CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 19

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	19	E19del		del	GAA	---	1852	1852	1	25447-25449
ORF3a	19	E19G		nonsyn	gAa	gGa	1182	1180	0.998308	25447-25449
ORF3a	19	E19G		nonsyn	gAA	gGT	1182	2	0.00169205	25447-25449
ORF3a	19	E19D		nonsyn	gaA	gaT	518	444	0.857143	25447-25449
ORF3a	19	E19D		nonsyn	gaA	gaC	518	74	0.142857	25447-25449
ORF3a	19	E19K		nonsyn	Gaa	Aaa	292	292	1	25447-25449
ORF3a	19	E19del2		del	gAA	g--	156	154	0.987179	25447-25449
ORF3a	19	E19del2		del	GAa	--a	156	1	0.00641026	25447-25449
ORF3a	19	E19del2		del	GAA	--N	156	1	0.00641026	25447-25449
ORF3a	19	E19A		nonsyn	gAa	gCa	136	134	0.985294	25447-25449
ORF3a	19	E19A		nonsyn	gAA	gCC	136	2	0.0147059	25447-25449
ORF3a	19	E19V		nonsyn	gAa	gTa	131	124	0.946565	25447-25449
ORF3a	19	E19V		nonsyn	gAA	gTT	131	7	0.0534351	25447-25449
ORF3a	19	E19Q		nonsyn	Gaa	Caa	122	122	1	25447-25449
ORF3a	19	E19E		syn	gaA	gaG	88	88	1	25447-25449
ORF3a	19	E19X		nonsyn	Gaa	Taa	41	41	1	25447-25449
ORF3a	19	E19Y		nonsyn	GaA	TaT	11	10	0.909091	25447-25449
ORF3a	19	E19del1		del	Gaa	-aa	11	7	0.636364	25447-25449
ORF3a	19	E19del1		del	gaA	ga-	11	2	0.181818	25447-25449
ORF3a	19	E19del1		del	gAA	g-N	11	1	0.0909091	25447-25449
ORF3a	19	E19Y		nonsyn	GaA	TaC	11	1	0.0909091	25447-25449
ORF3a	19	E19del1		del	gAa	g-a	11	1	0.0909091	25447-25449
ORF3a	19	E19T		nonsyn	GAA	ACC	4	2	0.5	25447-25449
ORF3a	19	E19T		nonsyn	GAa	ACa	4	2	0.5	25447-25449
ORF3a	19	E19N		nonsyn	GaA	AaC	2	2	1	25447-25449
ORF3a	19	E19I		nonsyn	GAa	ATa	1	1	1	25447-25449
ORF3a	19	E19R		nonsyn	GAa	AGa	1	1	1	25447-25449
ORF3a	19	E19P		nonsyn	GAa	CCa	1	1	1	25447-25449
ORF3a	19	E19W		nonsyn	GAA	TGG	1	1	1	25447-25449

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1852	1852	All	0.000354
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1239	1239	B.1.214.2	0.742806
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1180	1182	All	0.000226
ORF3a	19	E19G	gAA	gGT	2	1182	All	0
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	444	518	All	0.000085
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	74	518	All	0.000014
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	367	367	B.1.617.2	0.001382
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	301	301	AY.118	0.018857
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	292	292	All	0.000056
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	272	272	B.1.265	0.345616
ORF3a	19	E19del2	gAA	g--	154	156	All	0.000029
ORF3a	19	E19del2	GAa	--a	1	156	All	0
ORF3a	19	E19del2	GAA	--N	1	156	All	0
ORF3a	19	E19del	GAA	---	151	151	B.1.1.7	0.000135
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	148	148	AY.102	0.003924
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	134	136	All	0.000026
ORF3a	19	E19A	gAA	gCC	2	136	All	0
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	124	131	All	0.000024
ORF3a	19	E19V	gAA	gTT	7	131	All	0.000001
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	122	122	All	0.000023
ORF3a	19	E19del2	gAA	g--	104	104	B.1.617.3	0.310448
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	88	88	All	0.000017
ORF3a	19	E19del	GAA	---	77	77	AY.44	0.000469
ORF3a	19	E19del	GAA	---	57	57	B.1.2	0.000502
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	53	53	B.1.1.7	0.000047
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	48	53	B.1.617.2	0.000181
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	5	53	B.1.617.2	0.000019
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	51	51	AY.103	0.000317
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	43	43	B.1.1.7	0.000038
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	41	41	All	0.000008
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	33	33	B.1.617.2	0.000124
ORF3a	19	E19del	GAA	---	30	30	AY.4	0.000047
ORF3a	19	E19del2	gAA	g--	30	30	B.1.214.2	0.017986
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	29	29	AY.3	0.000288
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	29	29	AY.43	0.000128
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	27	27	B.1.1.7	0.000024
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	15	26	AY.4	0.000023
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	11	26	AY.4	0.000017
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	25	25	AY.43	0.000111
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	21	25	AY.43	0.000093
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	4	25	AY.43	0.000018
ORF3a	19	E19del	GAA	---	24	24	B.1	0.00022
ORF3a	19	E19del	GAA	---	24	24	B.1.177.60	0.005242
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	24	24	B.1.258	0.001597
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	24	24	B.1.617.2	0.00009
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	23	23	AY.4	0.000036
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	22	22	AY.102	0.000583
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	22	22	AY.4	0.000034
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	19	19	B.1	0.000174
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	18	18	B.1.160	0.000561
ORF3a	19	E19del	GAA	---	18	18	B.1.617.2	0.000068
ORF3a	19	E19del	GAA	---	18	18	P.1	0.000284
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	17	17	AY.100	0.000782
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	15	15	AY.44	0.000091
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	15	15	B.1.1	0.000272
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	14	14	AY.86	0.011618
ORF3a	19	E19del	GAA	---	14	14	B.1.177	0.000184
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	12	12	AY.39	0.000297
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	12	12	AY.44	0.000073
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	12	12	B.1.427	0.000606
ORF3a	19	E19Y	GaA	TaT	10	11	All	0.000002
ORF3a	19	E19del1	Gaa	-aa	7	11	All	0.000001
ORF3a	19	E19del1	gaA	ga-	2	11	All	0
ORF3a	19	E19del1	gAA	g-N	1	11	All	0
ORF3a	19	E19del1	gAa	g-a	1	11	All	0
ORF3a	19	E19Y	GaA	TaC	1	11	All	0
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	11	11	AY.25	0.000066
ORF3a	19	E19del2	gAA	g--	11	11	AY.4	0.000017
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	8	11	AY.44	0.000049
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	3	11	AY.44	0.000018
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	11	11	B.1	0.000101
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	11	11	B.1	0.000101
ORF3a	19	E19del	GAA	---	10	10	AY.29	0.000158
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	7	10	AY.3	0.00007
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	3	10	AY.3	0.00003
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	5	10	B.1.1.7	0.000004
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	5	10	B.1.1.7	0.000004
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	10	10	B.1.258.14	0.009804
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	9	9	AY.3	0.00009
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	9	9	AY.34.1	0.004589
ORF3a	19	E19del	GAA	---	9	9	AY.43	0.00004
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	9	9	AY.88	0.007958
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	9	9	B.1	0.000082
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	9	9	B.1.1	0.000163
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	7	9	B.1.1	0.000127
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	2	9	B.1.1	0.000036
ORF3a	19	E19Y	GaA	TaT	9	9	B.1.1.222	0.001836
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF3a	19	E19del	GAA	---	9	9	B.1.210	0.01919
ORF3a	19	E19V	gAA	gTT	7	9	B.1.214.2	0.004197
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	2	9	B.1.214.2	0.001199
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	9	9	B.1.595	0.002349
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	9	9	B.1.617.2	0.000034
ORF3a	19	E19del	GAA	---	9	9	B.1.639	0.195652
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	9	9	P.1	0.000142
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	8	8	AY.4	0.000012
ORF3a	19	E19del	GAA	---	8	8	AY.4.5	0.00086
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	6	8	B.1	0.000055
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	2	8	B.1	0.000018
ORF3a	19	E19del	GAA	---	8	8	B.1.1.519	0.000318
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	8	8	B.1.349	0.005718
ORF3a	19	E19del	GAA	---	8	8	B.1.429	0.000188
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	7	7	AY.118	0.000439
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	7	7	AY.4	0.000011
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	7	7	AY.43	0.000031
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	7	7	AY.46	0.000729
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	7	7	AY.98	0.000553
ORF3a	19	E19del	GAA	---	7	7	B.1.1	0.000127
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	7	7	B.1.1.269	0.009472
ORF3a	19	E19del	GAA	---	7	7	B.1.1.317	0.002882
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	4	6		0.222222
ORF3a	19	E19A	gAA	gCC	2	6		0.111111
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	6	6	AY.102	0.000159
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	6	6	AY.103	0.000037
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	6	6	AY.20	0.000233
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	4	6	AY.39	0.000099
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	2	6	AY.39	0.000049
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	6	6	AY.4	0.000009
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	6	6	AY.47	0.000187
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	6	6	AY.5	0.000124
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	6	6	B.1.2	0.000053
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	6	6	B.1.617.2	0.000023
ORF3a	19	E19del	GAA	---	6	6	P.1.14	0.000287
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	5	5	AY.1	0.001979
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	5	5	AY.100	0.00023
ORF3a	19	E19del	GAA	---	5	5	AY.103	0.000031
ORF3a	19	E19del	GAA	---	5	5	AY.25	0.00003
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	4	5	AY.25	0.000024
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	1	5	AY.25	0.000006
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	5	5	AY.36	0.000741
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	5	5	B.1.1.519	0.000199
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	5	5	B.1.1.7	0.000004
ORF3a	19	E19del	GAA	---	5	5	B.1.214.3	0.035714
ORF3a	19	E19del	GAA	---	5	5	B.1.36.29	0.002587
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	5	5	P.1	0.000079
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	5	5	R.1	0.00045
ORF3a	19	E19T	GAa	ACa	2	4		0.111111
ORF3a	19	E19T	GAA	ACC	2	4		0.111111
ORF3a	19	E19T	GAa	ACa	2	4	All	0
ORF3a	19	E19T	GAA	ACC	2	4	All	0
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	3	4	AY.102	0.00008
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	1	4	AY.102	0.000027
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	AY.116	0.001147
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	AY.120	0.000149
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	AY.20	0.000155
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	AY.23.1	0.001669
ORF3a	19	E19del	GAA	---	4	4	AY.26	0.000113
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	4	4	AY.29	0.000063
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	4	4	AY.3	0.00004
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	4	4	AY.4	0.000006
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	4	4	AY.4	0.000006
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	4	4	AY.43	0.000018
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	4	4	AY.44	0.000024
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	4	4	AY.44	0.000024
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	AY.46.4	0.000658
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	4	4	AY.47	0.000124
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	4	4	B.1	0.000037
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	4	4	B.1.1	0.000073
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	B.1.1.27	0.022599
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	B.1.1.317	0.001647
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	4	4	B.1.1.37	0.000771
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	4	4	B.1.177	0.000053
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	4	4	B.1.2	0.000035
ORF3a	19	E19del	GAA	---	4	4	B.1.214	0.014652
ORF3a	19	E19del	GAA	---	4	4	B.1.214.1	0.08
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	B.1.243	0.000278
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	4	4	B.1.628	0.001409
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	4	4	B.1.93	0.003735
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	4	4	P.1	0.000063
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	4	4	Q.1	0.000505
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	3	3	AY.102	0.00008
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	AY.118	0.000188
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	3	3	AY.119	0.000106
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	AY.25	0.000018
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	3	3	AY.25	0.000018
ORF3a	19	E19del1	Gaa	-aa	2	3	AY.4	0.000003
ORF3a	19	E19del1	gAA	g-N	1	3	AY.4	0.000002
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	3	3	AY.43	0.000013
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	AY.45	0.000365
ORF3a	19	E19del	GAA	---	3	3	AY.46.2	0.001906
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	AY.47	0.000093
ORF3a	19	E19del	GAA	---	3	3	AY.5	0.000062
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	3	3	AY.54	0.000286
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	AY.54	0.000286
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	3	3	B.1.1.291	0.002227
ORF3a	19	E19del1	gaA	ga-	2	3	B.1.1.7	0.000002
ORF3a	19	E19del1	Gaa	-aa	1	3	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	B.1.177	0.00004
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	3	3	B.1.177.57	0.000843
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	B.1.177.75	0.003122
ORF3a	19	E19del	GAA	---	3	3	B.1.221	0.000213
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	3	3	B.3	0.002492
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	3	3	D.2	0.000225
ORF3a	19	E19del	GAA	---	3	3	Q.1	0.000379
ORF3a	19	E19del	GAA	---	3	3	U.3	0.011583
ORF3a	19	E19N	GaA	AaC	2	2		0.111111
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2		0.111111
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	2	2		0.111111
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	2	2		0.111111
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	2	2	A.1	0.000564
ORF3a	19	E19N	GaA	AaC	2	2	All	0
ORF3a	19	E19del2	gAA	g--	2	2	AY.102	0.000053
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	AY.103	0.000012
ORF3a	19	E19del	GAA	---	2	2	AY.111	0.000366
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	2	2	AY.117	0.000169
ORF3a	19	E19del	GAA	---	2	2	AY.118	0.000125
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	2	2	AY.121	0.000271
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	2	2	AY.26	0.000057
ORF3a	19	E19del	GAA	---	2	2	AY.27	0.000129
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	2	2	AY.3	0.00002
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	2	2	AY.33	0.000134
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	2	2	AY.33	0.000134
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	2	2	AY.36	0.000296
ORF3a	19	E19del	GAA	---	2	2	AY.39	0.000049
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	2	2	AY.39	0.000049
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	2	2	AY.39	0.000049
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	1	2	AY.4.2	0.000022
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	1	2	AY.4.2	0.000022
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	2	2	AY.4.4	0.000818
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	2	2	AY.42	0.00008
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	2	2	AY.42	0.00008
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	2	2	AY.44	0.000012
ORF3a	19	E19del2	gAA	g--	2	2	AY.44	0.000012
ORF3a	19	E19del	GAA	---	2	2	AY.47	0.000062
ORF3a	19	E19del	GAA	---	2	2	AY.6	0.000082
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	AY.61	0.00021
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF3a	19	E19del	GAA	---	2	2	AY.79	0.002421
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	2	2	B.1	0.000018
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	2	2	B.1.1	0.000036
ORF3a	19	E19del	GAA	---	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.1.284	0.000215
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	B.1.1.389	0.012121
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.160	0.000062
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.177	0.000026
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	1	2	B.1.177	0.000013
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	1	2	B.1.177	0.000013
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	2	2	B.1.177.18	0.00232
ORF3a	19	E19del	GAA	---	2	2	B.1.177.4	0.000422
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	B.1.177.55	0.004662
ORF3a	19	E19del1	Gaa	-aa	2	2	B.1.2	0.000018
ORF3a	19	E19G	gAA	gGT	2	2	B.1.214.2	0.001199
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	2	2	B.1.243	0.000139
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	B.1.311	0.000549
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.351	0.000059
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.36.1	0.002281
ORF3a	19	E19del	GAA	---	2	2	B.1.409	0.001563
ORF3a	19	E19del	GAA	---	2	2	B.1.427	0.000101
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	2	2	B.1.509	0.001732
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	2	2	B.1.526	0.000047
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.561	0.000794
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	2	2	B.1.628	0.000705
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	2	2	C.37	0.000232
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	2	2	D.2	0.00015
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	2	2	P.1	0.000032
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	2	2	P.1.10	0.000539
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	2	2	P.3	0.00319
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	1	1	A	0.000387
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	1	1	A.2	0.000662
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	A.2.5	0.000499
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	A.2.5	0.000499
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	1	1	A.2.5.3	0.010309
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	A.23.1	0.000704
ORF3a	19	E19I	GAa	ATa	1	1	All	0
ORF3a	19	E19W	GAA	TGG	1	1	All	0
ORF3a	19	E19P	GAa	CCa	1	1	All	0
ORF3a	19	E19R	GAa	AGa	1	1	All	0
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	AS.2	0.015625
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AU.3	0.00211
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	AY.101	0.00049
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.105	0.000643
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	AY.106	0.000335
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.110	0.000113
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	1	1	AY.111	0.000183
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	1	1	AY.114	0.000231
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.114	0.000231
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.116	0.000287
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	1	1	AY.116	0.000287
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	AY.116.1	0.000311
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	AY.13	0.000161
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.13	0.000161
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.14	0.000088
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	1	1	AY.14	0.000088
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	AY.16	0.00038
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.2	0.000356
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	19	E19del1	Gaa	-aa	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.26	0.000028
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	1	1	AY.26	0.000028
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	AY.26	0.000028
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.27	0.000065
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.30	0.000396
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.33	0.000067
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.33	0.000067
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.34	0.000097
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	AY.34	0.000097
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	AY.39	0.000025
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.40	0.000964
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.41	0.000294
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	19	E19Y	GaA	TaC	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	AY.44	0.000006
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	AY.46	0.000104
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	AY.46	0.000104
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	AY.47	0.000031
ORF3a	19	E19del2	gAA	g--	1	1	AY.49	0.003195
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	AY.52	0.000814
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	19	E19del2	gAA	g--	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.55	0.000917
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	AY.57	0.000656
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	1	1	AY.59	0.00053
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	AY.6	0.000041
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	1	1	AY.6	0.000041
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.60	0.000938
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.63	0.000387
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.64	0.000595
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.65	0.000533
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	1	1	AY.67	0.000464
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	AY.71	0.000475
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.73	0.000665
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	AY.79	0.001211
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.8	0.000606
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.83	0.001724
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	AY.84	0.000437
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	AY.85	0.000427
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	1	1	AY.85	0.000427
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.88	0.000884
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	1	1	AY.90	0.000684
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.90	0.000684
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.92	0.000287
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	AY.99	0.001049
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF3a	19	E19del1	gAa	g-a	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	19	E19Y	GaA	TaT	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.177	0.019231
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	B.1.1.348	0.000796
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.402	0.011111
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.514	0.038462
ORF3a	19	E19del2	gAA	g--	1	1	B.1.1.528	0.004808
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.58	0.005376
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF3a	19	E19del2	GAA	--N	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.104	0.00369
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.142	0.002899
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	19	E19del2	GAa	--a	1	1	B.1.160.23	0.004831
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.160.33	0.004425
ORF3a	19	E19V	gAa	gTa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	19	E19del2	gAA	g--	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.177.19	0.001431
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.177.76	0.002494
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.8	0.000752
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.178	0.02381
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.179	0.003759
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF3a	19	E19I	GAa	ATa	1	1	B.1.221.3	0.000833
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.234	0.000132
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	B.1.243	0.00007
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.258	0.000067
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.258.10	0.011364
ORF3a	19	E19R	GAa	AGa	1	1	B.1.265	0.001271
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	B.1.329	0.000608
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.36.37	0.002778
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.367	0.000792
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.389	0.001002
ORF3a	19	E19P	GAa	CCa	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.459	0.004082
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	19	E19del1	Gaa	-aa	1	1	B.1.509	0.000866
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	19	E19D	gaA	gaC	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.533	0.009615
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.538	0.008065
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.544	0.006024
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.565	0.00081
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.595	0.000261
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.609	0.000479
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.1.615	0.04
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.619	0.000871
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.628	0.000352
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.1.638	0.052632
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	B.1.93	0.000934
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.3.1	0.001658
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	B.4.1	0.018868
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	B.55	0.00295
ORF3a	19	E19X	Gaa	Taa	1	1	B.6	0.00091
ORF3a	19	E19D	gaA	gaT	1	1	C.30	0.001727
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	C.37	0.000116
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	C.37	0.000116
ORF3a	19	E19Q	Gaa	Caa	1	1	C.37	0.000116
ORF3a	19	E19E	gaA	gaG	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	19	E19del2	gAA	g--	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	19	E19W	GAA	TGG	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	P.1.1	0.000318
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	P.1.14	0.000048
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	P.1.14	0.000048
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	P.1.15	0.000232
ORF3a	19	E19del	GAA	---	1	1	P.1.15	0.000232
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	P.2	0.000187
ORF3a	19	E19K	Gaa	Aaa	1	1	P.2	0.000187
ORF3a	19	E19G	gAa	gGa	1	1	P.3	0.001595
ORF3a	19	E19A	gAa	gCa	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.