CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF3a : CodonNum = 166

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF3a	166	S166L		nonsyn	tCa	tTa	13491	13490	0.999926	25888-25890
ORF3a	166	S166L		nonsyn	TCa	CTa	13491	1	0.0000741235	25888-25890
ORF3a	166	S166P		nonsyn	Tca	Cca	554	552	0.99639	25888-25890
ORF3a	166	S166P		nonsyn	TcA	CcT	554	2	0.00361011	25888-25890
ORF3a	166	S166S		syn	tcA	tcG	199	104	0.522613	25888-25890
ORF3a	166	S166S		syn	tcA	tcT	199	89	0.447236	25888-25890
ORF3a	166	S166S		syn	tcA	tcC	199	6	0.0301508	25888-25890
ORF3a	166	S166del		del	TCA	---	66	66	1	25888-25890
ORF3a	166	S166X		nonsyn	tCa	tAa	10	6	0.6	25888-25890
ORF3a	166	S166X		nonsyn	tCa	tGa	10	4	0.4	25888-25890
ORF3a	166	S166A		nonsyn	Tca	Gca	9	9	1	25888-25890
ORF3a	166	S166T		nonsyn	Tca	Aca	9	9	1	25888-25890
ORF3a	166	S166del1		del	tCa	t-a	1	1	1	25888-25890
ORF3a	166	S166E		nonsyn	TCa	GAa	1	1	1	25888-25890
ORF3a	166	S166del2		del	TCa	--a	1	1	1	25888-25890

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	13490	13491	All	0.00258
ORF3a	166	S166L	TCa	CTa	1	13491	All	0
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	5260	5260	B.1.177.81	0.995835
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	2496	2496	B.1.1.7	0.002234
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	772	772	B.1.1.434	0.269083
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	552	554	All	0.000106
ORF3a	166	S166P	TcA	CcT	2	554	All	0
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	433	434	AY.4	0.000674
ORF3a	166	S166L	TCa	CTa	1	434	AY.4	0.000002
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	366	366	AY.43	0.001622
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	340	340	B.1.177.21	0.026
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	340	340	Z.1	0.982659
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	320	320	B.1.621	0.028326
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	270	270	B.1.1.253	0.676692
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	257	257	AY.46	0.026749
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	253	253	B.1.177	0.003331
ORF3a	166	S166S	tcA	tcG	104	199	All	0.00002
ORF3a	166	S166S	tcA	tcT	89	199	All	0.000017
ORF3a	166	S166S	tcA	tcC	6	199	All	0.000001
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	191	191	B.1	0.001749
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	176	176	P.1	0.002773
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	148	148	AY.44	0.000901
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	148	148	B.1.617.2	0.000557
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	104	104	AY.25	0.000626
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	99	99	AA.7	0.908257
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	90	90	B.1.1	0.001633
ORF3a	166	S166S	tcA	tcG	47	90	B.1.1.7	0.000042
ORF3a	166	S166S	tcA	tcT	42	90	B.1.1.7	0.000038
ORF3a	166	S166S	tcA	tcC	1	90	B.1.1.7	0.000001
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	85	85	B.1.2	0.000748
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	82	82	AY.103	0.000509
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	81	81	B.1.160	0.002526
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	78	78	B.1.1.7	0.00007
ORF3a	166	S166del	TCA	---	66	66	All	0.000013
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	63	63	AY.3	0.000627
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	54	54	AY.14	0.004753
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	53	53	AY.4	0.000082
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	50	50	AY.100	0.0023
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	50	50	B.1.1.70	0.017053
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	47	47	AY.39	0.001161
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	40	40	B.1.1.214	0.002218
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	40	40	B.1.243	0.002783
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	38	38	AY.5	0.000785
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	37	37	AY.29	0.000584
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	37	37	D.2	0.002777
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	36	36	B.1.429	0.000847
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	35	35	B.1.525	0.003961
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	32	32	B.1.617.1	0.004127
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	31	31	B.1.177.7	0.00511
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	29	29	AY.31	0.537037
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	28	28	P.2	0.005226
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	26	26	AY.33	0.001736
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	26	26	B.1.351	0.000773
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	25	25	P.1.7	0.007982
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	21	21	AY.54	0.002002
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	20	20	AY.9.1	0.001674
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	20	20	B.1.177.62	0.023838
ORF3a	166	S166del	TCA	---	19	19	B.1.1.7	0.000017
ORF3a	166	S166S	tcA	tcT	19	19	B.1.265	0.024142
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	19	19	P.1.14	0.000908
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	18	18	AY.106	0.006028
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	17	17	B.1.258	0.001131
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	16	16	AY.102	0.000424
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	16	16	B.1.2	0.000141
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	15	15	AY.98.1	0.000726
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	15	15	B.1.1.284	0.001611
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	15	15	B.1.177.50	0.070423
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	15	15	Q.8	0.002474
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	14	14	AY.16	0.005315
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	14	14	B.1.199	0.057851
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	13	13	B.1.1.28	0.004046
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	13	13	B.1.36	0.001897
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	13	13	B.1.409	0.010156
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	12	12	AY.20	0.000466
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	12	12	AY.3.1	0.001023
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	12	12	AY.4.2	0.00026
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	12	12	B.1.1.222	0.002448
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	12	12	B.1.1.519	0.000477
ORF3a	166	S166S	tcA	tcG	12	12	B.1.429	0.000282
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	11	11	AY.30	0.004353
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	11	11	AY.61	0.001153
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	11	11	B.1.1.63	0.004244
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	11	11	B.1.240	0.002371
ORF3a	166	S166X	tCa	tAa	6	10	All	0.000001
ORF3a	166	S166X	tCa	tGa	4	10	All	0.000001
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	10	10	B.1.1.317	0.004117
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	10	10	B.1.361	0.012887
ORF3a	166	S166T	Tca	Aca	9	9	All	0.000002
ORF3a	166	S166A	Tca	Gca	9	9	All	0.000002
ORF3a	166	S166S	tcA	tcT	4	9	AY.4	0.000006
ORF3a	166	S166S	tcA	tcG	3	9	AY.4	0.000005
ORF3a	166	S166S	tcA	tcC	2	9	AY.4	0.000003
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	9	9	AY.45	0.001095
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	9	9	AY.55	0.008257
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	9	9	B.1.499	0.009454
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	8	8	AY.26	0.000226
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	8	8	AY.27	0.000518
ORF3a	166	S166S	tcA	tcG	8	8	B.1.1.10	0.008919
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	8	8	B.1.596	0.000697
ORF3a	166	S166S	tcA	tcG	7	8	B.1.617.2	0.000026
ORF3a	166	S166S	tcA	tcT	1	8	B.1.617.2	0.000004
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	8	8	P.1.12	0.003872
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	7	7	AY.47	0.000218
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	7	7	B.1.258.17	0.000728
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	6	6	AY.46.6	0.000433
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	6	6	AY.6	0.000247
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	6	6	AY.9.2	0.00022
ORF3a	166	S166S	tcA	tcT	6	6	B.1.1.50	0.004073
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	6	6	B.1.177.48	0.01875
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	6	6	B.1.177.65	0.003992
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	6	6	B.1.428	0.006122
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	5	5	AY.117	0.000423
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	5	5	AY.23	0.000349
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	5	5	AY.25	0.00003
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF3a	166	S166del	TCA	---	5	5	AY.43	0.000022
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	5	5	AY.53	0.001438
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	5	5	AY.59	0.002648
ORF3a	166	S166del	TCA	---	5	5	B.1	0.000046
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	5	5	B.1.1.354	0.02193
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	5	5	B.1.1.39	0.002548
ORF3a	166	S166A	Tca	Gca	5	5	B.1.1.7	0.000004
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	5	5	B.1.36.29	0.002587
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	5	5	B.1.420	0.052083
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	5	5	B.1.427	0.000252
ORF3a	166	S166T	Tca	Aca	5	5	B.1.525	0.000566
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	5	5	P.1	0.000079
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	2	4		0.111111
ORF3a	166	S166P	TcA	CcT	2	4		0.111111
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	4	4	AD.2	0.000876
ORF3a	166	S166S	tcA	tcG	4	4	AY.102	0.000106
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	4	4	AY.118	0.000251
ORF3a	166	S166S	tcA	tcT	3	4	AY.43	0.000013
ORF3a	166	S166S	tcA	tcG	1	4	AY.43	0.000004
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	4	4	AY.98	0.000316
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	4	4	B.1	0.000037
ORF3a	166	S166S	tcA	tcT	2	4	B.1	0.000018
ORF3a	166	S166S	tcA	tcC	1	4	B.1	0.000009
ORF3a	166	S166S	tcA	tcG	1	4	B.1	0.000009
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	4	4	B.1.1.222	0.000816
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	4	4	B.1.1.318	0.001207
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	4	4	B.1.1.37	0.000771
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	4	4	B.1.1.518	0.025316
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	4	4	B.1.177.86	0.000734
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	4	4	B.1.236	0.008214
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	4	4	B.1.36.8	0.004
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	4	4	B.1.470	0.005618
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	4	4	B.1.526	0.000094
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF3a	166	S166S	tcA	tcG	4	4	P.1.1	0.001271
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	AY.120	0.000112
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	AY.121	0.000406
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	AY.42	0.000121
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	AY.46.4	0.000494
ORF3a	166	S166S	tcA	tcG	3	3	AY.46.5	0.000595
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	AY.7	0.000588
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	AY.74	0.000347
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	AY.9	0.000203
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	B.1.1.432	0.003797
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	3	3	B.1.1.519	0.000119
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	B.1.177.4	0.000633
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	B.1.177.45	0.001144
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	B.1.234	0.000396
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	B.1.311	0.000824
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	B.1.36.16	0.004274
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	B.1.36.18	0.001261
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	B.1.36.22	0.003623
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	B.1.400	0.001287
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	B.1.582	0.001472
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	C.33	0.176471
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	C.37	0.000348
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	3	3	Q.3	0.000435
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	3	3	Q.4	0.001364
ORF3a	166	S166del	TCA	---	2	2		0.111111
ORF3a	166	S166S	tcA	tcT	2	2		0.111111
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ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	1	1	B.1.587	0.001898
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	1	1	B.1.588	0.00091
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	1	1	B.1.595	0.000261
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	1	1	B.1.595.1	0.005848
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ORF3a	166	S166T	Tca	Aca	1	1	B.1.617.2	0.000004
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ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	1	1	B.1.9.5	0.005682
ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	1	1	B.39	0.002331
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ORF3a	166	S166L	tCa	tTa	1	1	C.36	0.000911
ORF3a	166	S166P	Tca	Cca	1	1	C.37	0.000116
ORF3a	166	S166X	tCa	tAa	1	1	D.2	0.000075
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ORF3a	166	S166del	TCA	---	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.