CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 171 & Codon = tTa

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	171	S171L		nonsyn	tCa	tTa	59128	59122	0.999899	25903-25905

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	59122	59128	All	0.011308
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	30824	30827	B.1.351	0.91629
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5138	5138	B.1.1.7	0.0046
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	3235	3235	B.1.351.2	0.97882
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	1880	1880	AY.4	0.002926
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	1615	1616	B.1.351.5	0.968225
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	1249	1249	B.1.617.2	0.004703
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	1118	1118	B.1.351.3	0.979842
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	898	898	B.1	0.008225
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	760	760	B.1.177	0.010007
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	660	660	AY.100	0.030364
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	596	596	B.1.1.523	0.93125
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	550	550	N.5	0.971731
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	535	535	AY.43	0.00237
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	473	473	B.1.1	0.008581
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	469	469	P.1	0.007389
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	458	458	B.1.1.50	0.31093
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	449	449	AY.25	0.002701
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	434	434	B.1.36.39	0.962306
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	415	415	B.1.2	0.003654
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	402	402	B.1.258	0.026752
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	366	366	A.28	0.968254
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	295	295	B.1.595	0.076983
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	270	270	B.1.582	0.132483
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	248	248	B.1.149	0.849315
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	244	244	AY.103	0.001515
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	216	217	B.1.1.25	0.122797
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	207	207	B.1.1.222	0.042228
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	200	200	P.1.14	0.00956
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	199	199	D.5	0.99005
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	190	190	AY.3	0.00189
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	187	187	AY.9	0.01264
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	159	159	AY.98	0.01256
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	135	135	B.1.170	0.581897
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	135	135	C.36	0.122951
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	124	124	AY.118	0.007768
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	104	104	B.1.526	0.002444
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	102	102	AY.44	0.000621
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	98	98	AY.106	0.03282
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	91	91	B.1.423	0.928571
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	79	79	B.1.429	0.001859
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	75	75	B.1.1.519	0.002978
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	73	73	AY.39	0.001804
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	73	73	B.1.239	0.089133
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	69	69	B.1.243.2	1
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	67	67	B.1.36	0.009775
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	65	65	B.1.1.274	0.328283
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	65	65	B.1.160	0.002027
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	59	59	AY.5	0.001218
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	58	58	AY.20	0.002254
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	57	57	B.1.563	0.966102
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	55	55	B.1.438	0.359477
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	54	54	B.1.1.328	0.915254
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	52	52	AY.102	0.001379
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	51	51	AY.4.2	0.001106
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	50	50	B.1.1.398	0.16129
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	50	50	B.1.427	0.002525
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	49	49	B.1.258.17	0.005095
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	48	48	B.1.177.16	0.031894
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	41	41	B.1.396	0.028934
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	40	40	B.1.1.306	0.017536
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	38	38	B.1.1.33	0.015993
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	37	37	A.29	0.196809
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	37	37	B.1.621	0.003275
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	36	36	B.1.1.231	0.111455
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	35	35	B.1.1.385	0.15625
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	34	34	AY.3.1	0.002899
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	34	34	B	0.004346
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	31	31	B.1.596	0.002701
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	30	30	Q.1	0.00379
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	29	29	AY.46	0.003018
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	29	29	AY.9.2	0.001065
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	29	29	AY.99.2	0.002673
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	29	29	B.1.620	0.027436
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	29	29	B.1.637	0.002119
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	27	27	A	0.010449
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	26	26	AY.34.1	0.013259
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	26	26	B.1.609	0.012464
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	25	25	AY.14	0.0022
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	24	24	AY.9.2.1	0.047431
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	23	23	AY.33	0.001536
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	23	23	AY.46.6	0.001661
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	22	22	B.1.524	0.030942
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	21	21	AY.6	0.000864
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	20	20	AY.113	0.002848
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	19	19	AY.47	0.000591
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	19	19	B.1.470	0.026685
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	18	18	AY.29	0.000284
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	16	16	AY.23	0.001116
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	16	16	AY.39.1	0.000634
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	16	16	AZ.2	0.013136
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	16	16	B.1.1.317	0.006587
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	16	16	B.1.219	0.150943
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	15	15	AY.111	0.002747
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	15	15	AY.26	0.000425
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	15	15	B.1.36.18	0.006303
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	15	15	B.1.525	0.001697
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	15	15	D.4	1
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	14	14	AY.117	0.001183
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	14	14	B.1.177.12	0.002124
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	14	14	B.1.177.86	0.002568
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	14	14	B.1.243	0.000974
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	14	14	B.1.301	0.08284
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	14	14	B.1.577	0.009622
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	14	14	B.1.619	0.012195
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	14	14	P.1.4	0.013672
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	13	13	B.1.1.128	0.092199
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	13	13	C.37	0.001509
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	13	13	P.1.2	0.015029
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	13	13	Q.8	0.002144
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	12	12	AY.7	0.002352
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	12	12	B.1.1.214	0.000665
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	12	12	B.1.1.63	0.00463
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	12	12	B.1.177.21	0.000918
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	12	12	B.1.438.1	0.001287
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	11	11	AD.2	0.002409
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	11	11	AY.119	0.000388
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	11	11	AY.98.1	0.000533
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	11	11	B.1.1.1	0.003594
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	11	11	B.1.1.159	0.051402
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	11	11	B.1.554	0.048458
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	11	11	B.1.639	0.23913
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	11	11	P.1.10	0.002964
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	11	11	P.1.12	0.005324
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	11	11	R.1	0.00099
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	10	10	AY.34	0.00097
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	10	10	AY.45	0.001217
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	10	10	B.1.1.198	0.014684
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	10	10	B.1.1.28	0.003112
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	10	10	B.1.1.326	0.017606
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	10	10	B.1.1.516	0.666667
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	10	10	B.1.221	0.00071
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	10	10	B.1.369.1	0.27027
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	9	9	AY.54	0.000858
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	9	9	B.1.1.265	0.028391
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	9	9	B.1.177.73	0.005096
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	9	9	B.1.223	0.025
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	9	9	B.1.265	0.011436
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	9	9	B.1.36.29	0.004656
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	9	9	C.14	0.038961
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	9	9	P.2	0.00168
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	8	8	AY.61	0.000838
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	8	8	AY.92	0.002298
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	8	8	B.1.456	0.026144
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	8	8	B.1.575	0.002427
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	8	8	C.23	0.046512
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	8	8	C.36.3	0.004538
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	7	7	AY.120	0.00026
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	7	7	B.1.1.189	0.01059
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	7	7	B.1.36.10	0.033493
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	7	7	B.1.366	0.034146
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	7	7	B.1.466.2	0.002739
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	7	7	B.1.561	0.002779
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	AY.110	0.000676
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	AY.5.3	0.002024
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	AY.75	0.000336
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	AY.85	0.002563
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	B.1.1.409	0.016997
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	B.1.1.83	0.01626
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	B.1.131	0.052632
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	B.1.177.87	0.004367
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	B.1.234	0.000792
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	B.1.240	0.001293
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	B.1.258.14	0.005882
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	B.1.349	0.004289
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	B.1.617.1	0.000774
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	B.1.9.5	0.034091
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	6	6	P.1.15	0.001394
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	A.2.5	0.002495
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	AY.19	0.005701
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	AY.46.4	0.000823
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	AY.84	0.002187
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	B.1.1.397	0.011261
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	B.1.128	0.003177
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	B.1.160.23	0.024155
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	B.1.177.8	0.003762
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	B.1.232	0.002687
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	B.1.324	0.008026
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	B.1.36.17	0.00247
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	B.30	0.073529
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	5	5	C.40	0.138889
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	3	4		0.166667
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	4	4	A.2	0.002647
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	4	4	AY.116	0.001147
ORF3a	171	S171L	tCa	tTa	4	4	AY.35	0.000932
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.