CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 249 & Codon = atT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	249	I249I		syn	atC	atT	1080	1072	0.992593	26137-26139

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1072	1080	All	0.000205
ORF3a	249	I249I	atC	atT	263	263	B.1.523	0.644608
ORF3a	249	I249I	atC	atT	130	132	B.1.1.7	0.000116
ORF3a	249	I249I	atC	atT	81	81	AY.103	0.000503
ORF3a	249	I249I	atC	atT	66	66	AY.121	0.008931
ORF3a	249	I249I	atC	atT	55	56	AY.4	0.000086
ORF3a	249	I249I	atC	atT	48	48	B.1.617.2	0.000181
ORF3a	249	I249I	atC	atT	44	44	AY.54	0.004195
ORF3a	249	I249I	atC	atT	41	41	AY.44	0.00025
ORF3a	249	I249I	atC	atT	38	38	P.1	0.000599
ORF3a	249	I249I	atC	atT	23	24	B.1.2	0.000203
ORF3a	249	I249I	atC	atT	22	22	P.1.1	0.006989
ORF3a	249	I249I	atC	atT	21	21	AY.3	0.000209
ORF3a	249	I249I	atC	atT	17	17	AY.43	0.000075
ORF3a	249	I249I	atC	atT	11	12	B.1	0.000101
ORF3a	249	I249I	atC	atT	12	12	B.1.1	0.000218
ORF3a	249	I249I	atC	atT	11	11	AY.25	0.000066
ORF3a	249	I249I	atC	atT	11	11	AY.4.2	0.000239
ORF3a	249	I249I	atC	atT	11	11	B.1.1.294	0.013924
ORF3a	249	I249I	atC	atT	7	7	AY.29	0.00011
ORF3a	249	I249I	atC	atT	7	7	P.1.14	0.000335
ORF3a	249	I249I	atC	atT	6	6	AY.88	0.005305
ORF3a	249	I249I	atC	atT	6	6	AY.9.2	0.00022
ORF3a	249	I249I	atC	atT	6	6	B.1.258	0.000399
ORF3a	249	I249I	atC	atT	5	5	B.1.526	0.000118
ORF3a	249	I249I	atC	atT	5	5	D.2	0.000375
ORF3a	249	I249I	atC	atT	4	4	AU.3	0.008439
ORF3a	249	I249I	atC	atT	4	4	AY.102	0.000106
ORF3a	249	I249I	atC	atT	4	4	AY.26	0.000113
ORF3a	249	I249I	atC	atT	4	4	B.1.1.161	0.014134
ORF3a	249	I249I	atC	atT	4	4	B.1.234	0.000528
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	AY.100	0.000138
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	AY.34	0.000291
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	AY.45	0.000365
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	AY.47	0.000093
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	AY.5	0.000062
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	B.1.177.16	0.001993
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	B.1.177.64	0.272727
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	B.1.236	0.00616
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	B.1.351	0.000089
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	B.1.621	0.000266
ORF3a	249	I249I	atC	atT	3	3	P.1.15	0.000697
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	A	0.000774
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	AY.108	0.002205
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	AY.118	0.000125
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	AY.120	0.000074
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	AY.23	0.000139
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	AY.39	0.000049
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	AY.6	0.000082
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	AY.75	0.000112
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	B	0.000256
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	B.1.118	0.013423
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	B.1.243	0.000139
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	B.1.36	0.000292
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	B.1.595.1	0.011696
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	B.1.609	0.000959
ORF3a	249	I249I	atC	atT	2	2	B.1.637	0.000146
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	A.2.5	0.000499
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	AY.40	0.000964
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	AY.42	0.00004
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	AY.70	0.000209
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	AY.74	0.000116
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	AY.92	0.000287
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	AY.99	0.001049
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.1.322	0.008772
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.1.374	0.002375
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.1.453	0.008475
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.1.54	0.003021
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.311	0.000275
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.320	0.001245
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.36.10	0.004785
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.459	0.004082
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.489	0.043478
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.558	0.004566
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	C.37.1	0.002618
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	P.1.12	0.000484
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	Q.4	0.000455
ORF3a	249	I249I	atC	atT	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.