CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 18

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF3a18G18VnonsyngGtgTt96559655125444-25446
ORF3a18G18CnonsynGgtTgt18031803125444-25446
ORF3a18G18DnonsyngGtgAt996996125444-25446
ORF3a18G18AnonsyngGtgCt8378350.99761125444-25446
ORF3a18G18AnonsyngGTgCA83720.0023894925444-25446
ORF3a18G18deldelGGT---572572125444-25446
ORF3a18G18GsynggTggA4542390.52643225444-25446
ORF3a18G18GsynggTggC4542100.46255525444-25446
ORF3a18G18GsynggTggG45450.011013225444-25446
ORF3a18G18SnonsynGgtAgt422422125444-25446
ORF3a18G18RnonsynGgtCgt1501480.98666725444-25446
ORF3a18G18RnonsynGgTCgA15020.013333325444-25446
ORF3a18G18FnonsynGGtTTt4343125444-25446
ORF3a18G18del1delggTgg-1280.66666725444-25446
ORF3a18G18del1delGgt-gt1230.2525444-25446
ORF3a18G18del1delgGTgA-1210.083333325444-25446
ORF3a18G18del2delGGt--t530.625444-25446
ORF3a18G18del2delgGTg--520.425444-25446
ORF3a18G18PnonsynGGTCCA420.525444-25446
ORF3a18G18PnonsynGGtCCt420.525444-25446
ORF3a18G18LnonsynGGtCTt33125444-25446
ORF3a18G18TnonsynGGtACt22125444-25446
ORF3a18G18EnonsyngGTgAG210.525444-25446
ORF3a18G18EnonsyngGTgAA210.525444-25446

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF3a18G18VgGtgTt96559655All0.001847
ORF3a18G18VgGtgTt18481848B.1.1.70.001654
ORF3a18G18CGgtTgt18031803All0.000345
ORF3a18G18VgGtgTt17871787AY.7.20.999441
ORF3a18G18VgGtgTt13321332AY.420.053587
ORF3a18G18DgGtgAt996996All0.00019
ORF3a18G18VgGtgTt888888AY.40.001382
ORF3a18G18CGgtTgt845845B.1.20.007441
ORF3a18G18AgGtgCt835837All0.00016
ORF3a18G18AgGTgCA2837All0
ORF3a18G18VgGtgTt761761B.1.617.20.002865
ORF3a18G18AgGtgCt759759AY.1200.028219
ORF3a18G18delGGT---572572All0.000109
ORF3a18G18GggTggA239454All0.000046
ORF3a18G18GggTggC210454All0.00004
ORF3a18G18GggTggG5454All0.000001
ORF3a18G18SGgtAgt422422All0.000081
ORF3a18G18DgGtgAt305305AY.40.000475
ORF3a18G18VgGtgTt256256U.30.988417
ORF3a18G18VgGtgTt221221AY.430.000979
ORF3a18G18CGgtTgt221221B.1.1.70.000198
ORF3a18G18VgGtgTt206206AY.60.008472
ORF3a18G18VgGtgTt201201AY.480.093488
ORF3a18G18delGGT---171171B.1.1.70.000153
ORF3a18G18DgGtgAt161161B.1.1.70.000144
ORF3a18G18RGgtCgt148150All0.000028
ORF3a18G18RGgTCgA2150All0
ORF3a18G18VgGtgTt131131AY.46.40.02155
ORF3a18G18VgGtgTt126126AY.440.000767
ORF3a18G18DgGtgAt124124AY.430.000549
ORF3a18G18VgGtgTt102102B.10.000934
ORF3a18G18VgGtgTt9494B.1.3851
ORF3a18G18VgGtgTt8787AY.46.50.017262
ORF3a18G18CGgtTgt8787B.1.617.10.01122
ORF3a18G18DgGtgAt8585B.1.617.20.00032
ORF3a18G18CGgtTgt8484AY.950.063927
ORF3a18G18VgGtgTt8181AY.30.000806
ORF3a18G18delGGT---7979AY.440.000481
ORF3a18G18VgGtgTt7878AY.1030.000484
ORF3a18G18VgGtgTt7272AY.250.000433
ORF3a18G18DgGtgAt6969AY.1020.001829
ORF3a18G18VgGtgTt6969AY.360.010227
ORF3a18G18VgGtgTt6767AY.3.10.005712
ORF3a18G18VgGtgTt6666AY.730.043912
ORF3a18G18DgGtgAt6464AY.290.00101
ORF3a18G18SGgtAgt6262AY.1190.002189
ORF3a18G18CGgtTgt6060AY.40.000093
ORF3a18G18delGGT---6060B.1.20.000528
ORF3a18G18VgGtgTt5858B.1.10.001052
ORF3a18G18VgGtgTt5858B.1.1600.001809
ORF3a18G18VgGtgTt5151AY.9.20.001873
ORF3a18G18SGgtAgt5151B.1.1770.000672
ORF3a18G18VgGtgTt4949AY.390.001211
ORF3a18G18FGGtTTt4343All0.000008
ORF3a18G18RGgtCgt4040AY.40.000062
ORF3a18G18VgGtgTt3939P.10.000614
ORF3a18G18VgGtgTt3838AY.340.003685
ORF3a18G18delGGT---3737AY.40.000058
ORF3a18G18VgGtgTt3636B.1.1770.000474
ORF3a18G18CGgtTgt3535B.1.4260.035318
ORF3a18G18SGgtAgt3434B.1.1600.00106
ORF3a18G18SGgtAgt3232AY.440.000195
ORF3a18G18SGgtAgt3131AY.40.000048
ORF3a18G18VgGtgTt2929AY.1200.001078
ORF3a18G18DgGtgAt2828B.1.1.2900.509091
ORF3a18G18GggTggC2128B.1.1.70.000019
ORF3a18G18GggTggA728B.1.1.70.000006
ORF3a18G18VgGtgTt2727AY.46.60.00195
ORF3a18G18CGgtTgt2727B.1.1.2320.049002
ORF3a18G18CGgtTgt2727B.1.5260.000635
ORF3a18G18GggTggC2527B.1.617.20.000094
ORF3a18G18GggTggA227B.1.617.20.000008
ORF3a18G18SGgtAgt2626AY.1180.001629
ORF3a18G18VgGtgTt2626AY.99.20.002396
ORF3a18G18VgGtgTt2626B.1.1.5190.001032
ORF3a18G18GggTggA2526B.1.1770.000329
ORF3a18G18GggTggC126B.1.1770.000013
ORF3a18G18VgGtgTt2525AY.39.10.00099
ORF3a18G18VgGtgTt2525B.1.5820.012267
ORF3a18G18CGgtTgt2424AY.250.000144
ORF3a18G18GggTggA2424B.1.1600.000749
ORF3a18G18RGgtCgt2424B.1.1770.000316
ORF3a18G18FGGtTTt2323AY.1030.000143
ORF3a18G18delGGT---2323AY.250.000138
ORF3a18G18SGgtAgt2323B.1.1.70.000021
ORF3a18G18VgGtgTt2222AY.4.20.000477
ORF3a18G18VgGtgTt2222AY.98.10.001065
ORF3a18G18CGgtTgt2222B.1.1770.00029
ORF3a18G18VgGtgTt2222B.1.4250.065868
ORF3a18G18DgGtgAt2121AY.30.000209
ORF3a18G18RGgtCgt2020AY.440.000122
ORF3a18G18VgGtgTt2020B.1.20.000176
ORF3a18G18CGgtTgt2020B.1.617.20.000075
ORF3a18G18delGGT---1919AY.1030.000118
ORF3a18G18GggTggC1919AY.250.000114
ORF3a18G18GggTggC1919AY.430.000084
ORF3a18G18SGgtAgt1919B.1.2940.612903
ORF3a18G18VgGtgTt1919B.1.617.10.00245
ORF3a18G18delGGT---1919B.1.617.20.000072
ORF3a18G18SGgtAgt1919B.1.617.20.000072
ORF3a18G18SGgtAgt1818B.1.3500.052786
ORF3a18G18delGGT---1818P.10.000284
ORF3a18G18GggTggC1717AY.50.000351
ORF3a18G18VgGtgTt1717AY.840.007437
ORF3a18G18CGgtTgt1717B.10.000156
ORF3a18G18GggTggA1717B.1.177.440.008822
ORF3a18G18VgGtgTt1616AY.1180.001002
ORF3a18G18SGgtAgt1515AY.250.00009
ORF3a18G18CGgtTgt1515AY.440.000091
ORF3a18G18VgGtgTt1515AY.920.004309
ORF3a18G18CGgtTgt1515B.1.1600.000468
ORF3a18G18delGGT---1515B.1.1770.000198
ORF3a18G18SGgtAgt1515B.1.20.000132
ORF3a18G18VgGtgTt1515B.1.2210.001065
ORF3a18G18CGgtTgt1515B.1.3510.000446
ORF3a18G18VgGtgTt1414B.1.2430.000974
ORF3a18G18RGgtCgt1414B.1.617.20.000053
ORF3a18G18DgGtgAt1313AY.440.000079
ORF3a18G18GggTggA1313B.1.1.390.006626
ORF3a18G18VgGtgTt1313B.1.4290.000306
ORF3a18G18VgGtgTt1313P.1.170.002103
ORF3a18G18VgGtgTt1313Q.80.002144
ORF3a18G18del1ggTgg-812All0.000002
ORF3a18G18del1Ggt-gt312All0.000001
ORF3a18G18del1gGTgA-112All0
ORF3a18G18VgGtgTt1212AY.50.000248
ORF3a18G18CGgtTgt1212B.1.10.000218
ORF3a18G18CGgtTgt1212B.1.1.2840.001289
ORF3a18G18DgGtgAt1212P.10.000189
ORF3a18G18VgGtgTt1111AY.140.000968
ORF3a18G18CGgtTgt1111AY.30.000109
ORF3a18G18VgGtgTt1111AY.410.003233
ORF3a18G18VgGtgTt1111AY.470.000342
ORF3a18G18VgGtgTt1111AY.750.000616
ORF3a18G18delGGT---1111B.10.000101
ORF3a18G18DgGtgAt1111B.1.1.1410.022133
ORF3a18G18VgGtgTt1111B.1.1.2040.033435
ORF3a18G18GggTggA1111B.1.2210.000781
ORF3a18G18VgGtgTt1111B.1.3510.000327
ORF3a18G18DgGtgAt1111B.1.4780.129412
ORF3a18G18VgGtgTt1010AY.1190.000353
ORF3a18G18VgGtgTt1010AY.200.000389
ORF3a18G18VgGtgTt1010AY.290.000158
ORF3a18G18CGgtTgt1010AY.60.000411
ORF3a18G18VgGtgTt1010AY.950.00761
ORF3a18G18GggTggA1010B.1.160.160.009294
ORF3a18G18VgGtgTt1010B.1.4090.007812
ORF3a18G18VgGtgTt1010B.1.5000.526316
ORF3a18G18VgGtgTt99AF.10.333333
ORF3a18G18DgGtgAt99AY.1030.000056
ORF3a18G18CGgtTgt99AY.200.00035
ORF3a18G18GggTggC99AY.290.000142
ORF3a18G18DgGtgAt99AY.390.000222
ORF3a18G18GggTggA79B.10.000064
ORF3a18G18GggTggC29B.10.000018
ORF3a18G18GggTggA99B.1.10.000163
ORF3a18G18AgGtgCt99B.1.1.70.000008
ORF3a18G18CGgtTgt99B.1.360.001313
ORF3a18G18VgGtgTt99B.1.4270.000454
ORF3a18G18AgGtgCt99B.1.617.20.000034
ORF3a18G18VgGtgTt88AY.1060.002679
ORF3a18G18CGgtTgt88AY.1130.001139
ORF3a18G18VgGtgTt88AY.230.000558
ORF3a18G18VgGtgTt88AY.330.000534
ORF3a18G18AgGtgCt88AY.4.20.000174
ORF3a18G18delGGT---88AY.4.50.00086
ORF3a18G18delGGT---88B.1.1.5190.000318
ORF3a18G18RGgtCgt88B.1.1.630.003086
ORF3a18G18CGgtTgt88B.1.177.70.001319
ORF3a18G18del1ggTgg-88B.1.214.20.004796
ORF3a18G18GggTggA78B.1.258.170.000728
ORF3a18G18GggTggC18B.1.258.170.000104
ORF3a18G18delGGT---88B.1.4290.000188
ORF3a18G18VgGtgTt88P.1.140.000382
ORF3a18G18GggTggC77AY.1020.000186
ORF3a18G18CGgtTgt77AY.1030.000043
ORF3a18G18RGgtCgt77AY.1210.000947
ORF3a18G18AgGtgCt77AY.230.000488
ORF3a18G18GggTggC77AY.40.000011
ORF3a18G18CGgtTgt77AY.420.000282
ORF3a18G18VgGtgTt77AY.450.000852
ORF3a18G18VgGtgTt77AY.46.20.004447
ORF3a18G18VgGtgTt77AY.46.30.006536
ORF3a18G18GggTggC77AY.5.30.002362
ORF3a18G18SGgtAgt77AY.510.006364
ORF3a18G18VgGtgTt77AY.9.10.000586
ORF3a18G18CGgtTgt77AY.9.20.000257
ORF3a18G18delGGT---77B.1.1.3170.002882
ORF3a18G18CGgtTgt77B.1.1.5190.000278
ORF3a18G18GggTggA77B.1.177.430.01034
ORF3a18G18DgGtgAt77B.1.2430.000487
ORF3a18G18GggTggA77B.1.2580.000466
ORF3a18G18VgGtgTt77B.1.5260.000165
ORF3a18G18CGgtTgt77B.1.5990.025547
ORF3a18G18RGgtCgt460.222222
ORF3a18G18RGgTCgA260.111111
ORF3a18G18AgGtgCt66AY.1030.000037
ORF3a18G18DgGtgAt66AY.250.000036
ORF3a18G18DgGtgAt66AY.4.20.00013
ORF3a18G18CGgtTgt66AY.430.000027
ORF3a18G18VgGtgTt66AY.980.000474
ORF3a18G18CGgtTgt66AY.98.10.000291
ORF3a18G18delGGT---66B.1.10.000109
ORF3a18G18VgGtgTt66B.1.1.270.033898
ORF3a18G18GggTggA66B.1.160.200.053571
ORF3a18G18FGGtTTt66B.1.177.570.001686
ORF3a18G18CGgtTgt66B.1.36.290.003104
ORF3a18G18VgGtgTt66B.60.00546
ORF3a18G18SGgtAgt66P.20.00112
ORF3a18G18CGgtTgt66R.10.00054
ORF3a18G18del2GGt--t35All0.000001
ORF3a18G18del2gGTg--25All0
ORF3a18G18CGgtTgt55AY.1020.000133
ORF3a18G18SGgtAgt55AY.1030.000031
ORF3a18G18GggTggC55AY.1030.000031
ORF3a18G18VgGtgTt55AY.1130.000712
ORF3a18G18AgGtgCt55AY.1130.000712
ORF3a18G18delGGT---55AY.290.000079
ORF3a18G18GggTggC55AY.390.000124
ORF3a18G18delGGT---55AY.430.000022
ORF3a18G18GggTggC55AY.440.00003
ORF3a18G18VgGtgTt55B.1.1.1270.3125
ORF3a18G18DgGtgAt55B.1.1.280.001556
ORF3a18G18VgGtgTt55B.1.1.2840.000537
ORF3a18G18GggTggA55B.1.160.110.028571
ORF3a18G18GggTggA55B.1.160.120.032051
ORF3a18G18GggTggA55B.1.160.140.010593
ORF3a18G18GggTggA55B.1.160.150.024752
ORF3a18G18GggTggA55B.1.160.320.021459
ORF3a18G18GggTggA55B.1.177.230.016181
ORF3a18G18VgGtgTt55B.1.360.00073
ORF3a18G18FGGtTTt55B.1.416.10.007812
ORF3a18G18GggTggC55B.1.4290.000118
ORF3a18G18VgGtgTt55B.1.5750.001517
ORF3a18G18CGgtTgt55B.1.5950.001305
ORF3a18G18CGgtTgt55C.370.00058
ORF3a18G18VgGtgTt55C.370.00058
ORF3a18G18PGGTCCA240.111111
ORF3a18G18AgGTgCA240.111111
ORF3a18G18AgGtgCt240.111111
ORF3a18G18PGGtCCt240.111111
ORF3a18G18PGGTCCA24All0
ORF3a18G18PGGtCCt24All0
ORF3a18G18CGgtTgt44AY.1000.000184
ORF3a18G18VgGtgTt44AY.1020.000106
ORF3a18G18AgGtgCt44AY.120.20.005141
ORF3a18G18CGgtTgt44AY.1210.000541
ORF3a18G18VgGtgTt44AY.130.000644
ORF3a18G18VgGtgTt44AY.260.000113
ORF3a18G18SGgtAgt44AY.30.00004
ORF3a18G18CGgtTgt44AY.390.000099
ORF3a18G18AgGtgCt44AY.40.000006
ORF3a18G18VgGtgTt44AY.4.50.00043
ORF3a18G18RGgtCgt44AY.430.000018
ORF3a18G18VgGtgTt44AY.460.000416
ORF3a18G18CGgtTgt44AY.50.000083
ORF3a18G18VgGtgTt44AY.5.30.00135
ORF3a18G18VgGtgTt44AY.540.000381
ORF3a18G18SGgtAgt44AY.540.000381
ORF3a18G18GggTggC44AY.610.000419
ORF3a18G18VgGtgTt44AY.710.0019
ORF3a18G18VgGtgTt44AY.970.006803
ORF3a18G18DgGtgAt44AY.98.10.000194
ORF3a18G18SGgtAgt44B.1.1.3060.001754
ORF3a18G18GggTggA44B.1.160.290.016878
ORF3a18G18GggTggA44B.1.160.90.028777
ORF3a18G18VgGtgTt44B.1.177.730.002265
ORF3a18G18GggTggA44B.1.36.10.004561
ORF3a18G18CGgtTgt44B.1.4290.000094
ORF3a18G18VgGtgTt44B.1.6250.009412
ORF3a18G18CGgtTgt44B.1.6370.000292
ORF3a18G18CGgtTgt44P.10.000063
ORF3a18G18LGGtCTt33All0.000001
ORF3a18G18VgGtgTt33AY.10.001187
ORF3a18G18SGgtAgt33AY.1020.00008
ORF3a18G18VgGtgTt33AY.1050.001929
ORF3a18G18VgGtgTt33AY.1140.000693
ORF3a18G18VgGtgTt33AY.1160.00086
ORF3a18G18SGgtAgt33AY.140.000264
ORF3a18G18CGgtTgt33AY.260.000085
ORF3a18G18CGgtTgt33AY.290.000047
ORF3a18G18GggTggC33AY.29.10.000662
ORF3a18G18GggTggC33AY.30.00003
ORF3a18G18AgGtgCt33AY.30.00003
ORF3a18G18GggTggC33AY.34.10.00153
ORF3a18G18VgGtgTt33AY.380.001498
ORF3a18G18AgGtgCt33AY.390.000074
ORF3a18G18GggTggC33AY.39.10.000119
ORF3a18G18SGgtAgt33AY.430.000013
ORF3a18G18AgGtgCt33AY.440.000018
ORF3a18G18FGGtTTt33AY.480.001395
ORF3a18G18delGGT---33AY.50.000062
ORF3a18G18DgGtgAt33AY.5.40.00083
ORF3a18G18GggTggC33AY.570.001969
ORF3a18G18delGGT---33AY.60.000123
ORF3a18G18VgGtgTt33AY.700.000626
ORF3a18G18GggTggC33AY.750.000168
ORF3a18G18DgGtgAt33AY.90.000203
ORF3a18G18VgGtgTt33AY.90.000203
ORF3a18G18VgGtgTt33AY.940.001328
ORF3a18G18VgGtgTt33AY.990.003148
ORF3a18G18VgGtgTt33AY.99.10.004658
ORF3a18G18VgGtgTt33B0.000383
ORF3a18G18CGgtTgt33B0.000383
ORF3a18G18VgGtgTt33B.1.1.2910.002227
ORF3a18G18VgGtgTt33B.1.1.3110.001074
ORF3a18G18GggTggA33B.1.1.5190.000119
ORF3a18G18del2GGt--t23B.1.1.70.000002
ORF3a18G18del2gGTg--13B.1.1.70.000001
ORF3a18G18RGgtCgt33B.1.1600.000094
ORF3a18G18GggTggA33B.1.160.100.024194
ORF3a18G18GggTggA33B.1.160.300.008929
ORF3a18G18DgGtgAt33B.1.1770.00004
ORF3a18G18SGgtAgt33B.1.177.330.004934
ORF3a18G18VgGtgTt33B.1.177.810.000568
ORF3a18G18delGGT---33B.1.2210.000213
ORF3a18G18CGgtTgt33B.1.2320.001612
ORF3a18G18SGgtAgt33B.1.258.170.000312
ORF3a18G18VgGtgTt33B.1.36.310.005254
ORF3a18G18VgGtgTt33B.1.5960.000261
ORF3a18G18CGgtTgt33B.1.5960.000261
ORF3a18G18VgGtgTt33B.1.6370.000219
ORF3a18G18CGgtTgt33P.1.140.000143
ORF3a18G18CGgtTgt33P.1.70.000958
ORF3a18G18CGgtTgt33Q.10.000379
ORF3a18G18delGGT---33U.30.011583
ORF3a18G18GggTggA220.111111
ORF3a18G18CGgtTgt220.111111
ORF3a18G18LGGtCTt220.111111
ORF3a18G18TGGtACt22A.10.000564
ORF3a18G18CGgtTgt22A.20.001324
ORF3a18G18TGGtACt22All0
ORF3a18G18EgGTgAA12All0
ORF3a18G18EgGTgAG12All0
ORF3a18G18VgGtgTt22AY.100.00106
ORF3a18G18AgGtgCt22AY.1020.000053
ORF3a18G18RGgtCgt22AY.1020.000053
ORF3a18G18delGGT---22AY.1110.000366
ORF3a18G18GggTggC22AY.1130.000285
ORF3a18G18VgGtgTt22AY.116.10.000623
ORF3a18G18VgGtgTt22AY.1170.000169
ORF3a18G18DgGtgAt22AY.1180.000125
ORF3a18G18delGGT---22AY.1180.000125
ORF3a18G18AgGtgCt22AY.1190.000071
ORF3a18G18GggTggC22AY.1190.000071
ORF3a18G18VgGtgTt22AY.120.000632
ORF3a18G18VgGtgTt22AY.160.000759
ORF3a18G18CGgtTgt22AY.190.002281
ORF3a18G18delGGT---22AY.200.000078
ORF3a18G18delGGT---22AY.270.000129
ORF3a18G18SGgtAgt22AY.290.000032
ORF3a18G18RGgtCgt22AY.30.00002
ORF3a18G18FGGtTTt22AY.40.000003
ORF3a18G18CGgtTgt22AY.4.20.000043
ORF3a18G18RGgtCgt22AY.420.00008
ORF3a18G18AgGtgCt22AY.430.000009
ORF3a18G18CGgtTgt22AY.450.000243
ORF3a18G18delGGT---22AY.470.000062
ORF3a18G18CGgtTgt22AY.540.000191
ORF3a18G18VgGtgTt22AY.650.001066
ORF3a18G18VgGtgTt22AY.690.000373
ORF3a18G18VgGtgTt22AY.7.10.000225
ORF3a18G18CGgtTgt22AY.700.000417
ORF3a18G18VgGtgTt22AY.740.000231
ORF3a18G18VgGtgTt22AY.75.10.000361
ORF3a18G18SGgtAgt22AY.9.10.000167
ORF3a18G18DgGtgAt22AY.980.000158
ORF3a18G18DgGtgAt22B.1.10.000036
ORF3a18G18EgGTgAG12B.1.10.000018
ORF3a18G18EgGTgAA12B.1.10.000018
ORF3a18G18VgGtgTt22B.1.1.1890.003026
ORF3a18G18delGGT---22B.1.1.2140.000111
ORF3a18G18CGgtTgt22B.1.1.2140.000111
ORF3a18G18CGgtTgt22B.1.1.2160.001781
ORF3a18G18VgGtgTt22B.1.1.2220.000408
ORF3a18G18GggTggA22B.1.1.2770.001517
ORF3a18G18CGgtTgt22B.1.1.3120.003824
ORF3a18G18VgGtgTt22B.1.1.3180.000604
ORF3a18G18SGgtAgt22B.1.1.5190.000079
ORF3a18G18DgGtgAt22B.1.1.5190.000079
ORF3a18G18RGgtCgt22B.1.1.70.000002
ORF3a18G18del1Ggt-gt22B.1.1.70.000002
ORF3a18G18GggTggA22B.1.1.700.000682
ORF3a18G18VgGtgTt22B.1.110.30.001437
ORF3a18G18GggTggA22B.1.1580.047619
ORF3a18G18GggTggA22B.1.160.220.013514
ORF3a18G18delGGT---22B.1.177.40.000422
ORF3a18G18DgGtgAt22B.1.177.650.001331
ORF3a18G18GggTggC12B.1.177.810.000189
ORF3a18G18GggTggA12B.1.177.810.000189
ORF3a18G18SGgtAgt22B.1.2210.000142
ORF3a18G18CGgtTgt22B.1.2430.000139
ORF3a18G18VgGtgTt22B.1.2580.000133
ORF3a18G18DgGtgAt22B.1.2580.000133
ORF3a18G18RGgtCgt22B.1.3490.00143
ORF3a18G18GggTggC22B.1.36.180.00084
ORF3a18G18CGgtTgt22B.1.36.220.002415
ORF3a18G18VgGtgTt22B.1.36.290.001035
ORF3a18G18VgGtgTt22B.1.36.80.002
ORF3a18G18delGGT---22B.1.4090.001563
ORF3a18G18GggTggA22B.1.416.10.003125
ORF3a18G18CGgtTgt22B.1.4270.000101
ORF3a18G18delGGT---22B.1.4270.000101
ORF3a18G18SGgtAgt22B.1.466.20.000782
ORF3a18G18GggTggA22B.1.4690.00722
ORF3a18G18CGgtTgt22B.1.4990.002101
ORF3a18G18VgGtgTt22B.1.5250.000226
ORF3a18G18CGgtTgt22B.1.5680.002222
ORF3a18G18VgGtgTt22B.1.5760.001813
ORF3a18G18VgGtgTt22B.1.5770.001375
ORF3a18G18GggTggC22C.350.001548
ORF3a18G18VgGtgTt22C.360.001821
ORF3a18G18VgGtgTt22C.36.30.001134
ORF3a18G18CGgtTgt22C.36.30.001134
ORF3a18G18VgGtgTt22D.20.00015
ORF3a18G18CGgtTgt22D.20.00015
ORF3a18G18GggTggG12P.1.140.000048
ORF3a18G18GggTggC12P.1.140.000048
ORF3a18G18CGgtTgt22P.1.170.000324
ORF3a18G18VgGtgTt22Q.10.000253
ORF3a18G18VgGtgTt11A.10.000282
ORF3a18G18delGGT---11A.2.50.000499
ORF3a18G18DgGtgAt11A.290.005319
ORF3a18G18GggTggC11AD.20.000219
ORF3a18G18GggTggA11AF.10.037037
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.100.00053
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.1000.000046
ORF3a18G18delGGT---11AY.1050.000643
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.1090.00074
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.1100.000113
ORF3a18G18RGgtCgt11AY.1110.000183
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.1110.000183
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.1130.000142
ORF3a18G18SGgtAgt11AY.1130.000142
ORF3a18G18GggTggC11AY.1160.000287
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.1160.000287
ORF3a18G18delGGT---11AY.1170.000085
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.1190.000035
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.1200.000037
ORF3a18G18delGGT---11AY.1200.000037
ORF3a18G18SGgtAgt11AY.120.10.000321
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.120.2.10.000498
ORF3a18G18GggTggC11AY.1210.000135
ORF3a18G18GggTggC11AY.130.000161
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.16.10.00047
ORF3a18G18delGGT---11AY.190.00114
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.200.000039
ORF3a18G18delGGT---11AY.230.00007
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.230.00007
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.240.000431
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.240.000431
ORF3a18G18RGgtCgt11AY.250.000006
ORF3a18G18AgGtgCt11AY.250.000006
ORF3a18G18GggTggC11AY.260.000028
ORF3a18G18delGGT---11AY.260.000028
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.270.000065
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.280.00189
ORF3a18G18SGgtAgt11AY.3.10.000085
ORF3a18G18delGGT---11AY.3.10.000085
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.320.000532
ORF3a18G18delGGT---11AY.330.000067
ORF3a18G18GggTggC11AY.330.000067
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.340.000097
ORF3a18G18GggTggC11AY.340.000097
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.350.000233
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.370.000316
ORF3a18G18SGgtAgt11AY.390.000025
ORF3a18G18delGGT---11AY.39.10.00004
ORF3a18G18RGgtCgt11AY.4.20.000022
ORF3a18G18GggTggC11AY.4.20.000022
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.4.2.10.000149
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.4.30.000842
ORF3a18G18RGgtCgt11AY.4.50.000107
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.420.00004
ORF3a18G18FGGtTTt11AY.420.00004
ORF3a18G18del1Ggt-gt11AY.440.000006
ORF3a18G18SGgtAgt11AY.460.000104
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.460.000104
ORF3a18G18GggTggC11AY.460.000104
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.46.10.001027
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.46.10.001027
ORF3a18G18delGGT---11AY.46.20.000635
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.46.50.000198
ORF3a18G18AgGtgCt11AY.470.000031
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.470.000031
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.50.000021
ORF3a18G18SGgtAgt11AY.50.000021
ORF3a18G18delGGT---11AY.5.40.000277
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.510.000909
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.550.000917
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.580.000907
ORF3a18G18GggTggC11AY.60.000041
ORF3a18G18delGGT---11AY.600.000938
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.600.000938
ORF3a18G18SGgtAgt11AY.610.000105
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.610.000105
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.630.000387
ORF3a18G18GggTggC11AY.670.000464
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.690.000187
ORF3a18G18FGGtTTt11AY.7.20.000559
ORF3a18G18AgGtgCt11AY.720.001361
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.770.001127
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.830.001724
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.840.000437
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.850.000427
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.860.00083
ORF3a18G18GggTggC11AY.870.000833
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.880.000884
ORF3a18G18delGGT---11AY.90.000068
ORF3a18G18delGGT---11AY.9.20.000037
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.900.000684
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.910.00073
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.920.000287
ORF3a18G18VgGtgTt11AY.930.000273
ORF3a18G18RGgtCgt11AY.980.000079
ORF3a18G18delGGT---11AY.980.000079
ORF3a18G18AgGtgCt11AY.980.000079
ORF3a18G18delGGT---11AY.990.001049
ORF3a18G18DgGtgAt11AY.990.001049
ORF3a18G18GggTggC11AY.99.20.000092
ORF3a18G18CGgtTgt11AY.99.20.000092
ORF3a18G18delGGT---11B0.000128
ORF3a18G18GggTggA11B0.000128
ORF3a18G18RGgtCgt11B.10.000009
ORF3a18G18SGgtAgt11B.10.000009
ORF3a18G18AgGtgCt11B.10.000009
ORF3a18G18RGgtCgt11B.1.10.000018
ORF3a18G18SGgtAgt11B.1.10.000018
ORF3a18G18AgGtgCt11B.1.10.000018
ORF3a18G18RGgtCgt11B.1.1.1170.009709
ORF3a18G18del1gGTgA-11B.1.1.1390.022727
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1.1760.000439
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1.2030.016949
ORF3a18G18RGgtCgt11B.1.1.2140.000055
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1.2140.000055
ORF3a18G18DgGtgAt11B.1.1.2170.003636
ORF3a18G18DgGtgAt11B.1.1.2200.001859
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1.250.000569
ORF3a18G18DgGtgAt11B.1.1.2630.001558
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1.280.000311
ORF3a18G18GggTggA11B.1.1.2940.001266
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1.3120.001912
ORF3a18G18GggTggC11B.1.1.3170.000412
ORF3a18G18SGgtAgt11B.1.1.330.000421
ORF3a18G18GggTggA11B.1.1.370.000193
ORF3a18G18GggTggA11B.1.1.3730.02381
ORF3a18G18delGGT---11B.1.1.4090.002833
ORF3a18G18RGgtCgt11B.1.1.4090.002833
ORF3a18G18GggTggG11B.1.1.4200.001006
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.1.4200.001006
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.1.4320.001266
ORF3a18G18GggTggA11B.1.1.4450.037037
ORF3a18G18GggTggA11B.1.1.470.005348
ORF3a18G18GggTggC11B.1.1.4860.001577
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1.500.000679
ORF3a18G18RGgtCgt11B.1.1.5190.00004
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1.5210.005348
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.1.5220.017241
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1.5250.005464
ORF3a18G18GggTggA11B.1.1.580.005376
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.1.630.000386
ORF3a18G18delGGT---11B.1.1.630.000386
ORF3a18G18FGGtTTt11B.1.1.70.000001
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1.700.000341
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1.710.006061
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.1.950.019608
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.110.30.000718
ORF3a18G18delGGT---11B.1.1420.002899
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1470.000756
ORF3a18G18DgGtgAt11B.1.1600.000031
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.160.160.000929
ORF3a18G18delGGT---11B.1.160.230.004831
ORF3a18G18GggTggA11B.1.160.260.002421
ORF3a18G18GggTggA11B.1.160.280.002924
ORF3a18G18GggTggA11B.1.160.310.008065
ORF3a18G18delGGT---11B.1.160.330.004425
ORF3a18G18delGGT---11B.1.177.110.001698
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.177.120.000152
ORF3a18G18DgGtgAt11B.1.177.120.000152
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.177.160.000664
ORF3a18G18delGGT---11B.1.177.190.001431
ORF3a18G18GggTggA11B.1.177.210.000076
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.177.230.003236
ORF3a18G18GggTggA11B.1.177.280.007407
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.177.310.011494
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.177.450.000381
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.177.50.001242
ORF3a18G18GggTggA11B.1.177.510.004566
ORF3a18G18GggTggA11B.1.177.530.002392
ORF3a18G18SGgtAgt11B.1.177.550.002331
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.177.570.000281
ORF3a18G18delGGT---11B.1.177.580.001332
ORF3a18G18delGGT---11B.1.177.60.000977
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.177.600.000218
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.177.650.000665
ORF3a18G18delGGT---11B.1.177.70.000165
ORF3a18G18GggTggA11B.1.177.710.010101
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.177.750.001041
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.177.750.001041
ORF3a18G18delGGT---11B.1.177.760.002494
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.177.770.000726
ORF3a18G18GggTggA11B.1.177.860.000183
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.177.860.000183
ORF3a18G18SGgtAgt11B.1.177.870.000728
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.1870.033333
ORF3a18G18RGgtCgt11B.1.20.000009
ORF3a18G18GggTggC11B.1.2100.002132
ORF3a18G18del2gGTg--11B.1.214.20.0006
ORF3a18G18delGGT---11B.1.221.10.002907
ORF3a18G18GggTggG11B.1.221.30.000833
ORF3a18G18GggTggC11B.1.2340.000132
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.2340.000132
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.2340.000132
ORF3a18G18GggTggA11B.1.2360.002053
ORF3a18G18RGgtCgt11B.1.2430.00007
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.2510.021739
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.2560.017241
ORF3a18G18delGGT---11B.1.2580.000067
ORF3a18G18delGGT---11B.1.258.100.011364
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.258.40.003448
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.2600.003344
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.3020.013333
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.3190.003049
ORF3a18G18SGgtAgt11B.1.3510.00003
ORF3a18G18GggTggC11B.1.3510.00003
ORF3a18G18delGGT---11B.1.3510.00003
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.351.20.000303
ORF3a18G18GggTggC11B.1.3540.043478
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.36.100.004785
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.36.160.001425
ORF3a18G18delGGT---11B.1.36.170.000494
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.36.170.000494
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.36.170.000494
ORF3a18G18delGGT---11B.1.36.180.00042
ORF3a18G18GggTggG11B.1.36.80.001
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.36.80.001
ORF3a18G18GggTggA11B.1.3670.000792
ORF3a18G18RGgtCgt11B.1.3690.000285
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.3690.000285
ORF3a18G18delGGT---11B.1.3890.001002
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.4020.009804
ORF3a18G18AgGtgCt11B.1.4270.00005
ORF3a18G18SGgtAgt11B.1.4280.00102
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.4560.003268
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.4600.017857
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.4690.00361
ORF3a18G18SGgtAgt11B.1.4970.000315
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.4990.00105
ORF3a18G18GggTggC11B.1.4990.00105
ORF3a18G18delGGT---11B.1.5090.000866
ORF3a18G18SGgtAgt11B.1.5090.000866
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.5210.004975
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.5240.001406
ORF3a18G18DgGtgAt11B.1.5250.000113
ORF3a18G18DgGtgAt11B.1.5260.000024
ORF3a18G18delGGT---11B.1.5260.000024
ORF3a18G18GggTggC11B.1.5330.009615
ORF3a18G18SGgtAgt11B.1.5380.008065
ORF3a18G18FGGtTTt11B.1.5750.000303
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.5770.000687
ORF3a18G18del2GGt--t11B.1.5770.000687
ORF3a18G18LGGtCTt11B.1.5820.000491
ORF3a18G18DgGtgAt11B.1.5820.000491
ORF3a18G18SGgtAgt11B.1.5820.000491
ORF3a18G18delGGT---11B.1.5950.000261
ORF3a18G18SGgtAgt11B.1.5960.000087
ORF3a18G18DgGtgAt11B.1.5960.000087
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.5970.00463
ORF3a18G18DgGtgAt11B.1.617.10.000129
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.6210.000089
ORF3a18G18CGgtTgt11B.1.6280.000352
ORF3a18G18delGGT---11B.1.6280.000352
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.6300.005236
ORF3a18G18delGGT---11B.1.6380.052632
ORF3a18G18VgGtgTt11B.1.9.40.006135
ORF3a18G18VgGtgTt11B.30.000831
ORF3a18G18delGGT---11B.3.10.001658
ORF3a18G18SGgtAgt11C.140.004329
ORF3a18G18GggTggA11C.160.00106
ORF3a18G18CGgtTgt11C.160.00106
ORF3a18G18VgGtgTt11C.20.016129
ORF3a18G18CGgtTgt11C.350.000774
ORF3a18G18GggTggA11C.36.20.034483
ORF3a18G18GggTggC11C.370.000116
ORF3a18G18SGgtAgt11C.370.000116
ORF3a18G18GggTggG11D.20.000075
ORF3a18G18SGgtAgt11P.10.000016
ORF3a18G18GggTggC11P.1.10.000318
ORF3a18G18VgGtgTt11P.1.120.000484
ORF3a18G18CGgtTgt11P.1.150.000232
ORF3a18G18delGGT---11P.1.150.000232
ORF3a18G18VgGtgTt11P.1.70.000319
ORF3a18G18VgGtgTt11Q.30.000145
ORF3a18G18DgGtgAt11Q.80.000165
ORF3a18G18VgGtgTt11R.20.014493
ORF3a18G18VgGtgTt11W.10.008696