CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 22

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	22	D22Y		nonsyn	Gat	Tat	2712	2710	0.999263	25456-25458
ORF3a	22	D22Y		nonsyn	GaT	TaC	2712	2	0.000737463	25456-25458
ORF3a	22	D22del		del	GAT	---	1735	1735	1	25456-25458
ORF3a	22	D22D		syn	gaT	gaC	676	676	1	25456-25458
ORF3a	22	D22N		nonsyn	Gat	Aat	668	668	1	25456-25458
ORF3a	22	D22G		nonsyn	gAt	gGt	488	487	0.997951	25456-25458
ORF3a	22	D22G		nonsyn	gAT	gGC	488	1	0.00204918	25456-25458
ORF3a	22	D22H		nonsyn	Gat	Cat	159	159	1	25456-25458
ORF3a	22	D22V		nonsyn	gAt	gTt	103	101	0.980583	25456-25458
ORF3a	22	D22V		nonsyn	gAT	gTA	103	2	0.0194175	25456-25458
ORF3a	22	D22E		nonsyn	gaT	gaA	41	34	0.829268	25456-25458
ORF3a	22	D22E		nonsyn	gaT	gaG	41	7	0.170732	25456-25458
ORF3a	22	D22A		nonsyn	gAt	gCt	34	34	1	25456-25458
ORF3a	22	D22del2		del	gAT	g--	12	11	0.916667	25456-25458
ORF3a	22	D22del2		del	GAt	--t	12	1	0.0833333	25456-25458
ORF3a	22	D22I		nonsyn	GAt	ATt	4	2	0.5	25456-25458
ORF3a	22	D22I		nonsyn	GAT	ATA	4	2	0.5	25456-25458
ORF3a	22	D22del1		del	Gat	-at	3	3	1	25456-25458
ORF3a	22	D22K		nonsyn	GaT	AaA	2	2	1	25456-25458

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2710	2712	All	0.000518
ORF3a	22	D22Y	GaT	TaC	2	2712	All	0
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1735	1735	All	0.000332
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1271	1271	B.1.214.2	0.76199
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	682	682	B.1.1.7	0.000611
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	676	676	All	0.000129
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	668	668	All	0.000128
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	487	488	All	0.000093
ORF3a	22	D22G	gAT	gGC	1	488	All	0
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	241	241	AY.4	0.000375
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	234	234	AY.4	0.000364
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	222	222	B.1.617.2	0.000836
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	210	210	AY.70	0.043786
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	200	200	B.1.1.7	0.000179
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	165	165	B.1.258.11	0.065398
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	159	159	All	0.00003
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	148	148	B.1.617.2	0.000557
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	146	146	B.1.526	0.003432
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	108	108	B.1.177	0.001422
ORF3a	22	D22del	GAT	---	104	104	B.1.617.3	0.310448
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	101	103	All	0.000019
ORF3a	22	D22V	gAT	gTA	2	103	All	0
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	91	91	B.1.2	0.000801
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	84	84	AY.43	0.000372
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	80	80	B.1.443	0.373832
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	76	76	P.1	0.001197
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	73	73	B.1.177	0.000961
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	73	73	B.1.351	0.00217
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	70	70	AY.102	0.001856
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	61	61	AY.24	0.026293
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	52	52	AY.103	0.000323
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	51	51	AY.43	0.000226
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	49	49	B.1.617.2	0.000185
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	47	47	AY.20	0.001827
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	46	46	AY.3	0.000458
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	44	44	B.1	0.000403
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	44	44	B.1.1.7	0.000039
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	42	42	B.1.429	0.000988
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	34	41	All	0.000007
ORF3a	22	D22E	gaT	gaG	7	41	All	0.000001
ORF3a	22	D22del	GAT	---	39	39	B.1.1.7	0.000035
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	38	38	AY.39.1	0.001505
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	38	38	B.1.429	0.000894
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	34	34	All	0.000007
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	32	32	B.1.1	0.000581
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	31	31	B.1.265	0.03939
ORF3a	22	D22del	GAT	---	29	29	AY.4	0.000045
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	28	28	AY.46.6	0.002022
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	27	27	AY.4	0.000042
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	27	27	AY.4.2	0.000586
ORF3a	22	D22del	GAT	---	25	25	AY.119	0.000883
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	24	24	AY.47	0.000747
ORF3a	22	D22del	GAT	---	24	24	B.1.177.60	0.005242
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	23	23	AY.103	0.000143
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	23	23	AY.25	0.000138
ORF3a	22	D22del	GAT	---	23	23	B.1.1	0.000417
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	23	23	B.1.1.222	0.004692
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	22	22	AY.44	0.000134
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	22	22	B.1.1.7	0.00002
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	20	20	AY.25	0.00012
ORF3a	22	D22del	GAT	---	20	20	B.1	0.000183
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	19	19	AY.4	0.00003
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	19	19	P.1	0.000299
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	18	18	AY.37	0.005689
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	18	18	B.1.36	0.002626
ORF3a	22	D22del	GAT	---	17	17	AY.29	0.000268
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	17	17	B.1.1.7	0.000015
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	17	17	B.1.590	0.077273
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	16	16	AY.39	0.000395
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	16	16	C.37	0.001857
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	16	16	P.1.15	0.003717
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	15	15	AY.13	0.002415
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	15	15	AY.5	0.00031
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	15	15	B.1.258	0.000998
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	14	14	AY.62	0.0061
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	14	14	B.1.1.7	0.000013
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	14	14	B.1.160	0.000437
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	14	14	B.1.162	0.070352
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	14	14	B.1.2	0.000123
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	13	13	AY.46	0.001353
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	13	13	B.1.2	0.000114
ORF3a	22	D22del2	gAT	g--	11	12	All	0.000002
ORF3a	22	D22del2	GAt	--t	1	12	All	0
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	12	12	AY.6	0.000494
ORF3a	22	D22del	GAT	---	12	12	B.1.177	0.000158
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	12	12	B.1.408	0.04428
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	11	11	AY.117	0.00093
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	11	11	AY.26	0.000311
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	11	11	AY.42	0.000443
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	10	11	B.1.2	0.000088
ORF3a	22	D22G	gAT	gGC	1	11	B.1.2	0.000009
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	10	10	AY.3	0.000099
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	10	10	AY.5	0.000206
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	10	10	AY.76	0.048309
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	10	10	B.1.1.519	0.000397
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	10	10	B.1.177.21	0.000765
ORF3a	22	D22del	GAT	---	9	9	B.1.210	0.01919
ORF3a	22	D22del	GAT	---	9	9	B.1.639	0.195652
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	8	8	AY.16	0.003037
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	8	8	AY.25	0.000048
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	8	8	AY.25	0.000048
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	8	8	AY.44	0.000049
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	8	8	AY.46	0.000833
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	8	8	B.1.525	0.000905
ORF3a	22	D22del	GAT	---	8	8	B.1.617.2	0.00003
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	7	7	AD.1	0.028807
ORF3a	22	D22del	GAT	---	7	7	AY.25	0.000042
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	7	7	B.1.1.277	0.005311
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	7	7	B.1.177.81	0.001325
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	5	7	B.1.243	0.000348
ORF3a	22	D22Y	GaT	TaC	2	7	B.1.243	0.000139
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	6	6	AY.100	0.000276
ORF3a	22	D22del	GAT	---	6	6	AY.103	0.000037
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	6	6	AY.116	0.001721
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	6	6	AY.119	0.000212
ORF3a	22	D22del	GAT	---	6	6	AY.43	0.000027
ORF3a	22	D22del	GAT	---	6	6	AY.44	0.000037
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	6	6	AY.9.2	0.00022
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	6	6	B.1.1	0.000109
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	6	6	B.1.1.458	0.25
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	6	6	B.1.177.86	0.001101
ORF3a	22	D22del	GAT	---	6	6	B.1.214.1	0.12
ORF3a	22	D22E	gaT	gaG	5	6	B.1.258	0.000333
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	1	6	B.1.258	0.000067
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	6	6	B.1.351	0.000178
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	6	6	B.1.416.1	0.009375
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	6	6	B.1.525	0.000679
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	5	5	AY.102	0.000133
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	5	5	AY.119	0.000177
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	5	5	AY.4.5	0.000537
ORF3a	22	D22del	GAT	---	5	5	AY.46.2	0.003177
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	5	5	AY.6	0.000206
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	5	5	B.1.1	0.000091
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	5	5	B.1.1.302	0.010373
ORF3a	22	D22del	GAT	---	5	5	B.1.214.3	0.035714
ORF3a	22	D22del	GAT	---	5	5	B.1.258.17	0.00052
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	5	5	P.1.10	0.001347
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	4	4		0.222222
ORF3a	22	D22I	GAt	ATt	2	4		0.111111
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	2	4		0.111111
ORF3a	22	D22V	gAT	gTA	2	4		0.111111
ORF3a	22	D22I	GAT	ATA	2	4		0.111111
ORF3a	22	D22I	GAT	ATA	2	4	All	0
ORF3a	22	D22I	GAt	ATt	2	4	All	0
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	4	4	AY.103	0.000025
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	4	4	AY.118	0.000251
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	4	4	AY.120	0.000149
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	4	4	AY.20	0.000155
ORF3a	22	D22del	GAT	---	4	4	AY.26	0.000113
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	4	4	AY.39	0.000099
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	4	4	AY.4	0.000006
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	4	4	AY.4	0.000006
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	4	4	AY.4.2	0.000087
ORF3a	22	D22del	GAT	---	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	4	4	AY.43	0.000018
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	4	4	AY.99.2	0.000369
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.1	0.001307
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	4	4	B.1.1.128	0.028369
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	4	4	B.1.1.464	0.005891
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	4	4	B.1.2	0.000035
ORF3a	22	D22del	GAT	---	4	4	B.1.214	0.014652
ORF3a	22	D22del	GAT	---	4	4	B.1.218	0.020619
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	4	4	B.1.267	0.074074
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	4	4	B.1.311	0.001098
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	4	4	B.1.427	0.000202
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	4	4	B.1.427	0.000202
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	4	4	B.1.575	0.001214
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	4	4	B.1.621	0.000354
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	4	4	P.1.7	0.001277
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	4	4	R.1	0.00036
ORF3a	22	D22del1	Gat	-at	3	3	All	0.000001
ORF3a	22	D22del	GAT	---	3	3	AY.102	0.00008
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	3	3	AY.120	0.000112
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	3	3	AY.20	0.000117
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	3	3	AY.23	0.000209
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	AY.33	0.0002
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	AY.34	0.000291
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	AY.36	0.000445
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	3	3	AY.39	0.000074
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	3	3	AY.39	0.000074
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	3	3	AY.4	0.000005
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	3	3	AY.44	0.000018
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	3	3	AY.44	0.000018
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	AY.46.4	0.000494
ORF3a	22	D22del	GAT	---	3	3	AY.49	0.009585
ORF3a	22	D22del	GAT	---	3	3	AY.5	0.000062
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	3	3	AY.61	0.000314
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	3	3	AY.75	0.000168
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	AY.9	0.000203
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	AY.9.2	0.00011
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	3	3	B.1	0.000027
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	3	3	B.1	0.000027
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.101	0.03
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.33	0.001263
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	3	3	B.1.1.486	0.004732
ORF3a	22	D22del2	gAT	g--	2	3	B.1.1.7	0.000002
ORF3a	22	D22del2	GAt	--t	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	22	D22del	GAT	---	3	3	B.1.177.32	0.004049
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	B.1.177.60	0.000655
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	3	3	B.1.177.73	0.001699
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	B.1.177.79	0.007026
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	B.1.340	0.012876
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	3	3	B.1.349	0.002144
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	3	3	B.1.596	0.000261
ORF3a	22	D22del	GAT	---	3	3	B.1.609	0.001438
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	3	3	B.1.621	0.000266
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	3	3	C.23	0.017442
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	3	3	C.37	0.000348
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	3	3	L.1	0.005714
ORF3a	22	D22del	GAT	---	3	3	Q.1	0.000379
ORF3a	22	D22del	GAT	---	3	3	U.3	0.011583
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	2	2		0.111111
ORF3a	22	D22K	GaT	AaA	2	2		0.111111
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	A	0.000774
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	2	2	A	0.000774
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	A.2	0.001324
ORF3a	22	D22K	GaT	AaA	2	2	All	0
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.100	0.000092
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	AY.102	0.000053
ORF3a	22	D22del2	gAT	g--	2	2	AY.103	0.000012
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	2	2	AY.103	0.000012
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	AY.103	0.000012
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	AY.107	0.000932
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.113	0.000285
ORF3a	22	D22del2	gAT	g--	2	2	AY.119	0.000071
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	2	2	AY.120.2	0.002571
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.120.2.1	0.000997
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.121	0.000271
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.14	0.000176
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.27	0.000129
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.29	0.000032
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	2	2	AY.29	0.000032
ORF3a	22	D22del	GAT	---	2	2	AY.3	0.00002
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	AY.33	0.000134
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	2	2	AY.34	0.000194
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	2	2	AY.38	0.000999
ORF3a	22	D22del	GAT	---	2	2	AY.39	0.000049
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	2	2	AY.4	0.000003
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	2	2	AY.42	0.00008
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	2	2	AY.43	0.000009
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	2	2	AY.43	0.000009
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.46.5	0.000397
ORF3a	22	D22del	GAT	---	2	2	AY.47	0.000062
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	AY.5	0.000041
ORF3a	22	D22del	GAT	---	2	2	AY.54	0.000191
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	2	2	AY.6	0.000082
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	AY.61	0.00021
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.68	0.000547
ORF3a	22	D22del	GAT	---	2	2	AY.7	0.000392
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	2	2	AY.7.2	0.001119
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.75	0.000112
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.79	0.002421
ORF3a	22	D22del	GAT	---	2	2	AY.79	0.002421
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	2	2	AY.81	0.003984
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	AY.88	0.001768
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.9.1	0.000167
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	AY.91	0.001461
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B	0.000256
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	B	0.000256
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	B.1	0.000018
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	2	2	B.1.1.219	0.01
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	2	2	B.1.1.263	0.003115
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.316	0.00185
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.336	0.033333
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.348	0.001592
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.519	0.000079
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.160.16	0.001859
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	2	2	B.1.160.26	0.004843
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.177.2	0.009091
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.177.24	0.002591
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.177.33	0.003289
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	2	2	B.1.177.69	0.002967
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.177.7	0.00033
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.177.80	0.003824
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	B.1.2	0.000018
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.221	0.000142
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.234	0.000264
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.320	0.002491
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.36.29	0.001035
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.396	0.001411
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	2	2	B.1.400	0.000858
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	2	2	B.1.429	0.000047
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.497	0.00063
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.499	0.002101
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	B.1.526	0.000047
ORF3a	22	D22del	GAT	---	2	2	B.1.526	0.000047
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	2	2	B.1.551	0.002581
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	B.1.582	0.000981
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	2	2	B.1.93	0.001867
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	2	2	C.35	0.001548
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	C.37	0.000232
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	2	2	P.1	0.000032
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	P.1.14	0.000096
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	P.1.2	0.002312
ORF3a	22	D22del	GAT	---	2	2	P.2	0.000373
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	P.2	0.000373
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	Q.1	0.000253
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	2	2	Q.8	0.00033
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	A.2.5	0.000499
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	A.23.1	0.000704
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	22	D22del1	Gat	-at	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	22	D22E	gaT	gaG	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.105	0.000643
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.111	0.000183
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.111	0.000183
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.111	0.000183
ORF3a	22	D22del1	Gat	-at	1	1	AY.111	0.000183
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	AY.113	0.000142
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.116	0.000287
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.118	0.000063
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.12	0.000316
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.121	0.000135
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	AY.13	0.000161
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	22	D22del2	gAT	g--	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.26	0.000028
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	AY.27	0.000065
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.27	0.000065
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.27	0.000065
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	22	D22del2	gAT	g--	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	AY.32	0.000532
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	1	1	AY.33	0.000067
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.33	0.000067
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.39	0.000025
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	AY.39	0.000025
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF3a	22	D22del2	gAT	g--	1	1	AY.4	0.000002
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	22	D22del1	Gat	-at	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.42	0.00004
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	AY.42	0.00004
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	1	1	AY.45	0.000122
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.47	0.000031
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.55	0.000917
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.56	0.001605
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	AY.59	0.00053
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.59	0.00053
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	AY.6	0.000041
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.6	0.000041
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.61	0.000105
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	AY.61	0.000105
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.69	0.000187
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.7	0.000196
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.74	0.000116
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.77	0.001127
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.84	0.000437
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.84	0.000437
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.90	0.000684
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	1	1	AY.91	0.00073
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	AY.92	0.000287
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	22	D22E	gaT	gaG	1	1	AY.99	0.001049
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	22	D22V	gAt	gTt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.10	0.001115
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.117	0.009709
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.253	0.002506
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.310	0.015152
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.312	0.001912
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.347	0.018182
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	1	1	B.1.1.363	0.005988
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.368	0.003086
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.380	0.009804
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.4	0.002976
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.420	0.001006
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.521	0.005348
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.1.528	0.004808
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.54	0.003021
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.77	0.041667
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.160.33	0.004425
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.177.10	0.000878
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.14	0.006098
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.177.19	0.001431
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.8	0.000752
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.179	0.003759
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.206	0.000816
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	B.1.206	0.000816
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.22	0.001318
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.221.3	0.000833
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.229	0.009709
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	B.1.240	0.000216
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	B.1.243	0.00007
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.258	0.000067
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	B.1.258	0.000067
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.258.10	0.011364
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	B.1.3	0.002618
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.313	0.006579
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	B.1.324	0.001605
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.36.37	0.002778
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.36.39	0.002217
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.389	0.001002
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.395	0.007042
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.396	0.000706
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.400	0.000429
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.409	0.000781
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.409	0.000781
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	1	1	B.1.416	0.001269
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.422	0.000812
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.459	0.004082
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	B.1.497	0.000315
ORF3a	22	D22E	gaT	gaA	1	1	B.1.499	0.00105
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	B.1.523	0.002451
ORF3a	22	D22H	Gat	Cat	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.546	0.003704
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.574	0.002151
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.577	0.000687
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.577	0.000687
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	B.1.577	0.000687
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	B.1.587	0.001898
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.595	0.000261
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.609	0.000479
ORF3a	22	D22del2	gAT	g--	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.619	0.000871
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	B.1.621	0.000089
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.623	0.000536
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.633	0.041667
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.637	0.000073
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.1.637	0.000073
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.1.638	0.052632
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.9	0.006173
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.1.93	0.000934
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	B.3	0.000831
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.35	0.007812
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	B.40	0.000364
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	B.40	0.000364
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	B.55	0.00295
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	C.16	0.00106
ORF3a	22	D22A	gAt	gCt	1	1	C.35	0.000774
ORF3a	22	D22del2	gAT	g--	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	L.3	0.003546
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	P.1.1	0.000318
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	P.1.12	0.000484
ORF3a	22	D22D	gaT	gaC	1	1	P.1.15	0.000232
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	P.1.15	0.000232
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	P.1.15	0.000232
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	P.1.17	0.000162
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	P.1.17	0.000162
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	P.1.2	0.001156
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	P.1.4	0.000977
ORF3a	22	D22del	GAT	---	1	1	P.3	0.001595
ORF3a	22	D22N	Gat	Aat	1	1	Q.1	0.000126
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	Q.3	0.000145
ORF3a	22	D22G	gAt	gGt	1	1	Q.8	0.000165
ORF3a	22	D22Y	Gat	Tat	1	1	W.1	0.008696

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.