CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF3a | 22 | D22Y | nonsyn | Gat | Tat | 2712 | 2710 | 0.999263 | 25456-25458 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2710 | 2712 | All | 0.000518 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 682 | 682 | B.1.1.7 | 0.000611 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 234 | 234 | AY.4 | 0.000364 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 222 | 222 | B.1.617.2 | 0.000836 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 165 | 165 | B.1.258.11 | 0.065398 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 146 | 146 | B.1.526 | 0.003432 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 91 | 91 | B.1.2 | 0.000801 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 80 | 80 | B.1.443 | 0.373832 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 73 | 73 | B.1.177 | 0.000961 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 73 | 73 | B.1.351 | 0.00217 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 70 | 70 | AY.102 | 0.001856 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 52 | 52 | AY.103 | 0.000323 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 51 | 51 | AY.43 | 0.000226 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 46 | 46 | AY.3 | 0.000458 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 44 | 44 | B.1 | 0.000403 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 38 | 38 | B.1.429 | 0.000894 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 32 | 32 | B.1.1 | 0.000581 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 28 | 28 | AY.46.6 | 0.002022 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 27 | 27 | AY.4.2 | 0.000586 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 23 | 23 | AY.25 | 0.000138 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 22 | 22 | AY.44 | 0.000134 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 19 | 19 | P.1 | 0.000299 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 18 | 18 | AY.37 | 0.005689 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 18 | 18 | B.1.36 | 0.002626 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 17 | 17 | B.1.590 | 0.077273 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 16 | 16 | AY.39 | 0.000395 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 15 | 15 | AY.13 | 0.002415 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 14 | 14 | AY.62 | 0.0061 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 14 | 14 | B.1.160 | 0.000437 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 14 | 14 | B.1.162 | 0.070352 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 13 | 13 | AY.46 | 0.001353 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 12 | 12 | B.1.408 | 0.04428 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 11 | 11 | AY.117 | 0.00093 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 11 | 11 | AY.26 | 0.000311 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 11 | 11 | AY.42 | 0.000443 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.5 | 0.000206 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 8 | 8 | AY.16 | 0.003037 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 8 | 8 | B.1.525 | 0.000905 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AD.1 | 0.028807 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 7 | 7 | B.1.1.277 | 0.005311 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 5 | 7 | B.1.243 | 0.000348 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.116 | 0.001721 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.177.86 | 0.001101 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.119 | 0.000177 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.4.5 | 0.000537 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.6 | 0.000206 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 5 | 5 | P.1.10 | 0.001347 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.120 | 0.000149 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.20 | 0.000155 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.1.1 | 0.001307 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.267 | 0.074074 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.311 | 0.001098 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.427 | 0.000202 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.621 | 0.000354 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 4 | 4 | P.1.7 | 0.001277 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 4 | 4 | R.1 | 0.00036 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.33 | 0.0002 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.34 | 0.000291 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.36 | 0.000445 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.46.4 | 0.000494 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.9 | 0.000203 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | AY.9.2 | 0.00011 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.101 | 0.03 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.25 | 0.001706 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.1.33 | 0.001263 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.177.60 | 0.000655 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.177.79 | 0.007026 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.340 | 0.012876 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 3 | 3 | L.1 | 0.005714 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | A | 0.000774 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | A.2 | 0.001324 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.113 | 0.000285 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.120.2.1 | 0.000997 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.121 | 0.000271 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.14 | 0.000176 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.27 | 0.000129 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.34.1 | 0.00102 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.46.5 | 0.000397 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.68 | 0.000547 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.75 | 0.000112 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.79 | 0.002421 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.9.1 | 0.000167 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.91 | 0.001461 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.214 | 0.000111 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.222 | 0.000408 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.316 | 0.00185 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.336 | 0.033333 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.348 | 0.001592 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.1.519 | 0.000079 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.160.16 | 0.001859 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.177.2 | 0.009091 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.177.24 | 0.002591 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.177.33 | 0.003289 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.177.7 | 0.00033 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.177.80 | 0.003824 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.234 | 0.000264 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.320 | 0.002491 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.36.29 | 0.001035 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.396 | 0.001411 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.497 | 0.00063 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.499 | 0.002101 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.582 | 0.000981 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | P.1.14 | 0.000096 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | P.1.2 | 0.002312 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | Q.1 | 0.000253 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 2 | 2 | Q.8 | 0.00033 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.77 | 0.001127 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.90 | 0.000684 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.10 | 0.001115 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.117 | 0.009709 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.253 | 0.002506 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.310 | 0.015152 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.347 | 0.018182 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.368 | 0.003086 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.380 | 0.009804 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.4 | 0.002976 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.420 | 0.001006 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.434 | 0.000349 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.448 | 0.002033 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.50 | 0.000679 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.521 | 0.005348 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.54 | 0.003021 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.77 | 0.041667 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.14 | 0.006098 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.23 | 0.003236 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.8 | 0.000752 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.82 | 0.000477 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.22 | 0.001318 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.221.3 | 0.000833 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.229 | 0.009709 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.313 | 0.006579 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.37 | 0.002778 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.38 | 0.001642 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.39 | 0.002217 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.395 | 0.007042 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.400 | 0.000429 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.409 | 0.000781 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.546 | 0.003704 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.633 | 0.041667 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.9 | 0.006173 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.93 | 0.000934 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.35 | 0.007812 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | L.3 | 0.003546 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1.4 | 0.000977 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | Q.3 | 0.000145 |
ORF3a | 22 | D22Y | Gat | Tat | 1 | 1 | W.1 | 0.008696 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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