CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 169

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	169	I169I		syn	atT	atC	739	678	0.917456	25897-25899
ORF3a	169	I169I		syn	atT	atA	739	61	0.082544	25897-25899
ORF3a	169	I169V		nonsyn	Att	Gtt	607	606	0.998353	25897-25899
ORF3a	169	I169V		nonsyn	AtT	GtG	607	1	0.00164745	25897-25899
ORF3a	169	I169F		nonsyn	Att	Ttt	86	85	0.988372	25897-25899
ORF3a	169	I169F		nonsyn	AtT	TtC	86	1	0.0116279	25897-25899
ORF3a	169	I169del		del	ATT	---	58	58	1	25897-25899
ORF3a	169	I169L		nonsyn	Att	Ctt	19	19	1	25897-25899
ORF3a	169	I169T		nonsyn	aTt	aCt	12	12	1	25897-25899
ORF3a	169	I169N		nonsyn	aTt	aAt	6	6	1	25897-25899
ORF3a	169	I169S		nonsyn	aTt	aGt	4	3	0.75	25897-25899
ORF3a	169	I169S		nonsyn	aTT	aGC	4	1	0.25	25897-25899
ORF3a	169	I169M		nonsyn	atT	atG	2	2	1	25897-25899
ORF3a	169	I169del1		del	ATt	-At	2	1	0.5	25897-25899
ORF3a	169	I169del1		del	AtT	-tA	2	1	0.5	25897-25899
ORF3a	169	I169del2		del	ATT	--N	1	1	1	25897-25899

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	169	I169I	atT	atC	678	739	All	0.00013
ORF3a	169	I169I	atT	atA	61	739	All	0.000012
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	606	607	All	0.000116
ORF3a	169	I169V	AtT	GtG	1	607	All	0
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	186	186	AY.103	0.001155
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	176	176	AY.13	0.028332
ORF3a	169	I169I	atT	atC	159	159	B.1.243	0.011064
ORF3a	169	I169I	atT	atC	144	144	AY.44	0.000876
ORF3a	169	I169I	atT	atC	100	108	B.1.1.7	0.00009
ORF3a	169	I169I	atT	atA	8	108	B.1.1.7	0.000007
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	85	86	All	0.000016
ORF3a	169	I169F	AtT	TtC	1	86	All	0
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	61	61	B.1.617.2	0.00023
ORF3a	169	I169del	ATT	---	58	58	All	0.000011
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	37	37	B.1.1.7	0.000033
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	31	31	B.1.2	0.000273
ORF3a	169	I169I	atT	atC	29	29	AY.31	0.537037
ORF3a	169	I169I	atT	atC	21	29	AY.4	0.000033
ORF3a	169	I169I	atT	atA	8	29	AY.4	0.000012
ORF3a	169	I169I	atT	atC	26	26	B.1	0.000238
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	23	23	B.1.1.297	0.051454
ORF3a	169	I169I	atT	atC	15	22	B.1.2	0.000132
ORF3a	169	I169I	atT	atA	7	22	B.1.2	0.000062
ORF3a	169	I169I	atT	atC	11	21	AY.103	0.000068
ORF3a	169	I169I	atT	atA	10	21	AY.103	0.000062
ORF3a	169	I169L	Att	Ctt	19	19	All	0.000004
ORF3a	169	I169I	atT	atC	18	18	B.1.617.2	0.000068
ORF3a	169	I169I	atT	atC	16	16	B.1.526	0.000376
ORF3a	169	I169I	atT	atC	15	15	AY.46.6	0.001083
ORF3a	169	I169I	atT	atA	9	14	AY.25	0.000054
ORF3a	169	I169I	atT	atC	5	14	AY.25	0.00003
ORF3a	169	I169del	ATT	---	13	13	B.1.1.7	0.000012
ORF3a	169	I169T	aTt	aCt	12	12	All	0.000002
ORF3a	169	I169I	atT	atC	12	12	B.1.258	0.000799
ORF3a	169	I169I	atT	atC	11	11	AY.29	0.000174
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	11	11	AY.4	0.000017
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	9	9	AY.3	0.00009
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	9	9	AY.43	0.00004
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	9	9	B.1	0.000082
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	8	8	AY.25	0.000048
ORF3a	169	I169I	atT	atA	8	8	AY.98.1	0.000387
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	8	8	B.1.160.14	0.016949
ORF3a	169	I169I	atT	atC	8	8	B.1.177	0.000105
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	7	7	B.1.617.2	0.000026
ORF3a	169	I169N	aTt	aAt	6	6	All	0.000001
ORF3a	169	I169I	atT	atC	6	6	AY.3	0.00006
ORF3a	169	I169I	atT	atC	6	6	P.7	0.026201
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	5	5	B.1	0.000046
ORF3a	169	I169del	ATT	---	5	5	B.1	0.000046
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	5	5	B.1.1	0.000091
ORF3a	169	I169I	atT	atC	5	5	B.1.1.294	0.006329
ORF3a	169	I169I	atT	atA	4	4	A	0.001548
ORF3a	169	I169S	aTt	aGt	3	4	All	0.000001
ORF3a	169	I169S	aTT	aGC	1	4	All	0
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	4	4	AY.27	0.000259
ORF3a	169	I169del	ATT	---	4	4	AY.43	0.000018
ORF3a	169	I169I	atT	atC	3	4	AY.43	0.000013
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	3	4	AY.43	0.000013
ORF3a	169	I169F	AtT	TtC	1	4	AY.43	0.000004
ORF3a	169	I169I	atT	atA	1	4	AY.43	0.000004
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	4	4	AY.44	0.000024
ORF3a	169	I169L	Att	Ctt	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF3a	169	I169N	aTt	aAt	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF3a	169	I169I	atT	atC	4	4	B.1.221	0.000284
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	4	4	B.1.429	0.000094
ORF3a	169	I169del	ATT	---	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF3a	169	I169L	Att	Ctt	3	3	AY.25	0.000018
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	3	3	AY.29	0.000047
ORF3a	169	I169I	atT	atC	3	3	AY.39	0.000074
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	3	3	AY.4	0.000005
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	3	3	AY.44	0.000018
ORF3a	169	I169L	Att	Ctt	3	3	B.1	0.000027
ORF3a	169	I169T	aTt	aCt	3	3	B.1	0.000027
ORF3a	169	I169I	atT	atC	3	3	B.1.1.198	0.004405
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	3	3	B.1.1.39	0.001529
ORF3a	169	I169I	atT	atC	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	3	3	B.1.2	0.000026
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	3	B.1.429	0.000047
ORF3a	169	I169I	atT	atA	1	3	B.1.429	0.000024
ORF3a	169	I169T	aTt	aCt	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF3a	169	I169I	atT	atC	3	3	P.1	0.000047
ORF3a	169	I169I	atT	atC	3	3	P.1.10	0.000808
ORF3a	169	I169I	atT	atC	3	3	P.2	0.00056
ORF3a	169	I169del	ATT	---	2	2		0.111111
ORF3a	169	I169M	atT	atG	2	2	All	0
ORF3a	169	I169del1	ATt	-At	1	2	All	0
ORF3a	169	I169del1	AtT	-tA	1	2	All	0
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	2	2	AY.102	0.000053
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	AY.102	0.000053
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	2	2	AY.103	0.000012
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	AY.120	0.000074
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	AY.20	0.000078
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	2	2	AY.21	0.003795
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	2	2	AY.23	0.000139
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	AY.32	0.001065
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	2	2	AY.39	0.000049
ORF3a	169	I169S	aTT	aGC	1	2	AY.39	0.000025
ORF3a	169	I169S	aTt	aGt	1	2	AY.39	0.000025
ORF3a	169	I169L	Att	Ctt	2	2	AY.4	0.000003
ORF3a	169	I169T	aTt	aCt	2	2	AY.4	0.000003
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	AY.54	0.000191
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	2	2	AY.68	0.000547
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF3a	169	I169I	atT	atA	1	2	B.1.1	0.000018
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	2	B.1.1	0.000018
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	B.1.160	0.000062
ORF3a	169	I169del	ATT	---	2	2	B.1.177	0.000026
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	2	2	B.1.258.14	0.001961
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	B.1.435	0.022727
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF3a	169	I169L	Att	Ctt	2	2	B.1.628	0.000705
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	D.2	0.00015
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	2	2	P.1	0.000032
ORF3a	169	I169del	ATT	---	2	2	P.1	0.000032
ORF3a	169	I169del	ATT	---	2	2	P.1.15	0.000465
ORF3a	169	I169I	atT	atC	2	2	P.1.7	0.000639
ORF3a	169	I169T	aTt	aCt	1	1	A	0.000387
ORF3a	169	I169del2	ATT	--N	1	1	All	0
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.100	0.000046
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	AY.100	0.000046
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.102	0.000027
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	AY.116	0.000287
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.118	0.000063
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	AY.118	0.000063
ORF3a	169	I169N	aTt	aAt	1	1	AY.119	0.000035
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	AY.120	0.000037
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.15	0.002222
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.16	0.00038
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF3a	169	I169V	AtT	GtG	1	1	AY.20	0.000039
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	AY.23	0.00007
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	AY.25	0.000006
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	AY.3	0.00001
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.34	0.000097
ORF3a	169	I169L	Att	Ctt	1	1	AY.35	0.000233
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.42	0.00004
ORF3a	169	I169del1	AtT	-tA	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	169	I169S	aTt	aGt	1	1	AY.43	0.000004
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.45	0.000122
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.46	0.000104
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.5	0.000021
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.53	0.000288
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.54	0.000095
ORF3a	169	I169I	atT	atA	1	1	AY.61	0.000105
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.62	0.000436
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.75	0.000056
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.88	0.000884
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF3a	169	I169T	aTt	aCt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF3a	169	I169S	aTt	aGt	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	AY.98	0.000079
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	169	I169L	Att	Ctt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	B	0.000128
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	B.1.1	0.000018
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF3a	169	I169M	atT	atG	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF3a	169	I169del1	ATt	-At	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF3a	169	I169del2	ATT	--N	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.1.409	0.002833
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.1.417	0.002703
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.1.420	0.001006
ORF3a	169	I169I	atT	atA	1	1	B.1.1.445	0.037037
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF3a	169	I169T	aTt	aCt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	169	I169T	aTt	aCt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.177	0.000013
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF3a	169	I169I	atT	atA	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF3a	169	I169N	aTt	aAt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	169	I169L	Att	Ctt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.221	0.000071
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.232	0.000537
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.243.1	0.022222
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.247	0.014925
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.258.16	0.001637
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.36	0.000146
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	B.1.422	0.000812
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF3a	169	I169L	Att	Ctt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.471	0.002732
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.499	0.00105
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.499	0.00105
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.509	0.000866
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.525	0.000113
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.526	0.000024
ORF3a	169	I169I	atT	atA	1	1	B.1.527	0.003704
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	B.1.530	0.007143
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.595	0.000261
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF3a	169	I169L	Att	Ctt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF3a	169	I169M	atT	atG	1	1	B.1.628	0.000352
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.628	0.000352
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	B.1.638	0.052632
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	B.1.9	0.006173
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	D.2	0.000075
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	P.1	0.000016
ORF3a	169	I169V	Att	Gtt	1	1	Q.1	0.000126
ORF3a	169	I169del	ATT	---	1	1	Q.1	0.000126
ORF3a	169	I169I	atT	atC	1	1	Q.1	0.000126
ORF3a	169	I169F	Att	Ttt	1	1	Q.3	0.000145

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.