CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF3a | 186 | I186V | nonsyn | Att | Gtt | 448 | 448 | 1 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186T | nonsyn | aTt | aCt | 290 | 289 | 0.996552 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186T | nonsyn | aTT | aCC | 290 | 1 | 0.00344828 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186F | nonsyn | Att | Ttt | 269 | 269 | 1 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186I | syn | atT | atC | 145 | 126 | 0.868966 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186I | syn | atT | atA | 145 | 19 | 0.131034 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186L | nonsyn | Att | Ctt | 66 | 66 | 1 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186del | del | ATT | --- | 34 | 34 | 1 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186S | nonsyn | aTt | aGt | 32 | 32 | 1 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186M | nonsyn | atT | atG | 3 | 3 | 1 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186del1 | del | aTt | a-t | 3 | 2 | 0.666667 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186del1 | del | atT | at- | 3 | 1 | 0.333333 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186W | nonsyn | ATT | TGG | 2 | 2 | 1 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186N | nonsyn | aTt | aAt | 1 | 1 | 1 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186D | nonsyn | ATt | GAt | 1 | 1 | 1 | 25948-25950 | |
ORF3a | 186 | I186R | nonsyn | aTT | aGA | 1 | 1 | 1 | 25948-25950 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 448 | 448 | All | 0.000086 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 289 | 290 | All | 0.000055 |
ORF3a | 186 | I186T | aTT | aCC | 1 | 290 | All | 0 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 269 | 269 | All | 0.000051 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 180 | 180 | AY.118 | 0.011277 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 126 | 145 | All | 0.000024 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 19 | 145 | All | 0.000004 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 85 | 85 | B.1.429 | 0.002 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 69 | 69 | AY.4 | 0.000107 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 66 | 66 | All | 0.000013 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 54 | 54 | C.27 | 1 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 51 | 51 | B.1.1.7 | 0.000046 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 44 | 44 | B.1.1.7 | 0.000039 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 39 | 39 | B.1.2 | 0.000343 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 38 | 38 | B.1.617.2 | 0.000143 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 34 | 34 | All | 0.000007 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 32 | 32 | All | 0.000006 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 29 | 29 | B.1.1.7 | 0.000026 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 23 | 23 | B.1.1.519 | 0.000913 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 20 | 20 | AY.100 | 0.00092 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 19 | 20 | B.1 | 0.000174 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 1 | 20 | B.1 | 0.000009 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 19 | 19 | AY.26 | 0.000538 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 18 | 18 | B.1.2 | 0.000158 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 17 | 17 | AY.4 | 0.000026 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 15 | 15 | AY.43 | 0.000066 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 15 | 15 | AY.69 | 0.0028 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 15 | 15 | B.1.1.7 | 0.000013 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 13 | 13 | B.1.1.339 | 0.136842 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 12 | 12 | AY.102 | 0.000318 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 12 | 12 | B.1.160 | 0.000374 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 12 | 12 | B.1.617.2 | 0.000045 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 11 | 11 | AY.3 | 0.000109 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 11 | 11 | B.1.429 | 0.000259 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 9 | 10 | AY.25 | 0.000054 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 1 | 10 | AY.25 | 0.000006 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 10 | 10 | AY.3 | 0.000099 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 10 | 10 | AY.43 | 0.000044 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 10 | 10 | B.1.525 | 0.001132 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 9 | 9 | AY.43 | 0.00004 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 9 | 9 | B.1.596 | 0.000784 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 8 | 8 | B.1.177.65 | 0.005323 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 8 | 8 | P.1 | 0.000126 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 7 | 7 | AY.9.1 | 0.000586 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 7 | 7 | B.1.1.7 | 0.000006 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 7 | 7 | B.1.1.7 | 0.000006 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 6 | 6 | AY.20 | 0.000233 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 6 | 6 | AY.61 | 0.000629 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 6 | 6 | B.1 | 0.000055 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 6 | 6 | B.1.1.7 | 0.000005 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 6 | 6 | P.1 | 0.000095 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 5 | 5 | AY.25 | 0.00003 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 5 | 5 | AY.25 | 0.00003 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 5 | 5 | AY.36 | 0.000741 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 5 | 5 | AY.4 | 0.000008 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 5 | 5 | AY.4.2 | 0.000108 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 5 | 5 | AY.43 | 0.000022 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 5 | 5 | AY.44 | 0.00003 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 5 | 5 | B.1.177 | 0.000066 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 5 | 5 | B.1.241 | 0.004058 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 5 | 5 | B.1.575.1 | 0.012195 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 4 | 4 | AY.103 | 0.000025 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 4 | 4 | AY.103 | 0.000025 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 4 | 4 | AY.20 | 0.000155 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.20 | 0.000155 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 4 | 4 | AY.33 | 0.000267 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 4 | 4 | AY.39 | 0.000099 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 4 | 4 | AY.4 | 0.000006 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 4 | 4 | AY.4.2 | 0.000087 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 3 | 4 | AY.44 | 0.000018 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 4 | AY.44 | 0.000006 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 4 | 4 | AY.45 | 0.000487 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
ORF3a | 186 | I186M | atT | atG | 3 | 3 | All | 0.000001 |
ORF3a | 186 | I186del1 | aTt | a-t | 2 | 3 | All | 0 |
ORF3a | 186 | I186del1 | atT | at- | 1 | 3 | All | 0 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.1 | 0.001187 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 3 | 3 | AY.100 | 0.000138 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.29 | 0.000047 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 3 | 3 | AY.4.2.1 | 0.000447 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 3 | 3 | AY.44 | 0.000018 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 3 | 3 | AY.46.1 | 0.00308 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 3 | 3 | AY.47 | 0.000093 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 3 | 3 | AY.5 | 0.000062 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.5 | 0.000062 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 3 | 3 | AY.77 | 0.003382 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.99.2 | 0.000276 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 2 | 3 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 1 | 3 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 3 | 3 | B.1.1.222 | 0.000612 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 3 | 3 | B.1.1.348 | 0.002389 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 3 | 3 | B.1.221 | 0.000213 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.427 | 0.000151 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 3 | 3 | B.1.428 | 0.003061 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 3 | 3 | C.36.3 | 0.001702 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 3 | 3 | D.2 | 0.000225 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 2 | 3 | P.1 | 0.000032 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 1 | 3 | P.1 | 0.000016 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 3 | 3 | P.1.14 | 0.000143 |
ORF3a | 186 | I186W | ATT | TGG | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF3a | 186 | I186W | ATT | TGG | 2 | 2 | All | 0 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
ORF3a | 186 | I186del1 | atT | at- | 1 | 2 | AY.25 | 0.000006 |
ORF3a | 186 | I186del1 | aTt | a-t | 1 | 2 | AY.25 | 0.000006 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 2 | 2 | AY.33 | 0.000134 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.46.4 | 0.000329 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 2 | 2 | AY.61 | 0.00021 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.9 | 0.000135 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF3a | 186 | I186T | aTT | aCC | 1 | 2 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 2 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 2 | 2 | B.1.177.21 | 0.000153 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.177.81 | 0.000379 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 1 | 2 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 2 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 2 | 2 | B.1.36.17 | 0.000988 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 2 | 2 | B.1.524 | 0.002813 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.637 | 0.000146 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 2 | 2 | C.36 | 0.001821 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 2 | 2 | P.1.14 | 0.000096 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 2 | 2 | R.1 | 0.00018 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 1 | 1 | A | 0.000387 |
ORF3a | 186 | I186N | aTt | aAt | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | A.5 | 0.001923 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AD.2 | 0.000219 |
ORF3a | 186 | I186N | aTt | aAt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF3a | 186 | I186R | aTT | aGA | 1 | 1 | All | 0 |
ORF3a | 186 | I186D | ATt | GAt | 1 | 1 | All | 0 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.1 | 0.000396 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.114 | 0.000231 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.14 | 0.000088 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF3a | 186 | I186R | aTT | aGA | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.58 | 0.000907 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF3a | 186 | I186M | atT | atG | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF3a | 186 | I186D | ATt | GAt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.1.163 | 0.007634 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.1.280 | 0.003086 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.1.391 | 0.008547 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.1.434 | 0.000349 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.1.525 | 0.005464 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.1.63 | 0.000386 |
ORF3a | 186 | I186del1 | aTt | a-t | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF3a | 186 | I186M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.157 | 0.002985 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.177.12 | 0.000152 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.177.15 | 0.000631 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.177.17 | 0.000821 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.51 | 0.004566 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
ORF3a | 186 | I186M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.205 | 0.02381 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.239 | 0.001221 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.308 | 0.034483 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.36.1 | 0.00114 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.462 | 0.007246 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.532 | 0.006211 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.559 | 0.025 |
ORF3a | 186 | I186L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.568 | 0.001111 |
ORF3a | 186 | I186F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF3a | 186 | I186S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | N.4 | 0.004255 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
ORF3a | 186 | I186del | ATT | --- | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
ORF3a | 186 | I186T | aTt | aCt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
ORF3a | 186 | I186I | atT | atC | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
ORF3a | 186 | I186V | Att | Gtt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
![]() |
![]() |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|