CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 188

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a188G188CnonsynGgtTgt49854985125954-25956
ORF3a188G188DnonsyngGtgAt294294125954-25956
ORF3a188G188VnonsyngGtgTt240240125954-25956
ORF3a188G188SnonsynGgtAgt1541520.98701325954-25956
ORF3a188G188SnonsynGgTAgC15420.01298725954-25956
ORF3a188G188GsynggTggC1161130.97413825954-25956
ORF3a188G188GsynggTggG11630.025862125954-25956
ORF3a188G188deldelGGT---3232125954-25956
ORF3a188G188AnonsyngGtgCt33125954-25956
ORF3a188G188HnonsynGGtCAt11125954-25956
ORF3a188G188RnonsynGgtCgt11125954-25956
ORF3a188G188del1delggTgg-11125954-25956

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a188G188CGgtTgt49854985All0.000953
ORF3a188G188CGgtTgt45594559B.1.1.70.004081
ORF3a188G188DgGtgAt294294All0.000056
ORF3a188G188VgGtgTt240240All0.000046
ORF3a188G188SGgtAgt152154All0.000029
ORF3a188G188SGgTAgC2154All0
ORF3a188G188CGgtTgt133133AY.7.10.014989
ORF3a188G188GggTggC113116All0.000022
ORF3a188G188GggTggG3116All0.000001
ORF3a188G188CGgtTgt111111Q.80.018305
ORF3a188G188DgGtgAt9292AY.290.001451
ORF3a188G188VgGtgTt6666B.1.1770.000869
ORF3a188G188DgGtgAt4343B.10.000394
ORF3a188G188GggTggC4343B.1.1.10.014048
ORF3a188G188DgGtgAt3939B.1.438.10.004183
ORF3a188G188delGGT---3232All0.000006
ORF3a188G188SGgtAgt3232B.1.1.3521
ORF3a188G188DgGtgAt2929N.50.051237
ORF3a188G188VgGtgTt2727AY.40.000042
ORF3a188G188CGgtTgt2525B.1.1.10.008167
ORF3a188G188CGgtTgt2525Q.10.003158
ORF3a188G188VgGtgTt2424B.1.1.70.000021
ORF3a188G188VgGtgTt2424P.1.140.001147
ORF3a188G188DgGtgAt2323B.1.1.70.000021
ORF3a188G188GggTggC2020AY.40.000031
ORF3a188G188CGgtTgt1818AY.40.000028
ORF3a188G188GggTggC1616B.1.1.70.000014
ORF3a188G188VgGtgTt1313AY.250.000078
ORF3a188G188CGgtTgt1313B.10.000119
ORF3a188G188CGgtTgt1313B.1.10.000236
ORF3a188G188SGgtAgt1212AY.440.000073
ORF3a188G188VgGtgTt1212AY.75.10.002164
ORF3a188G188SGgtAgt1212B.1.10.000218
ORF3a188G188SGgtAgt1111AY.250.000066
ORF3a188G188SGgtAgt1111AY.40.000017
ORF3a188G188SGgtAgt1010B.1.1.70.000009
ORF3a188G188VgGtgTt1010B.1.177.210.000765
ORF3a188G188SGgtAgt1010B.1.20.000088
ORF3a188G188DgGtgAt99B.1.2060.007341
ORF3a188G188CGgtTgt99B.1.360.001313
ORF3a188G188CGgtTgt99B.1.617.20.000034
ORF3a188G188VgGtgTt88AY.1030.00005
ORF3a188G188SGgtAgt88AY.430.000035
ORF3a188G188GggTggC88B.1.4290.000188
ORF3a188G188VgGtgTt77AY.30.00007
ORF3a188G188DgGtgAt77AY.930.001912
ORF3a188G188CGgtTgt77P.10.00011
ORF3a188G188DgGtgAt66AY.430.000027
ORF3a188G188DgGtgAt66B.1.1.2220.001224
ORF3a188G188SGgtAgt66B.1.1.2880.011494
ORF3a188G188delGGT---66B.1.1.70.000005
ORF3a188G188GggTggC55AY.250.00003
ORF3a188G188delGGT---55AY.430.000022
ORF3a188G188SGgtAgt55B.1.1770.000066
ORF3a188G188SGgtAgt240.111111
ORF3a188G188SGgTAgC240.111111
ORF3a188G188GggTggC44AY.1030.000025
ORF3a188G188DgGtgAt44AY.40.000006
ORF3a188G188CGgtTgt44AY.440.000024
ORF3a188G188CGgtTgt44B.1.1.250.002274
ORF3a188G188DgGtgAt44B.1.1770.000053
ORF3a188G188CGgtTgt44B.1.20.000035
ORF3a188G188CGgtTgt44B.1.36.100.019139
ORF3a188G188CGgtTgt44B.1.596.10.037383
ORF3a188G188DgGtgAt44B.1.617.20.000015
ORF3a188G188VgGtgTt44B.1.617.20.000015
ORF3a188G188AgGtgCt33All0.000001
ORF3a188G188SGgtAgt33AY.1030.000019
ORF3a188G188SGgtAgt33AY.30.00003
ORF3a188G188CGgtTgt33AY.34.10.00153
ORF3a188G188DgGtgAt33AY.4.20.000065
ORF3a188G188VgGtgTt33AY.430.000013
ORF3a188G188CGgtTgt33AY.430.000013
ORF3a188G188DgGtgAt33AY.440.000018
ORF3a188G188VgGtgTt33B.10.000027
ORF3a188G188SGgtAgt33B.10.000027
ORF3a188G188CGgtTgt33B.1.1.3060.001315
ORF3a188G188delGGT---33B.1.1770.00004
ORF3a188G188DgGtgAt33B.1.20.000026
ORF3a188G188DgGtgAt33B.1.2430.000209
ORF3a188G188SGgtAgt33B.1.4290.000071
ORF3a188G188DgGtgAt33B.1.5250.000339
ORF3a188G188delGGT---33B.1.617.20.000011
ORF3a188G188VgGtgTt220.111111
ORF3a188G188VgGtgTt22AY.1010.000981
ORF3a188G188SGgtAgt22AY.1020.000053
ORF3a188G188CGgtTgt22AY.1190.000071
ORF3a188G188CGgtTgt22AY.30.00002
ORF3a188G188VgGtgTt22AY.440.000012
ORF3a188G188SGgtAgt22AY.540.000191
ORF3a188G188CGgtTgt22AY.60.000082
ORF3a188G188VgGtgTt22AY.610.00021
ORF3a188G188SGgtAgt22AY.99.20.000184
ORF3a188G188DgGtgAt22B.1.10.000036
ORF3a188G188VgGtgTt22B.1.10.000036
ORF3a188G188CGgtTgt22B.1.1.100.00223
ORF3a188G188SGgtAgt22B.1.1.2430.008163
ORF3a188G188GggTggC22B.1.1770.000026
ORF3a188G188delGGT---22B.1.20.000018
ORF3a188G188VgGtgTt22B.1.20.000018
ORF3a188G188VgGtgTt22B.1.2390.002442
ORF3a188G188DgGtgAt22B.1.351.20.000605
ORF3a188G188VgGtgTt22B.1.360.000292
ORF3a188G188VgGtgTt22B.1.4290.000047
ORF3a188G188VgGtgTt22B.1.4680.011429
ORF3a188G188SGgtAgt22B.1.617.20.000008
ORF3a188G188VgGtgTt22P.1.70.000639
ORF3a188G188CGgtTgt11A0.000387
ORF3a188G188CGgtTgt11A.20.000662
ORF3a188G188SGgtAgt11AH.20.012048
ORF3a188G188del1ggTgg-11All0
ORF3a188G188HGGtCAt11All0
ORF3a188G188RGgtCgt11All0
ORF3a188G188DgGtgAt11AU.30.00211
ORF3a188G188GggTggC11AY.1000.000046
ORF3a188G188DgGtgAt11AY.1020.000027
ORF3a188G188GggTggC11AY.1020.000027
ORF3a188G188CGgtTgt11AY.1020.000027
ORF3a188G188CGgtTgt11AY.1080.001103
ORF3a188G188SGgtAgt11AY.1170.000085
ORF3a188G188CGgtTgt11AY.1170.000085
ORF3a188G188CGgtTgt11AY.1180.000063
ORF3a188G188VgGtgTt11AY.1200.000037
ORF3a188G188delGGT---11AY.1200.000037
ORF3a188G188DgGtgAt11AY.140.000088
ORF3a188G188CGgtTgt11AY.250.000006
ORF3a188G188HGGtCAt11AY.250.000006
ORF3a188G188CGgtTgt11AY.260.000028
ORF3a188G188CGgtTgt11AY.270.000065
ORF3a188G188VgGtgTt11AY.290.000016
ORF3a188G188CGgtTgt11AY.29.10.000221
ORF3a188G188DgGtgAt11AY.30.00001
ORF3a188G188SGgtAgt11AY.3.10.000085
ORF3a188G188CGgtTgt11AY.330.000067
ORF3a188G188VgGtgTt11AY.330.000067
ORF3a188G188SGgtAgt11AY.39.10.00004
ORF3a188G188delGGT---11AY.40.000002
ORF3a188G188CGgtTgt11AY.4.20.000022
ORF3a188G188DgGtgAt11AY.420.00004
ORF3a188G188VgGtgTt11AY.420.00004
ORF3a188G188GggTggC11AY.430.000004
ORF3a188G188GggTggC11AY.440.000006
ORF3a188G188CGgtTgt11AY.50.000021
ORF3a188G188VgGtgTt11AY.5.30.000337
ORF3a188G188DgGtgAt11AY.610.000105
ORF3a188G188delGGT---11AY.680.000274
ORF3a188G188GggTggC11AY.7.10.000113
ORF3a188G188delGGT---11AY.7.20.000559
ORF3a188G188delGGT---11AY.90.000068
ORF3a188G188DgGtgAt11AY.9.10.000084
ORF3a188G188SGgtAgt11AY.9.20.000037
ORF3a188G188SGgtAgt11AY.910.00073
ORF3a188G188GggTggC11AY.99.10.001553
ORF3a188G188CGgtTgt11B0.000128
ORF3a188G188delGGT---11B0.000128
ORF3a188G188delGGT---11B.10.000009
ORF3a188G188GggTggC11B.10.000009
ORF3a188G188GggTggG11B.1.10.000018
ORF3a188G188DgGtgAt11B.1.1.100.001115
ORF3a188G188GggTggC11B.1.1.250.000569
ORF3a188G188GggTggC11B.1.1.3060.000438
ORF3a188G188CGgtTgt11B.1.1.3180.000302
ORF3a188G188VgGtgTt11B.1.1.3260.001761
ORF3a188G188VgGtgTt11B.1.1.3970.002252
ORF3a188G188CGgtTgt11B.1.1.5190.00004
ORF3a188G188delGGT---11B.1.1.5190.00004
ORF3a188G188RGgtCgt11B.1.1.70.000001
ORF3a188G188VgGtgTt11B.1.1110.001175
ORF3a188G188GggTggC11B.1.130.002375
ORF3a188G188GggTggG11B.1.1570.002985
ORF3a188G188delGGT---11B.1.1600.000031
ORF3a188G188SGgtAgt11B.1.1600.000031
ORF3a188G188CGgtTgt11B.1.1770.000013
ORF3a188G188SGgtAgt11B.1.177.210.000076
ORF3a188G188VgGtgTt11B.1.177.310.011494
ORF3a188G188delGGT---11B.1.177.510.004566
ORF3a188G188VgGtgTt11B.1.177.560.000668
ORF3a188G188GggTggC11B.1.20.000009
ORF3a188G188VgGtgTt11B.1.2340.000132
ORF3a188G188CGgtTgt11B.1.2430.00007
ORF3a188G188DgGtgAt11B.1.2580.000067
ORF3a188G188CGgtTgt11B.1.2580.000067
ORF3a188G188VgGtgTt11B.1.258.170.000104
ORF3a188G188AgGtgCt11B.1.3510.00003
ORF3a188G188CGgtTgt11B.1.3540.043478
ORF3a188G188delGGT---11B.1.36.10.00114
ORF3a188G188CGgtTgt11B.1.36.170.000494
ORF3a188G188VgGtgTt11B.1.36.80.001
ORF3a188G188AgGtgCt11B.1.3750.00082
ORF3a188G188VgGtgTt11B.1.3750.00082
ORF3a188G188CGgtTgt11B.1.3960.000706
ORF3a188G188del1ggTgg-11B.1.4090.000781
ORF3a188G188CGgtTgt11B.1.4290.000024
ORF3a188G188GggTggG11B.1.466.20.000391
ORF3a188G188VgGtgTt11B.1.5250.000113
ORF3a188G188CGgtTgt11B.1.5260.000024
ORF3a188G188GggTggC11B.1.5750.000303
ORF3a188G188SGgtAgt11B.1.5760.000907
ORF3a188G188GggTggC11B.1.617.20.000004
ORF3a188G188GggTggC11B.1.6210.000089
ORF3a188G188delGGT---11B.550.00295
ORF3a188G188SGgtAgt11B.550.00295
ORF3a188G188SGgtAgt11C.260.007353
ORF3a188G188CGgtTgt11D.20.000075
ORF3a188G188VgGtgTt11D.20.000075
ORF3a188G188AgGtgCt11D.20.000075
ORF3a188G188CGgtTgt11P.1.10.000318
ORF3a188G188VgGtgTt11P.1.150.000232
ORF3a188G188delGGT---11Q.10.000126
ORF3a188G188GggTggC11Q.30.000145