CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF3a | 173 | D173G | nonsyn | gAt | gGt | 3197 | 3197 | 1 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173V | nonsyn | gAt | gTt | 762 | 762 | 1 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173N | nonsyn | Gat | Aat | 447 | 447 | 1 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173Y | nonsyn | Gat | Tat | 284 | 284 | 1 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173D | syn | gaT | gaC | 230 | 230 | 1 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173A | nonsyn | gAt | gCt | 148 | 148 | 1 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173E | nonsyn | gaT | gaA | 76 | 59 | 0.776316 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173E | nonsyn | gaT | gaG | 76 | 17 | 0.223684 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173H | nonsyn | Gat | Cat | 61 | 61 | 1 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173del | del | GAT | --- | 44 | 44 | 1 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173K | nonsyn | GaT | AaA | 1 | 1 | 1 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173del2 | del | gAT | g-- | 1 | 1 | 1 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173del1 | del | Gat | -at | 1 | 1 | 1 | 25909-25911 | |
ORF3a | 173 | D173Q | nonsyn | GaT | CaG | 1 | 1 | 1 | 25909-25911 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 3197 | 3197 | All | 0.000611 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1114 | 1114 | B.1.1 | 0.020209 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 762 | 762 | All | 0.000146 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 470 | 470 | AY.4 | 0.000732 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 447 | 447 | All | 0.000085 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 374 | 374 | B.1.1.7 | 0.000335 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 318 | 318 | B.1.1.303 | 0.878453 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 303 | 303 | B.1.2 | 0.002668 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 284 | 284 | All | 0.000054 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 249 | 249 | B.1.1.7 | 0.000223 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 230 | 230 | All | 0.000044 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 172 | 172 | AY.4 | 0.000268 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 148 | 148 | All | 0.000028 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 95 | 95 | B.1.617.2 | 0.000358 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 94 | 94 | B.1.1.7 | 0.000084 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 59 | 76 | All | 0.000011 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 17 | 76 | All | 0.000003 |
ORF3a | 173 | D173H | Gat | Cat | 61 | 61 | All | 0.000012 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 59 | 59 | AY.30 | 0.023348 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 59 | 59 | B.1 | 0.00054 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 57 | 57 | AY.120 | 0.002119 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 56 | 56 | B.1.617.2 | 0.000211 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 53 | 53 | B.1.1.522 | 0.913793 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 52 | 52 | B.1.1.336 | 0.866667 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 46 | 46 | B.1 | 0.000421 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 46 | 46 | B.1.1 | 0.000834 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 44 | 44 | All | 0.000008 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 41 | 41 | B.1.1.338 | 0.706897 |
ORF3a | 173 | D173H | Gat | Cat | 41 | 41 | B.1.1.7 | 0.000037 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 41 | 41 | B.1.346 | 0.053735 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 35 | 35 | B.1.1.7 | 0.000031 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 32 | 34 | B.1.1.7 | 0.000029 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 2 | 34 | B.1.1.7 | 0.000002 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 32 | 32 | B.1.177.15 | 0.020189 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 31 | 31 | AY.39 | 0.000766 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 30 | 30 | AY.43 | 0.000133 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 27 | 27 | B.1.554 | 0.118943 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 23 | 23 | AY.44 | 0.00014 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 23 | 23 | B.1.1.7 | 0.000021 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 22 | 22 | B.1 | 0.000202 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 22 | 22 | B.1.560 | 0.101852 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 21 | 21 | AY.103 | 0.00013 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 21 | 21 | B.1.36 | 0.003064 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 20 | 20 | B.1.617.2 | 0.000075 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 19 | 19 | AY.4 | 0.00003 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 19 | 19 | B.1.1.519 | 0.000755 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 19 | 19 | B.1.429 | 0.000447 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 18 | 18 | AY.25 | 0.000108 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 17 | 17 | AY.43 | 0.000075 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 17 | 17 | AY.43 | 0.000075 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 17 | 17 | B.1.1.1 | 0.005554 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 17 | 17 | B.1.1.319 | 0.298246 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 16 | 16 | AY.1 | 0.006332 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 16 | 16 | AY.39 | 0.000395 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 15 | 15 | A.27 | 0.024834 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 15 | 15 | AY.102 | 0.000398 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 15 | 15 | AY.106 | 0.005023 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 15 | 15 | B.1.177 | 0.000198 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 14 | 14 | AY.43 | 0.000062 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 13 | 13 | AY.20 | 0.000505 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 13 | 13 | AY.26 | 0.000368 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 13 | 13 | B.1.466.2 | 0.005086 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 12 | 12 | AY.102 | 0.000318 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 12 | 12 | AY.3 | 0.000119 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 12 | 12 | AY.4 | 0.000019 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 12 | 12 | B.1.1.519 | 0.000477 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 12 | 12 | B.1.1.7 | 0.000011 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 12 | 12 | B.1.243 | 0.000835 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 12 | 12 | B.1.258 | 0.000799 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 12 | 12 | B.1.36.8 | 0.012 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 12 | 12 | B.1.526 | 0.000282 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 11 | 11 | AY.25 | 0.000066 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 11 | 11 | AY.25 | 0.000066 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 11 | 11 | B.1.1.306 | 0.004822 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 11 | 11 | B.1.1.7 | 0.00001 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 11 | 11 | B.1.177.60 | 0.002403 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 10 | 10 | AY.4 | 0.000016 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 10 | 10 | B.1.351 | 0.000297 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 9 | 9 | B.1.1 | 0.000163 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.1.269 | 0.012179 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 9 | 9 | B.1.429 | 0.000212 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 8 | 8 | AY.103 | 0.00005 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 8 | 8 | AY.113 | 0.001139 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 8 | 8 | AY.119 | 0.000282 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 8 | 8 | B.1 | 0.000073 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 8 | 8 | B.1.1.224 | 0.114286 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 8 | 8 | B.1.170 | 0.034483 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 8 | 8 | B.1.234 | 0.001056 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 8 | 8 | B.1.551 | 0.010323 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 7 | 7 | AY.3 | 0.00007 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 7 | 7 | AY.3.1 | 0.000597 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 7 | 7 | AY.35 | 0.001631 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 7 | 7 | AY.4 | 0.000011 |
ORF3a | 173 | D173H | Gat | Cat | 7 | 7 | B.1.1 | 0.000127 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.1.10 | 0.007804 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.1.382 | 0.25 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.1.447 | 0.25 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.36.29 | 0.003621 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 7 | 7 | P.1.17 | 0.001132 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.103 | 0.000037 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 6 | 6 | AY.29 | 0.000095 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 6 | 6 | AY.36 | 0.000889 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 6 | 6 | AY.43 | 0.000027 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 6 | 6 | AY.44 | 0.000037 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 6 | 6 | AY.74 | 0.000694 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1.1.170 | 0.007481 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 6 | 6 | B.1.1.216 | 0.005343 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1.1.409 | 0.016997 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1.2 | 0.000053 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 6 | 6 | B.1.2 | 0.000053 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 5 | 5 | A.2.5 | 0.002495 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.120.2 | 0.006427 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 5 | 5 | AY.27 | 0.000324 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 5 | 5 | AY.43 | 0.000022 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.6 | 0.000206 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 5 | 5 | B.1.1.194 | 0.024752 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 5 | 5 | B.1.1.372 | 0.003444 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.1.518 | 0.031646 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.36.29 | 0.002587 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.617.2 | 0.000019 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 5 | 5 | C.36.3 | 0.002836 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | A | 0.001548 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.33 | 0.000267 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.39 | 0.000099 |
ORF3a | 173 | D173H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.4 | 0.000006 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 4 | 4 | AY.44 | 0.000024 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 4 | 4 | AY.44 | 0.000024 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.47 | 0.000124 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.59 | 0.002119 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.1.25 | 0.002274 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.1.263 | 0.006231 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.1.277 | 0.003035 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.2 | 0.000035 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.36 | 0.000584 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.427 | 0.000202 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.595 | 0.001044 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 4 | 4 | B.1.617.2 | 0.000015 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 4 | 4 | P.1 | 0.000063 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.113 | 0.000427 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.46.6 | 0.000217 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.47 | 0.000093 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.5.3 | 0.001012 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.1.28 | 0.000934 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 3 | 3 | B.1.243 | 0.000209 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.456 | 0.009804 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.497 | 0.000944 |
ORF3a | 173 | D173H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 2 | 3 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 1 | 3 | B.1.617.2 | 0.000004 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 3 | 3 | B.1.621.1 | 0.001517 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 3 | 3 | C.36 | 0.002732 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 3 | 3 | P.1 | 0.000047 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 2 | 2 | 0.111111 | |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 2 | 2 | AY.118 | 0.000125 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.28 | 0.003781 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 2 | 2 | AY.33 | 0.000134 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.4.2.1 | 0.000298 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.45 | 0.000243 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 2 | 2 | AY.47 | 0.000062 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.48 | 0.00093 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 2 | 2 | AY.52 | 0.001629 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.68 | 0.000547 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B | 0.000256 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.137 | 0.025 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.157 | 0.001826 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.198 | 0.002937 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.268 | 0.029851 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.294 | 0.002532 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.298 | 0.001724 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 2 | 2 | B.1.1.318 | 0.000604 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.385 | 0.008929 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.430 | 0.083333 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.433 | 0.002849 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.8 | 0.007168 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.140 | 0.037736 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.177.4 | 0.000422 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 2 | 2 | B.1.258.17 | 0.000208 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.258.17 | 0.000208 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.389 | 0.002004 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.509 | 0.001732 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.523 | 0.004902 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.538 | 0.016129 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.564 | 0.000852 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.575 | 0.000607 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.582 | 0.000981 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 2 | 2 | P.1 | 0.000032 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 2 | 2 | P.1.15 | 0.000465 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 2 | 2 | P.1.15 | 0.000465 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | A.2.5.2 | 0.001572 |
ORF3a | 173 | D173del1 | Gat | -at | 1 | 1 | All | 0 |
ORF3a | 173 | D173del2 | gAT | g-- | 1 | 1 | All | 0 |
ORF3a | 173 | D173K | GaT | AaA | 1 | 1 | All | 0 |
ORF3a | 173 | D173Q | GaT | CaG | 1 | 1 | All | 0 |
ORF3a | 173 | D173H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.11 | 0.001339 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.110 | 0.000113 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.120.2 | 0.001285 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.29.1 | 0.000221 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
ORF3a | 173 | D173H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.40 | 0.000964 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF3a | 173 | D173K | GaT | AaA | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.53 | 0.000288 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.63 | 0.000387 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.78 | 0.001541 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.8 | 0.000606 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.82 | 0.001357 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.88 | 0.000884 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | B | 0.000128 |
ORF3a | 173 | D173H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.117 | 0.009709 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.122 | 0.045455 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.145 | 0.037037 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.148 | 0.008772 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.194 | 0.00495 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.207 | 0.001182 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.220 | 0.001859 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.220 | 0.001859 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.254 | 0.011236 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.279 | 0.001121 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.299 | 0.012195 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.312 | 0.001912 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
ORF3a | 173 | D173H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.355 | 0.015385 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.378 | 0.007299 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.388 | 0.045455 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.397 | 0.002252 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.398 | 0.003226 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.407 | 0.041667 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.410 | 0.037037 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.416 | 0.000905 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.422 | 0.045455 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.1.430 | 0.041667 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.448 | 0.002033 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.462 | 0.008621 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.466 | 0.008696 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.528 | 0.004808 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.54 | 0.003021 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.56 | 0.017857 |
ORF3a | 173 | D173del1 | Gat | -at | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.89 | 0.006061 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.111 | 0.001175 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.157 | 0.002985 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.51 | 0.004566 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.177.65 | 0.000665 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.177.77 | 0.000726 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.184 | 0.058824 |
ORF3a | 173 | D173Q | GaT | CaG | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.258.12 | 0.007874 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.258.16 | 0.001637 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.279 | 0.000514 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.351.2 | 0.000303 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.36.10 | 0.004785 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.36.22 | 0.001208 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.36.7 | 0.004 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.361 | 0.001289 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.361 | 0.001289 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.375 | 0.00082 |
ORF3a | 173 | D173del2 | gAT | g-- | 1 | 1 | B.1.409 | 0.000781 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.423 | 0.010204 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.456 | 0.003268 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.459 | 0.004082 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.462 | 0.007246 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.462 | 0.007246 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.466.1 | 0.007194 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.497 | 0.000315 |
ORF3a | 173 | D173A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.517 | 0.000427 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.564 | 0.000426 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.576 | 0.000907 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.588 | 0.00091 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.596.1 | 0.009346 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.606 | 0.006024 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
ORF3a | 173 | D173Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
ORF3a | 173 | D173H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.3.1 | 0.001658 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.61 | 0.005747 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF3a | 173 | D173E | gaT | gaA | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
ORF3a | 173 | D173G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
ORF3a | 173 | D173V | gAt | gTt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
ORF3a | 173 | D173del | GAT | --- | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
ORF3a | 173 | D173N | Gat | Aat | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
ORF3a | 173 | D173H | Gat | Cat | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
ORF3a | 173 | D173D | gaT | gaC | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|