CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 202

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a202V202LnonsynGtaTta36925366720.99314825996-25998
ORF3a202V202LnonsynGtaCta369252500.0067704825996-25998
ORF3a202V202LnonsynGtATtG3692530.000081245825996-25998
ORF3a202V202InonsynGtaAta15151515125996-25998
ORF3a202V202VsyngtAgtG143213360.93296125996-25998
ORF3a202V202VsyngtAgtT1432500.034916225996-25998
ORF3a202V202VsyngtAgtC1432460.032122925996-25998
ORF3a202V202AnonsyngTagCa421421125996-25998
ORF3a202V202deldelGTA---150150125996-25998
ORF3a202V202del1delGta-ta84820.9761925996-25998
ORF3a202V202del1delgtAgt-8420.023809525996-25998
ORF3a202V202GnonsyngTagGa540.825996-25998
ORF3a202V202GnonsyngTAgGT510.225996-25998
ORF3a202V202EnonsyngTAgAG420.525996-25998
ORF3a202V202EnonsyngTagAa420.525996-25998
ORF3a202V202DnonsyngTAgAC320.66666725996-25998
ORF3a202V202DnonsyngTAgAT310.33333325996-25998
ORF3a202V202SnonsynGTaTCa22125996-25998
ORF3a202V202QnonsynGTaCAa11125996-25998
ORF3a202V202TnonsynGTaACa11125996-25998
ORF3a202V202HnonsynGTACAC11125996-25998
ORF3a202V202del2delGTa--a11125996-25998

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a202V202LGtaTta3667236925All0.007014
ORF3a202V202LGtaCta25036925All0.000048
ORF3a202V202LGtATtG336925All0.000001
ORF3a202V202LGtaTta1359913601B.1.2210.965975
ORF3a202V202LGtaCta213601B.1.2210.000142
ORF3a202V202LGtaTta73677368AY.1210.996888
ORF3a202V202LGtATtG17368AY.1210.000135
ORF3a202V202LGtaTta50295047B.1.617.20.018936
ORF3a202V202LGtaCta185047B.1.617.20.000068
ORF3a202V202LGtaTta18731885B.1.1.70.001677
ORF3a202V202LGtaCta121885B.1.1.70.000011
ORF3a202V202IGtaAta15151515All0.00029
ORF3a202V202VgtAgtG13361432All0.000256
ORF3a202V202VgtAgtT501432All0.00001
ORF3a202V202VgtAgtC461432All0.000009
ORF3a202V202LGtaTta11921192B.1.221.30.993333
ORF3a202V202IGtaAta654654B.10.00599
ORF3a202V202LGtaTta532543AY.40.000828
ORF3a202V202LGtaCta11543AY.40.000017
ORF3a202V202AgTagCa421421All0.000081
ORF3a202V202LGtaTta341341B.1.221.10.991279
ORF3a202V202LGtaTta331331B.1.1.2070.391253
ORF3a202V202LGtaTta295296AY.420.011868
ORF3a202V202LGtaCta1296AY.420.00004
ORF3a202V202LGtaTta291293AY.1030.001807
ORF3a202V202LGtaCta2293AY.1030.000012
ORF3a202V202IGtaAta293293B.1.1.70.000262
ORF3a202V202LGtaTta280281AY.9.20.010284
ORF3a202V202LGtaCta1281AY.9.20.000037
ORF3a202V202VgtAgtG279279B.1.617.20.001051
ORF3a202V202LGtaTta264265B.1.20.002325
ORF3a202V202LGtaCta1265B.1.20.000009
ORF3a202V202LGtaTta256256AY.750.014342
ORF3a202V202LGtaTta241246P.10.003797
ORF3a202V202LGtaCta5246P.10.000079
ORF3a202V202LGtaTta245245B.1.221.20.983936
ORF3a202V202LGtaTta239239B.1.221.40.995833
ORF3a202V202LGtaTta235235B.1.1.2140.013032
ORF3a202V202IGtaAta194194B.1.88.10.932692
ORF3a202V202LGtaTta158164B.10.001447
ORF3a202V202LGtaCta5164B.10.000046
ORF3a202V202LGtATtG1164B.10.000009
ORF3a202V202LGtaTta161162AY.430.000713
ORF3a202V202LGtaCta1162AY.430.000004
ORF3a202V202LGtaTta157157AY.390.00388
ORF3a202V202LGtaTta157157B.1.1770.002067
ORF3a202V202LGtaTta156156B.1.160.121
ORF3a202V202LGtaTta154154AY.1200.005726
ORF3a202V202delGTA---150150All0.000029
ORF3a202V202LGtaCta134147AY.290.002114
ORF3a202V202LGtaTta13147AY.290.000205
ORF3a202V202LGtaTta134137AY.440.000816
ORF3a202V202LGtaCta3137AY.440.000018
ORF3a202V202VgtAgtG119135B.1.1.70.000107
ORF3a202V202VgtAgtC12135B.1.1.70.000011
ORF3a202V202VgtAgtT4135B.1.1.70.000004
ORF3a202V202VgtAgtG132132AY.40.000205
ORF3a202V202LGtaTta129129AY.1050.082958
ORF3a202V202IGtaAta116116AY.1030.00072
ORF3a202V202LGtaTta9697B.1.3510.002854
ORF3a202V202LGtaCta197B.1.3510.00003
ORF3a202V202LGtaTta9292AY.98.10.004456
ORF3a202V202LGtaTta8686AY.250.000517
ORF3a202V202LGtaTta8586AY.330.005676
ORF3a202V202LGtaCta186AY.330.000067
ORF3a202V202del1Gta-ta8284All0.000016
ORF3a202V202del1gtAgt-284All0
ORF3a202V202VgtAgtG8383AY.1020.002201
ORF3a202V202VgtAgtG7878B.1.5260.001833
ORF3a202V202VgtAgtG7475AY.440.00045
ORF3a202V202VgtAgtT175AY.440.000006
ORF3a202V202LGtaTta7272B.1.10.001306
ORF3a202V202LGtaTta6868P.1.140.00325
ORF3a202V202del1Gta-ta6666B.1.1.70.000059
ORF3a202V202AgTagCa6565AY.1030.000404
ORF3a202V202LGtaTta6464B.1.1.1410.128773
ORF3a202V202LGtaTta6363AY.30.000627
ORF3a202V202LGtaTta5959B.1.1600.00184
ORF3a202V202LGtaTta5858AY.70.011368
ORF3a202V202LGtaTta5757AY.980.004503
ORF3a202V202LGtaTta5656AY.46.20.035578
ORF3a202V202LGtaTta5354AY.99.20.004884
ORF3a202V202LGtaCta154AY.99.20.000092
ORF3a202V202LGtaTta5151AY.1170.00431
ORF3a202V202LGtaTta5151B.1.1.2840.005477
ORF3a202V202IGtaAta4949AY.40.000076
ORF3a202V202LGtaTta4849B.1.177.40.010131
ORF3a202V202LGtaCta149B.1.177.40.000211
ORF3a202V202VgtAgtG4848AY.250.000289
ORF3a202V202VgtAgtG2548AY.430.000111
ORF3a202V202VgtAgtC2348AY.430.000102
ORF3a202V202LGtaTta4647AY.690.008587
ORF3a202V202LGtaCta147AY.690.000187
ORF3a202V202AgTagCa4444AY.250.000265
ORF3a202V202LGtaTta4444AY.340.004266
ORF3a202V202VgtAgtG4444B.1.1.4170.118919
ORF3a202V202IGtaAta4343B.1.20.000379
ORF3a202V202AgTagCa4242B.1.1.70.000038
ORF3a202V202LGtaTta4040AY.9.10.003349
ORF3a202V202LGtaTta3939B.1.1.3060.017098
ORF3a202V202VgtAgtG3838AY.1180.002381
ORF3a202V202LGtaTta3737AY.1060.012391
ORF3a202V202LGtaTta3737AY.230.002581
ORF3a202V202VgtAgtG3737AY.260.001047
ORF3a202V202VgtAgtG3737B.1.5270.137037
ORF3a202V202AgTagCa3535AY.40.000054
ORF3a202V202LGtaTta3535B.1.1.830.094851
ORF3a202V202VgtAgtG3334AY.1030.000205
ORF3a202V202VgtAgtT134AY.1030.000006
ORF3a202V202LGtaTta3233AY.1190.00113
ORF3a202V202LGtaCta133AY.1190.000035
ORF3a202V202LGtaTta3333B.1.1.3470.6
ORF3a202V202LGtaTta3132AY.450.003772
ORF3a202V202LGtATtG132AY.450.000122
ORF3a202V202LGtaTta3131B.1.4270.001565
ORF3a202V202LGtaTta2930AY.50.000599
ORF3a202V202LGtaCta130AY.50.000021
ORF3a202V202AgTagCa2929AY.1110.005311
ORF3a202V202LGtaTta2829AY.1180.001754
ORF3a202V202LGtaCta129AY.1180.000063
ORF3a202V202LGtaTta2929AY.200.001127
ORF3a202V202LGtaTta2929B.1.1.1890.043873
ORF3a202V202LGtaTta2828B.1.5250.003168
ORF3a202V202VgtAgtG2527AY.30.000249
ORF3a202V202VgtAgtC227AY.30.00002
ORF3a202V202LGtaTta2727B.1.1.1010.27
ORF3a202V202VgtAgtT2727B.1.1.2740.136364
ORF3a202V202VgtAgtG2525B.1.177.440.012974
ORF3a202V202VgtAgtG2525B.1.4290.000588
ORF3a202V202LGtaTta2123AY.1000.000966
ORF3a202V202LGtaCta223AY.1000.000092
ORF3a202V202LGtaTta2323B.1.2580.001531
ORF3a202V202LGtaTta2122AY.1020.000557
ORF3a202V202LGtaCta122AY.1020.000027
ORF3a202V202LGtaTta2222AY.840.009624
ORF3a202V202VgtAgtG2121AY.390.000519
ORF3a202V202AgTagCa2121AY.470.000653
ORF3a202V202LGtaTta2121B.1.1.4320.026582
ORF3a202V202LGtaTta1921B.1.177.210.001453
ORF3a202V202LGtaCta221B.1.177.210.000153
ORF3a202V202LGtaCta1420AY.60.000576
ORF3a202V202LGtaTta620AY.60.000247
ORF3a202V202LGtaTta2020AZ.20.01642
ORF3a202V202LGtaTta2020B.1.5090.017316
ORF3a202V202LGtaTta1919AY.1100.002141
ORF3a202V202LGtaTta1919AY.210.036053
ORF3a202V202LGtaTta1919AY.260.000538
ORF3a202V202delGTA---1919B.1.617.20.000072
ORF3a202V202delGTA---1818AY.1190.000636
ORF3a202V202LGtaTta1818AY.120.10.005778
ORF3a202V202AgTagCa1818B.1.617.20.000068
ORF3a202V202LGtaTta1717AY.46.60.001228
ORF3a202V202IGtaAta1717B.1.1600.00053
ORF3a202V202LGtaTta1717B.1.177.850.092391
ORF3a202V202IGtaAta1717B.1.617.20.000064
ORF3a202V202VgtAgtG1516B.10.000137
ORF3a202V202VgtAgtT116B.10.000009
ORF3a202V202LGtaTta1316D.20.000976
ORF3a202V202LGtaCta316D.20.000225
ORF3a202V202LGtaTta1515AY.920.004309
ORF3a202V202LGtaTta1515B.1.1.330.006313
ORF3a202V202LGtaTta1414AY.1110.002564
ORF3a202V202delGTA---1414AY.40.000022
ORF3a202V202delGTA---1414AY.430.000062
ORF3a202V202delGTA---1414AY.5.40.003874
ORF3a202V202LGtaTta1414B.1.2100.029851
ORF3a202V202LGtaTta1414B.1.5950.003653
ORF3a202V202LGtaTta1314C.370.001509
ORF3a202V202LGtaCta114C.370.000116
ORF3a202V202LGtaTta1313AY.320.006922
ORF3a202V202LGtaTta1313AY.5.30.004386
ORF3a202V202LGtaTta1313AY.600.012195
ORF3a202V202LGtaTta1313B.1.1.5190.000516
ORF3a202V202LGtaTta1313B.1.5170.005551
ORF3a202V202LGtaTta1313P.20.002426
ORF3a202V202VgtAgtG1212AY.290.000189
ORF3a202V202LGtaTta1112AY.4.20.000239
ORF3a202V202LGtaCta112AY.4.20.000022
ORF3a202V202LGtaTta1212AY.460.001249
ORF3a202V202LGtaTta1212AY.770.013529
ORF3a202V202LGtaTta1212B.1.1.2220.002448
ORF3a202V202AgTagCa1212B.1.1.3180.003621
ORF3a202V202AgTagCa1212B.1.1.5190.000477
ORF3a202V202LGtaTta1212B.1.3690.003423
ORF3a202V202delGTA---1212B.1.5250.001358
ORF3a202V202LGtaTta1111AY.1080.012128
ORF3a202V202LGtaTta1111AY.4.50.001182
ORF3a202V202LGtaTta1111AY.900.007529
ORF3a202V202LGtaTta1111B.1.1.3170.004529
ORF3a202V202LGtaTta1111B.1.3990.021277
ORF3a202V202LGtaTta1111Q.70.012222
ORF3a202V202LGtaTta1111W.10.095652
ORF3a202V202LGtaTta1010AY.130.00161
ORF3a202V202IGtaAta1010AY.750.00056
ORF3a202V202VgtAgtG710B.1.10.000127
ORF3a202V202VgtAgtT310B.1.10.000054
ORF3a202V202delGTA---1010B.1.1.70.000009
ORF3a202V202VgtAgtG910B.1.1770.000119
ORF3a202V202VgtAgtT110B.1.1770.000013
ORF3a202V202LGtaTta910B.1.4290.000212
ORF3a202V202LGtaCta110B.1.4290.000024
ORF3a202V202LGtaTta910B.1.617.10.001161
ORF3a202V202LGtaCta110B.1.617.10.000129
ORF3a202V202LGtaTta79AY.29.10.001544
ORF3a202V202LGtaCta29AY.29.10.000441
ORF3a202V202LGtaTta99AY.46.40.001481
ORF3a202V202LGtaTta99AY.740.001041
ORF3a202V202LGtaTta89B0.001022
ORF3a202V202LGtaCta19B0.000128
ORF3a202V202AgTagCa99B.1.10.000163
ORF3a202V202LGtaTta99B.1.2400.00194
ORF3a202V202LGtaTta99B.1.2430.000626
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