CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 256

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	256	V256del		del	GTT	---	21212	21212	1	26158-26160
ORF3a	256	V256F		nonsyn	Gtt	Ttt	3238	3238	1	26158-26160
ORF3a	256	V256D		nonsyn	gTt	gAt	1509	1509	1	26158-26160
ORF3a	256	V256del1		del	gtT	gt-	1461	1261	0.863107	26158-26160
ORF3a	256	V256del1		del	Gtt	-tt	1461	120	0.0821355	26158-26160
ORF3a	256	V256del1		del	GTT	-NN	1461	40	0.0273785	26158-26160
ORF3a	256	V256del1		del	GtT	-tN	1461	18	0.0123203	26158-26160
ORF3a	256	V256del1		del	gTt	g-t	1461	15	0.0102669	26158-26160
ORF3a	256	V256del1		del	gTT	g-N	1461	3	0.00205339	26158-26160
ORF3a	256	V256del1		del	GtT	Nt-	1461	2	0.00136893	26158-26160
ORF3a	256	V256del1		del	GtT	Tt-	1461	1	0.000684463	26158-26160
ORF3a	256	V256del1		del	GTt	-Nt	1461	1	0.000684463	26158-26160
ORF3a	256	V256I		nonsyn	Gtt	Att	802	735	0.916459	26158-26160
ORF3a	256	V256I		nonsyn	GtT	AtC	802	67	0.0835411	26158-26160
ORF3a	256	V256V		syn	gtT	gtC	493	472	0.957404	26158-26160
ORF3a	256	V256del2		del	gTT	g--	493	464	0.941176	26158-26160
ORF3a	256	V256del2		del	GTt	--t	493	27	0.0547667	26158-26160
ORF3a	256	V256V		syn	gtT	gtA	493	14	0.0283976	26158-26160
ORF3a	256	V256V		syn	gtT	gtG	493	7	0.0141988	26158-26160
ORF3a	256	V256del2		del	GTT	A--	493	2	0.0040568	26158-26160
ORF3a	256	V256A		nonsyn	gTt	gCt	213	213	1	26158-26160
ORF3a	256	V256S		nonsyn	GTt	AGt	143	76	0.531469	26158-26160
ORF3a	256	V256S		nonsyn	GTT	AGC	143	67	0.468531	26158-26160
ORF3a	256	V256G		nonsyn	gTt	gGt	13	12	0.923077	26158-26160
ORF3a	256	V256G		nonsyn	gTT	gGA	13	1	0.0769231	26158-26160
ORF3a	256	V256L		nonsyn	Gtt	Ctt	7	7	1	26158-26160
ORF3a	256	V256E		nonsyn	gTT	gAG	2	2	1	26158-26160
ORF3a	256	V256Q		nonsyn	GTT	CAA	1	1	1	26158-26160
ORF3a	256	V256M		nonsyn	GtT	AtG	1	1	1	26158-26160
ORF3a	256	V256N		nonsyn	GTt	AAt	1	1	1	26158-26160
ORF3a	256	V256K		nonsyn	GTT	AAG	1	1	1	26158-26160
ORF3a	256	V256P		nonsyn	GTt	CCt	1	1	1	26158-26160

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	256	V256del	GTT	---	21212	21212	All	0.004057
ORF3a	256	V256del	GTT	---	10734	10734	B.1.621	0.950164
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	3238	3238	All	0.000619
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2601	2601	B.1.628	0.91649
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1843	1843	B.1.621.1	0.932221
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1509	1509	All	0.000289
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1261	1461	All	0.000241
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	120	1461	All	0.000023
ORF3a	256	V256del1	GTT	-NN	40	1461	All	0.000008
ORF3a	256	V256del1	GtT	-tN	18	1461	All	0.000003
ORF3a	256	V256del1	gTt	g-t	15	1461	All	0.000003
ORF3a	256	V256del1	gTT	g-N	3	1461	All	0.000001
ORF3a	256	V256del1	GtT	Nt-	2	1461	All	0
ORF3a	256	V256del1	GTt	-Nt	1	1461	All	0
ORF3a	256	V256del1	GtT	Tt-	1	1461	All	0
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	735	802	All	0.000141
ORF3a	256	V256I	GtT	AtC	67	802	All	0.000013
ORF3a	256	V256del	GTT	---	748	748	B.1.1.7	0.00067
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	689	689	B.1.1.7	0.000617
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	512	512	A.27	0.847682
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	472	493	All	0.00009
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	464	493	All	0.000089
ORF3a	256	V256del2	GTt	--t	27	493	All	0.000005
ORF3a	256	V256V	gtT	gtA	14	493	All	0.000003
ORF3a	256	V256V	gtT	gtG	7	493	All	0.000001
ORF3a	256	V256del2	GTT	A--	2	493	All	0
ORF3a	256	V256del	GTT	---	437	437	B.1.627	0.882828
ORF3a	256	V256del	GTT	---	361	361	B.1.617.2	0.001359
ORF3a	256	V256del	GTT	---	341	341	AY.4	0.000531
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	339	339	AY.43	0.001502
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	316	316	B.1.1.7	0.000283
ORF3a	256	V256del	GTT	---	271	271	B.1.631	0.912458
ORF3a	256	V256del	GTT	---	264	264	B.1	0.002418
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	255	255	AY.4	0.000397
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	254	254	B.1.1.7	0.000227
ORF3a	256	V256del	GTT	---	249	249	B.1.1	0.004517
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	227	227	P.1	0.003576
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	200	218	AY.4	0.000311
ORF3a	256	V256del1	gTt	g-t	13	218	AY.4	0.00002
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	4	218	AY.4	0.000006
ORF3a	256	V256del1	gTT	g-N	1	218	AY.4	0.000002
ORF3a	256	V256del	GTT	---	216	216	AY.44	0.001315
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	213	213	All	0.000041
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	196	196	B.1.2	0.001726
ORF3a	256	V256del	GTT	---	195	195	B.1.1.222	0.03978
ORF3a	256	V256del	GTT	---	193	193	AV.1	0.974747
ORF3a	256	V256del	GTT	---	186	186	AY.103	0.001155
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	175	175	B.1.617.2	0.000659
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	174	174	AY.43	0.000771
ORF3a	256	V256del	GTT	---	171	171	B.1.2	0.001506
ORF3a	256	V256del	GTT	---	161	161	AY.43	0.000713
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	157	157	B.1.532	0.975155
ORF3a	256	V256del	GTT	---	146	146	B.1.160	0.004553
ORF3a	256	V256S	GTt	AGt	76	143	All	0.000015
ORF3a	256	V256S	GTT	AGC	67	143	All	0.000013
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	120	141	B.1.1.7	0.000107
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	20	141	B.1.1.7	0.000018
ORF3a	256	V256del1	GtT	-tN	1	141	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	141	141	B.1.258	0.009383
ORF3a	256	V256del	GTT	---	139	139	B.1.526	0.003267
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	130	130	AY.103	0.000807
ORF3a	256	V256del	GTT	---	130	130	AY.25	0.000782
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	122	122	B.1.617.2	0.000459
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	120	120	B.1	0.001099
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	112	112	AY.4.2	0.002429
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	109	109	B.1.351	0.00324
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	103	103	AY.44	0.000627
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	103	103	B.1.177.15	0.064984
ORF3a	256	V256S	GTt	AGt	47	89	B.1.621	0.00416
ORF3a	256	V256S	GTT	AGC	42	89	B.1.621	0.003718
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	45	87	B.1.621	0.003983
ORF3a	256	V256I	GtT	AtC	42	87	B.1.621	0.003718
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	82	85	AY.4	0.000128
ORF3a	256	V256V	gtT	gtA	3	85	AY.4	0.000005
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	84	84	AY.4	0.000131
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	83	83	AY.100	0.003819
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	77	77	AY.3	0.000766
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	77	77	AY.5	0.00159
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	73	73	AY.4	0.000114
ORF3a	256	V256del	GTT	---	72	72	B.1.1.214	0.003993
ORF3a	256	V256del	GTT	---	72	72	B.1.517	0.030743
ORF3a	256	V256del	GTT	---	65	65	B.1.243.2	0.942029
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	56	63	B.1.1.7	0.00005
ORF3a	256	V256V	gtT	gtG	5	63	B.1.1.7	0.000004
ORF3a	256	V256V	gtT	gtA	2	63	B.1.1.7	0.000002
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	62	62	B.1.617.2	0.000233
ORF3a	256	V256del	GTT	---	57	57	B.1.619.1	0.036562
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	56	56	AY.33	0.00374
ORF3a	256	V256del	GTT	---	56	56	B.1.429	0.001318
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	56	56	B.1.617.2	0.000211
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	55	55	AY.102	0.001458
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	54	54	B.1.1.7	0.000048
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	51	51	AY.4	0.000079
ORF3a	256	V256del	GTT	---	51	51	B.1.1.519	0.002025
ORF3a	256	V256del	GTT	---	50	50	B.1.177	0.000658
ORF3a	256	V256S	GTt	AGt	26	49	AY.113	0.003702
ORF3a	256	V256S	GTT	AGC	23	49	AY.113	0.003275
ORF3a	256	V256del	GTT	---	48	48	AY.3	0.000477
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	24	47	AY.113	0.003417
ORF3a	256	V256I	GtT	AtC	23	47	AY.113	0.003275
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	47	47	AY.44	0.000286
ORF3a	256	V256del1	GTT	-NN	25	47	B.1.621	0.002213
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	11	47	B.1.621	0.000974
ORF3a	256	V256del1	GtT	-tN	10	47	B.1.621	0.000885
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	47	B.1.621	0.000089
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	46	46	AY.103	0.000286
ORF3a	256	V256del	GTT	---	45	45	AY.14	0.003961
ORF3a	256	V256del	GTT	---	44	44	AY.47	0.001369
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	44	44	B.1.177	0.000579
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	34	44	B.1.617.2	0.000128
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	10	44	B.1.617.2	0.000038
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	43	43	B.1	0.000394
ORF3a	256	V256del	GTT	---	41	41	AY.26	0.001161
ORF3a	256	V256del	GTT	---	40	40	AY.9.2	0.001469
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	40	40	AY.98.1	0.001937
ORF3a	256	V256del	GTT	---	40	40	C.37	0.004643
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	39	39	AY.3	0.000388
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	38	38	AY.29	0.000599
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	37	38	AY.4.2	0.000802
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	1	38	AY.4.2	0.000022
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	19	34	AY.44	0.000116
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	14	34	AY.44	0.000085
ORF3a	256	V256del1	GtT	-tN	1	34	AY.44	0.000006
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	34	34	B.1.526	0.000799
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	31	33	B.1.2	0.000273
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	2	33	B.1.2	0.000018
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	32	32	AY.25	0.000192
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	32	32	AY.36	0.004743
ORF3a	256	V256del	GTT	---	31	31	B.1.234	0.00409
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	29	30	AY.75	0.001625
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	1	30	AY.75	0.000056
ORF3a	256	V256del	GTT	---	30	30	B.1.243	0.002088
ORF3a	256	V256del	GTT	---	28	28	AY.5	0.000578
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	27	27	AY.25	0.000162
ORF3a	256	V256del	GTT	---	27	27	AY.36	0.004002
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	27	27	AY.44	0.000164
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	26	26	P.1	0.00041
ORF3a	256	V256del	GTT	---	25	25	AY.10	0.013249
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	25	25	AY.4	0.000039
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	25	25	AY.43	0.000111
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	23	24	AY.103	0.000143
ORF3a	256	V256del1	gTt	g-t	1	24	AY.103	0.000006
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	23	23	AY.110	0.002592
ORF3a	256	V256del	GTT	---	23	23	AY.117	0.001944
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	23	23	AY.120	0.000855
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	23	23	AY.47	0.000715
ORF3a	256	V256del	GTT	---	23	23	AY.75	0.001289
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	23	23	B.1.243	0.0016
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	22	22	B.1.160	0.000686
ORF3a	256	V256del	GTT	---	21	21	AY.102	0.000557
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	20	21	AY.25	0.00012
ORF3a	256	V256del1	GtT	Tt-	1	21	AY.25	0.000006
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	21	21	AY.3	0.000209
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	20	21	AY.43	0.000089
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	1	21	AY.43	0.000004
ORF3a	256	V256del	GTT	---	21	21	P.1	0.000331
ORF3a	256	V256del	GTT	---	20	20	AY.100	0.00092
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	15	19	AY.39.1	0.000594
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	4	19	AY.39.1	0.000158
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	19	19	B.1.177	0.00025
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	19	19	B.1.2	0.000167
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	19	19	B.1.227	0.904762
ORF3a	256	V256del	GTT	---	19	19	B.1.351	0.000565
ORF3a	256	V256del	GTT	---	18	18	AY.39	0.000445
ORF3a	256	V256del	GTT	---	18	18	AY.9.1	0.001507
ORF3a	256	V256del	GTT	---	17	17	AY.119	0.0006
ORF3a	256	V256del	GTT	---	17	17	AY.20	0.000661
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	17	17	AY.23	0.001186
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	17	17	AY.25	0.000102
ORF3a	256	V256del	GTT	---	17	17	AY.29	0.000268
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	17	17	B.1.1	0.000308
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	17	17	B.1.1	0.000308
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	16	16	AY.118	0.001002
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	16	16	AY.43	0.000071
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	16	16	B.1.526	0.000376
ORF3a	256	V256del	GTT	---	16	16	B.1.623	0.008584
ORF3a	256	V256del	GTT	---	15	15	A	0.005805
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	15	15	AY.26	0.000425
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	15	15	P.2	0.0028
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	14	14	AY.46	0.001457
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	10	14	B.1.177	0.000132
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	4	14	B.1.177	0.000053
ORF3a	256	V256del	GTT	---	14	14	B.1.220	0.152174
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	7	14	B.1.221	0.000497
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	7	14	B.1.221	0.000497
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	14	14	B.1.561	0.005558
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	13	14	B.1.617.2	0.000049
ORF3a	256	V256V	gtT	gtA	1	14	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	12	13	All	0.000002
ORF3a	256	V256G	gTT	gGA	1	13	All	0
ORF3a	256	V256del	GTT	---	13	13	AY.113	0.001851
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	13	13	AY.20	0.000505
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	13	13	AY.29	0.000205
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	13	13	AY.42	0.000523
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	13	13	AY.43	0.000058
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	13	13	AY.99.2	0.001198
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	13	13	B.1.595	0.003392
ORF3a	256	V256del	GTT	---	12	12	AY.24	0.005172
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	12	12	AY.61	0.001257
ORF3a	256	V256del	GTT	---	12	12	AY.91	0.008766
ORF3a	256	V256del	GTT	---	12	12	B	0.001534
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	8	12	B.1	0.000073
ORF3a	256	V256del1	GTT	-NN	4	12	B.1	0.000037
ORF3a	256	V256del	GTT	---	12	12	B.1.177.86	0.002201
ORF3a	256	V256del	GTT	---	12	12	P.1.12	0.005808
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	12	12	Q.1	0.001516
ORF3a	256	V256del	GTT	---	11	11	AY.23	0.000767
ORF3a	256	V256del	GTT	---	11	11	B.1.1.306	0.004822
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	11	11	B.1.1.37	0.002122
ORF3a	256	V256del	GTT	---	11	11	B.1.427	0.000555
ORF3a	256	V256del	GTT	---	11	11	B.1.639	0.23913
ORF3a	256	V256del	GTT	---	11	11	P.2	0.002053
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	10	10	AY.39	0.000247
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	5	10	AY.46.4	0.000823
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	5	10	AY.46.4	0.000823
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	10	10	AY.7.1	0.001127
ORF3a	256	V256del	GTT	---	10	10	B.1.1.171	0.036765
ORF3a	256	V256del	GTT	---	10	10	B.1.110.3	0.007184
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	10	10	B.1.177.86	0.001835
ORF3a	256	V256del1	GTT	-NN	5	10	B.1.628	0.001762
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	2	10	B.1.628	0.000705
ORF3a	256	V256del1	GtT	-tN	2	10	B.1.628	0.000705
ORF3a	256	V256del1	GtT	Nt-	1	10	B.1.628	0.000352
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	10	10	B.1.637	0.000731
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	10	10	Q.2	0.006135
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	9	9	A	0.003483
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	9	9	AY.103	0.000056
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	9	9	AY.119	0.000318
ORF3a	256	V256del	GTT	---	9	9	AY.120	0.000335
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	9	9	AY.20	0.00035
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	9	9	AY.3	0.00009
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	9	9	AY.39	0.000222
ORF3a	256	V256del	GTT	---	9	9	AY.39.1	0.000357
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	7	9	AY.5	0.000145
ORF3a	256	V256del1	gTT	g-N	2	9	AY.5	0.000041
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	9	9	AY.98.1	0.000436
ORF3a	256	V256del	GTT	---	9	9	B.1.1.141	0.018109
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	9	9	B.1.243	0.000626
ORF3a	256	V256del	GTT	---	9	9	B.1.258	0.000599
ORF3a	256	V256del	GTT	---	9	9	B.1.369	0.002567
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	7	9	B.1.429	0.000165
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	2	9	B.1.429	0.000047
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	9	9	B.1.526	0.000212
ORF3a	256	V256del	GTT	---	9	9	B.1.596	0.000784
ORF3a	256	V256del	GTT	---	9	9	C.13	0.230769
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	8	8	AY.47	0.000249
ORF3a	256	V256del	GTT	---	8	8	AY.98.1	0.000387
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	7	8	B.1.1	0.000127
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	6	8	B.1.1	0.000109
ORF3a	256	V256del1	GTT	-NN	1	8	B.1.1	0.000018
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	8	B.1.1	0.000018
ORF3a	256	V256V	gtT	gtG	1	8	B.1.1	0.000018
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	8	8	B.1.1.1	0.002614
ORF3a	256	V256del	GTT	---	8	8	B.1.1.282	0.093023
ORF3a	256	V256del	GTT	---	8	8	B.1.1.432	0.010127
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	8	8	B.1.177.21	0.000612
ORF3a	256	V256del	GTT	---	8	8	B.1.177.9	0.010652
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	8	8	B.1.36.22	0.009662
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	8	8	B.1.558	0.03653
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	8	8	B.1.617.2	0.00003
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	8	8	P.2	0.001493
ORF3a	256	V256del	GTT	---	7	7	A.27	0.011589
ORF3a	256	V256L	Gtt	Ctt	7	7	All	0.000001
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	7	7	AY.29	0.00011
ORF3a	256	V256del	GTT	---	7	7	AY.4.2	0.000152
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	7	7	AY.44	0.000043
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	7	7	AY.46.6	0.000505
ORF3a	256	V256del	GTT	---	7	7	AY.88	0.006189
ORF3a	256	V256del	GTT	---	7	7	AY.9	0.000473
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	7	7	AY.98	0.000553
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	5	7	B.1	0.000046
ORF3a	256	V256V	gtT	gtA	2	7	B.1	0.000018
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	7	7	B.1.177.11	0.011885
ORF3a	256	V256del	GTT	---	7	7	B.1.221	0.000497
ORF3a	256	V256del	GTT	---	7	7	B.1.258.17	0.000728
ORF3a	256	V256del	GTT	---	7	7	B.1.466.2	0.002739
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	7	7	B.1.517.1	0.036842
ORF3a	256	V256del	GTT	---	7	7	B.1.525	0.000792
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	7	7	B.1.621.1	0.003541
ORF3a	256	V256del	GTT	---	7	7	Q.8	0.001154
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	6	6	AY.102	0.000159
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	6	6	AY.103	0.000037
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	6	6	AY.113	0.000854
ORF3a	256	V256del	GTT	---	6	6	AY.114	0.001387
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	6	6	AY.119	0.000212
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	6	6	AY.39.1	0.000238
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	6	6	AY.42	0.000241
ORF3a	256	V256del	GTT	---	6	6	AY.6	0.000247
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	6	6	AY.9.2	0.00022
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	5	6	AY.99.2	0.000461
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	1	6	AY.99.2	0.000092
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	6	6	B	0.000767
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	6	6	B.1.1	0.000109
ORF3a	256	V256del	GTT	---	6	6	B.1.1.198	0.008811
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.1.207	0.007092
ORF3a	256	V256del	GTT	---	6	6	B.1.1.25	0.003411
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	6	6	B.1.1.372	0.004132
ORF3a	256	V256del	GTT	---	6	6	B.1.1.413	0.041379
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF3a	256	V256del	GTT	---	6	6	B.1.128	0.003812
ORF3a	256	V256del	GTT	---	6	6	B.1.160.29	0.025316
ORF3a	256	V256del	GTT	---	6	6	B.1.177.83	0.008889
ORF3a	256	V256del2	GTt	--t	6	6	B.1.177.84	0.04
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	6	6	B.1.2	0.000053
ORF3a	256	V256del	GTT	---	6	6	B.1.36	0.000875
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	5	6	B.1.526	0.000118
ORF3a	256	V256del1	GtT	-tN	1	6	B.1.526	0.000024
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.617.1	0.000774
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	6	6	B.1.632	0.040268
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	3	6	P.1	0.000047
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	3	6	P.1	0.000047
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	5	5	AY.102	0.000133
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	AY.106	0.001674
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	AY.12	0.00158
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	AY.121	0.000677
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	AY.13	0.000805
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	AY.16	0.001898
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	5	5	AY.25	0.00003
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	AY.26	0.000142
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	4	5	AY.26	0.000113
ORF3a	256	V256I	GtT	AtC	1	5	AY.26	0.000028
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	AY.36	0.000741
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	3	5	AY.39	0.000074
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	2	5	AY.39	0.000049
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	AY.4.5	0.000537
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	AY.45	0.000608
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	5	5	AY.47	0.000156
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	AY.68	0.001369
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	AY.7	0.00098
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	AY.87	0.004163
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	5	5	AY.98	0.000395
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	5	5	B.1	0.000046
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	B.1.1.189	0.007564
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	5	5	B.1.1.243	0.020408
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	B.1.1.297	0.011186
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	B.1.1.381	0.2
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.1.519	0.000199
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.177.7	0.000824
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.189	0.021459
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	5	5	B.1.240	0.001078
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	B.1.247	0.074627
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	3	5	B.1.258	0.0002
ORF3a	256	V256del2	GTt	--t	2	5	B.1.258	0.000133
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	5	5	B.1.351	0.000149
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	B.1.389	0.00501
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.427	0.000252
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.429	0.000118
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	5	5	B.1.429	0.000118
ORF3a	256	V256del2	GTt	--t	5	5	B.1.627	0.010101
ORF3a	256	V256del2	GTt	--t	5	5	B.1.628	0.001762
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	B.1.637	0.000365
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	P.1.14	0.000239
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	5	5	P.2	0.000933
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	P.5	0.068493
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	5	5	Q.3	0.000725
ORF3a	256	V256del	GTT	---	5	5	R.1	0.00045
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4		0.222222
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	A.2	0.002647
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	4	4	AY.100	0.000184
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	4	4	AY.103	0.000025
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	4	4	AY.116	0.001147
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	4	4	AY.120	0.000149
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	AY.120.1	0.001284
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	4	4	AY.121	0.000541
ORF3a	256	V256del1	GTT	-NN	3	4	AY.14	0.000264
ORF3a	256	V256del1	GtT	-tN	1	4	AY.14	0.000088
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	4	4	AY.3	0.00004
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	AY.38	0.001997
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	4	4	AY.43	0.000018
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	4	4	AY.5	0.000083
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	AY.61	0.000419
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	4	4	AY.68	0.001095
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	4	4	AY.9	0.00027
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	AY.92	0.001149
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	AZ.2	0.003284
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	4	4	B.1	0.000037
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	B.1.1.1	0.001307
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	B.1.1.28	0.001245
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	B.1.1.317	0.001647
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	B.1.157	0.01194
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	4	4	B.1.177	0.000053
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	B.1.177.4	0.000844
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	B.1.258.11	0.001585
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	4	4	B.1.427	0.000202
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	4	4	B.1.438.1	0.000429
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	4	4	B.1.525	0.000453
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.609	0.001918
ORF3a	256	V256del2	GTt	--t	4	4	B.1.621	0.000354
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	4	4	B.1.634	0.013699
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	4	4	B.1.637	0.000292
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	D.2	0.0003
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	4	4	P.1	0.000063
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	P.1.10	0.001078
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	4	4	P.1.14	0.000191
ORF3a	256	V256del	GTT	---	4	4	P.1.16	0.001496
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	3	3	A.29	0.015957
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	3	3	AY.102	0.00008
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	3	3	AY.117	0.000254
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	3	3	AY.117	0.000254
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	3	3	AY.118	0.000188
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	3	3	AY.121	0.000406
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	3	3	AY.121	0.000406
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	3	3	AY.13	0.000483
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	3	3	AY.25	0.000018
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	3	3	AY.34	0.000291
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	AY.35	0.000699
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	3	3	AY.39	0.000074
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	3	3	AY.39	0.000074
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	3	3	AY.39	0.000074
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	AY.42	0.000121
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	3	3	AY.42	0.000121
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	3	3	AY.44	0.000018
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	AY.45	0.000365
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	3	3	AY.5	0.000062
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	3	3	AY.61	0.000314
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	3	3	AY.67	0.001393
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	3	3	AY.75	0.000168
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	3	3	AY.9.2	0.00011
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	AY.98	0.000237
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	AY.99.2	0.000276
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	3	3	B.1.1	0.000054
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.1.165	0.046154
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	3	3	B.1.1.170	0.003741
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.1.174	0.010135
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	3	3	B.1.1.214	0.000166
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	3	3	B.1.1.222	0.000612
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.1.258	0.009772
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.1.284	0.000322
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	3	3	B.1.1.311	0.001074
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.1.318	0.000905
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	3	3	B.1.1.348	0.002389
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.1.39	0.001529
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	3	3	B.1.160	0.000094
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.177.73	0.001699
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.177.75	0.003122
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.177.81	0.000568
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	3	3	B.1.2	0.000026
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.206	0.002447
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.214.2	0.001799
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.221	0.000213
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.232	0.001612
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.240	0.000647
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.243	0.000209
ORF3a	256	V256del1	GTT	-NN	2	3	B.1.243.2	0.028986
ORF3a	256	V256del1	GTt	-Nt	1	3	B.1.243.2	0.014493
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.265	0.003812
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.280	0.021429
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.311	0.000824
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	3	3	B.1.36	0.000438
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.380	0.019868
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	3	3	B.1.429	0.000071
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.524	0.004219
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	3	3	B.1.525	0.000339
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	3	3	B.1.526	0.000071
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.533	0.028846
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	B.1.576	0.00272
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.582	0.001472
ORF3a	256	V256del2	GTt	--t	3	3	B.1.631	0.010101
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	2	3	B.1.637	0.000146
ORF3a	256	V256del1	GtT	Nt-	1	3	B.1.637	0.000073
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	C.26	0.022059
ORF3a	256	V256del	GTT	---	3	3	C.37.1	0.007853
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	3	3	D.2	0.000225
ORF3a	256	V256V	gtT	gtA	2	3	D.2	0.00015
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	3	D.2	0.000075
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	3	3	L.1	0.005714
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	3	3	P.1	0.000047
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	A.28	0.005291
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	AD.2	0.000438
ORF3a	256	V256E	gTT	gAG	2	2	All	0
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	AU.1	0.002532
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	AY.1	0.000791
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	AY.10	0.00106
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	2	2	AY.100	0.000092
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	2	2	AY.102	0.000053
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	AY.111	0.000366
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	2	2	AY.116	0.000574
ORF3a	256	V256S	GTT	AGC	1	2	AY.117	0.000085
ORF3a	256	V256S	GTt	AGt	1	2	AY.117	0.000085
ORF3a	256	V256I	GtT	AtC	1	2	AY.117	0.000085
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	2	AY.117	0.000085
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	AY.118	0.000125
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	AY.118	0.000125
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	2	2	AY.119	0.000071
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	AY.120	0.000074
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	AY.23	0.000139
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	2	2	AY.25	0.000012
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	2	2	AY.26	0.000057
ORF3a	256	V256S	GTT	AGC	1	2	AY.26	0.000028
ORF3a	256	V256S	GTt	AGt	1	2	AY.26	0.000028
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	AY.27	0.000129
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	2	2	AY.28	0.003781
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	AY.29.1	0.000441
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	AY.30	0.000791
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	2	2	AY.30	0.000791
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	AY.33	0.000134
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	2	2	AY.33	0.000134
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	2	2	AY.36	0.000296
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	2	2	AY.36	0.000296
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	2	2	AY.42	0.00008
ORF3a	256	V256L	Gtt	Ctt	2	2	AY.43	0.000009
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	2	2	AY.44	0.000012
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	2	2	AY.45	0.000243
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	AY.46	0.000208
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	2	2	AY.46	0.000208
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	2	2	AY.47	0.000062
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	AY.56	0.00321
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	AY.59	0.001059
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	2	2	AY.6	0.000082
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	AY.64	0.00119
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	AY.65	0.001066
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	2	2	AY.68	0.000547
ORF3a	256	V256V	gtT	gtA	2	2	AY.74	0.000231
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	2	2	AY.9	0.000135
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	AY.95	0.001522
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	2	2	AY.97	0.003401
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	2	2	AY.98	0.000158
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	AY.99	0.002099
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	AZ.1	0.001735
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	2	2	B	0.000256
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	2	2	B.1.1.115	0.017857
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.1.153	0.002191
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.1.174	0.006757
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.1.208	0.02439
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	2	2	B.1.1.220	0.003717
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	2	2	B.1.1.230	0.018349
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.25	0.001137
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.1.311	0.000716
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	B.1.1.39	0.001019
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.1.397	0.004505
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.1.409	0.005666
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.1.46	0.008734
ORF3a	256	V256L	Gtt	Ctt	2	2	B.1.1.50	0.001358
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.70	0.000682
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.1.99	0.047619
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.111	0.00235
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	2	2	B.1.160	0.000062
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.160.10	0.016129
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	2	2	B.1.160.16	0.001859
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	B.1.177.17	0.001642
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.177.33	0.003289
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.177.5	0.002484
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.177.62	0.002384
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	2	2	B.1.2	0.000018
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	B.1.234	0.000264
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.234	0.000264
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.239	0.002442
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.320	0.002491
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.36	0.000292
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.36.17	0.000988
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	B.1.398	0.005952
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.409	0.001563
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.416	0.002538
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	B.1.425	0.005988
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.466.1	0.014388
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.471	0.005464
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.474	0.003802
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.497	0.00063
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.517	0.000854
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.551	0.002581
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	B.1.577	0.001375
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.596	0.000174
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	B.1.596	0.000174
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.612	0.005305
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.620	0.001892
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	2	2	B.1.621	0.000177
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.1.9.5	0.011364
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	B.55	0.0059
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	B.6	0.00182
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	C.36.3	0.001134
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	2	2	C.37	0.000232
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	D.2	0.00015
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	N.9	0.011905
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	2	2	P.1	0.000032
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	2	2	P.1.10	0.000539
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	P.1.16	0.000748
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	P.1.17	0.000324
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	P.1.7	0.000639
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	2	2	P.2	0.000373
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	Q.3	0.00029
ORF3a	256	V256del	GTT	---	2	2	Q.4	0.00091
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	2	2	Q.8	0.00033
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	A.1	0.000282
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	A.1	0.000282
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	A.19	0.009434
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	A.2	0.000662
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	A.2	0.000662
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	A.2.5	0.000499
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	A.21	0.00277
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	A.27	0.001656
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	A.28	0.002646
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	A.5	0.001923
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AD.2	0.000219
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AE.8	0.000489
ORF3a	256	V256Q	GTT	CAA	1	1	All	0
ORF3a	256	V256P	GTt	CCt	1	1	All	0
ORF3a	256	V256K	GTT	AAG	1	1	All	0
ORF3a	256	V256M	GtT	AtG	1	1	All	0
ORF3a	256	V256N	GTt	AAt	1	1	All	0
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AU.3	0.00211
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	1	1	AY.10	0.00053
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.10	0.00053
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.101	0.00049
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	AY.101	0.00049
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.101	0.00049
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.104	0.001984
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.106	0.000335
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.107	0.000466
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.108	0.001103
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.109	0.00074
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.111	0.000183
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.114	0.000231
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.114	0.000231
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.116	0.000287
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.116	0.000287
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.116	0.000287
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.118	0.000063
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.12	0.000316
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.121	0.000135
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	AY.13	0.000161
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.13	0.000161
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	AY.13	0.000161
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.14	0.000088
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	AY.14	0.000088
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.14	0.000088
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.16	0.00038
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.16	0.00038
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.2	0.000356
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	256	V256L	Gtt	Ctt	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.21	0.001898
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	AY.24	0.000431
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	AY.24	0.000431
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.24	0.000431
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	1	1	AY.27	0.000065
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	256	V256S	GTt	AGt	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.33	0.000067
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	AY.34	0.000097
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.35	0.000233
ORF3a	256	V256L	Gtt	Ctt	1	1	AY.36	0.000148
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.36	0.000148
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.37	0.000316
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.37	0.000316
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	AY.38	0.000499
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.39	0.000025
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	1	1	AY.4	0.000002
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.40	0.000964
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.42	0.00004
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.45	0.000122
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	1	1	AY.45	0.000122
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.46	0.000104
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	AY.53	0.000288
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.55	0.000917
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.55	0.000917
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.6	0.000041
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.60	0.000938
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	AY.61	0.000105
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.61	0.000105
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.61	0.000105
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.62	0.000436
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.62	0.000436
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.65	0.000533
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.66	0.00107
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	AY.7	0.000196
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	AY.7	0.000196
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.70	0.000209
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.71	0.000475
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.71	0.000475
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.73	0.000665
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.74	0.000116
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.74	0.000116
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.78	0.001541
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.79	0.001211
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.8	0.000606
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	AY.8	0.000606
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.8	0.000606
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	AY.84	0.000437
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.85	0.000427
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	AY.85	0.000427
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	AY.87	0.000833
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	AY.87	0.000833
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.9	0.000068
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.90	0.000684
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.91	0.00073
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.92	0.000287
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.97	0.001701
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	256	V256del2	GTt	--t	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	256	V256V	gtT	gtA	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	256	V256K	GTT	AAG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	256	V256N	GTt	AAt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	256	V256M	GtT	AtG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	256	V256E	gTT	gAG	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.10	0.001115
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.117	0.009709
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.128	0.007092
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.1.204	0.00304
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF3a	256	V256G	gTT	gGA	1	1	B.1.1.241	0.00207
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.244	0.015385
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	256	V256Q	GTT	CAA	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.1.285	0.006536
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.300	0.010753
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.308	0.011765
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.322	0.008772
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.1.351	0.002793
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.368	0.003086
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.386	0.066667
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.1.4	0.002976
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.420	0.001006
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.430	0.041667
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.481	0.071429
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.5	0.008333
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.517	0.006803
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.521	0.005348
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.528	0.004808
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF3a	256	V256P	GTt	CCt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	256	V256E	gTT	gAG	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.110.3	0.000718
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.126	0.001276
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.160.12	0.00641
ORF3a	256	V256del2	GTT	A--	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.160.33	0.004425
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.170	0.00431
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.177.31	0.011494
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.177.32	0.00135
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.177.45	0.000381
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.177.68	0.015152
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.178	0.02381
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.221.4	0.004167
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	1	1	B.1.222	0.001692
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.239	0.001221
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.241	0.000812
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.247	0.014925
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.258	0.000067
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.258	0.000067
ORF3a	256	V256del1	gTt	g-t	1	1	B.1.258	0.000067
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.258.3	0.001675
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.260	0.003344
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.279	0.000514
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.279	0.000514
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.298	0.002114
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.311	0.000275
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.323	0.020833
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.324	0.001605
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.336	0.002439
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.349	0.000715
ORF3a	256	V256del1	GtT	-tN	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.351.1	0.038462
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.356	0.001727
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36.21	0.00216
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36.37	0.002778
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36.9	0.003215
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.362	0.001541
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.367	0.000792
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	B.1.369	0.000285
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.389	0.001002
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.396	0.000706
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.396	0.000706
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.399	0.001934
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.403	0.003268
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.404	0.001302
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.405	0.012346
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.411	0.003704
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.422	0.000812
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.438	0.006536
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.438.4	0.021277
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.465	0.003802
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.470	0.001404
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.473	0.019231
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.497	0.000315
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.499	0.00105
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	1	1	B.1.503	0.002488
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.516	0.001957
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.521	0.004975
ORF3a	256	V256del2	GTt	--t	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.538	0.008065
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.544	0.006024
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.551	0.00129
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.551	0.00129
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.561	0.000397
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.561	0.000397
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.561	0.000397
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.564	0.000426
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	1	1	B.1.564	0.000426
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.570	0.002941
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.575	0.000303
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.575	0.000303
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	B.1.577	0.000687
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.582	0.000491
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.582	0.000491
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.595	0.000261
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.595.4	0.007299
ORF3a	256	V256del2	GTT	A--	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.601	0.030303
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.609	0.000479
ORF3a	256	V256V	gtT	gtC	1	1	B.1.610	0.003546
ORF3a	256	V256L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.619	0.000871
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF3a	256	V256V	gtT	gtA	1	1	B.1.621	0.000089
ORF3a	256	V256G	gTt	gGt	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.623	0.000536
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.625	0.002353
ORF3a	256	V256del1	Gtt	-tt	1	1	B.1.627	0.00202
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.1.628	0.000352
ORF3a	256	V256del1	GtT	-tN	1	1	B.1.631	0.003367
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.632	0.006711
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.634	0.003425
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.1.638	0.052632
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	B.10	0.008264
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.4	0.002208
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	B.40	0.000364
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	B.6	0.00091
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	B.6	0.00091
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	C.1	0.002392
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	C.1.2	0.004255
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	C.16	0.00106
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	C.30.1	0.006711
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	C.35	0.000774
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	C.36	0.000911
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	C.36.3	0.000567
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	C.37	0.000116
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	C.37	0.000116
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	C.6	0.037037
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	N.6	0.007092
ORF3a	256	V256A	gTt	gCt	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	P.1.1	0.000318
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	P.1.10	0.000269
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	P.1.15	0.000232
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	P.1.3	0.034483
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	P.1.7	0.000319
ORF3a	256	V256del2	gTT	g--	1	1	P.2	0.000187
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	P.2	0.000187
ORF3a	256	V256I	Gtt	Att	1	1	P.5	0.013699
ORF3a	256	V256del	GTT	---	1	1	P.6	0.003145
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	Q.1	0.000126
ORF3a	256	V256F	Gtt	Ttt	1	1	Q.2	0.000613
ORF3a	256	V256V	gtT	gtG	1	1	Q.3	0.000145
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	Q.3	0.000145
ORF3a	256	V256D	gTt	gAt	1	1	Q.8	0.000165
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	Q.8	0.000165
ORF3a	256	V256del1	gtT	gt-	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.