CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 255

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	255	V255del		del	GTT	---	4776	4776	1	26155-26157
ORF3a	255	V255F		nonsyn	Gtt	Ttt	1474	1474	1	26155-26157
ORF3a	255	V255A		nonsyn	gTt	gCt	1023	1023	1	26155-26157
ORF3a	255	V255V		syn	gtT	gtG	184	75	0.407609	26155-26157
ORF3a	255	V255V		syn	gtT	gtC	184	72	0.391304	26155-26157
ORF3a	255	V255V		syn	gtT	gtA	184	37	0.201087	26155-26157
ORF3a	255	V255I		nonsyn	Gtt	Att	151	151	1	26155-26157
ORF3a	255	V255G		nonsyn	gTt	gGt	136	74	0.544118	26155-26157
ORF3a	255	V255G		nonsyn	gTT	gGG	136	62	0.455882	26155-26157
ORF3a	255	V255L		nonsyn	Gtt	Ctt	118	64	0.542373	26155-26157
ORF3a	255	V255L		nonsyn	GtT	CtG	118	54	0.457627	26155-26157
ORF3a	255	V255R		nonsyn	GTT	CGG	108	54	0.5	26155-26157
ORF3a	255	V255R		nonsyn	GTt	CGt	108	54	0.5	26155-26157
ORF3a	255	V255del2		del	gTT	g--	60	54	0.9	26155-26157
ORF3a	255	V255del2		del	GTT	--N	60	5	0.0833333	26155-26157
ORF3a	255	V255del2		del	GTt	--t	60	1	0.0166667	26155-26157
ORF3a	255	V255del1		del	gtT	gt-	42	31	0.738095	26155-26157
ORF3a	255	V255del1		del	Gtt	-tt	42	5	0.119048	26155-26157
ORF3a	255	V255del1		del	gTt	g-t	42	3	0.0714286	26155-26157
ORF3a	255	V255del1		del	GTt	-Ct	42	2	0.047619	26155-26157
ORF3a	255	V255del1		del	gTT	g-C	42	1	0.0238095	26155-26157
ORF3a	255	V255D		nonsyn	gTt	gAt	7	6	0.857143	26155-26157
ORF3a	255	V255D		nonsyn	gTT	gAC	7	1	0.142857	26155-26157
ORF3a	255	V255S		nonsyn	GTt	AGt	2	2	1	26155-26157
ORF3a	255	V255P		nonsyn	GTt	CCt	1	1	1	26155-26157
ORF3a	255	V255T		nonsyn	GTt	ACt	1	1	1	26155-26157
ORF3a	255	V255Y		nonsyn	GTt	TAt	1	1	1	26155-26157
ORF3a	255	V255W		nonsyn	GTT	TGG	1	1	1	26155-26157

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	255	V255del	GTT	---	4776	4776	All	0.000913
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1474	1474	All	0.000282
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1224	1224	B.1.1.7	0.001096
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1023	1023	All	0.000196
ORF3a	255	V255del	GTT	---	767	767	AY.4	0.001194
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	492	492	AY.3	0.004894
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	373	373	B.1.1.7	0.000334
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	300	300	AY.103	0.001863
ORF3a	255	V255del	GTT	---	246	246	C.1	0.588517
ORF3a	255	V255del	GTT	---	233	233	C.1.2	0.991489
ORF3a	255	V255del	GTT	---	214	214	B.1.617.2	0.000806
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	208	208	AY.3	0.002069
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	195	195	B.1.617.2	0.000734
ORF3a	255	V255V	gtT	gtG	75	184	All	0.000014
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	72	184	All	0.000014
ORF3a	255	V255V	gtT	gtA	37	184	All	0.000007
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	151	151	All	0.000029
ORF3a	255	V255del	GTT	---	141	141	AY.43	0.000625
ORF3a	255	V255G	gTt	gGt	74	136	All	0.000014
ORF3a	255	V255G	gTT	gGG	62	136	All	0.000012
ORF3a	255	V255del	GTT	---	124	124	B.1.2	0.001092
ORF3a	255	V255L	Gtt	Ctt	64	118	All	0.000012
ORF3a	255	V255L	GtT	CtG	54	118	All	0.00001
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	117	117	AY.7	0.022932
ORF3a	255	V255R	GTT	CGG	54	108	All	0.00001
ORF3a	255	V255R	GTt	CGt	54	108	All	0.00001
ORF3a	255	V255del	GTT	---	105	105	B.1.243	0.007306
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	95	95	B.1.1.7	0.000085
ORF3a	255	V255del	GTT	---	82	82	B.1	0.000751
ORF3a	255	V255G	gTT	gGG	38	76	B.1.621	0.003364
ORF3a	255	V255G	gTt	gGt	38	76	B.1.621	0.003364
ORF3a	255	V255del	GTT	---	75	75	B.1.177.21	0.005735
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	71	71	AY.4	0.000111
ORF3a	255	V255R	GTT	CGG	34	68	B.1.621	0.00301
ORF3a	255	V255R	GTt	CGt	34	68	B.1.621	0.00301
ORF3a	255	V255L	GtT	CtG	34	68	B.1.621	0.00301
ORF3a	255	V255L	Gtt	Ctt	34	68	B.1.621	0.00301
ORF3a	255	V255del	GTT	---	66	66	B.1.351.2	0.01997
ORF3a	255	V255del	GTT	---	64	64	B.1.1.291	0.047513
ORF3a	255	V255del	GTT	---	62	62	AY.25	0.000373
ORF3a	255	V255del	GTT	---	62	62	B.1.1	0.001125
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	54	60	All	0.00001
ORF3a	255	V255del2	GTT	--N	5	60	All	0.000001
ORF3a	255	V255del2	GTt	--t	1	60	All	0
ORF3a	255	V255del	GTT	---	57	57	AY.44	0.000347
ORF3a	255	V255del	GTT	---	51	51	AY.103	0.000317
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	50	50	AY.43	0.000222
ORF3a	255	V255del	GTT	---	49	49	B.1.517	0.020922
ORF3a	255	V255del	GTT	---	48	48	AY.46.6	0.003466
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	46	46	AY.25	0.000277
ORF3a	255	V255V	gtT	gtG	45	45	B.1.621	0.003983
ORF3a	255	V255G	gTt	gGt	22	44	AY.113	0.003133
ORF3a	255	V255G	gTT	gGG	22	44	AY.113	0.003133
ORF3a	255	V255del	GTT	---	43	43	AY.120	0.001599
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	31	42	All	0.000006
ORF3a	255	V255del1	Gtt	-tt	5	42	All	0.000001
ORF3a	255	V255del1	gTt	g-t	3	42	All	0.000001
ORF3a	255	V255del1	GTt	-Ct	2	42	All	0
ORF3a	255	V255del1	gTT	g-C	1	42	All	0
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	42	42	B.1.1.372	0.028926
ORF3a	255	V255del	GTT	---	38	38	AY.3	0.000378
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	37	37	AY.102	0.000981
ORF3a	255	V255del	GTT	---	37	37	AY.26	0.001047
ORF3a	255	V255R	GTT	CGG	18	36	AY.113	0.002563
ORF3a	255	V255L	GtT	CtG	18	36	AY.113	0.002563
ORF3a	255	V255R	GTt	CGt	18	36	AY.113	0.002563
ORF3a	255	V255L	Gtt	Ctt	18	36	AY.113	0.002563
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	36	36	AY.46.6	0.002599
ORF3a	255	V255del	GTT	---	36	36	B.1.177	0.000474
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	35	35	B.1.2	0.000308
ORF3a	255	V255del	GTT	---	32	32	B.1.1.375	0.380952
ORF3a	255	V255V	gtT	gtA	31	31	B.1.470	0.043539
ORF3a	255	V255del	GTT	---	30	30	AY.45	0.003651
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	29	29	AY.54	0.002765
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	28	28	AY.44	0.00017
ORF3a	255	V255del	GTT	---	28	28	B.1.221	0.001989
ORF3a	255	V255del	GTT	---	28	28	B.1.351	0.000832
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	27	27	B.1.2	0.000238
ORF3a	255	V255V	gtT	gtG	26	26	AY.113	0.003702
ORF3a	255	V255del	GTT	---	26	26	B.1.258.17	0.002703
ORF3a	255	V255del	GTT	---	25	25	B.1.427	0.001262
ORF3a	255	V255del	GTT	---	25	25	B.1.621	0.002213
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	24	24	AY.44	0.000146
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	23	24	B.1.1.7	0.000021
ORF3a	255	V255V	gtT	gtG	1	24	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	23	23	B.1.1	0.000417
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	22	22	AY.39	0.000544
ORF3a	255	V255del	GTT	---	21	21	B.1.177.60	0.004587
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	20	20	AY.25	0.00012
ORF3a	255	V255del	GTT	---	20	20	B.1.258	0.001331
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	20	20	B.1.351	0.000595
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	20	20	B.1.609	0.009588
ORF3a	255	V255del	GTT	---	19	19	B.1.1.519	0.000755
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	19	19	B.1.617.2	0.000072
ORF3a	255	V255del	GTT	---	18	18	C.8	0.080357
ORF3a	255	V255del	GTT	---	17	17	AY.39	0.00042
ORF3a	255	V255del	GTT	---	17	17	B.1.214.2	0.010192
ORF3a	255	V255del	GTT	---	17	17	B.1.36.36	0.010235
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	16	16	B.1.1.7	0.000014
ORF3a	255	V255del	GTT	---	16	16	B.1.470	0.022472
ORF3a	255	V255del	GTT	---	16	16	B.1.637	0.001169
ORF3a	255	V255del	GTT	---	15	15	B.1.177.82	0.00716
ORF3a	255	V255del	GTT	---	15	15	B.1.561	0.005955
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	14	14	B.1.1.204	0.042553
ORF3a	255	V255del	GTT	---	14	14	B.1.1.222	0.002856
ORF3a	255	V255del	GTT	---	14	14	B.1.525	0.001584
ORF3a	255	V255del	GTT	---	13	13	AY.53	0.003738
ORF3a	255	V255del	GTT	---	13	13	AY.54	0.00124
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	13	13	B.1	0.000119
ORF3a	255	V255del	GTT	---	13	13	B.1.1.38	0.764706
ORF3a	255	V255del	GTT	---	13	13	B.1.1.434	0.004531
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	13	13	B.1.36.1	0.014823
ORF3a	255	V255del	GTT	---	12	12	AY.29	0.000189
ORF3a	255	V255del	GTT	---	12	12	AY.36	0.001779
ORF3a	255	V255del	GTT	---	12	12	AY.6	0.000494
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	12	12	B.1.1.317	0.00494
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	12	12	B.1.258.11	0.004756
ORF3a	255	V255del	GTT	---	12	12	B.1.429	0.000282
ORF3a	255	V255del	GTT	---	12	12	B.1.526	0.000282
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	11	11	AY.4	0.000017
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	10	10	AY.25	0.00006
ORF3a	255	V255del	GTT	---	10	10	AY.75	0.00056
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	10	10	B.1.621	0.000885
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	8	9	AY.4	0.000012
ORF3a	255	V255V	gtT	gtA	1	9	AY.4	0.000002
ORF3a	255	V255del	GTT	---	9	9	AY.5	0.000186
ORF3a	255	V255del	GTT	---	9	9	B.1.1.1	0.00294
ORF3a	255	V255del	GTT	---	9	9	B.1.36	0.001313
ORF3a	255	V255del	GTT	---	9	9	P.2	0.00168
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	8	8	AY.39	0.000198
ORF3a	255	V255del	GTT	---	8	8	AY.42	0.000322
ORF3a	255	V255del	GTT	---	8	8	B.1.160	0.00025
ORF3a	255	V255del	GTT	---	8	8	B.1.177.86	0.001468
ORF3a	255	V255del	GTT	---	8	8	B.1.633	0.333333
ORF3a	255	V255D	gTt	gAt	6	7	All	0.000001
ORF3a	255	V255D	gTT	gAC	1	7	All	0
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	7	7	AY.103	0.000043
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	7	7	AY.25	0.000042
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	7	7	AY.5	0.000145
ORF3a	255	V255del	GTT	---	7	7	B.1.1.159	0.03271
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	7	7	B.1.177.51	0.031963
ORF3a	255	V255del	GTT	---	7	7	B.1.240	0.001509
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	7	7	B.1.526	0.000165
ORF3a	255	V255del	GTT	---	7	7	B.1.596	0.00061
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	6	7	B.1.617.2	0.000023
ORF3a	255	V255V	gtT	gtA	1	7	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	255	V255G	gTt	gGt	7	7	P.1	0.00011
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	6	6	AY.114	0.001387
ORF3a	255	V255del	GTT	---	6	6	AY.118	0.000376
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	6	6	AY.120	0.000223
ORF3a	255	V255del	GTT	---	6	6	AY.13	0.000966
ORF3a	255	V255del	GTT	---	6	6	AY.20	0.000233
ORF3a	255	V255del	GTT	---	6	6	AY.33	0.000401
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	6	6	AY.4	0.000009
ORF3a	255	V255del	GTT	---	6	6	AY.99.2	0.000553
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.1	0.000109
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	6	6	B.1.1	0.000109
ORF3a	255	V255del	GTT	---	6	6	B.1.1.372	0.004132
ORF3a	255	V255del	GTT	---	6	6	B.1.177.84	0.04
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.177.84	0.04
ORF3a	255	V255del	GTT	---	5	5	AY.100	0.00023
ORF3a	255	V255del	GTT	---	5	5	AY.3.1	0.000426
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	5	5	AY.7	0.00098
ORF3a	255	V255del	GTT	---	5	5	B	0.000639
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	5	5	B.1	0.000046
ORF3a	255	V255del	GTT	---	5	5	B.1.1.316	0.004625
ORF3a	255	V255del	GTT	---	5	5	B.1.1.514	0.192308
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.177	0.000066
ORF3a	255	V255del	GTT	---	5	5	B.1.237	0.024876
ORF3a	255	V255del	GTT	---	5	5	B.1.543	0.05
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	5	5	B.1.627	0.010101
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	5	5	B.1.628	0.001762
ORF3a	255	V255del	GTT	---	5	5	P.1	0.000079
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	5	5	P.1	0.000079
ORF3a	255	V255del	GTT	---	4	4		0.222222
ORF3a	255	V255del	GTT	---	4	4	AY.16.1	0.00188
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	4	4	AY.29	0.000063
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	4	4	AY.46.4	0.000658
ORF3a	255	V255del	GTT	---	4	4	AY.84	0.00175
ORF3a	255	V255del	GTT	---	4	4	AY.98	0.000316
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	3	4	B.1	0.000027
ORF3a	255	V255V	gtT	gtA	1	4	B.1	0.000009
ORF3a	255	V255del	GTT	---	4	4	B.1.1.318	0.001207
ORF3a	255	V255del	GTT	---	4	4	B.1.1.377	0.005525
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	3	4	B.1.1.7	0.000003
ORF3a	255	V255del1	gTT	g-C	1	4	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	255	V255del	GTT	---	4	4	B.1.189	0.017167
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.429	0.000094
ORF3a	255	V255L	Gtt	Ctt	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	4	4	P.1	0.000063
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	3	3	AY.10	0.00159
ORF3a	255	V255L	Gtt	Ctt	3	3	AY.103	0.000019
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	3	3	AY.106	0.001005
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	AY.111	0.000549
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	AY.117	0.000254
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	3	3	AY.118	0.000188
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	3	3	AY.119	0.000106
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	AY.16	0.001139
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	3	3	AY.26	0.000085
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	3	3	AY.3	0.00003
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	AY.34	0.000291
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	AY.46	0.000312
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	3	3	AY.46.3	0.002801
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	AY.47	0.000093
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	B.1.1.28	0.000934
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	B.1.1.284	0.000322
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.1.315	0.025424
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	B.1.1.63	0.001157
ORF3a	255	V255del2	GTt	--t	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	255	V255del2	GTT	--N	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	B.1.1.70	0.001023
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	B.1.1.74	0.012931
ORF3a	255	V255del2	GTT	--N	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	B.1.177.32	0.004049
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	B.1.466.2	0.001174
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	3	3	B.1.582	0.001472
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	3	3	B.1.621	0.000266
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	3	3	B.1.628	0.001057
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	B.1.628	0.001057
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	3	3	B.1.631	0.010101
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	B.3	0.002492
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	C.37	0.000348
ORF3a	255	V255del	GTT	---	3	3	P.1.14	0.000143
ORF3a	255	V255del1	GTt	-Ct	2	2		0.111111
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	A.23.1	0.001408
ORF3a	255	V255S	GTt	AGt	2	2	All	0
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	2	2	AY.103	0.000012
ORF3a	255	V255V	gtT	gtA	1	2	AY.103	0.000006
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	1	2	AY.103	0.000006
ORF3a	255	V255R	GTT	CGG	1	2	AY.117	0.000085
ORF3a	255	V255R	GTt	CGt	1	2	AY.117	0.000085
ORF3a	255	V255G	gTt	gGt	1	2	AY.117	0.000085
ORF3a	255	V255L	GtT	CtG	1	2	AY.117	0.000085
ORF3a	255	V255G	gTT	gGG	1	2	AY.117	0.000085
ORF3a	255	V255L	Gtt	Ctt	1	2	AY.117	0.000085
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	AY.119	0.000071
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	AY.121	0.000271
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	AY.2	0.000712
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	AY.20	0.000078
ORF3a	255	V255L	Gtt	Ctt	1	2	AY.26	0.000028
ORF3a	255	V255G	gTT	gGG	1	2	AY.26	0.000028
ORF3a	255	V255L	GtT	CtG	1	2	AY.26	0.000028
ORF3a	255	V255R	GTt	CGt	1	2	AY.26	0.000028
ORF3a	255	V255R	GTT	CGG	1	2	AY.26	0.000028
ORF3a	255	V255G	gTt	gGt	1	2	AY.26	0.000028
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	AY.29.1	0.000441
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	2	2	AY.3	0.00002
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	2	2	AY.34	0.000194
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	2	2	AY.39	0.000049
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	2	2	AY.4	0.000003
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	AY.42	0.00008
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	2	2	AY.44	0.000012
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	AY.45	0.000243
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	AY.56	0.00321
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	AY.67	0.000929
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	2	2	AY.69	0.000373
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	AY.70	0.000417
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	AY.9	0.000135
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	AY.91	0.001461
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	AY.94	0.000885
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.1.189	0.003026
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.1.344	0.021505
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.1.388	0.090909
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF3a	255	V255G	gTt	gGt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.151	0.022222
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.177.4	0.000422
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	2	2	B.1.177.4	0.000422
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.199	0.008264
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	2	2	B.1.2	0.000018
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	2	2	B.1.2	0.000018
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	2	2	B.1.2	0.000018
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.206	0.001631
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	2	2	B.1.258	0.000133
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.3	0.005236
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.346	0.002621
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	2	2	B.1.36	0.000292
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.36	0.000292
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.36.31	0.003503
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	2	2	B.1.36.8	0.002
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.411	0.007407
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.564	0.000852
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.609	0.000959
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.617.1	0.000258
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.620	0.001892
ORF3a	255	V255D	gTt	gAt	2	2	B.1.621	0.000177
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.627	0.00404
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	B.1.635	0.035088
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	2	2	C.16	0.002121
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	C.16	0.002121
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	C.6	0.074074
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	D.2	0.00015
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	2	2	P.2	0.000373
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	Q.3	0.00029
ORF3a	255	V255del	GTT	---	2	2	R.1	0.00018
ORF3a	255	V255S	GTt	AGt	1	1		0.055556
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1		0.055556
ORF3a	255	V255G	gTt	gGt	1	1		0.055556
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	A.2	0.000662
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	A.2.5	0.000499
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	A.2.5	0.000499
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	A.2.5.2	0.001572
ORF3a	255	V255W	GTT	TGG	1	1	All	0
ORF3a	255	V255P	GTt	CCt	1	1	All	0
ORF3a	255	V255T	GTt	ACt	1	1	All	0
ORF3a	255	V255Y	GTt	TAt	1	1	All	0
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	1	1	AU.1	0.001266
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.1	0.000396
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.106	0.000335
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.106	0.000335
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	AY.107	0.000466
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.108	0.001103
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.110	0.000113
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	AY.113	0.000142
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.113	0.000142
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.114	0.000231
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.116	0.000287
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	AY.116	0.000287
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	255	V255V	gtT	gtG	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	AY.12	0.000316
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	1	1	AY.14	0.000088
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF3a	255	V255L	Gtt	Ctt	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	255	V255V	gtT	gtG	1	1	AY.26	0.000028
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.27	0.000065
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	255	V255D	gTt	gAt	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.32	0.000532
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.37	0.000316
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.38	0.000499
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.41	0.000294
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	AY.47	0.000031
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.56	0.001605
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.6	0.000041
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.61	0.000105
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.64	0.000595
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.66	0.00107
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.7	0.000196
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	AY.77	0.001127
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.85	0.000427
ORF3a	255	V255G	gTt	gGt	1	1	AY.86	0.00083
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.88	0.000884
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF3a	255	V255D	gTt	gAt	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.9.2.1	0.001976
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	AY.92	0.000287
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	AY.94	0.000443
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AY.95	0.000761
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	AZ.5	0.003509
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	255	V255Y	GTt	TAt	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	255	V255D	gTt	gAt	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.258	0.003257
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	B.1.1.274	0.005051
ORF3a	255	V255del1	Gtt	-tt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.289	0.002083
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF3a	255	V255V	gtT	gtA	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.312	0.001912
ORF3a	255	V255del1	gTt	g-t	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.332	0.03125
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.368	0.003086
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF3a	255	V255del2	GTT	--N	1	1	B.1.1.377	0.001381
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.402	0.011111
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.417	0.002703
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.432	0.001266
ORF3a	255	V255del1	gTt	g-t	1	1	B.1.1.442	0.018519
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.467	0.019231
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.485	0.016667
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.1.52	0.012195
ORF3a	255	V255D	gTT	gAC	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	255	V255P	GTt	CCt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.71	0.006061
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.104	0.00369
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	B.1.110	0.004525
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.111	0.001175
ORF3a	255	V255V	gtT	gtG	1	1	B.1.157	0.002985
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.177.10	0.000878
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.177.45	0.000381
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	B.1.177.46	0.000918
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.177.53	0.002392
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF3a	255	V255S	GTt	AGt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.177.76	0.002494
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF3a	255	V255del1	gTt	g-t	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	255	V255D	gTt	gAt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	255	V255L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.206	0.000816
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.214.1	0.02
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.232	0.000537
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	B.1.234	0.000132
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.243.2	0.014493
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.264	0.012346
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.265	0.001271
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.298	0.002114
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.311	0.000275
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.319	0.003049
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	B.1.324	0.001605
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.337	0.005587
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	255	V255del1	Gtt	-tt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.36.26	0.002857
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.36.29	0.000517
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.361	0.001289
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.369	0.000285
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.380	0.006623
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.381	0.007812
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.400	0.000429
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.409	0.000781
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.426	0.001009
ORF3a	255	V255L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.426	0.001009
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.453	0.003236
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.462	0.007246
ORF3a	255	V255W	GTT	TGG	1	1	B.1.497	0.000315
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.497	0.000315
ORF3a	255	V255G	gTt	gGt	1	1	B.1.497	0.000315
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.497	0.000315
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.499	0.00105
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	B.1.503	0.002488
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.507	0.011236
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.517	0.000427
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.574	0.002151
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	B.1.576	0.000907
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.582	0.000491
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.595	0.000261
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.597	0.00463
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.605	0.005952
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.616	0.02439
ORF3a	255	V255V	gtT	gtC	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	1	1	B.1.627	0.00202
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.629	0.013333
ORF3a	255	V255del1	gtT	gt-	1	1	B.1.631	0.003367
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.81	0.021277
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.88.1	0.004808
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	B.1.91	0.002075
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	C.1.1	0.076923
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	C.14	0.004329
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	C.16	0.00106
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	C.18	0.002591
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	C.35	0.000774
ORF3a	255	V255T	GTt	ACt	1	1	C.36.3.1	0.002717
ORF3a	255	V255V	gtT	gtA	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	N.5	0.001767
ORF3a	255	V255del1	Gtt	-tt	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	255	V255F	Gtt	Ttt	1	1	P.1.14	0.000048
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	P.1.17	0.000162
ORF3a	255	V255del1	Gtt	-tt	1	1	P.2	0.000187
ORF3a	255	V255I	Gtt	Att	1	1	P.2	0.000187
ORF3a	255	V255del1	Gtt	-tt	1	1	Q.8	0.000165
ORF3a	255	V255del2	gTT	g--	1	1	R.1	0.00009
ORF3a	255	V255del	GTT	---	1	1	W.3	0.005263
ORF3a	255	V255A	gTt	gCt	1	1	Z.1	0.00289

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.