CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 185 & Codon = caT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	185	Q185H		nonsyn	caG	caT	22977	18160	0.790356	25945-25947

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	18160	22977	All	0.003473
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	9582	9600	B.1.258.17	0.996257
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	798	3682	AY.4	0.001242
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2274	2275	B.1.1.176	0.999121
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	503	783	B.1.1.7	0.00045
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	427	430	B.1.1.214	0.02368
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	160	334	B.1.2	0.001409
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	197	331	B.1.617.2	0.000742
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	290	290	B.1.258.4	1
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	286	288	AY.26	0.008097
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	182	268	AY.43	0.000806
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	252	266	B.1.177	0.003318
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	238	248	B.1	0.00218
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	204	204	AY.53	0.058654
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	136	187	AY.44	0.000828
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	177	177	AY.19	0.201824
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	164	164	B.1.1.372	0.112948
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	86	153	AY.103	0.000534
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	92	130	AY.25	0.000553
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	120	120	B.1.258	0.007986
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	114	114	B.1.258.5	1
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	88	98	B.1.1	0.001596
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	90	92	B.1.351	0.002675
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	81	88	AY.6	0.003331
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	48	82	P.1	0.000756
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	66	67	AY.75	0.003697
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	67	67	B.1.139	0.04912
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	57	65	B.1.427	0.002878
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	17	63	B.1.429	0.0004
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	57	59	AY.34	0.005527
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	30	53	AY.39	0.000741
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	51	51	B.1.1.467	0.980769
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	45	46	B.1.36	0.006566
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	21	45	AY.119	0.000741
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	41	41	B.1.258.23	0.97619
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	33	40	AY.102	0.000875
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	12	40	B.1.177.7	0.001978
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	38	38	B.1.1.519	0.001509
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	34	34	B.1.177.5	0.042236
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	34	34	B.1.438	0.222222
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	25	32	AY.3	0.000249
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	30	30	B.1.1.320	0.545455
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	29	30	B.1.609	0.013902
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	21	28	B.1.526	0.000494
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	27	AY.101	0.00049
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	25	27	AY.75.1	0.004508
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	25	26	B.1.160	0.00078
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	16	25	AY.100	0.000736
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	24	25	C.35	0.018576
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	18	24	AY.5	0.000372
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	7	24	B.1.1.222	0.001428
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	20	22	AY.79	0.024213
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	16	21	AY.23	0.001116
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	18	20	AY.33	0.001202
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	17	20	AY.39.1	0.000673
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	20	B.1.396	0.001411
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	18	19	AY.9.2	0.000661
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	17	19	B.1.258.24	0.182796
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	7	17	AY.61	0.000733
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	13	16	AY.46.6	0.000939
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	13	16	B	0.001662
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	15	16	B.1.1.216	0.013357
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	6	14	AY.4.2	0.00013
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	7	14	AY.42	0.000282
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	11	14	AY.47	0.000342
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	13	13	B.1.221	0.000923
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	12	12	AY.121	0.001624
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	10	12	AY.45	0.001217
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	11	11	A.17	1
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	7	11	AY.98.1	0.000339
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	11	11	B.1.232	0.005911
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	10	11	B.1.525	0.001132
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	10	11	D.2	0.00075
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	7	10	AY.29	0.00011
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	10	10	AY.3.1	0.000853
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	8	10	AY.46	0.000833
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	10	10	AY.91	0.007305
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	9	10	B.1.596	0.000784
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	9	AY.20	0.000117
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	9	9	B.1.160.16	0.008364
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	9	9	B.1.236	0.01848
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	9	9	B.1.367	0.007132
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	9	9	B.1.596.1	0.084112
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	9	9	K.3	0.055556
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	5	8	A	0.001935
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	6	8	AY.118	0.000376
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	8	AY.120	0.000149
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	8	AY.99.2	0.000369
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	5	8	B.1.243	0.000348
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	8	8	B.1.36.29	0.004139
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	8	8	P.1.7	0.002554
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	7	7	AS.1	0.066667
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	7	AY.27	0.000259
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	7	7	AY.29.1	0.001544
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	7	7	B.1.177.33	0.011513
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	7	B.1.234	0.000132
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	6	7	B.1.621	0.000531
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	7	7	B.4.1	0.132075
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	6	AY.120.2.1	0.000498
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	6	6	B.1.1.192	0.013857
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	6	B.1.1.297	0.004474
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	6	6	B.1.1.63	0.002315
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	6	6	B.1.177.69	0.008902
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	5	6	B.1.375	0.004098
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	5	6	B.1.637	0.000365
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	6	P.2	0.000747
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	6	6	Q.7	0.006667
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	6	R.1	0.00018
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	5	5	AY.16	0.001898
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	5	AY.54	0.000381
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	5	5	B.1.1.28	0.001556
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	5	5	B.1.1.318	0.001509
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	5	5	B.1.177.43	0.007386
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	5	5	B.1.595	0.001305
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	5	C.37	0.000116
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	5	5	Q.8	0.000825
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	4	AY.116.1	0.001246
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	4	AY.117	0.000085
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	4	AY.48	0.00093
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	4	AY.66	0.004278
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	4	AY.70	0.000209
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	4	AY.98	0.000316
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	4	B.1.1.518	0.025316
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	4	B.1.111	0.0047
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	4	B.1.575	0.001214
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	4	B.1.578	0.071429
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	4	B.1.588	0.00364
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	4	P.1.12	0.000484
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	4	4	P.1.4	0.003906
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	3	A.2.5	0.001497
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	3	AY.34.1	0.00153
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	3	AY.35	0.000233
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	3	AY.4.4	0.001227
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	3	AY.9	0.000135
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	3	B.1.1.70	0.001023
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	3	B.1.369	0.00057
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	3	B.1.567	0.01
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	3	B.1.580	0.012195
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	3	B.1.582	0.001472
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	3	B.1.617.1	0.000258
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	3	3	B.40	0.001093
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	3	P.1.14	0.000048
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	3	P.1.2	0.001156
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	3	Q.4	0.000455
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	AY.105	0.001286
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	2	AY.106	0.000335
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	AY.108	0.002205
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	AY.111	0.000366
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	2	AY.113	0.000142
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	AY.14	0.000176
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	AY.16.1	0.00094
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	AY.55	0.001835
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	2	AY.59	0.00053
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	2	AY.68	0.000274
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	AY.7.2	0.001119
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	2	AY.74	0.000116
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	2	AY.84	0.000437
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	2	B.1.1.220	0.001859
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.1.306	0.000877
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.1.409	0.005666
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.1.50	0.001358
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.1.523	0.003125
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.147	0.001512
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.157	0.00597
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.160.9	0.014388
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.177.44	0.001038
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.177.86	0.000367
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.258.11	0.000793
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.314	0.015038
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.351.1	0.076923
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	2	B.1.36.17	0.000494
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.36.18	0.00084
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.452	0.027397
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	B.1.612	0.005305
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	C.16	0.002121
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	P.1.1	0.000635
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	2	2	P.1.13	0.001797
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	1	A.2.5.2	0.001572
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	1	AY.114	0.000231
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	1	AY.21	0.001898
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	1	AY.4.3	0.000842
ORF3a	185	Q185H	caG	caT	1	1	AY.40	0.000964
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.