CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 224

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a224G224CnonsynGgtTgt3006230062126062-26064
ORF3a224G224VnonsyngGtgTt27222722126062-26064
ORF3a224G224RnonsynGgtCgt127412730.99921526062-26064
ORF3a224G224RnonsynGgTAgA127410.00078492926062-26064
ORF3a224G224SnonsynGgtAgt3593580.99721426062-26064
ORF3a224G224SnonsynGGtTCt35910.0027855226062-26064
ORF3a224G224DnonsyngGtgAt166166126062-26064
ORF3a224G224AnonsyngGtgCt147147126062-26064
ORF3a224G224GsynggTggC1321210.91666726062-26064
ORF3a224G224GsynggTggA13270.053030326062-26064
ORF3a224G224GsynggTggG13240.03030326062-26064
ORF3a224G224deldelGGT---4141126062-26064
ORF3a224G224FnonsynGGtTTt2626126062-26064
ORF3a224G224TnonsynGGtACt88126062-26064
ORF3a224G224YnonsynGGtTAt55126062-26064
ORF3a224G224del2delGGt--t420.526062-26064
ORF3a224G224del2delgGTg--420.526062-26064
ORF3a224G224del1delggTgg-410.2526062-26064
ORF3a224G224del1delgGTgA-410.2526062-26064
ORF3a224G224del1delGgT-gC410.2526062-26064
ORF3a224G224del1delGgt-gt410.2526062-26064
ORF3a224G224PnonsynGGtCCt22126062-26064

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a224G224CGgtTgt3006230062All0.00575
ORF3a224G224CGgtTgt1535115351AY.750.86
ORF3a224G224CGgtTgt53625362B.1.1.70.0048
ORF3a224G224VgGtgTt27222722All0.000521
ORF3a224G224CGgtTgt19861986B.1.1600.061939
ORF3a224G224RGgtCgt12731274All0.000243
ORF3a224G224RGgTAgA11274All0
ORF3a224G224CGgtTgt11521152B.1.617.20.004338
ORF3a224G224RGgtCgt531531AY.420.021362
ORF3a224G224CGgtTgt415415AY.220.868201
ORF3a224G224CGgtTgt375375AY.40.000584
ORF3a224G224CGgtTgt360360B.1.1.1700.448878
ORF3a224G224SGgtAgt358359All0.000068
ORF3a224G224SGGtTCt1359All0
ORF3a224G224CGgtTgt305305AY.390.007537
ORF3a224G224VgGtgTt285285B.1.1.280.088702
ORF3a224G224VgGtgTt283283B.1.1.70.000253
ORF3a224G224CGgtTgt271271P.10.004269
ORF3a224G224CGgtTgt239239B.10.002189
ORF3a224G224CGgtTgt234234B.1.10.004245
ORF3a224G224CGgtTgt231231A.210.639889
ORF3a224G224VgGtgTt212212B.1.1490.726027
ORF3a224G224CGgtTgt191191AY.90.012911
ORF3a224G224CGgtTgt188188AY.98.10.009105
ORF3a224G224VgGtgTt187187B.1.617.20.000704
ORF3a224G224CGgtTgt184184AY.440.00112
ORF3a224G224VgGtgTt182182B.1.10.003302
ORF3a224G224VgGtgTt171171B.1.2430.011899
ORF3a224G224DgGtgAt166166All0.000032
ORF3a224G224CGgtTgt160160AY.430.000709
ORF3a224G224CGgtTgt154154B.1.20.001356
ORF3a224G224AgGtgCt147147All0.000028
ORF3a224G224GggTggC121132All0.000023
ORF3a224G224GggTggA7132All0.000001
ORF3a224G224GggTggG4132All0.000001
ORF3a224G224CGgtTgt123123A.2.20.20777
ORF3a224G224VgGtgTt122122AY.430.000541
ORF3a224G224SGgtAgt117117B.1.1.70.000105
ORF3a224G224RGgtCgt115115B.1.1.70.000103
ORF3a224G224VgGtgTt109109B.1.1.2220.022236
ORF3a224G224VgGtgTt9696B.1.1.3170.039522
ORF3a224G224CGgtTgt9090B.1.360.013131
ORF3a224G224RGgtCgt8888AW.10.268293
ORF3a224G224CGgtTgt8888AY.250.000529
ORF3a224G224CGgtTgt8888B.1.1.5180.556962
ORF3a224G224VgGtgTt8787AY.250.000523
ORF3a224G224CGgtTgt8686B.1.36.20.924731
ORF3a224G224VgGtgTt8585B.10.000779
ORF3a224G224RGgtCgt7979AY.430.00035
ORF3a224G224DgGtgAt7676AY.680.020805
ORF3a224G224CGgtTgt7676B.1.6090.036433
ORF3a224G224CGgtTgt7575B.1.1770.000988
ORF3a224G224CGgtTgt7171AY.1030.000441
ORF3a224G224CGgtTgt6666B.1.36.290.034144
ORF3a224G224CGgtTgt6363AY.50.001301
ORF3a224G224CGgtTgt6363B.1.1.1630.480916
ORF3a224G224RGgtCgt6363B.1.20.000555
ORF3a224G224CGgtTgt6161B.1.1.4320.077215
ORF3a224G224VgGtgTt6060B.1.1.5190.002383
ORF3a224G224CGgtTgt5858B.1.1.3060.025427
ORF3a224G224CGgtTgt5858B.1.1.3720.039945
ORF3a224G224AgGtgCt5757AY.250.000343
ORF3a224G224VgGtgTt5757B.1.1.3280.966102
ORF3a224G224VgGtgTt5656AY.40.000087
ORF3a224G224CGgtTgt5656B.1.1.3480.044586
ORF3a224G224CGgtTgt5656B.1.1.390.028542
ORF3a224G224VgGtgTt5151AY.1030.000317
ORF3a224G224RGgtCgt4747B.1.2210.003339
ORF3a224G224VgGtgTt4545B.1.20.000396
ORF3a224G224CGgtTgt4444B.1.1.3680.135802
ORF3a224G224RGgtCgt4242AY.40.000065
ORF3a224G224CGgtTgt4242B.1.3510.001249
ORF3a224G224CGgtTgt4242R.10.00378
ORF3a224G224delGGT---4141All0.000008
ORF3a224G224CGgtTgt4141B.1.1.3840.97619
ORF3a224G224CGgtTgt4141Q.80.006761
ORF3a224G224VgGtgTt3939B.1.1600.001216
ORF3a224G224GggTggC3535P.10.000551
ORF3a224G224CGgtTgt3434AY.1020.000901
ORF3a224G224CGgtTgt3333AY.1180.002067
ORF3a224G224CGgtTgt3232AY.290.000505
ORF3a224G224SGgtAgt3232AY.30.000318
ORF3a224G224VgGtgTt3232AY.440.000195
ORF3a224G224RGgtCgt3232B.1.4270.001616
ORF3a224G224VgGtgTt3131AY.1020.000822
ORF3a224G224CGgtTgt3131B.1.1.5190.001231
ORF3a224G224CGgtTgt3131B.1.2430.002157
ORF3a224G224CGgtTgt3131B.1.4290.000729
ORF3a224G224CGgtTgt3030B.1.6370.002192
ORF3a224G224CGgtTgt2929AY.30.000288
ORF3a224G224VgGtgTt2929AY.360.004298
ORF3a224G224RGgtCgt2929B.1.1.3320.90625
ORF3a224G224SGgtAgt2929B.1.177.600.006335
ORF3a224G224CGgtTgt2828AY.260.000793
ORF3a224G224VgGtgTt2828B.1.1.10.009147
ORF3a224G224CGgtTgt2727B.1.1.280.008403
ORF3a224G224CGgtTgt2727B.1.177.600.005898
ORF3a224G224FGGtTTt2626All0.000005
ORF3a224G224CGgtTgt2626AY.3.10.002217
ORF3a224G224CGgtTgt2626AY.930.0071
ORF3a224G224VgGtgTt2626B.1.4000.011154
ORF3a224G224CGgtTgt2626B.1.596.10.242991
ORF3a224G224CGgtTgt2424B.1.1.2410.049689
ORF3a224G224VgGtgTt2424B.1.2100.051173
ORF3a224G224RGgtCgt2424B.1.36.290.012416
ORF3a224G224CGgtTgt2424B.1.617.10.003095
ORF3a224G224CGgtTgt2424C.370.002786
ORF3a224G224CGgtTgt2323AY.200.000894
ORF3a224G224CGgtTgt2222AY.75.10.003967
ORF3a224G224CGgtTgt2222B.1.1.470.117647
ORF3a224G224AgGtgCt2222B.1.1.70.00002
ORF3a224G224FGGtTTt2020AY.750.00112
ORF3a224G224VgGtgTt2020B.1.1.500.013578
ORF3a224G224CGgtTgt2020B.1.2580.001331
ORF3a224G224CGgtTgt1919AY.1000.000874
ORF3a224G224CGgtTgt1818AY.4.20.00039
ORF3a224G224CGgtTgt1818AY.620.007843
ORF3a224G224SGgtAgt1818B.1.1.2220.003672
ORF3a224G224VgGtgTt1818B.1.1770.000237
ORF3a224G224CGgtTgt1818B.1.177.580.023968
ORF3a224G224RGgtCgt1818B.1.2430.001253
ORF3a224G224CGgtTgt1818B.1.438.10.001931
ORF3a224G224CGgtTgt1717AY.16.10.007989
ORF3a224G224VgGtgTt1717AY.30.000169
ORF3a224G224CGgtTgt1717AY.650.009062
ORF3a224G224CGgtTgt1717AY.850.007262
ORF3a224G224CGgtTgt1717B.1.1.3170.006999
ORF3a224G224SGgtAgt1717B.1.617.20.000064
ORF3a224G224CGgtTgt1717P.1.140.000813
ORF3a224G224VgGtgTt1616AY.200.000622
ORF3a224G224CGgtTgt1616B.1.177.210.001224
ORF3a224G224CGgtTgt1616P.20.002986
ORF3a224G224CGgtTgt1515AY.1190.00053
ORF3a224G224SGgtAgt1515AY.40.000023
ORF3a224G224DgGtgAt1515B.1.10.000272
ORF3a224G224RGgtCgt1515B.1.617.20.000056
ORF3a224G224CGgtTgt1515B.1.6210.001328
ORF3a224G224RGgtCgt1414B.10.000128
ORF3a224G224GggTggC1114B.1.1.70.00001
ORF3a224G224GggTggA314B.1.1.70.000003
ORF3a224G224CGgtTgt1414B.1.110.30.010057
ORF3a224G224VgGtgTt1414P.10.000221
ORF3a224G224AgGtgCt1313AY.39.10.000515
ORF3a224G224CGgtTgt1313AY.540.00124
ORF3a224G224CGgtTgt1313B.1.1.1740.043919
ORF3a224G224CGgtTgt1313B.1.1.2140.000721
ORF3a224G224VgGtgTt1313B.1.3970.063107
ORF3a224G224RGgtCgt1313B.1.5260.000306
ORF3a224G224VgGtgTt1212AY.1110.002198
ORF3a224G224CGgtTgt1212AY.1200.000446
ORF3a224G224CGgtTgt1212AY.270.000777
ORF3a224G224VgGtgTt1212AY.390.000297
ORF3a224G224VgGtgTt1212AY.7.10.001352
ORF3a224G224CGgtTgt1212B0.001534
ORF3a224G224CGgtTgt1111AY.470.000342
ORF3a224G224CGgtTgt1111B.1.1.1821
ORF3a224G224SGgtAgt1111B.1.1.3980.035484
ORF3a224G224DgGtgAt1111B.1.617.20.000041
ORF3a224G224SGgtAgt1010AY.200.000389
ORF3a224G224RGgtCgt1010AY.250.00006
ORF3a224G224VgGtgTt1010AY.39.10.000396
ORF3a224G224VgGtgTt1010AY.460.001041
ORF3a224G224CGgtTgt1010B.1.1.2770.007587
ORF3a224G224SGgtAgt1010B.1.1.5190.000397
ORF3a224G224VgGtgTt1010B.1.177.90.013316
ORF3a224G224CGgtTgt1010B.1.5370.2
ORF3a224G224CGgtTgt1010B.1.6000.05848
ORF3a224G224RGgtCgt99AY.30.00009
ORF3a224G224GggTggC99AY.4.20.000195
ORF3a224G224AgGtgCt99AY.430.00004
ORF3a224G224RGgtCgt99AY.740.001041
ORF3a224G224RGgtCgt89B.1.10.000145
ORF3a224G224RGgTAgA19B.1.10.000018
ORF3a224G224RGgtCgt99B.1.2580.000599
ORF3a224G224GggTggC99B.1.4290.000212
ORF3a224G224SGgtAgt99B.1.5260.000212
ORF3a224G224VgGtgTt99B.1.6090.004314
ORF3a224G224VgGtgTt99B.1.617.10.001161
ORF3a224G224VgGtgTt99B.1.6210.000797
ORF3a224G224CGgtTgt99P.1.40.008789
ORF3a224G224TGGtACt88All0.000002
ORF3a224G224RGgtCgt88AY.1030.00005
ORF3a224G224CGgtTgt88AY.1130.001139
ORF3a224G224VgGtgTt88AY.340.000776
ORF3a224G224CGgtTgt88AY.420.000322
ORF3a224G224CGgtTgt88AY.560.012841
ORF3a224G224CGgtTgt88AY.740.000925
ORF3a224G224CGgtTgt88AY.830.013793
ORF3a224G224CGgtTgt88B.1.1.3260.014085
ORF3a224G224GggTggC88B.1.1280.005083
ORF3a224G224VgGtgTt88B.1.1790.030075
ORF3a224G224GggTggC88B.1.3890.008016
ORF3a224G224CGgtTgt88B.1.5090.006926
ORF3a224G224SGgtAgt88R.10.00072
ORF3a224G224CGgtTgt77AY.130.001127
ORF3a224G224VgGtgTt77AY.290.00011
ORF3a224G224CGgtTgt77AY.5.30.002362
ORF3a224G224CGgtTgt77AY.70.001372
ORF3a224G224CGgtTgt77AY.970.011905
ORF3a224G224DgGtgAt77B.10.000064
ORF3a224G224AgGtgCt77B.1.10.000127
ORF3a224G224CGgtTgt77B.1.1.10.002287
ORF3a224G224DgGtgAt77B.1.1.280.002179
ORF3a224G224VgGtgTt77B.1.1.4340.00244
ORF3a224G224CGgtTgt77B.1.1.500.004752
ORF3a224G224CGgtTgt77B.1.1.510.012027
ORF3a224G224SGgtAgt77B.1.1280.004447
ORF3a224G224AgGtgCt77B.1.258.170.000728
ORF3a224G224CGgtTgt77B.1.3110.001922
ORF3a224G224VgGtgTt77B.1.360.001021
ORF3a224G224CGgtTgt77B.1.5960.00061
ORF3a224G224SGgtAgt77P.10.00011
ORF3a224G224delGGT---660.333333
ORF3a224G224CGgtTgt66AY.116.10.001869
ORF3a224G224CGgtTgt66AY.1210.000812
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