAgCT1259All0
ORF3a259V259LGtaTta220236B.1.1.70.000197
ORF3a259V259LGtaCta16236B.1.1.70.000014
ORF3a259V259IGtaAta227227All0.000043
ORF3a259V259del1Gta-ta226226AY.40.000352
ORF3a259V259LGtaTta165175B.1.617.20.000621
ORF3a259V259LGtaCta10175B.1.617.20.000038
ORF3a259V259delGTA---158158B.1.617.20.000595
ORF3a259V259VgtAgtG92154All0.000018
ORF3a259V259VgtAgtC46154All0.000009
ORF3a259V259VgtAgtT16154All0.000003
ORF3a259V259delGTA---137137AY.40.000213
ORF3a259V259delGTA---136136AY.1030.000844
ORF3a259V259delGTA---126126AY.430.000558
ORF3a259V259delGTA---123123AY.260.003482
ORF3a259V259del1Gta-ta121122B.1.1.70.000108
ORF3a259V259del1gtAgt-1122B.1.1.70.000001
ORF3a259V259delGTA---100100B.10.000916
ORF3a259V259IGtaAta8585AY.40.000132
ORF3a259V259IGtaAta8282B.1.1.2310.25387
ORF3a259V259del1Gta-ta7680AY.4.20.001648
ORF3a259V259del1GtA-tN380AY.4.20.000065
ORF3a259V259del1GTA-NN180AY.4.20.000022
ORF3a259V259LGtaTta8080B.1.6210.007082
ORF3a259V259delGTA---7373AY.4.20.001583
ORF3a259V259LGtaTta7173B.10.00065
ORF3a259V259LGtaCta273B.10.000018
ORF3a259V259delGTA---7070AY.440.000426
ORF3a259V259delGTA---6767AY.250.000403
ORF3a259V259LGtaTta5961AY.200.002293
ORF3a259V259LGtaCta261AY.200.000078
ORF3a259V259LGtaTta4958AY.250.000295
ORF3a259V259LGtaCta958AY.250.000054
ORF3a259V259delGTA---5555B.1.5170.023484
ORF3a259V259LGtaTta5353B.1.5260.001246
ORF3a259V259LGtaTta4852AY.1030.000298
ORF3a259V259LGtaCta452AY.1030.000025
ORF3a259V259LGtaTta4145B.1.20.000361
ORF3a259V259LGtaCta445B.1.20.000035
ORF3a259V259LGtaTta4343B.1.4270.002171
ORF3a259V259delGTA---4040AY.30.000398
ORF3a259V259LGtaTta3336AY.440.000201
ORF3a259V259LGtaCta336AY.440.000018
ORF3a259V259del1Gta-ta3535AY.430.000155
ORF3a259V259delGTA---3535B.1.20.000308
ORF3a259V259del1Gta-ta3435B.1.617.20.000128
ORF3a259V259del1GtA-tN135B.1.617.20.000004
ORF3a259V259LGtaTta3434AY.39.10.001347
ORF3a259V259del1Gta-ta3132B.1.20.000273
ORF3a259V259del1gtAgt-132B.1.20.000009
ORF3a259V259delGTA---3131AY.470.000964
ORF3a259V259LGtaTta2830AY.390.000692
ORF3a259V259LGtaCta230AY.390.000049
ORF3a259V259delGTA---3030B.1.1770.000395
ORF3a259V259AgTagCa2929AP.10.043544
ORF3a259V259del1Gta-ta2929AY.750.001625
ORF3a259V259VgtAgtC2929B.1.1.1700.03616
ORF3a259V259AgTagCa2828AY.1020.000742
ORF3a259V259LGtaTta2728AY.1020.000716
ORF3a259V259LGtaCta128AY.1020.000027
ORF3a259V259delGTA---2828B.1.6210.002479
ORF3a259V259delGTA---2727AY.130.004346
ORF3a259V259LGtaTta2727P.10.000425
ORF3a259V259LGtaTta2525B.1.3490.01787
ORF3a259V259LGtaTta2424B.1.1770.000316
ORF3a259V259del1Gta-ta2323AY.1030.000143
ORF3a259V259AgTagCa2323B.1.1.70.000021
ORF3a259V259VgtAgtG2222AY.1070.010252
ORF3a259V259LGtaTta2222AY.140.001936
ORF3a259V259del1Gta-ta2121AY.250.000126
ORF3a259V259del1Gta-ta2121AY.30.000209
ORF3a259V259delGTA---2121AY.390.000519
ORF3a259V259delGTA---2020AY.510.018182
ORF3a259V259LGtaTta2020AY.590.010593
ORF3a259V259delGTA---2020B.1.1.5190.000794
ORF3a259V259LGtaTta1919AY.29.10.00419
ORF3a259V259AgTagCa1919AY.40.00003
ORF3a259V259LGtaTta1919AY.50.000392
ORF3a259V259AgTagCa1919B.1.617.20.000072
ORF3a259V259AgTagCa1818B.1.177.50.02236
ORF3a259V259delGTA---1717AY.710.008076
ORF3a259V259LGtaTta1616AY.840.006999
ORF3a259V259IGtaAta1616B.1.1.70.000014
ORF3a259V259delGTA---1616B.1.1600.000499
ORF3a259V259del1Gta-ta1515AY.39.10.000594
ORF3a259V259LGtaTta1515B.1.4290.000353
ORF3a259V259AgTagCa1515B.1.617.10.001934
ORF3a259V259QGTaCAa1414All0.000003
ORF3a259V259LGtaTta1414AY.420.000563
ORF3a259V259del1Gta-ta1414AY.440.000085
ORF3a259V259VgtAgtG1314AY.440.000079
ORF3a259V259VgtAgtT114AY.440.000006
ORF3a259V259delGTA---1414AY.50.000289
ORF3a259V259LGtaTta1414B.1.10.000254
ORF3a259V259delGTA---1313AY.1020.000345
ORF3a259V259LGtaTta1313AY.1180.000814
ORF3a259V259del1Gta-ta1313AY.290.000205
ORF3a259V259LGtaTta1113AY.330.000735
ORF3a259V259LGtaCta213AY.330.000134
ORF3a259V259delGTA---1313B.1.177.210.000994
ORF3a259V259LGtaTta1212AY.1190.000424
ORF3a259V259LGtaTta1212AY.46.40.001974
ORF3a259V259delGTA---1212AY.750.000672
ORF3a259V259delGTA---1212AY.910.008766
ORF3a259V259del1Gta-ta1212B.10.00011
ORF3a259V259LGtaTta1212B.1.1.5190.000477
ORF3a259V259VgtAgtG1112B.1.617.20.000041
ORF3a259V259VgtAgtT112B.1.617.20.000004
ORF3a259V259delGTA---1212P.10.000189
ORF3a259V259VgtAgtG1011AY.200.000389
ORF3a259V259VgtAgtT111AY.200.000039
ORF3a259V259LGtaTta1111AY.260.000311
ORF3a259V259LGtaTta1111AY.98.10.000533
ORF3a259V259LGtaTta1111B.1.3400.04721
ORF3a259V259delGTA---1111B.1.6370.000804
ORF3a259V259delGTA---1010AY.290.000158
ORF3a259V259LGtaCta610AY.750.000336
ORF3a259V259LGtaTta410AY.750.000224
ORF3a259V259delGTA---1010B.1.3510.000297
ORF3a259V259AgTagCa1010B.1.36.220.012077
ORF3a259V259del1Gta-ta99A0.003483
ORF3a259V259LGtaTta99A.270.014901
ORF3a259V259EgTagAa99All0.000002
ORF3a259V259AgTagCa99AY.30.00009
ORF3a259V259VgtAgtG99AY.60.00037
ORF3a259V259VgtAgtC99B.10.000082
ORF3a259V259LGtaTta99B.1.2340.001187
ORF3a259V259delGTA---99B.1.3110.002471
ORF3a259V259LGtaTta99B.1.3510.000268
ORF3a259V259delGTA---99B.1.4290.000212
ORF3a259V259delGTA---99B.1.5260.000212
ORF3a259V259delGTA---88AY.1180.000501
ORF3a259V259LGtaTta88AY.770.009019
ORF3a259V259delGTA---88B.1.1.2820.093023
ORF3a259V259del1Gta-ta88B.1.177.210.000612
ORF3a259V259LGtaTta88B.1.2980.016913
ORF3a259V259IGtaAta88B.1.617.20.00003
ORF3a259V259LGtaTta78B.1.6370.000512
ORF3a259V259LGtaCta18B.1.6370.000073
ORF3a259V259LGtaTta77A0.002709
ORF3a259V259LGtaTta77AY.1200.00026
ORF3a259V259del1Gta-ta77AY.420.000282
ORF3a259V259AgTagCa67AY.430.000027
ORF3a259V259AgTAgCT17AY.430.000004
ORF3a259V259del1Gta-ta77AY.50.000145
ORF3a259V259LGtaTta77AY.60.000288
ORF3a259V259LGtaTta67AY.610.000629
ORF3a259V259LGtaCta17AY.610.000105
ORF3a259V259delGTA---77AY.98.10.000339
ORF3a259V259VgtAgtT47B.1.1.70.000004
ORF3a259V259VgtAgtG37B.1.1.70.000003
ORF3a259V259delGTA---77B.1.177.110.011885
ORF3a259V259del1Gta-ta77B.1.2210.000497
ORF3a259V259del1Gta-ta77B.1.4290.000165
ORF3a259V259LGtaTta77P.1.170.001132
ORF3a259V259delGTA---66A.270.009934
ORF3a259V259del1Gta-ta66AY.1130.000854
ORF3a259V259AgTagCa66AY.290.000095
ORF3a259V259delGTA---66AY.3.10.000512
ORF3a259V259AgTagCa66AY.390.000148
ORF3a259V259LGtaCta46AY.4.20.000087
ORF3a259V259LGtaTta26AY.4.20.000043
ORF3a259V259delGTA---66AY.70.001176
ORF3a259V259LGtaTta66AY.80.003636
ORF3a259V259delGTA---66AY.90.000406
ORF3a259V259del1Gta-ta66B0.000767
ORF3a259V259del1Gta-ta66B.1.1.3720.004132
ORF3a259V259AgTagCa66B.1.36.190.055556
ORF3a259V259delGTA---66B.1.5250.000679
ORF3a259V259delGTA---66B.1.5960.000523
ORF3a259V259LGtaTta46D.20.0003
ORF3a259V259LGtaCta26D.20.00015
ORF3a259V259LGtaTta66P.1.140.000287
ORF3a259V259del2GTa--a45All0.000001
ORF3a259V259del2gTAg--15All0
ORF3a259V259delGTA---55AY.200.000194
ORF3a259V259LGtaTta55AY.230.000349
ORF3a259V259LGtaTta55AY.290.000079
ORF3a259V259del1Gta-ta55AY.46.40.000823
ORF3a259V259LGtaTta55AY.9.20.000184
ORF3a259V259LGtaTta55AY.940.002213
ORF3a259V259del1Gta-ta55AY.980.000395
ORF3a259V259del1Gta-ta55AY.99.20.000461
ORF3a259V259del1Gta-ta55B.1.1770.000066
ORF3a259V259LGtaTta45B.1.177.860.000734
ORF3a259V259LGtaCta15B.1.177.860.000183
ORF3a259V259QGTaCAa55B.1.20.000044
ORF3a259V259LGtaTta55B.1.3500.014663
ORF3a259V259delGTA---55B.1.3890.00501
ORF3a259V259delGTA---55B.1.4270.000252
ORF3a259V259LGtaTta55B.1.438.10.000536
ORF3a259V259del1Gta-ta55B.1.5260.000118
ORF3a259V259LGtaTta55B.1.617.10.000645
ORF3a259V259del1Gta-ta55P.20.000933
ORF3a259V259delGTA---440.222222
ORF3a259V259AgTagCa44AY.1000.000184
ORF3a259V259delGTA---44AY.1170.000338
ORF3a259V259delGTA---44AY.1190.000141
ORF3a259V259delGTA---44AY.120.10.001284
ORF3a259V259VgtAgtG44AY.260.000113
ORF3a259V259VgtAgtG24AY.40.000003
ORF3a259V259VgtAgtC14AY.40.000002
ORF3a259V259VgtAgtT14AY.40.000002
ORF3a259V259delGTA---44AY.450.000487
ORF3a259V259LGtaTta44AY.46.60.000289
ORF3a259V259LGtaTta44AY.520.003257
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