CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 186

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	186	I186V		nonsyn	Att	Gtt	448	448	1	25948-25950
ORF3a	186	I186T		nonsyn	aTt	aCt	290	289	0.996552	25948-25950
ORF3a	186	I186T		nonsyn	aTT	aCC	290	1	0.00344828	25948-25950
ORF3a	186	I186F		nonsyn	Att	Ttt	269	269	1	25948-25950
ORF3a	186	I186I		syn	atT	atC	145	126	0.868966	25948-25950
ORF3a	186	I186I		syn	atT	atA	145	19	0.131034	25948-25950
ORF3a	186	I186L		nonsyn	Att	Ctt	66	66	1	25948-25950
ORF3a	186	I186del		del	ATT	---	34	34	1	25948-25950
ORF3a	186	I186S		nonsyn	aTt	aGt	32	32	1	25948-25950
ORF3a	186	I186M		nonsyn	atT	atG	3	3	1	25948-25950
ORF3a	186	I186del1		del	aTt	a-t	3	2	0.666667	25948-25950
ORF3a	186	I186del1		del	atT	at-	3	1	0.333333	25948-25950
ORF3a	186	I186W		nonsyn	ATT	TGG	2	2	1	25948-25950
ORF3a	186	I186N		nonsyn	aTt	aAt	1	1	1	25948-25950
ORF3a	186	I186D		nonsyn	ATt	GAt	1	1	1	25948-25950
ORF3a	186	I186R		nonsyn	aTT	aGA	1	1	1	25948-25950

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	448	448	All	0.000086
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	289	290	All	0.000055
ORF3a	186	I186T	aTT	aCC	1	290	All	0
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	269	269	All	0.000051
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	180	180	AY.118	0.011277
ORF3a	186	I186I	atT	atC	126	145	All	0.000024
ORF3a	186	I186I	atT	atA	19	145	All	0.000004
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	85	85	B.1.429	0.002
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	69	69	AY.4	0.000107
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	66	66	All	0.000013
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	54	54	C.27	1
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	51	51	B.1.1.7	0.000046
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	44	44	B.1.1.7	0.000039
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	39	39	B.1.2	0.000343
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	38	38	B.1.617.2	0.000143
ORF3a	186	I186del	ATT	---	34	34	All	0.000007
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	32	32	All	0.000006
ORF3a	186	I186I	atT	atC	29	29	B.1.1.7	0.000026
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	23	23	B.1.1.519	0.000913
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	20	20	AY.100	0.00092
ORF3a	186	I186I	atT	atC	19	20	B.1	0.000174
ORF3a	186	I186I	atT	atA	1	20	B.1	0.000009
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	19	19	AY.26	0.000538
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	18	18	B.1.2	0.000158
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	17	17	AY.4	0.000026
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	15	15	AY.43	0.000066
ORF3a	186	I186I	atT	atC	15	15	AY.69	0.0028
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	13	13	B.1.1.339	0.136842
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	12	12	AY.102	0.000318
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	12	12	B.1.160	0.000374
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	12	12	B.1.617.2	0.000045
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	11	11	AY.3	0.000109
ORF3a	186	I186I	atT	atC	11	11	B.1.429	0.000259
ORF3a	186	I186I	atT	atC	9	10	AY.25	0.000054
ORF3a	186	I186I	atT	atA	1	10	AY.25	0.000006
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	10	10	AY.3	0.000099
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	10	10	AY.43	0.000044
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	10	10	B.1.525	0.001132
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	9	9	AY.43	0.00004
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	9	9	B.1.596	0.000784
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	8	8	B.1.177.65	0.005323
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	8	8	P.1	0.000126
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	7	7	AY.9.1	0.000586
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF3a	186	I186del	ATT	---	7	7	B.1.1.7	0.000006
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	6	6	AY.20	0.000233
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	6	6	AY.61	0.000629
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	6	6	B.1	0.000055
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	6	6	P.1	0.000095
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	5	5	AY.25	0.00003
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	5	5	AY.25	0.00003
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	5	5	AY.36	0.000741
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	5	5	AY.4	0.000008
ORF3a	186	I186I	atT	atC	5	5	AY.4.2	0.000108
ORF3a	186	I186del	ATT	---	5	5	AY.43	0.000022
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	5	5	AY.44	0.00003
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	5	5	B.1.177	0.000066
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	5	5	B.1.241	0.004058
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	5	5	B.1.575.1	0.012195
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	4	4	AY.103	0.000025
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	4	4	AY.103	0.000025
ORF3a	186	I186I	atT	atA	4	4	AY.20	0.000155
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	4	4	AY.20	0.000155
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	4	4	AY.33	0.000267
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	4	4	AY.39	0.000099
ORF3a	186	I186I	atT	atC	4	4	AY.4	0.000006
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	4	4	AY.4.2	0.000087
ORF3a	186	I186I	atT	atA	3	4	AY.44	0.000018
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	4	AY.44	0.000006
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	4	4	AY.45	0.000487
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	4	4	B.1	0.000037
ORF3a	186	I186M	atT	atG	3	3	All	0.000001
ORF3a	186	I186del1	aTt	a-t	2	3	All	0
ORF3a	186	I186del1	atT	at-	1	3	All	0
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	3	3	AY.1	0.001187
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	3	3	AY.100	0.000138
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	3	3	AY.29	0.000047
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	3	3	AY.4.2.1	0.000447
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	3	3	AY.44	0.000018
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	3	3	AY.46.1	0.00308
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	3	3	AY.47	0.000093
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	3	3	AY.5	0.000062
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	3	3	AY.5	0.000062
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	3	3	AY.77	0.003382
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	3	3	AY.99.2	0.000276
ORF3a	186	I186I	atT	atC	2	3	B.1.1	0.000036
ORF3a	186	I186I	atT	atA	1	3	B.1.1	0.000018
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	3	3	B.1.1.222	0.000612
ORF3a	186	I186I	atT	atC	3	3	B.1.1.348	0.002389
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	3	3	B.1.177	0.00004
ORF3a	186	I186del	ATT	---	3	3	B.1.177	0.00004
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	3	3	B.1.221	0.000213
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	3	3	B.1.351	0.000089
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	3	3	B.1.427	0.000151
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	3	3	B.1.428	0.003061
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF3a	186	I186del	ATT	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF3a	186	I186I	atT	atA	3	3	C.36.3	0.001702
ORF3a	186	I186I	atT	atC	3	3	D.2	0.000225
ORF3a	186	I186I	atT	atC	2	3	P.1	0.000032
ORF3a	186	I186I	atT	atA	1	3	P.1	0.000016
ORF3a	186	I186I	atT	atC	3	3	P.1.14	0.000143
ORF3a	186	I186W	ATT	TGG	2	2		0.111111
ORF3a	186	I186W	ATT	TGG	2	2	All	0
ORF3a	186	I186I	atT	atC	2	2	AY.103	0.000012
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	2	2	AY.119	0.000071
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	2	2	AY.119	0.000071
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	2	2	AY.25	0.000012
ORF3a	186	I186del1	atT	at-	1	2	AY.25	0.000006
ORF3a	186	I186del1	aTt	a-t	1	2	AY.25	0.000006
ORF3a	186	I186del	ATT	---	2	2	AY.33	0.000134
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	2	2	AY.39	0.000049
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	2	2	AY.4	0.000003
ORF3a	186	I186I	atT	atC	2	2	AY.43	0.000009
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	2	2	AY.44	0.000012
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	2	2	AY.44	0.000012
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	2	2	AY.6	0.000082
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	2	2	AY.61	0.00021
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	2	2	AY.9	0.000135
ORF3a	186	I186del	ATT	---	2	2	B.1	0.000018
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF3a	186	I186T	aTT	aCC	1	2	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	2	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF3a	186	I186del	ATT	---	2	2	B.1.2	0.000018
ORF3a	186	I186I	atT	atA	1	2	B.1.2	0.000009
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	2	B.1.2	0.000009
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	2	2	B.1.351	0.000059
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	2	2	B.1.36.17	0.000988
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	2	2	B.1.524	0.002813
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	2	2	B.1.637	0.000146
ORF3a	186	I186I	atT	atA	2	2	C.36	0.001821
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	2	2	C.37	0.000232
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	2	2	P.1.14	0.000096
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	2	2	R.1	0.00018
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	1	1	A	0.000387
ORF3a	186	I186N	aTt	aAt	1	1	A.1	0.000282
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	A.2.5	0.000499
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	A.5	0.001923
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AD.2	0.000219
ORF3a	186	I186N	aTt	aAt	1	1	All	0
ORF3a	186	I186R	aTT	aGA	1	1	All	0
ORF3a	186	I186D	ATt	GAt	1	1	All	0
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AY.1	0.000396
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	AY.100	0.000046
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	AY.103	0.000006
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	AY.113	0.000142
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	AY.114	0.000231
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AY.117	0.000085
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	186	I186del	ATT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	AY.14	0.000088
ORF3a	186	I186I	atT	atA	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	186	I186R	aTT	aGA	1	1	AY.24	0.000431
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	1	1	AY.26	0.000028
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AY.29	0.000016
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AY.35	0.000233
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF3a	186	I186del	ATT	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AY.45	0.000122
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AY.46	0.000104
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	AY.46	0.000104
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	1	1	AY.58	0.000907
ORF3a	186	I186del	ATT	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	186	I186M	atT	atG	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AY.69	0.000187
ORF3a	186	I186del	ATT	---	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	AY.84	0.000437
ORF3a	186	I186del	ATT	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	1	1	B	0.000128
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	B	0.000128
ORF3a	186	I186D	ATt	GAt	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	1	1	B.1	0.000009
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	B.1.1.163	0.007634
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	1	1	B.1.1.280	0.003086
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.391	0.008547
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF3a	186	I186del	ATT	---	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	B.1.1.525	0.005464
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF3a	186	I186del1	aTt	a-t	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	186	I186M	atT	atG	1	1	B.1.157	0.002985
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	186	I186del	ATT	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	B.1.177.15	0.000631
ORF3a	186	I186I	atT	atA	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF3a	186	I186del	ATT	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF3a	186	I186M	atT	atG	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	B.1.205	0.02381
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	B.1.239	0.001221
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	B.1.243	0.00007
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	B.1.308	0.034483
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	186	I186del	ATT	---	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	B.1.462	0.007246
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	B.1.532	0.006211
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	B.1.559	0.025
ORF3a	186	I186L	Att	Ctt	1	1	B.1.568	0.001111
ORF3a	186	I186F	Att	Ttt	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	186	I186S	aTt	aGt	1	1	B.1.609	0.000479
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	B.1.620	0.000946
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	N.4	0.004255
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	P.1.16	0.000374
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	P.1.7	0.000319
ORF3a	186	I186del	ATT	---	1	1	Q.1	0.000126
ORF3a	186	I186T	aTt	aCt	1	1	Q.8	0.000165
ORF3a	186	I186I	atT	atC	1	1	Q.8	0.000165
ORF3a	186	I186V	Att	Gtt	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.