CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
ORF3a | 172 | G172R | nonsyn | Ggt | Cgt | 16103 | 16023 | 0.995032 | 25906-25908 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 16023 | 16103 | All | 0.003065 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 13068 | 13068 | B.1.221 | 0.928257 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1192 | 1192 | B.1.221.3 | 0.993333 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 341 | 341 | B.1.221.1 | 0.991279 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 240 | 240 | AY.44 | 0.001461 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 239 | 239 | B.1.221.4 | 0.995833 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 194 | 194 | B.1.221.2 | 0.779116 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 96 | 96 | B.1 | 0.000879 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 15 | 94 | C.37 | 0.001741 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 49 | 49 | AY.48 | 0.022791 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 48 | 48 | AY.4 | 0.000075 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 47 | 47 | B.1.177 | 0.000619 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 42 | 42 | B.1.1.7 | 0.000038 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 42 | 42 | B.1.617.2 | 0.000158 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 34 | 34 | C.16 | 0.036055 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 30 | 30 | B.1.1.317 | 0.012351 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 26 | 26 | B.1.234 | 0.003431 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 21 | 21 | B.1.258 | 0.001397 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 20 | 20 | AY.102 | 0.00053 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 19 | 19 | AY.43 | 0.000084 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 13 | 13 | AY.100 | 0.000598 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 13 | 13 | B.1.620 | 0.012299 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 12 | 12 | B.1.210 | 0.025586 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 10 | 10 | B.1.1 | 0.000181 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 10 | 10 | B.1.160 | 0.000312 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 9 | 9 | AY.25 | 0.000054 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 9 | 9 | AY.39 | 0.000222 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 9 | 9 | AY.61 | 0.000943 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 9 | 9 | B.1.36.1 | 0.010262 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 9 | 9 | P.1.14 | 0.00043 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 7 | 7 | AY.5 | 0.000145 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 7 | 7 | B.1.160.32 | 0.030043 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 7 | 7 | B.1.177.43 | 0.01034 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 6 | 6 | AY.77 | 0.006764 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 6 | 6 | B.1.1.70 | 0.002046 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 6 | 6 | C.36 | 0.005464 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 5 | 5 | B.1.2 | 0.000044 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 4 | 4 | AY.23 | 0.000279 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 4 | 4 | B | 0.000511 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 4 | 4 | B.1.160.28 | 0.011696 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 4 | 4 | P.2 | 0.000747 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | A.2.4 | 0.010101 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | AY.120 | 0.000112 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | AY.16.1 | 0.00141 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | AY.3 | 0.00003 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | AY.56 | 0.004815 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | AY.75.1 | 0.000541 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | AY.98.1 | 0.000145 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | B.1.1.162 | 0.088235 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | B.1.177.4 | 0.000633 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | B.1.177.62 | 0.003576 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.27 | 0.000129 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.46.6 | 0.000144 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.52 | 0.001629 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.67 | 0.000929 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | B.1.1.306 | 0.000877 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | B.1.1.33 | 0.000842 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | B.1.1.374 | 0.004751 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | B.1.177.60 | 0.000437 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | B.1.177.73 | 0.001133 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | B.1.243 | 0.000139 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | P.1 | 0.000032 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | Q.4 | 0.00091 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | A.23.1 | 0.000704 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AV.1 | 0.005051 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.40 | 0.000964 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.8 | 0.000606 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.82 | 0.001357 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.87 | 0.000833 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.1.189 | 0.001513 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.1.192 | 0.002309 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.1.207 | 0.001182 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.1.291 | 0.000742 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.1.526 | 0.003546 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.160.16 | 0.000929 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.177.77 | 0.000726 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.177.81 | 0.000189 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.177.86 | 0.000183 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.222 | 0.001692 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.36.31 | 0.001751 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.36.39 | 0.002217 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.382 | 0.008929 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.474 | 0.001901 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.524 | 0.001406 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.575.1 | 0.002439 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
ORF3a | 172 | G172R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.94 | 0.027027 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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